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Protein As
Protein As
BIOMOLCULAS
AMINOCIDOS y PPTIDOS
PROTENAS y ENZIMAS
AMINOCIDOS
ASPECTOS GENERALES DE LOS AMINOCIDOS
Desde el punto de vista qumico, los aminocidos (AA) son cidos orgnicos con
un grupo amino en posicin alfa. Segn esta definicin, los cuatro sustituyentes
del carbono alfa (C) en un aminocido son:
el grupo carboxilo
un grupo amino
un tomo de hidrgeno
una cadena lateral R, que es caracterstica de cada AA
Constituye una excepcin el AA prolina, con un anillo pirrolidnico, que puede
considerarse como un -aminocido que est N-sustitudo por su propia cadena
lateral (Figura de la izquierda).
En todos los AA proteicos, excepto en la glicina (Gly), el carbono es asimtrico y por lo tanto, son
pticamente activos. Esto indica que existen dos enantimeros (ismeros pticos), uno de la serie D y otro de la
serie L. Los AA proteicos son invariablemente de la serie L. En algunos casos muy concretos se pueden
encontrar AA de la serie D: en los peptidoglicanos de la pared celular, en ciertos pptidos con accin antibitica
y en pptidos opioides de anfibios y reptiles.
Glicina D-Alanina L-Alanina
PROPIEDADES DE LOS AMINOCIDOS
Como ya se vi en el captulo dedicado a los amortiguadores, los AA son excelentes amortiguadores, gracias a
la capacidad de disociacin del grupo carboxilo, del grupo amino y de otros grupos ionizables de sus cadenas
laterales (carboxilo, amino, imidazol, fenol, guanidino, etc).
Equilibrios de ionizacin de los grupos ionizables de un AA Valores de pK
a
de los aminocidos
Los grupos cido-base dbiles presentan una capacidad tamponadora mxima en la zona prxima al pK
a
. La
tabla de la derecha muestra los pK
a
de los 20 AA proteicos. Hay que destacar el hecho de que estos valores de pK
a
calculados para los AA en disolucin pueden verse ligeramente modificados en el entorno proteico. Se observa
que el nico grupo lateral con un pK
a
prximo al pH fisiolgico es la cadena lateral de la histidina. Por ello, las
protenas ricas en este AA se comportarn como excelentes amortiguadores fisiolgicos.
El comportamiento cido-base de los AA es el que va a determinar las propiedades electrolticas de las
protenas, y de ellas dependen, en gran medida, sus propiedades biolgicas. En el modelo de interaccin
protena-ligando, la carga elctrica de una y otro juegan un papel fundamental. Por este motivo, la funcin de las
protenas es extraordinariamente sensible al pH:
2
A pH bajo, la mayor parte de los grupos disociables
estarn protonados, y por lo tanto habr un gran nmero de
cargas positivas en la protena
A pH elevado, los grupos disociables no estarn protonados,
con lo cual habr mayor nmero de cargas negativas
Cambios en el pH se traducen en cambios en el nmero de cargas de la
protena, y estos cambios pueden inhibir la interaccin de la protena con
un ligando determinado. Por este motivo, muchas protenas (enzimas,
sobre todo) slo pueden funcionar en un margen relativamente estrecho de
pH. Aqu radica la importancia del mantenimiento de valores contantes de
pH en el medio interno del organismo (Para activar la animacin de la
Figura de la derecha hay que pulsar la opcin "Recargar" del navegador).
CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS
Aunque la mayora de los AA presentes en la Naturaleza se encuentran formando parte de las protenas, hay
algunos que pueden desempear otras funciones. Hay, por tanto, dos grupos de AA:
aminocidos proteicos
aminocidos no proteicos
AMINOCIDOS PROTEICOS
Los AA proteicos se dividen, a su vez, en dos grupos:
amincidos codificables o universales, que permanecen como tal en las protenas
amincidos modificados o particulares, que son el resultado de diversas modificaciones qumicas
posteriores a la sntesis de protenas
AMINOCIDOS PROTEICOS CODIFICABLES
Los AA proteicos codificables son 20:
Alanina (Ala, A) Cistena (Cys, C) Asprtico (Asp, D) Glutmico (Glu, E)
Fenilalanina (Phe, F) Glicina (Gly, G) Histidina (His, H) Isoleucina (Ile, I)
Lisina (Lys, K) Leucina (Leu, L) Metionina (Met, M) Asparragina (Asn, N)
Prolina (Pro, P) Glutamina (Gln, Q) Arginina (Arg, R) Serina (Ser, S)
Treonina (Thr, T) Valina (Val, V) Triptfano (Trp, W) Tirosina (Tyr, Y)
De estos 20 AA, la mitad pueden ser sintetizados por el hombre, pero el resto no, y por lo tanto deben ser
suministrados en la dieta: son los AA esenciales. Son AA esenciales: Val, Leu, Ile, Phe, Trp, Tyr, Thr, Cis, Met y
Lys. Adems, en recin nacidos el AA His es esencial porque su organismo todava no ha madurado lo suficiente
como para poder sintetizarlo.
Los AA proteicos se pueden clasificar en funcin de:
la naturaleza y propiedades de la cadena lateral R
la polaridad de la cadena lateral R
CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS EN FUNCIN DE LA NATURALEZA DE SU CADENA
LATERAL
Segn este criterio, se distinguen los siguientes grupos:
1.- NEUTROS O ALIFTICOS: En ellos la cadena lateral es un hidrocarburo aliftico. Son muy poco
reactivos, y fuertemente hidrofbicos (excepto la Gly, cuya cadena lateral es un tomo de hidrgeno). Estos AA
3
hidrofbicos tienden a ocupar la parte central de las protenas globulares, de modo que minimizan su interaccin
con el disolvente. Pertenecen a este grupo: G, A, V, L e I.
