Bioqumica I: Macromolculas

I. Fraccionando la vida:
Los bioqumicos dividen los organismos en sus componentes y analizan stos ltimos por separado.
1) Cul es la composicin atmica de las clulas/organismos vivientes?
H: 60%
O: 25%
C: 12%
N: ~5% P, S, Mg, Mn, Se Tambin estn presentes en menores
cantidades. A determinados niveles de estudio, y especialmente a nivel celular, la
mayora de los organismos parecen iguales.
2) Cul es la composicin molecular de las clulas?
Principalmente agua: ~80%
Del peso restante:
Lpidos, grasas: 10%
Carbohidratos: 15%
Protenas: 50%
cidos nucleicos: 15%
**Las protenas son macromolculas esenciales (desempean muchas funciones estructurales y
funcionales en las clulas)**
cidos nucleicos (ADN, ARN; el ADN almacena la informacin hereditaria en la clula).
A un cierto nivel, las fuerzas qumicas determinan la forma de las molculas y la forma, a su
vez, determina su funcin.
Cules son las fuerzas que otorgan a estas molculas sus respectivas propiedades?
II. Fuerzas covalentes
Los enlaces y las interacciones qumicas mantienen las molculas unidas entre s:
1) Enlaces covalentes
- es el tipo de enlace ms importante.
- tambin el ms fuerte; fuerza ~ 80 kcal/mol
Un enlace covalente consiste en la comparticin de un par de electrones:


La energa trmica (vibratoria) media a temperatura ambiente es de ~5 kcal/mol. Dado que
se requieren ~ 80 kcal/mol para romper un enlace covalente, se puede afirmar que los
dicho enlaces son relativamente estables a temperatura ambiente.
Fuerza:
Tipos de enlaces covalentes:
Individual: C-C (un par de electrones)
Doble: C=C (dos pares de electrones)
Triple: C=C (tres pares de electrones)
80 kcal/mol
150 kcal/mol
200 kcal/mol
Hay libre rotacin en torno al enlace covalente individual, pero no en los enlaces dobles ni en los
triples.
Los enlaces covalentes tambin tienen un ngulo fijo.
Algunos enlaces covalentes implican la comparticin desigual de electrones.
Algunos tomos se unen con ms fuerza a los electrones que otros. La atraccin de
electrones es una medida de la electronegatividad de un tomo.
Observe los siguientes enlaces con comparticin desigual de electrones:
Los enlaces polares tienen momentos dipolares: tienen polaridad.
El oxgeno es un tomo ms electronegativo que el hidrgeno, y por lo tanto, el enlace
O-H se considera un enlace polar.
El carbono y el hidrgeno tienen electronegatividades semejantes, de ah que el enlace C-H se
considere apolar.
2) Puentes de hidrgeno
- Atraccin entre una carga ligeramente positiva de un tomo de hidrgeno y una carga
ligeramente negativa de un tomo cercano.
- Fuerza del enlace ~ 5 kcal/mol (relativamente dbil).
- Su variante ms fuerte: cuando el donante, el hidrgeno y el receptor estn a unos 0,25 nm
de distancia.
- Los puentes de hidrgeno dan orden y estructura a las molculas
- Un nico puente de hidrgeno es dbil, sin embargo, la mayora de las molculas estn
formadas por muchos puentes de hidrgeno, y eso se traduce en la fuerza global de la
molcula.
Las propiedades del agua estn determinadas por interacciones entre los puentes de hidrgeno. El
agua est altamente estructurada incluso en estado lquido. La formacin de hielo se debe a la
distribucin ordenada de los puentes de hidrgeno.
Los puentes de hidrgeno entre diferentes regiones de una protena:
En un entorno acuoso, estas regiones formarn puentes de hidrgeno con molculas de agua.
Estas molculas adoptan una conformacin ms favorable cuando interactan con agua.

