ANB 2012

Temario de la clase
Prediccin del mrito gentico
animal BLUP
Propiedades de BLUP
Modelo Animal
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= + + + + P A D I E
Prediccin de Valor de Cra
ndice de seleccin
BLUP
2 2 2
( , ) = =
x z xz A xz P
Cov A A a a h
Teora gentica cuantitativa
Modelo infinitesimal
Covarianza entre parientes
Orden de Mrito
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
------- ---- ----
ANB 2012
Modelos mixtos - BLUP - Modelo Animal
Son tres conceptos distintos:
Teora de Modelos Lineales Mixtos (MM)
Teora estadstica para analizar datos con un modelo que incluye:
BLUP
Es el mtodo de prediccin empleando teora de MM, del mismo
modo que en la teora clsica de regresin y anlisis de varianza
se utilizan mnimos cuadrados.
Modelo animal
Es un modelo mixto desarrollado por los mejoradores animales
para predecir las variables aleatorias de inters.

i
Dato efectos fijos variables aleatorias e = + +
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Prediccin del Valor de Cra: BLUP
Metodologa de prediccin desarrollado por Henderson en 1949.
Utilizando teora estadstica de modelos mixtos, esta metodologa
permite simultneamente:
Estimar efectos fijos o factores ambientales sistemticos:
sexo, edad, grupo de contemporneos, heterosis.
Predecir los efectos aleatorios del modelo:
valor de cra (individual o materno) para uno o varios
caracteres, desvo de dominancia.
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Diferencia entre ndice de Seleccin y BLUP
( ) ( )
i i i
E P E A e = + + =
i i i
P A e = + +
edad ij i ij j ij
b e x P A h + = + +
ndice de Seleccin
BLUP
Mediante el mtodo de prediccin BLUP se obtienen en
forma simultnea:
- las estimaciones de los efectos fijos (ej. rodeos y edad);
- las predicciones de los valores de cra o BLUP(a).
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Propiedades de: BLUP
Las siglas de BLUP hacen referencia a las propiedades Las siglas de BLUP hacen referencia a las propiedades
estad estad sticas que tiene como sticas que tiene como predictor predictor: :
B (best) es de mnima varianza o de mayor exactitud.
L (linear) son funciones lineales de los datos.
U (unbiased) son insesgadas.
P (prediction) prediccin del valor de cra verdadero.
( ) ( ) E a E a =
BLUP ( BLUP (best linear best linear unbiased unbiased predictor predictor) ): : predictor predictor
lineal lineal insesgado insesgado de m de m nima varianza nima varianza o de mxima
exactitud.
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Propiedades de: BLUP
BLUP reduce las diferencias (shrinkage) entre los datos
Si la diferencia entre el promedio fenotpico de los hijos de dos
toros es igual a : P
A
P
B
= 20 kg.
El BLUP de la diferencia entre la mitad de los valores de cra
predichos de estos toros (que es lo que hered la progenie) ser:
BLUP(a
A
)-BLUP(a
B
) < 20 kg.
Dicho nmero se acercar a 0 cuanto menor sea la h
2
.
Es decir BLUP pondera por el grado de transmisibilidad del
carcter (h
2
) e indica que cuanto mayor es la h
2
, mayor es la
probabilidad de que las diferencias entre animales sean de origen
gentico aditivo.
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Modelo Animal (AM)
o Es un modelo mixto desarrollado por los mejoradores animales
(otros modelos: modelo de padre, modelo de padre y abuelo materno).
Efectos Fijos:
Sexo, Edad de madre, Grupo de contemporneos, Edad del individuo.
Efectos Aleatorios
Valor de cra para un carcter o varios caracteres.
Dato(s) = Efectos Fijos + Efectos aleatorios + Error
o Predice el valor de cra total de cada animal.
o Permite calcular los BLUP(a) para todos los animales del
pedigr, tengan o no datos observados:
Las relaciones aditivas, resultado del mtodo tabular.
Correlaciones genticas y ambientales (modelos multi-carcter).
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Pedigree
1