Glicina, Gly, G Alanina, Ala, A Valina, Val, V Leucina, Leu, L Isoleucina, Ile, I
2.- AROMTICOS: La cadena lateral es un grupo aromtico: benceno en el caso de la F, fenol en el caso de la Y
e indol en el caso del W. Estos AA, adems de formar parte de las protenas son precursores de otras
biomolculas de inters: hormonas tiroideas, pigmentos o neurotransmisores.
3.- HIDROXIMINOACIDOS: Poseen un grupo alcohlico en su cadena lateral. Son la T y S.
Fenilalanina, Phe, F Tirosina, Tyr, Y Triptfano, Trp, W Treonina, Thr, T Serina, Ser, S
4.- TIOAMINOCIDOS: Contienen azufre. Son C y M. La cistena (C) tiene gran importancia estructural en las
protenas porque puede reaccionar con el grupo SH de otra C para formar un puente disulfuro (-S-S-), permitiendo
el plegamiento de la protena. Por este motivo, en algunos hidrolizados proteicos se obtiene el AA cistina, que
est formado por dos cistenas unidas por un puente disulfuro.
5.- IMINOCIDOS: Tienen el grupo -amino sustitudo por la propia cadena lateral, formando un anillo
pirrolidnico. Es el caso de la P.
Cistena, Cys, C Metionina, Met, M Prolina, Pro, P
6.- DICARBOXLICOS Y SUS AMIDAS: Son el cido asprtico (D) y el cido glutmico (E). Sus amidas
correspondientes son la asparragina (N) y la glutamina (Q).
Asprtico, Asp, D Glutmico, Glu, E Asparragina, Asn, N Glutamina, Gln, Q
7.- DIBSICOS: La cadena lateral contiene grupos bsicos. El grupo bsico puede ser un grupo amino (K), un
grupo guanidino (R) o un grupo imidazol (H).
Lisina, Lys, K Arginina, Arg, R Histidina, His, H
CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS EN FUNCIN DE LA POLARIDAD DE SU CADENA
LATERAL
Segn este criterio se distinguen cuatro grupos de aminocidos:
APOLARES A V L I F W M P
POLARES SIN CARGA G Y S T C N Q -
CATINICOS K R H - - - - -
ANINICOS D E - - - - - -
AMINOCIDOS PROTEICOS MODIFICADOS
Una vez que los AA codificables han sido incorporados a las protenas, pueden sufrir ciertas transformaciones que
dan lugar a los AA modificados o particulares. Entre las modificaciones ms frecuentes destacan:
1. HIDROXILACIN: Ejemplos tpicos son la 4-hidroxiprolina o la 5-hidroxilisina, que se encuentran en
proporcin importante en el colgeno. Estos AA se incorporan a la protena como P o como K, y son
posteriormente hidroxilados.
2. CARBOXILACIN: El E, por carboxilacin post-sinttica se convierte en cido -carboxiglutmico
4-hidroxiprolina 5-hidroxilisina -carboxiglutmico
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3. ADICIN DE IODO: En la tiroglobulina (una protena del tiroides), la Y sufre diversas reacciones de
iodacin y condensacin que originan AA como la monoiodotirosina, diiodotirosina, la triiodotirosina
o la liotirosina.
4. CONDENSACIN: La cistina es el resultado de la unin de dos C por medio de un puente disulfuro (-
S-S-).
cistena + cistena =cistina
AMINOCIDOS NO PROTEICOS
Se conocen ms de un centenar, sobre todo en plantas superiores, aunque su funcin no siempre es conocida. Se
pueden dividir en tres grupos:
1.- D-AMINOCIDOS: La D-Ala y el D-Glu forman parte del peptidoglicano de la pared celular de las
bacterias. La gramicidina S es un pptido con accin antibitica que contiene D-Phe. En ciertos pptidos opioides
de anfibios y reptiles tambin aparecen D-aminocidos.
D-Ala D-Glu D-Phe
2.- -AMINOCIDOS NO PROTEICOS: La L-ornitina y la L-citrulina son importantes intermediarios en el
metabolismo de la eliminacin del nitrgeno y la creatina (un derivado de la G) juega un papel importante como
reserva de energa metablica. Tambin pertenecen a este grupo la homoserina y la homocistena.
L-ornitina L-citrulina creatina L-homoserina L-homocistena
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PPTIDOS
PPTIDOS: ASPECTOS GENERALES La unin de dos o ms aminocidos (AA) mediante enlaces amida
origina los pptidos. En los pptidos y en las protenas, estos enlaces amida reciben el nombre de enlaces
peptdicos y son el resultado de la reaccin del grupo carboxilo de un AA con el grupo amino de otro, con
eliminacin de una molcula de agua. Este proceso aparece ilustrado en el recuadro inferior.
Formacin de un enlace peptdico
Cuando son pocos los AA que forman el pptido (menos
de 10) se trata de un oligopptido (dipptido, tripptido,
etc.). Cuando el nmero de AA est comprendido entre
10 y 100 se trata de un polipptido y si el nmero de AA
es mayor de 100, se habla de protenas.
Polipptido y protena no siempre son equivalentes,
puesto que algunas protenas estn formadas por ms de
una cadena polipeptdica. Es el caso de la hemoglobina
(Figura de la izquierda). En este caso:
cada polipeptdo no se considera como una protena,
sino como una subunidad de una protena, y est
representado de un color distinto en la figura
el trmino protena se refiere a la asociacin
funcional de las 4 subunidades
EL ENLACE PEPTDICO
El enlace peptdico (-CO-NH-) se representa normalmente como un enlace sencillo. Sin embargo, posee una serie
de caractersticas que lo aproximan ms a un doble enlace. Los tomos de C, N y O que participan en el enlace
amida presentan una hibridacin sp
2
, de forma que los 5 orbitales enlazantes de tipo adoptan una disposicin
triangular plana (Figura inferior).