3) Enlaces inicos
- Interaccin electroesttica entre dos grupos con carga opuesta en una misma molcula.
- Causa limitante de comparticin desigual de electrones; un tomo se queda con el electrn.
NaCl Na
+
+ Cl
-
comparticin desigual de electrones, el Cl se queda con los dos
electrones.
En disolucin, este grupo se ioniza, pierde un protn y adquiere carga negativa:

Los tomos con carga pueden ser atrados por tomos con carga opuesta:

-La fuerza del enlace inico es de aprox. 3-7 kcal/mol. Es ms fuerte cuando los dos tomos estn
a unos 0,28 nm de distancia.
4) Fuerzas de Van der Vaals
- Son fuerzas de atraccin, no especfica, que tiene lugar cuando 2 tomos estn muy cerca entre s.
- Son ms favorables cuando los tomos estn a 0,2-0,3 nm de distancia.
- Polaridad transitoria inducida entre tomos: un enlace apolar conlleva la atraccin con tomos
cercanos.
- Interaccin muy dbil: la fuerza es ~1 kcal/mol. Sin embargo, la suma de muchas interacciones de
Van der Vaals confieren ms fuerza y estabilidad a la molcula.
Ejemplo: La interaccin de un ligando con su receptor se consigue mediante muchas interacciones no
covalentes, como las interacciones de Van der Vaals.
5) Interacciones hidrofbicas/ Entropa
En conjunto, una molcula mantiene su cohesin gracias a muchas interacciones. Una molcula
tiene una forma particular porque adopta el estado que requiere la menor cantidad de energa
posible (minimizar la entropa).
A la hora de adoptar esta forma, las conformaciones alternativas se seleccionan, y los grupos
que no pueden formar puentes de hidrgeno con agua (los hidrofbicos) tienden a agruparse en
el interior de la molcula (alejados del agua).
Las molculas sin carga, apolares, hidrofbicas: (que rechazan el agua), no
interaccionan con el agua. Las hidroflicas (que aman el agua): molculas polares o con
carga. Forman puentes de hidrgeno con agua.
La forma que adoptan las macromolculas biolgicas depende de un gran nmero de interacciones
moleculares.

III. Las macromolculas principales

A. Lpidos y fosfolpidos

Estructura de un hidrato de carbono: CH3(CH2)
3
CH3



Si se le aade un grupo hidroxilo (OH) a un hidrato de carbono se obtiene un alcohol:
CH3(CH2)
4
OH

Las cadenas cortas de alcoholes son solubles en agua.
Se puede hacer un cido graso aadindole un grupo carboxilo (COOH) a un hidrocarbono:
CH3(CH2)
3
COOH

Un cido graso es una molcula anfiptica: contiene tanto porciones hidrofbicas como
hidroflicas.
El cido graso tambin puede representarse del siguiente modo:

Tres cidos grasos y una molcula de glicerol se pueden combinar en una sntesis de
deshidratacin (dehydration synthesis) para formar un lpido (un triglicrido).
Los triglicridos son importantes formas de almacenamiento de cidos grasos en el interior
de las clulas.


Fosfolpidos:
Los fosfolpidos son un subgrupo de lpidos que desempea un papel clave en la estructura
celular. Los fosfolpidos se forman mediante la combinacin de dos cidos grasos y un
grupo fosfato.


Los fosfolpidos tambin se puede representar del siguiente modo:


En disolucin, los fosfolpidos se agrupan formando micelos.

Un micelo:


Los fosfolpidos forman bicapas lipdicas en entornos acuosos. Una clula tpica est
delimitada por una membrana plasmtica, constituida por una bicapa fosfolipdica (2 capas
de molculas fosfolipdicas que juntas forman una bicapa lipdica).
El interior hidrofbico de la membrana plasmtica es impermeable a las molculas polares
o con carga.



