Basic Local Alignment Search Tool

BLAST
Qu es BLAST?
NCBI
Alineamiento Global
Predominancia en una protena
Alineamiento Local
Smith Waterman
BLAST BLAST
Para qu sirve BLAST?
Determinar cual orthologs o paralogs son conocidos para una protena particular o
secuencia de acido nucleico.
Determinar que protenas o genes estn presentes en un organismo en particular
Determinar la identidad de un DNA o de una secuencia de protena
Descubrir nuevos Genes
Determinar que variantes se han descrito para un gen en particular o una protena.
Investigar etiquetas de secuencias expresadas que pueden exhibir alternativas de
splicing.
Explorar residuos de aminocidos que son importantes en la funcin o estructura de
una protena.
Desarrolle 4 de los 7 puntos mencionados
Cmo se usa BLAST?
Pasos:
1. Selecciona una secuencia de inters e ingrsala en la casilla de entrada.
2. Selecciona el programa de BLAST a usar
1. Blastp
2. Blastn
3. Blastx
4. tblastx
5. Tblastn
3. Selecciona la base de datos a buscar
4. Seleccionar parmetros tanto para la bsqueda como para el formato de salida
Explique a que corresponde cada
programa y para que sirve.
Explique al menos 3 BD que estn
disponibles y su origen.
Explique al menos 10 parmetros
opcionales y su uso
Resultados
Resultados
Actividad (2 personas)
Realice los puntos indicados en rojo en la presentacin. (1 pt)
Investigue el funcionamiento del algoritmo de BLAST para nucletidos
(1 pt)
Realice una bsqueda en BLAST para solo 12 aminocidos:
PNLHGLFGRKTG. Analice el resultado obtenido. (1 pt)
Realice una bsqueda BLAST y analice el resultado para: (1 pt)
atgctcaggctgctcttggctctcaacttattcccttcaattcaagtaacaggaaacaagattttggtgaagcagtcgcccatgcttgtagcgtacgacaatgcg
gtcaaccttagctacaatgagaagagcaatggaaccattatccatgtgaaaggtgaggagtaagaggagcaggctcctgcacagtgactacatgaacatga
ctccccgccgccccgggcccacccgcaagcattaccagccctatgccccaccacgcgacttcgcagcctatcgctcctga
Con todo esto, Elabore un documento en latex, formato paper, con el
desarrollo de todos los puntos anteriores. ( 2 pts). Se entrega el .tex y el
pdf. Deben incorporar imgenes y/o tablas.