6
Los electrones de los tomos de C, N y O no implicados en el enlace pueden formar orbitales hbridos .
Como el N es menos electronegativo que el O, el enlace C-O tiene un 60% de carcter de doble enlace mientras
que el enlace C-N tiene un 40%. Por lo tanto, se puede considerar que los enlaces C-O y N-C que participan en el
enlace peptdico tienen estructuras intermedias entre el enlace sencillo y el enlace doble. Esta teora se confirma
por el hecho de que las distancias interatmicas medidas en el enlace C-O y en el enlace C-N son intermedias
entre el enlace sencillo y el doble enlace. Esta disposicin atmica est estabilizada por resonancia (Figura
izquierda, abajo), de forma que los seis tomos implicados en la formacin del enlace peptdico estn
contenidos en el mismo plano (Figura inferior izquierda).
En la Figura inferior central hay una estructura con dos enlaces peptdicos. Grala de forma que quede igual que la
Figura inferior derecha (que no se puede mover) donde los tomos que participan en un enlace peptdicose
representan con el mismo color (el tomo de color azul participa en los dos).
Dipptido
Ala-Ser (un
enlace
peptdico)
Estructura con
dos enlaces
peptdicos
consecutivos
Los 6 tomos de un enlace peptdico son coplanares
El carcter parcial de doble enlace impide la libre rotacin de los tomos de C y N, al ser ste un enlace rgido.
Por lo tanto, las posibilidades conformacionales de los pptidos son limitadas. Los pptidos slo podrn
cambiar de conformacin por giro de los C tetradricos (con hibridacin sp
3
), pero no por rotacin de los tomos
con hibridacin sp
2
(Figuras inferiores).
7
El C2 (C) de cada AA implicado
puede establecer dos ngulos de torsin
con los planos de los enlaces peptdicos
contiguos: los llamados ngulos (phi)
y (psi) (Figura de la derecha). El
ngulo phi () es la rotacin del enlace
N-C, y el ngulo psi () la del enlace
C-C. En la estructura de un pptido o
de una protena, cada AA presenta un
valor de y otro de determinados.
Como estos son los nicos grados de
libertad que presenta la estructura, la
conformacin de la cadena polipptdica
queda completamente determinada
cuando se conocen los valores de y de
para cada AA.
En un extremo de la cadena polipeptdica queda
un grupo amino libre (extremo amino o extremo
N-terminal) y en el extremo opuesto queda un
carboxilo libre (extremo carboxilo o extremo C
terminal). Por convencin, los pptidos se
nombran leyendo secuencialmente los radicales
de los AA que lo integran a partir del extremo N
(Figura de la derecha). Se denomina secuencia de
un pptido al orden de los AA que lo integran.
La secuencia est determinada por dos factores:
1.- el nmero de AA que forman el pptido
2.- el orden en que estn ensamblados
PROPIEDADES DE LOS PPTIDOS
Los pptidos son estructuras intermedias entre los AA y las
protenas. Sus propiedades fsicas y qumicas suelen reflejar en
mayor o menor medida las de los AA que lo componen. Sin
embargo, al enmascararse mutuamente los grupos hidroflicos
(carboxilo y amina) que forman parte de los enlaces peptdicos, el
carcter polar o apolar de los pptidos depende de la naturaleza de
los grupos de las cadenas laterales de los AA que lo integran
(Figura de la derecha). Anlogamente, los valores de pK de los
grupos ionizables a menudo se ven alterados por la proximidad de
otros grupos polares.
Los pptidos presentan a menudo ciertas peculiaridades estructurales que no aparecen en las protenas. Los
grupos NH
2
y COOH terminales pueden encontrarse bloqueados. As, es frecuente encontrar grupos amino
terminales que estn acetilados o en forma de cido piroglutmico (un residuo de Glu N-sustitudo por su propia
cadena lateral) y grupos carboxilo terminales en forma de amidas. Este bloqueo de los grupos terminales confiere
al pptido resistencia frente a exopeptidasas. Un ejemplo de pptido que presenta estas modificaciones es la
hormona liberadora de tirotropina (TRH): piroglutamil-histidil-prolinamida (Figura de la izquierda).
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En hongos y bacterias pueden encontrarse pptidos cclicos, en los que pueden aparecer algunos AA de la serie
D, como es el caso del antibitico gramicidina S (Figura de la derecha) cuya secuencia es:
--[L-Val - L-Orn - L-Leu - D-Phe - L-Pro]
2
--
FUNCIONES DE LOS PPTIDOS
En los animales superiores llama la atencin el hecho de cmo unos pocos AA que no presentan actividad alguna
en forma aislada son capaces de desencadenar respuestas biolgicas tan intensas. Los pptidos se producen
generalmente mediante la hidrlisis de protenas precursoras, aunque en hongos y bacterias existen sistemas de
sntesis peptdica no ribosmica, en los cuales los AA son activados a travs de una va diferente.
Entre las funciones biolgicas ms importantes que realizan los pptidos podemos destacar las siguientes:
AGENTES VASOACTIVOS
HORMONAS
NEUROTRANSMISORES
ANTIBITICOS
COFACTORES ENZIMTICOS
AGENTES VASOACTIVOS
El agente hipertensor ms potente que se conoce es la angiotensina II, un octapptido que se origina mediante la
hidrlisis de una protena precursora que se llama angiotensingeno, y que no tiene actividad vasopresora. Otros
pptidos son agentes hipotensores (tienen actividad vasodilatadora). Uno de los mejor conocidos es la
bradiquinina, un nonapptido que se origina mediante la hidrlisis de una protena precursora que se llama
quiningeno. En la figura inferior se omiten los dobles enlaces de la bradiquinina.