B. Azcares, hidratos de carbono
1) Composicin general de los azcares:
(CH2O)
n

e.g. Glucosa C6H12O6



En todos los azcares, el carbono n-1 tiene un grupo hidroxilo (OH) y el carbono C- tiene
un grupo carbonilo (C=O). La ubicacin del grupo carbonilo y la orientacin de los grupos
hidroxilo determinan el tipo de azcar.
Si el grupo carbonilo est al final (un grupo aldehido), estamos ante una aldosa (ej.:
glucosa).
Si el grupo carbonilo est en el medio (un grupo cetona), entonces estamos ante una cetosa
(ej.: fructosa).
Los glcidos de seis carbonos se denominan hexosas (ej.: glucosa).
Los glcidos de cinco carbonos se denominan pentosas (ej.: ribosa).
Los glcidos de tres carbonos se denominan triosas (ej.: gliceraldehido).

2)La estructura de los azcares

a) Monosacridos

La glucosa, en disolucin, se encuentra ms a menudo en forma cclica (o de anillo):


El grupo OH en el carbono C-1 puede estar en las posiciones alfa (debajo del plano del
anillo) o beta (encima del plano del anillo).

b) Disacridos

Los disacridos consisten en dos monosacridos unidos mediante un enlace covalente.


Lactosa (forma)
(Galactosa ( 14) Glucosa)

La enzima lactasa rompe la lactosa en molculas de glucosa y galactosa. Muchos adultos
dejan de sistetizar la enzima lactasa. Como consecuencia, un gran porcentaje de personas
de determinadas poblaciones se hace intolerante a la lactosa.

c) Polisacridos

Los polisacridos estn constituidos por muchas unidades monosacridas unidas
(habitualmente monmeros de glucosa) formando largas cadenas.
Ej.: almidn, glucgeno, celulosa.
Los polisacridos se utilizan como forma de almacenamiento y tambin desempean
papeles estructurales.
El almidn es un polmero de n glucosas unidas por enlaces 1 4.
La celulosa desempea un papel estructural importante en las plantas; es una de las
molculas ms abundantes de la tierra. La celulosa es un polmero de glucosa con enlaces
1 4 sin ramificaciones.
Las unidades alternantes de glucosa permiten a las molculas adyacentes de
celulosa formar puentes de hidrgeno entre s. La capacidad que tiene la celulosa de formar
puentes de hidrgeno conduce a la fortaleza de las paredes celulares, y crea fibras como la
madera.

Bioqumica II: Protenas

Protenas

- Tienen muchas funciones en la clula
- Papeles estructurales y funcionales
- Se fabrican 10
5
tipos de protenas diferentes en las clulas eucariotas.

Las protenas son polmeros formados a base de ladrillos denominados aminocidos.
20 aminocidos diferentes pueden formar 20
n
combinaciones de protenas, de longitud n.

cidos nucleicos

- Almacenan y transfieren material gentico.
- 4 unidades constituyentes o ladrillos (denominados nucletidos) diferentes pueden
fabricar 4
n
combinaciones de cidos nucleicos, de longitud n.

1. Los aminocidos y los enlaces peptdicos

La estructura qumica general de los aminocidos:


El grupo R (cadena lateral) vara entre los distintos 20 aminocidos. Estos 20 aminocidos
dan lugar a todas las protenas.

Los pptidos son oligmeros de aminocidos formados tras una reaccin de deshidratacin
cuando el grupo carboxilo de un pptido se une al grupo amino de un segundo aminocido.


El enlace peptdico es plano; funciona parcialmente como un doble enlace y no presenta
rotacin en torno al enlace amida. La estructura del enlace peptdico es un hbrido de las 2
formas siguientes:



Hay, sin embargo, rotacin en torno a los enlaces adyacentes al enlace peptdico. La unidad
peptdica es una disposicin plana de cuatro tomos.

Los polipptidos ms largos, compuestos de muchos aminocidos, se denominan protenas.
Cada protena tiene un orden especfico de aminocidos y adopta una forma particular,
determinada por la secuencia de aminocidos.

