Direccionalidad

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Un digrama de una molcula de furanosa (anillo de azcar) con los tomos de carbono
etiquetados usando la notacin estndar.
En biologa molecular y bioqumica, direccionalidad se refiere a la orientacin qumica de
punta a punta de un solo filamento de cido nucleico. La convencin qumica de nombrar
los tomos de carbono en el pentosa de los nucletidos numricamente le confiere los
nombres de extremo 5' y extremo 3' (pronunciados generalmente "extremo cinco prima" y
"extremo tres prima" respectivamente). La posicin relativa de estructuras a lo largo de un
filamento de cido nucleico, incluyendo los centros de unin de genes y varias protenas,
usualmente se notan como: upstream (algo as como contra corriente o ro arriba) si es
hacia el extremo 5', o downstream (ro abajo) si es hacia el extremo 3'.
La importancia de tener esta convencin de nombres reside en el hecho de que los cidos
nucleicos slo pueden ser sintetizados in vivo en una direccin 5' a 3'; porque la polimerasa
usada para ensamblar nuevos filamentos debe unir un nuevo nucletido al grupo 3'hidroxilo (-OH) a travs de un enlace fosfodister. Por convencin, las secuencias de
filamentos simples de ADN o ARN se escriben en direccin 5' a 3'.

ndice
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Extremo 5'[editar]
El extremo 5'- (pronunciado "cinco prima") designa el extremo de una hebra de ADN o
ARN que coincide con el grupo fosfato del quinto carbono de la respectiva ribosa o
desoxyribosa terminal. Un grupo fosfato unido al extremo 5' permite la ligacin de dos
nucletidos; por ejemplo, el enlazado covalente del grupo 5'-fosfato al 3'-hidroxilo de otro
nucletido, para formar un enlace fosfodister. La remocin del 5'-fosfato previene la
ligacin. Para prevenir ligados indeseados de cidos nucleticos (por ejemplo la

autoligacin de un vector plsmido en clonado de ADN), los bilogos moleculares

comnmente remueven el 5'-fosfato con una fosfatasa.

Extremo 3'[editar]

Diagram of phosphodiester bonds (circled) between nucleotides.

Este extremo de una hebra de DNA o RNA coincide con el grupo hidroxilo del tercer
carbono de la respectiva ribosa o desoxirribosa terminal.