Angiotensina II bradiquinina
HORMONAS Las hormonas son seales qumicas que ejercen su accin sobre rganos y tejidos situados lejos
del lugar donde se han sintetizado. Muchas hormonas tienen estructura peptdica, como por ejemplo la oxitocina
(nonapptido que provoca la contraccin uterina y la secrecin de leche por la glndula mamaria), la vasopresina
(nonapptido que induce la reabsorcin de agua en el rin), la somatostatina (tetradecapptido que inhibe la
liberacin de la hormona del crecimiento).
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La insulina y el glucagn son protenas producidas por el pncreas y que regulan el metabolismo de los azcares.
En la Figura inferior se observa cmo la insulina est formada por dos cadenas polipeptdicas unidas entre s
mediante tres puentes disulfuro (en amarillo). En la representacin de la oxitocina no aparecen los tomos de
hidrgeno ni los dobles enlaces.
Oxitocina Insulina Glucagn Vasopresina
NEUROTRANSMISORES Los neurotransmisores son seales qumicas producidas en un terminal nervioso
presinptico, y que a travs de un receptor especfico ejercen su accin sobre la neurona post-
sinptica (figura de la derecha). Son neurotransmisores peptdicos las encefalinas
(pentapptido), las endorfinas (pentapptido)y la sustancia P (undecapptido). En la Tabla
siguiente se representan algunos ejemplos.
Leucn-Encefalina (YGGFL) Metionn-Encefalina (YGGFM) Sustancia P (RPKPQQFFGLM)
ANTIBITICOS La valinomicina y la gramicidina son dos pptidos cclicos con accin antibitica. Los dos
contienen aminocidos de la serie D, adems de otros aminocidos no proteicos. La valinomicina es un ionforo:
es capaz de transportar iones potasio (en color verde en la figura) a travs de las membrana biolgicas.
Valinomicina unida al ion potasio Transporte de K
+
por la valinomicina Gramicidina
COFACTORES ENZIMTICOS
El glutation (H--Glu-Cys-Gly-OH)es un tripptido que acta como cofactor en algunas reacciones redox.
Glutatin oxidado (forma un puente disulfuro) Glutation reducido (-SH)
CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS
Las protenas son polmeros lineales de -aminocidos con amplia variabilidad estructural y funciones biolgicas
muy diversas. La variedad de protenas es elevadsima, y para su clasificacin se suele recurrir a:
criterios fsicos
criterios qumicos
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criterios estructurales
criterios funcionales
Es difcil hacer una clasificacin ms descriptiva o conceptual. Sin embargo, los criterios que hemos descrito son
muy tiles desde el punto de vista prctico, y nos permiten definir al colgeno como una protena simple, fibrosa
y oligomrica, y al citocromo c como una protena conjugada, globular y monomrica.
CRITERIO FSICO El criterio fsico ms utilizado es la solubilidad. As se distinguen
1. albminas: protenas que son solubles en agua o en disoluciones salinas diludas
2. globulinas: requieren concentraciones salinas ms elevadas para permanecer en disolucin
3. prolaminas: solubles en alcohol
4. glutelinas: slo se disuelven en disoluciones cidas o bsicas
5. escleroprotenas: son insolubles en la gran mayora de los disolventes
CRITERIO QUMICO
Desde un punto de vista qumico, existen dos grandes grupos de protenas:
protenas simples: formadas exclusivamente por -aminocidos, como es el caso de la ubiquitina, una
proteasa intracelular formada por 53 AA.
protenas conjugadas: que contienen adems de la cadena polipeptdica un componente no aminoacdico
llamado grupo prosttico, que puede ser un azcar, un lpido, un cido nucleico o simplemente un in
inorgnico. La protena en ausencia de su grupo prosttico no es funcional, y se llama apoprotena. La
protena unida a su grupo prosttico es funcional, y se llama holoprotena (holoprotena = apoprotena +
grupo prosttico). Son protenas conjugadas la hemoglobina, la mioglobina, los citocromos, etc. En la figura
inferior derecha se representa el citocromo c, donde el grupo prosttico (representado en color verde) es el
grupo hemo.
Protena simple: ubiquitina Protena conjugada: citocromo c
CRITERIO DE FORMA
En cuanto a su forma molecular, podemos distinguir:
protenas globulares: la cadena polipeptdica aparece enrollada sobre s misma dando lugar a una estructura
ms o menos esfrica y compacta.
protenas fibrosas: si hay una dimensin que predomina sobre las dems, se dice que la protena es fibrosa.
Las protenas fibrosas, por lo general, tienen funciones estructurales.
Protena globular: triosafosfato isomerasa Protena fibrosa: colgeno
CRITERIO FUNCIONAL
Desde un punto de vista funcional se distinguen:
protenas monomricas: constan de una sola cadena polipeptdica, como la mioglobina.
protenas oligomricas: constan de varias cadenas polipeptdicas. Las distintas cadenas polipeptdicas que
componen una protena oligomrica se llaman subunidades, y pueden ser iguales o distintas entre s. Un
ejemplo es la hemoglobina, formada por 4 subunidades, cada una representada de distinto color en la figura
inferior.
Protena monomrica: mioglobina Protena oligomrica: hemoglobina
PROPIEDADES DE LAS PROTENAS
Desde el punto de vista bioqumico, las propiedades de las protenas son:
precipitacin selectiva
capacidad amortiguadora
PRECIPITACIN SELECTIVA DE LAS PROTENAS
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El agua es el disolvente biolgico
por excelencia. En disolucin
acuosa, los residuos hidrofbicos
de las protenas se acumulan en el
interior de la estructura, mientras
que en la superficie aparecen
diversos grupos con carga
elctrica, en funcin del pH del
medio (Figura de la izquierda). En
torno a los grupos cargados, los
dipolos del agua se orientan
conforme a la carga elctrica de
cada grupo, de tal manera que la
protena presenta una capa de
solvatacin formada por el agua
de hidratacin, que es el agua
retenida por las cargas elctricas de la superficie de las protenas (En
color rojo en la Figura superior derecha). Los AA polares sin
carga tambin se disponen en la superficie, donde interaccionan con el agua mediante puentes de hidrgeno
(Figura superior izquierda).