2. Los veinte aminocidos diferentes
a. Cadenas laterales polares pero sin carga:
Las cadenas laterales de estos grupos pueden formar puentes de hidrgeno con otros grupos
polares:

b. Cadenas laterales polares con carga:
Las cadenas laterales de estos aminocidos pueden formar puentes de hidrgeno o enlaces
inicos:
1. Carga positiva:



2.Carga negativa:


c. Cadenas laterales hidrofbicas (apolares, sin carga)

Las cadenas laterales de la mayora de estos aminocidos no pueden formar puentes de
hidrgeno ni enlaces inicos y prefieren estar en un entorno apolar. Estos aminocidos
prefieren estar en el interior de las protenas en una solucin acuosa.

Aunque la tirosina es principalmente apolar, su cadena lateral tiene un grupo polar
hidroxilo capaz de formar puentes de hidrgeno.

Algunas protenas se denominan protenas transmembrana. Una regin de la protena
transmembrana atraviesa la membrana de la clula o el compartimento celular en el que se
encuentran.





d. Casos especiales




3. La estructura de las protenas.
Una combinacin de fuerzas determina la estructura de las protenas:
- Efecto hidrofbico
- Enlaces inicos
- Puentes de hidrgeno
- Enlaces disulfuro

- Dcada de 1930: Linus Pauling propuso que el grupo NH en un aminocido y el grupo
C=O en otro aminocido podan interactuar para formar un puente de hidrgeno.
- Predijo que la interaccin de estos grupos formara una estructura polipeptdica
denominada hlice (hlice alfa). En una hlice , el grupo CO del aminocido n est
unido mediante puente de hidrgeno al grupo NH del aminocido (n+4).

Estructura hlice :



Pauling tambin predijo otra estructura polipeptdica denominada lamina plegada (lmina
plegada). En una estructura plegada, hay atracciones intermoleculares entre dos o ms
cadenas polipeptdicas.


Los niveles de la estructura proteica:

a) Estructura primaria:
-La secuencia lineal de aminocidos (ej. NH3
+
..met-cys-leu-lys-gluCOO-)



b) Estructura secundaria
- Distribucin local de aminocidos que estn prximos entre s en la cadena lineal para
formar estructuras entre las que se incluyen las hlices , las lminas plegadas y bucles y
enrollamientos al azar.

c) Estructura terciaria
- Distribucin espacial de aminocidos que estn alejados entre s en la cadena polipptida
linear para formar la estructura completa (plegada) tridimensional de la protena. Tambin
incluye enlaces disulfide:


d) Estructura cuaternaria
-Interaccin de ms de una cadena polipeptdica; asociacin de diferentes protenas
para formar complejos tales como los dmeros, trmeros y tetrmeros.



4. Estructura y funcin proteica

- La estructura proteica determina la funcin proteica.
- Vase un ejemplo de una protena que cataliza una reaccin bioqumica.

Triosa fosfato isomerasa (TPI)

La TPI es un dmero proteico constituido por dos cadenas poliptidas, cada una de 247
aminocidos de longitud. El polipptido se pliega para formar una enzima con forma de
cesta con una hendidura en el centro.
SLO EL DIMERO ES ACTIVO ENZIMTICAMENTE!

La TPI cataliza la siguiente reaccin:




Aunque esta protena tiene una longitud de 247 aminocidos, slo 3 de stos (Glu165,
His95 y Lys12) son importantes para la funcin catalizadora de la TPI. El sitio cataltico
(activo) se forma cuando la protena adquiere su forma completa tridimensional y los tres
aminocidos se ubican en posiciones prximas entre s.
Observe el sitio activo de la TPI:



Mecanismo:

1) G 3-P se une al sitio activo de la TPI (N de His95).
2) Lys12 estabiliza G 3-P en el sitio activo.
3) Glu165, actuando como un catalizador bsico (B-), recoge un H+ del grupo C2 (el
carbono prximo al carbonilo) de G 3-P.
4) His95 dona un H+ al grupo C1 (el carbonilo) de G 3-P para formar el grupo OH en C1 (y
facilita la formacin del intermedario enediol).
5) Glu165 recoge el H+ al grupo C1 del intermediario.
6) His95 recoge el protn del grupo OH en el grupo C2 en el intermediario.