0
2

0
3

0
4

32
5

31
6

30
7

37
Ejemplo: Registros de P
Nacer
de 8 animales
Individuo
Sexo
Peso
nacer
8

35
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Ejemplo: Registros de PNacer de 8 animales (cont.)
La ecuacin de un Modelo Animal para el peso al nacer del
animal j, con sexo i, es igual a:
Las especificaciones del modelo son:
Las estimaciones de los efectos fijos (
i
) y los BLUP(a) se
obtienen resolviendo las Ecuaciones de MM, donde se incluye:
la inversa de la matriz A de relaciones aditivas (matriz de
parentesco) entre los animales a ser evaluados.
las varianza aditiva y del error (parmetros genticos).
e
+
A
+ = y
ij j
i ij

j ij
i ij
E ( ) = 0 ; E ( ) = 0 E ( ) = y
e A

2 2 2
j j j A e A
ij ij i j
Var( ) = ( 1 + ) + ; cov( , ) = y y y
F A

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Ecuaciones de modelo mixto (cont.)
Matriz A de relaciones aditivas A Matriz A de relaciones aditivas A A
-1
Inversa de la matriz de A Inversa de la matriz de A
2 2
2 2
1
0 40
0 20
e
A
h
h
.
.

= = = = = = = =

= == =
Efectos fijos: sexo
Var. Aleat.:Valores de Cra
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Ecuaciones de modelo mixto (cont.)
=
*
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Soluciones BLUP (cont.)
=
Estimacin del efecto
fijo sexo para y
Prediccin de los
valores de cra de
todos los animales
del pedigree
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Descomposicin del BLUP(a)
en el Modelo Animal
( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) 4 5 7 4 5
2
5
1 4
37
1
37
5 5 5
registro fenotpico promedio
desviado de la V .C. predichos
estimacin del de los padres
efecto sexo
a a a a a

= + = + + = + = + + = + = + + = + = + + + ++ +
Por ejemplo, el valor de cra del individuo 7 ser predicho como:
= *
( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) ( (( ( ) )) ) 7 4 5 4 5
1 2 1 4
37 37
5 5 5 5
registro fenotpico promedio
desviado de la V .C. predichos
estimacin del de los padres
efecto sexo
a a a a a

= + + = + + = + + = + + = + + = + + = + + = + +
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Descomposicin del BLUP(a) en el
Modelo Animal
En resumen, las tres fuentes de informacin que contribuyen a la
prediccin del valor de cra de un individuo, con un modelo animal
son :
informacin de los padres,
informacin propia,
informacin de la progenie.
El valor de cra predicho se puede escribir como:
n
progenie k pareja k
padre madre k = 1
1 2 3 i animal animal
1
( )
A A
+
2
A A
= + ( ) + y
b b b
A
2 n