Cualquier factor que modifique la interaccin de la protena con el disolvente disminuir su estabilidad en
disolucin y provocar la precipitacin. As, la desaparicin total o parcial de la envoltura acuosa, la
neutralizacin de las cargas elctricas de tipo repulsivo o la ruptura de los puentes de hidrgeno facilitar la
agregacin intermolecular y provocar la precipitacin. La precipitacin suele ser consecuencia del fenmeno
llamado desnaturalizacin.
Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida de las estructuras de orden superior (secundaria,
terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica reducida a un polmero estadstico sin ninguna
estructura tridimensional fija (Figura inferior).
Estado nativo Estado desnaturalizado
Cuando la protena no ha sufrido ningn cambio en su interaccin con el disolvente, se dice que presenta una
estructura nativa. Cualquier alteracin de la estructura nativa que modifique su interaccin con el disolvente y
que provoque su precipitacin dar lugar a una estructura desnaturalizada. En una protena cualquiera, la
estructura nativa y la desnaturalizada tan slo tienen en comn la estructura primaria, es decir, la secuencia
de AA que la componen. Los dems niveles de organizacin estructural desaparecen en la estructura
desnaturalizada.
La desnaturalizacin provoca diversos efectos en la protena:
1. cambios en las propiedades hidrodinmicas de la protena: aumenta la viscosidad y disminuye el
coeficiente de difusin
2. una drstica disminucin de su solubilidad, ya que los residuos hidrofbicos del interior aparecen en
la superficie
3. prdida de las propiedades biolgicas
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Una protena desnaturalizada cuenta nicamente
con su estructura primaria. Por este motivo, en
muchos casos, la desnaturalizacin es
reversible. El proceso mediante el cual la
protena desnaturalizada recupera su estructura
nativa se llama renaturalizacin. estructura
primaria la que contiene la informacin necesaria
y suficiente para adoptar niveles superiores de
estructuracin. Esta propiedad es de gran utilidad
durante los procesos de aislamiento y
purificacin de protenas, ya que no todas la
protenas reaccionan de igual forma ante un
cambio en el medio donde se encuentra disuelta.
En algunos casos, la desnaturalizacin conduce a
la prdida total de la solubilidad, con lo que la
protena precipita. La formacin de agregados
fuertemente hidrofbicos impide su
renaturalizacin, y hacen que el proceso sea
irreversible.
Los agentes que provocan la desnaturalizacin de una protena se llaman agentes desnaturalizantes. Se
distinguen agentes fsicos (calor) y qumicos (detergentes, disolventes orgnicos, pH, fuerza inica). Como en
algunos casos el fenmeno de la desnaturalizacin es reversible, es posible precipitar protenas de manera
selectiva mediante cambios en:
(1) la polaridad del disolvente
(2) la fuerza inica
(3) el pH
(4) la temperatura
EFECTO DE LA POLARIDAD DEL DISOLVENTE SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
La polaridad del disolvente disminuye cuando se le aaden sustancias menos polares que el agua como el etanol
o la acetona. Con ello disminuye el grado de hidratacin de los grupos inicos superficiales de la molcula
proteica, provocando la agregacin y precipitacin. Los disolventes orgnicos interaccionan con el interior
hidrofbico de las protenas y desorganizan la estructura terciaria, provocando su desnaturalizacin y
precipitacin. La accin de los detergentes es similar a la de los disolventes orgnicos.
EFECTO DE LA FUERZA INICA SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
Un aumento de la fuerza inica del medio (por adicin de sulfato amnico, urea o hidrocloruro de guanidinio, por
ejemplo) tambin provoca una disminucin en el grado de hidratacin de los grupos inicos superficiales de la
protena, ya que estos solutos (1) compiten por el agua y (2) rompen los puentes de hidrgeno o las interacciones
electrostticas, de forma que las molculas proteicas se agregan y precipitan. En muchos casos, la precipitacin
provocada por el aumento de la fuerza inica es reversible. Mediante una simple dilisis se puede eliminar el
exceso de soluto y recuperar tanto la estructura como la funcin original. A veces es una disminucin en la fuerza
inica la que provoca la precipitacin. As, las protenas que se disuelven en medios salinos pueden
desnaturalizarse al dializarlas frente a agua destilada, y se renaturalizan cuando se restaura la fuerza inica
original.
EFECTO DEL pH SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
Los iones H
+
y OH
-
del agua provocan efectos parecidos, pero adems de afectar a la envoltura acuosa de las
protenas tambin afectan a la carga elctrica de los grupos cidos y bsicos de las cadenas laterales de los
aminocidos. Esta alteracin de la carga superficial de las protenas elimina las interacciones electrostticas que
estabilizan la estructura terciaria y a menudo provoca su precipitacin. La solubilidad de una protena es mnima
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en su punto isoelctrico, ya que su carga neta es cero y desaparece cualquier fuerza de repulsin electrosttica que
pudiera dificultar la formacin de agregados.
EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
Cuando la temperatura es elevada aumenta la energa cintica de las molculas con lo que se desorganiza la
envoltura acuosa de las protenas, y se desnaturalizan. Asmismo, un aumento de la temperatura destruye las
interacciones dbiles y desorganiza la estructura de la protena, de forma que el interior hidrofbico interacciona
con el medio acuoso y se produce la agregacin y precipitacin de la protena desnaturalizada.
CAPACIDAD AMORTIGUADORA DE LAS PROTENAS
Esta propiedad se debe a la existencia de:
Grupos ionizables de las cadenas laterales de los aminocidos Asp, Glu, Lys, Arg, His, Tyr, Cys.