La TPI estabiliza disminuyendo la energa del intermediario altamente desfavorable, que
tiene mucha ms energa libre positiva que el G 3-P o el DHAP.

El TPI tambin multiplica por diez la velocidad de la reaccin. El aminocido que
estabiliza el estado de transicin es Glu165. Si sustituye Glu165 en TPI con cido
Asprtico (el cual es slo un carbono ms corto, en longitud, que la Glu) reduce 1.000
veces la actividad de la enzima (el TPI se hace 1.000 veces menos efectivo).

ARTCULOS DEL WASHINGTONG POST, 5/21/93 p.3 Influenzas Burglary Tools por Boyce Rensberger y del
NY TIMES, 5/21/93 Breakthrough on Flu Viruses Reported por Warren E. Leary.

Bioqumica III: Energa libre y cintica de las reacciones

La TPI cataliza la siguiente reaccin:





Diagrama de energa libre para la reaccin anterior:


La TPI disminuye la energa de activacin (Ea) para la reaccin.
La TPI hace esto estabilizando el estado de transicin (cis-enediol)
El TPI (al igual que todas las enzimas) no afecta a los valores G
'
de la reaccin qumica.

1. Equilibrio de reaccin, constante de equilibrio (Keq) y energa libre
En equilibrio, las molculas tienden a permanecer en su estado ms bajo de energa. Dos
estados, S1 y S2, con diferencias de energa entre los dos, expresado como G' = cambio en
energa libre en condiciones normales.



La ecuacin que relaciona G con las concentraciones de S1 y S2 es la siguiente:

G = Diferencia de energa libre en reaccin
G = Energa libre en condiciones normales especficas.
RT = la constante de los gases x Temperatura (en grados Kelvin)
[S1]/[S2] = razn de productos con respecto a los reactivos

Cuando la reaccin est en equilibrio, G = 0 (reaccin neta: 0)


RT = 0.59 kcal/mol a 25C, RT = 0.61 kcal/mol a 37C, por lo que RT ~0.6
Keq = equilibrio constante

Keq = ratio de constantes


Razn neta de la reaccin hacia la derecha = Razn neta de la reaccin hacia la izquierda
Razn de la reaccin hacia la derecha = K1 [S1]
Razn de la reaccin hacia la izquierda = K2 [S2]
K1 [S1] = K2 [S2]

Ejemplo: G3P DHAP (G= -1.86 kcal/mol)

En equilibrio [DHAP] = e
3.1
= 22
[G3P]
Keq = 22
En equilibrio habr 22 veces ms DHAP que G3P.
Dado G3P puro: la reaccin trae consigo la creacin de DHAP (sntesis neta de DHAP).
Dado DHAP puro: la reaccin trae consigo la creacin de G3P (sntesis neta de G3P).
Cuando G3P = DHAP G Rxn = 0 (no hay cambio neto)
Proporcin 22:1
~ 7:1
La reaccin avanza hacia la derecha DHAP

La direccin de una reaccin depende de:
1) La diferencia intrnseca de energa entre productos y reactivos.
2) Las concentraciones de las reacciones y de los productos.
Esto se describe en la ecuacin:
G = G
0
+ RT en [PRODUCTOS]
[REACTIVOS]
Si G de rxn < 0, rxn avanzar hacia la derecha (reaccin exoergnica)
Si G of rxn > 0, rxn avanzar hacia la izquierda (reaccin endoergnica)
Si G = 0, rxn est en equilibrio, no hay reaccin neta.
Ejemplo: Si el ratio de DHAP: G3P fuese 7.4:1, cul sera el valor de la G del rxn y en qu
direccin procedera?

G = G
0
+ RT en [PRODUCTOS]
[REACTIVOS]
G = -1.86 kcal/ mol - .60 kcal/ mol En 7.4
G = -0.66 ( G<0)
Por lo tanto, la reaccin avanzar hacia la derecha ( ) para producir DHAP.