| |

|
(
\

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Descomposicin del BLUP(a) (cont.)
En el Modelo Animal, la informacin de las tres fuentes de informacin se
pondera a travs de b
1
, b
2
y b
3
. Estas ponderaciones dependen:
de la cantidad de informacin (nmero de registros) que proporcionan
cada una de las tres fuentes de informacin,
h
2
del carcter.
A diferencia del IS, las ponderaciones b
1
, b
2
y b
3
del Modelo Animal difieren
con cada animal, dependiendo de la cantidad de informacin aportada por
cada va.
Cuando el animal no tiene registros individuales o de la progenie, la prediccin
del valor de cra se realiza sobre la base de la informacin de los ancestros o
pedigr.
En el caso de los padres y las madres, cuando el nmero de hijos aumenta, la
informacin del pedigr se vuelve menos relevante.
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Ventajas de predecir el VC con el Modelo Animal
Se considera el apareamiento selectivo.
Ajusta por las diferencias genticas entre las distintas subclases
de los efectos fijos (toros de referencia: individuos que conectan individuos que conectan
diferentes grupos de contempor diferentes grupos de contempor neos. neos.).
Cuando todas las relaciones de parentesco son conocidas, tiene en
cuenta la tendencia gentica, o cambio en el valor esperado de
los valores de cra con el tiempo, producido por la seleccin.
Proporciona las mejores (mayor exactitud) predicciones lineales
insesgadas del valor de cra de un animal, pues utiliza toda la
informacin disponible.
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Requerimientos de BLUP-AM
Se requiere estimar los componentes de varianzas
de la poblacin bajo evaluacin.
Deben existir conexiones entre rodeos, mediante
los individuos o toros de referencia.
Notar que es importante evitar el aumento de la
consanguinidad fundamentalmente en esquemas de
conservacin de recursos genticos.
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Resumen Resumen
Hemos visto dos metodolog Hemos visto dos metodolog as de predicci as de predicci n del valor de n del valor de
cr cr a de los reproductores. a de los reproductores.
BLUP permite obtener para cada animal: BLUP permite obtener para cada animal:
Predicciones del valor de cr Predicciones del valor de cr a m a m s precisas, porque s precisas, porque
incorpora toda la informaci incorpora toda la informaci n del pedigr n del pedigr . .
Con BLUP Con BLUP- -AM obtenemos todo el valor de cr AM obtenemos todo el valor de cr a del a del
animal. animal.
Es la metodolog Es la metodolog a universal usada en todas las a universal usada en todas las
evaluaciones gen evaluaciones gen ticas animales, y su producto final es ticas animales, y su producto final es
publicado en los cat publicado en los cat logos de reproductores de las logos de reproductores de las
asociaciones de animales. asociaciones de animales.
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Diferencias esperadas en la progenie
(EPD o DEP)
DEP = Valor de Cra predicho.
La DEP es la diferencia que se espera observar entre el promedio
de la progenie del animal evaluado y el de la poblacin (se
expresa en unidades del carcter: kg, cm, etc).
Es un valor relativo entre dos animales.
DEP para Aptitud Materna
Carcter peso al destete total o leche y crecimiento:
1 1 1
2 4 2
PDi Aptitud Materna i PDi Aptitud Materna i
LyC DEP DEP VC VC = + = + = + = + = + = + = + = +
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Base
Al ser las DEPs valores relativos entre animales, se suele fijar una base o valor 0,
respecto de la cual se expresan todas las DEPs.
Es un cambio de escala de las DEPs:
DEP
i
DEP
promedio animales nac. ao base
No afecta el ranking de los animales:
Decisin poltica de los criadores:
Fija: se elige un ao y no se modifica en el tiempo.
Mvil: se actualiza en cada evaluacin (ej: promedio de 3 aos previos).
Flotante: promedio general de todos los animales evaluados.
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Exactitud o precisin
La exactitud mide la correlacin entre el verdadero valor de cra y la
DEP. Su magnitud depende de:
Heredabilidad (h
2
).
Cantidad de registros y de las relaciones aditivas.
Distrib. de los datos en distintos grupos de contemporneos.
Caracteres relacionados.
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Cambio posible
Si se repitiese la evaluacin un numero grande de veces, en el
67% de ellas la DEP se modificara dentro del cambio posible.
Es el error estndar de la prediccin o cambio posible de la DEP.
Ej: DEP
PN
= 3 kg y exactitud de 0.50, entonces el cambio
potencial de la DEP est en el rango 1.88 kg 4.12 kg
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Grupo de contemporneos
La evaluacin gentica mediante el modelo animal es esencialmente
un procedimiento para comparar animales entre y dentro de rodeos.
Grupos de contemporneros permiten corregir por los efectos no
genticos (ambiente y manejo).
Poblacin
Rodeos
Grupos de
contemporneos
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Padres de referencia
Son toros con hijos en distintos rodeos y en diferentes grupos
de contemporneos.
En la estructura de datos del cuadro 12.3 la varianza del error
de prediccin entre entre B y C es mayor, en relacin con los
datos conectados.
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Grupos Genticos
Cuando en la poblacin hay seleccin y el pedigree es
incompleto, el modelo correcto de evaluacin debe
incluir grupos genticos (efectos fijo).
Permiten comparar individuos provenientes de
poblaciones con distintas medias genticas (debido a
seleccin).
Los grupos genticos se arman de acuerdo al ao de
nacimiento del animal con uno o ambos padres
desconocidos (padres fantasmas)
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Grupos Genticos
Ej: individuo con dato propio, padre conocido, madre desconocida y
sin progenie
Prediccin del valor de cra con un modelo animal sin grupos
genticos:
Prediccin del valor de cra con un modelo animal con grupos
genticos:
(no perjudica a los animales ms jvenes al compararlos con animales ms viejos, que
poseen medias genticas mas bajas o cero)
( ) 1 2

+ (
= +
(

padre
animal animal
b b
2
0
A
y
A
( ) 1 2

+ (
= +
(
(

Madre padre
animal animal
b b
2
g
A
y
A
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Particin del Valor de Cra
1 1
2 2
= + +
i P M i
A A A
2
donde:
* : "residuo de segregacin mendeliana"
1
* ( ) 1
2 2
i
P M
i A
F F
Var

+ (
=
(

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Valor de Cra futuro
1 1

2 2
= +
FUTURO
i P M
A A A
1 1

2 4
= +
FUTURO
i P Abuelo Materno
A A A
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Bibliografa
Guas del curso de MGA - 2009 FAUBA.
Animal Model BLUP B.W. Kennedy. 1991.
Linear models for the prediction of animal breeding values.
R.A. Mrode. 2005.