Grupos COOH y NH
2
terminales (Tabla de la derecha).
Por este motivo, las protenas poseen un considerable poder amortiguador en una amplia zona de pH. Aunque
cada AA tiene unos grupos ionizables con unas constantes de ionizacin (pK
a
) caractersticas, el valor de dichas
constantes puede verse ligeramente modificado por el entorno proteico. El grupo imidazol del AA histidina es
el principal responsable del poder amortiguador de las protenas a pH fisiolgico, ya que su pK
a
est prximo a 7.
Valores de los pK de los grupos ionizables de las protenas
Grupo
ionizable
Equilibrio de disociacin
pK
tpico
*
Carboxilo
terminal
3.1
cidos
asprtico y
glutmico
4.4
Histidina
6.5
Amino
terminal
8.0
Cistena
8.5
Tirosina
10.0
Lisina
10.0
Arginina
12.0
*
Los valores de pK dependen de la temperatura, de la fuerza inica
y del microentorno del grupo ionizable
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Cuando el pH es bajo, los grupos
ionizables estn protonados, y la carga neta
de la protena es de signo positivo. Cuando
el pH es alto, los grupos ionizables estn
desprotonados, y la carga neta es de signo
negativo. Entre ambas zonas, habr un pH
en el cual la carga neta de la protena es
nula. Es el pH isoelctrico o punto
isoelctrico, y es caracterstico de cada
protena (Tabla de la izquierda).
A valores de pH por debajo del pH
isoelctrico la carga neta de la protena es
positiva, y a valores de pH por encima del
pH isoelctrico, la carga neta de la protena
es negativa. La mayora de las protenas
intracelulares tienen carga negativa, ya que
su pH isoelctrico es menor que el pH
fisiolgico (que est proximo a 7). Se llaman
protenas cidas a aquellas que tienen un
punto isoelctrico bajo (como la pepsina), y
protenas bsicas a las que tienen un punto
isoelctrico alto (como las histonas).
pH bajo: carga
neta positiva
pI: carga neta
nula
pH alto: carga
neta negativa
PROPIEDADES OSMTICAS DE LAS PROTENAS
Como todo soluto molecular o inico, las
protenas ejercen un efecto osmtico cuando
existen barreras que limitan su libre difusin,
como puede ser una membrana semipermeable
(Figura de la izquierda), que permite el paso del
agua, pero no de los solutos. Si tenemos dos
compartimentos acuosos separados por una
membrana semipermeable y uno de ellos contiene
protenas, stas tienden a captar agua del
compartimento vecino (Figura de la derecha). Este
efecto osmtico es proporcional al nmero de partculas dispersas. El valor de la
presin osmtica se puede calcular mediante la frmula de Van't Hoff: = cRT, donde
es la presin osmtica, c es la concentracin, R es la constante de los gases y T es la
temperatura absoluta.
En el caso de las protenas, el efecto
osmtico se ve amplificado por otros dos
factores.
Por un lado, el agua de hidratacin que
forma la envoltura acuosa de las
protenas tambin contribuye a la presin
osmtica (Figura de la derecha).
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Por otro lado, las protenas se comportan como polianiones, cuyas cargas estn neutralizadas por iones Na
+
o K
+
(Figura inferior izquierda). Las membranas biolgicas son permeables a estos iones y a sus contraiones, con lo cual
su concentracin a ambos lados de la membrana se equilibra. Sin embargo, la existencia de protenas en slo uno de
los compartimentos provoca la retencin permanente de iones difusibles en ese lado de la membrana (efecto
Donnan), lo que incrementa el efecto osmtico (Figura inferior derecha).
EfectoDonnan: Situacin inicial Efecto Donnan: En el equilibrio
Se denomina presin coloidosmtica o presin onctica al efecto osmtico conjunto de las protenas, que es el
resultado de:
la presin osmtica (que slo depende del nmero de partculas)
la presin provocada por el agua de hidratacin
(3) la presin provocada por el exceso de iones debido al efecto Donan
La mayor parte del agua en el sistema circulatorio est retenida por el efecto osmtico de las
protenas del plasma. Cuando por cualquier circunstancia patolgica disminuye la
concentracin de protenas en el plasma, el agua puede fluir libremente hacia los tejidos,
provocando un edema (Figura de la derecha).
FUNCIONES BIOLGICAS DE LAS PROTENAS
As como los polisacridos se reducen a ser sustancias de reserva o molculas estructurales,
las protenas asumen funciones muy variadas gracias a su gran hetereogeneidad estructural.
Describir las funciones de las protenas equivale a describir en trminos moleculares todos
los fenmenos biolgicos. Podemos destacar las siguientes:
funcin enzimtica
funcin hormonal
funcin de reconocimiento de seales
funcin de transporte
funcin estructural
funcin de defensa
funcin de movimiento
funcin de reserva
transduccin de seales
funcin reguladora
Muchas protenas ejercen a la vez ms de una de las funciones enumeradas: Las protenas de
membrana tienen tanto funcin estructural como enzimtica; la ferritina es una protena que transporta y, a la
vez, almacena el hierro; la miosina interviene en la contraccin muscular, pero tambin funciona como un enzima
capaz de hidrolizar el ATP, y as se podran poner muchos ejemplos ms.
16
FUNCIN ENZIMTICA La gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la presencia de
un catalizador de naturaleza proteica
especfico para cada reaccin. Estos
biocatalizadores reciben el nombre de enzimas.
La gran mayora de las protenas son enzimas.
FUNCIN HORMONAL
Las hormonas son sustancias producidas por una clula y que una vez secretadas ejercen su accin sobre otras
clulas dotadas de un receptor adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el
glucagn (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipfisis como la
hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el metabolismo del calcio).