2. Reacciones emparejadas

Observe la reaccin A B.
La reaccin tender a avanzar en la direccin de la molcula con el nivel ms bajo de
energa libre.
Cmo conducimos una reaccin hacia la derecha teniendo un G
0
> 0?
Se puede emparejar una reaccin desfavorable(G>0) con una favorable (G<0).
A veces, el emparejamiento todava puede resultar en condiciones desfavorables, pero la
reaccin emparejada generalmente es ms favorable que la reaccin original,
desemparejada.

Rxn 1: AB G< 0
Rxn 2: C D G< 0
A+C B+D G< 0 (puede ser inferior a 0 o cercano a 0)

Ejemplo:
A + X B
C D +X
A + C B+ D (reaccin global)
Las clulas emplean este mecanismo de emparejamiento de reacciones desfavorables con
favorables para que las reacciones avancen hacia la derecha.

Ejemplo:
1) Glucosa + Pi Glucosa 6-Fosfato + H2O G = 3.3 kcal/mol
2) ATP + H2O ADP + Pi H2O = -7.3 kcal/mol
Glucosa + ATP Glucosa 6-P + ADP G = -4.0 kcal/mol 'G
Las clulas utilizan la energa de la hidrlisis del ATP para fraguar la reaccin 1,
que es energticamente desfavorable
Pi = PO43-; fosfato inorgnico

El ATP es una fuente esencial de energa. El ATP almacena energa agrupando cargas
negativas en enlaces altamente energticos y soltando esta energa cuando se rompen
dichos enlaces.
Todas las reacciones (que se contaran por millares) que tienen lugar en las clulas tienen
un G < 0.
* Las enzimas aumentan la tasa de reaccin. Sin embargo, no alteran ni las concentraciones
en el equilibrio, ni la G de la reaccin.



3.1 Tasas de reaccin y el papel de las enzimas
Para la reaccin G3PDHAP
Vase el perfil energtico de la reaccin:


- Energa de activacin (Ea) = barrera de energa o energa libre de activacin para una
reaccin.
- Enzima (TPI) disminuye la Ea estabilizando (disminuyendo la energa libre de) el estado
de transicin (intermedio).

En presencia de TPI, la Ea para la reaccin es de 13 kcal/mol
En equilibrio G = 0, la energa de activacin es de 26 kcal/mol


En equilibrio, hay ~1019 veces ms G3P que cis-enediol (or 10-
19
menos cis-enediol que
G3P).
Por lo tanto, la reaccin avanza lentamente en ausencia de la enzima.
En presencia de la enzima, G = 13 kcal/mol. El TPI estabiliza el intermediario cis-
enediol, haciendo as que su energa libre descienda de 26 kcal/mol a 13 kcal/mol.
En equilibrio G=0; la energa de activacin es de 13 kcal/mol:



En equilibrio, hay ~10
10
ms G3P que cis-enediol (or 10-
10
menos cis-enediol que G3P).
Si la proporcin de [cis-enediol] con respecto a [G3P] es de 10
9
, se pliega mejor en
presencia de la enzima TPI.
Pero cmo sabemos que las enzimas disminuyen la Ea de la reaccin mediante su unin al
estado de transicin?
- Porque los anlogos del estado de transicin (molculas estables que semejan el estado de
transicin) se unen a la enzima mejor que el reactivo o el producto.
El papel de las enzimas en las reacciones qumicas:

- Una reaccin puede ser exoergnica, pero tener una alta Ea; por lo tanto, se necesita una
enzima para disminuir la Ea.
- Una reaccin puede ser endoergnica, no pudiendo avanzar si no se empareja a una
reaccin exergnica. Una enzima puede catalizar la reaccin emparejada, permitiendo as el
avance de la reaccin.
Reacciones exoergnica ( G<0), Reacciones endoergnica ( G>0).