RECONOCIMIENTO DE SEALES QUMICAS
La superficie celular alberga un gran nmero de protenas
encargadas del reconocimiento de seales qumicas de
muy diverso tipo (figura de la izquierda). Existen
receptores hormonales, de neurotransmisores, de
anticuerpos, de virus, de bacterias, etc. En muchos casos,
los ligandos que reconoce el receptor ( hormonas y
neurotransmisores) son, a su vez, de naturaleza proteica
Accin hormonal en clulas adyacentes Accin hormonal en clulas lejanas
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FUNCIN DE TRANSPORTE En los seres vivos son esenciales los fenmenos de transporte, bien para llevar
una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso (transporte de oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o
bien para transportar molculas polares a travs de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la membrana
plasmtica). Los transportadores biolgicos son siempre protenas. Para activar la animacin del transporte a
travs de membranas, ejecutar el comando "recargar" apretando el botn derecho del ratn. .
Transporte de oxgeno (de
color celeste) al msculo:
mioglobina
transporte de protones a
travs de membranas
transporte a travs de membranas
(cotransporte)
FUNCIN ESTRUCTURAL
Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que constituye un armazn alrededor del cual se
organizan todos sus componentes, y que dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la
divisin celular. En los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de
colgeno forman parte importante de la matriz extracelular (de color claro en la Figura) y son las encargadas de
conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la compresin.
Componentes del citoesqueleto Matriz extracelular
FUNCIN DE DEFENSA
La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de
discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de
protenas llamadas endonucleasas de restriccin se encargan de
identificar y destruir aquellas molculas de DNA que no identifica
como propias (en color blanco en la figura de la derecha).
En el recuadro inferior se muestra el enzima BamH1 (de Bacillus
amyloli) unida al DNA. Este enlace lleva a una excelente pgina
que describe con sumo detalle esta interaccin.
En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas sse encargan
de reconocer molculas u organismos extraos y se unen a ellos
18
para facilitar su destruccin por las clulas del sistema inmunitario (Figuras inferiores).
Inmunoglobulina G
Inmunoglobulina G
La respuesta inmune
FUNCIN DE MOVIMIENTO
Todas las funciones de motilidad de los seres vivos estn relacionadas
con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la
interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina.
El movimiento de la clula mediante cilios (foto de la izquierda) y flagelos (figura de la
derecha) est relacionado con las protenas que forman los
microtbulos.
FUNCIN DE RESERVA
La ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de la leche, la gliadina
del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen una reserva de
aminocidos para el futuro desarrollo del embrin.
TRANSDUCCIN DE SEALES
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Los fenmenos de transduccin (cambio en la naturaleza fsico-qumica de seales) estn mediados por protenas.
As, durante el proceso de la visin, la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotn
luminoso (una seal fsica) en un impulso nervioso (una seal elctrica), y un receptor hormonal convierte una
seal qumica (una hormona) en una serie de modificaciones en el estado funcional de la clula.
Rodopsina Accin hormonal mediada por receptor
FUNCIN REGULADORA
Muchas protenas se unen al DNA y de esta forma controlan la transcripcin gnica (Figura de la izquierda). De
esta forma el organismo se asegura de que la clula, en todo momento, tenga todas las protenas necesarias para
desempear normalmente sus funciones.
Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo de regulacin desempeado por
protenas como la ciclina.
ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
A primera vista podra pensarse en las protenas como polmeros lineales de AA unidos entre s por medio de
enlaces peptdicos. Sin embargo, la secuencia lineal de AA puede adoptar mltiples conformaciones en el espacio.
La estructura primaria viene determinada por la secuencia de AA en la cadena proteica, es decir, el nmero de
AA presentes y el orden en que estn enlazados. La conformacin espacial de una protena se analiza en
trminos de estructura secundaria y estructura terciaria. La asociacin de varias cadenas polipeptdicas
origina un nivel superior de organizacin, la llamada estructura cuaternaria. Por ltimo, la asociacin de
protenas con otros tipos de biomolculas para formar asociaciones supramoleculares con carcter permanente da
lugar a la estructura quinaria.
Por tanto, podemos distinguir cinco niveles de estructuracin en las protenas:
estructura primaria
estructura secundaria
estructura terciaria
estructura cuaternaria
estructura quinaria (asociaciones supramoleculares)
Los enlaces que determinan la estructura primaria son covalentes (enlace amida o enlace peptdico), mientras que
la mayora de los enlaces que determinan la
conformacin (estructuras secundaria y terciaria) y
la asociacin (estructura cuaternaria y quinaria)
son de tipo no covalente.
ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS
PROTENAS
La estructura primaria viene determinada por la
secuencia de AA en la cadena proteica, es decir, el
20
nmero de AA presentes y el orden en que estn enlazados (Figura de la derecha). Las posibilidades de
estructuracin a nivel primario son prcticamente ilimitadas. Como en casi todas las protenas existen 20 AA
diferentes, el nmero de estructuras posibles viene dado por las variaciones con repeticin de 20 elementos
tomados de n en n, siendo n el nmero de AA que componen la molcula proteica.
Generalmente, el nmero de AA que forman una protena oscila entre 80 y 300.
Los enlaces que participan en la estructura primaria de una protena son
covalentes: son los enlaces peptdicos. El enlace peptdico (Figura de la
izquierda) es un enlace amida que se forma entre el grupo carboxilo de una AA
con el grupo amino de otro, con eliminacin de una molcula de agua.
Independientemente de la longitud de la cadena polipeptdica, siempre hay un
extremo amino terminal y un extremo carboxilo terminal que permanecen intactos. Por convencin, la secuencia
de una protena se lee siempre a partir de su extremo amino (Figura superior).
Como consecuencia del establecimiento de enlaces peptdicos entre los
distintos AA que forman la protena se origina una cadena principal o
"esqueleto" a partir del cual emergen las cadenas laterales de los AA
(tomos sombreados en la Figura de la derecha).Los tomos que
componen la cadena principal de la protena son el N del grupo amino
(condensado con el AA precedente), el C
-CO-)
Como la estructura primaria es la que determina los niveles superiores de
organizacin, el conocimiento de la secuencia de AA es del mayor inters
para el estudio de la estructura y funcin de una protena. Clsicamente,
la secuenciacin de una protena se realiza mediante mtodos qumicos.
El mtodo ms utilizado es el de Edman, que utiliza el fenilisotiocianato
para marcar la protena (representado en la Figura de la izquierda como
un tringulo) e iniciar una serie de reacciones cclicas que permiten
identificar cada AA de la secuencia empezando por el extremo amino.
Hoy en da esta serie de reacciones las realiza de forma automtica un
aparato llamado secuenciador de AA.
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Los avances de la Biologa Molecular permiten conocer la secuenc
ia de un gen mucho antes de que se haya podido purificar la protena
que codifica. El anlisis de la secuencia del DNA permite secuenciar
una protena sin que se haya purificado previamente, ya que cada
grupo de tres bases de la secuencia del DNA especifica un aminocido.
El Cdigo Gentico establece para cada grupo de tres nucletidos
(codn) el AA que codifica. En la Tabla de la derecha, la letra sobre
fondo rosceo corresponde a la primera base del codn, la letra sobre
fondo morado a la segunda, y la letra sobre fondo amarillo a la tercera.
El Cdigo Gentico es de validez universal, ya que es el mismo para
todos los seres vivos.
La comparacin de la estructura primaria de una misma protena en
especies diversas tiene un enorme inters desde los puntos de vista
funcional y filogentico. Cuanto ms alejadas estn las especies
analizadas en el rbol filogentico, ms diferencias se podrn observar
en la estructura primaria de protenas anlogas. As, si comparamos las
secuencias del citocromo c de diversas especies, y determinamos
cuntos AA son distintos entre cada pareja, se puede construir una
matriz como la de la Figura inferior, a partir de la cual se podr
establecer el rbol filogentico que nos indica para el caso de la
protena citocromo c, cmo ha ido evolucionando a medida que
aparecen nuevas especies.
Sin embargo, a menudo se encuentra que el mismo aminocido aparece siempre en idntica posicin en todas las
especies estudiadas. Estos AA reciben el nombre de AA invariantes o AA conservados, y suelen ser
indispensables para la funcin y estructura correcta de la protena. Cualquier mutacin en estas posiciones es letal
para el organismo, y por tanto hay una fortsima seleccin en contra. En la Figura inferior se muestra la
comparacin de las secuencias de los primeros 50AA de la protena Troponina C. Los AA conservados estn
sombreados en negro.
U C A G
Phe Ser Tyr Cys U
Phe Ser Tyr Cys C
Leu Ser STOP STOP A
U
Leu Ser STOP Trp G
Leu Pro His Arg U
Leu Pro His Arg C
Leu Pro Gln Arg A
C
Leu Pro Gln Arg G
Ile Thr Asn Ser U
Ile Thr Asn Ser C
Ile Thr Lys Arg A
A
Met Thr Lys Arg G
Val Ala Asp Gly U
Val Ala Asp Gly C
Val Ala Glu Gly A
G
Val Ala Glu Gly G
U C A G
Nmero de AA distintos en las molculas de citocromo c
de cada pareja estudiada
rbol filogentico del citocromo c
22
ESTRUCTURA SECUNDARIA DE LAS PROTENAS
La estructura secundaria es el plegamiento que la cadena polipeptdica adopta gracias a la formacin de puentes
de hidrgeno entre los tomos que forman el enlace peptdico. Los puentes de hidrgeno (en color verde en la
figura inferior) se establecen entre los grupos -CO- y -NH- del enlace peptdico (el primero como aceptor de H, y
el segundo como donador de H). De esta forma, la cadena polipeptdica es capaz de adoptar conformaciones de
menor energa libre, y por tanto, ms estables.
Se pueden distinguir varios tipos de conformaciones que determinan la estructura secundaria de una protena:
(1) CONFORMACIN AL AZAR
(2) HLICE
(3) HOJA
(4) GIROS
(5) CONFORMACIN DEL COLGENO
(6) ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
CONFORMACIN AL AZAR
En algunas protenas, o en ciertas regiones de la misma, no existen interacciones de suficiente consideracin
como para que se pueda distinguir un nivel de organizacin superior a la estructura primaria. En estos casos se
habla de conformacin al azar.
La figura de la derecha representa el motivo estructural denominado dedo de zinc, muy comn en protenas que
interaccionan con el DNA.
HLICE
Cuando la cadena principal o esqueleto de un polipptido se pliega en el espacio en forma de helicoide
dextrgiro se adopta una conformacin denominada hlice (Figura de la izquierda, en verde). Esta estructura es
peridica y en ella cada enlace peptdico puede establecer dos puentes de hidrgeno (Figura de la derecha,
lneas punteadas). Un puente de hidrgeno se forma entre el grupo -NH- del enlace peptdico del AA en posicin
n y el grupo -CO- del enlace peptdico del AA situado en posicin n-4. El otro puente de hidrgeno se forma
entre el grupo -CO- del enlace peptdico del AA en posicin n y el grupo -NH- del enlace peptdico del AA
situado en posicin n+4. Cada vuelta de la hlice implica 3,6 AA, con una translacin media por residuo de 0,15
nm, lo que indica que la hlice tiene un paso de rosca de 0,54 nm. Dicho con otras palabras, una vuelta completa
de la hlice representa una distancia de 0,54 nm y contiene 3,6 residuos de AA.
Las cadenas laterales de los AA se sitan en la parte externa del helicoide, lo que evita problemas de
impedimentos estricos (Figura de la izquierda). En consecuencia, esta estructura puede albergar a cualquier AA,
a excepcin de la prolina, cuyo C