4. Cintica enzimtica (Cintica de Michaelis-Menten, 1913)

Podemos ilustrar el mecanismo de reaccin de las enzimas del siguiente modo:



K1= ((# moles/L de S formados)/seg)/((# moles/L de)(# moles of S))
= 1/ (mol/L x seg) unidades
K2= ((# moles/L de S formados)/seg)/((# moles/L de ES)
= 1/sec unidades
K3= ((# moles/L de P formados)/seg)/((# moles/L de ES)
= 1/seg unidades

1) Tasa cataltica
La tasa cataltica equivale al producto de las concentraciones de ES y K3.
V = K3[ES] V = velocidad o tasa de reaccin
2) La fraccin (f) de enzima unida al sustrato es:




Km es una medida de la afinidad de una enzima por su sustrato.

Cul es la fraccin (f) de enzima ligada cuando:

1) [S] = Km Fraccin de enzima ligada =


2) [S] << Km Fraccin de enzima depende de la afinidad de la enzima por el sustrato

3) [S] >> Km Fraccin de enzima ligada es 1 (la enzima est limitada toda unida al
sustrato)


La tasa de reaccin es V = K3[ES]; si la sustituimos en la ecuacin:

La mxima tasa de reaccin (Vmax) la obtenemos cuando la enzima est saturada con el
sustrato (cuando [S]>> Km) y se aproxima a 1 (f =1).

V = K3 [ET] (1)
Vmax = K3[ET]

Por tanto, esta es la ecuacin Michaelis-Menten:



Observe la grfica de la velocidad de reaccin como una funcin de la concentracin de
sustrato [S] para una enzima que obedece la cintica de Michaelis-Menten:



1) Cuando la [S] es baja: V = V
max
[S] (La [S] en el denominador ya no es significativa).
K
m

2) Cuando la [S] es alta: V = V
max
[S] ( El valor de Km en el denominador no es
[S] significativo, as que V = V
max
).

3) Cuando la [S] = Km: V = V
max
[S] (Ya que Km = [S]), por lo que V = V
max

[S]+[S]

Km es la [S] a la cual la mitad de la enzima est ligada al sustrato.

Cul es la velocidad de formacin de productos?:


Para la [E], para la [S]:

Cuando la [S] es pequea, la mayor parte de la enzima est libre: [E] = [Er]


Resultados (turnover): N de molculas de sustrato tocadas por la enzima por unidad de
tiempo para formar producto.
V = K3/ Km = Kcat

Para la Triosa fosfato isomerasa:
K1 = 10
8
l/(moles x seg)
K2 = 430/seg
K3= 430/seg
K3/ Km = Kcat (10
8
productos)/(reactivos x enzimas x seg)

- La tasa de reaccin de la TPI slo est limitada por la difusin; cada vez que la TPI
encuentra G3P, lo convierte en DHAP
- La tasa de difusin es ~10
8
(por tanto, la enzima rara vez se encuentra con sustrato).
- La TPI es, sin embargo, cinticamente perfecta: cada vez que encuentra sustrato, lo
convierte en producto.

7.012 Informacin adicional de Cintica enzimtica (fecha: 9/10/97)... vase el
suplemento del Captulo 6 del libro de texto de Purves et al.

Bioqumica IV: Metabolismo de Energa

Revisin de Cintica
Estructura del ATP a pH 7.0:


Hay una gran repulsin electroesttica entre los grupos fosfato con carga negativa.
La hidrlisis del ATP en ADP + Pi libera energa libre y reduce el nivel de repulsin.
Cmo se fabrica el ATP (la moneda de energa para la clula)?
A travs de un proceso denominado gluclisis (gluco azcar, lysis romper)
En la gluclisis, 1 molcula de glucosa se convierte en 2 molculas de piruvato.





Eficiencia energtica de este proceso:

Con oxgeno: C
6
H
12
0
6
6CO
2
6C0
2
6H
2
0 produce 686 kcal/mol
36 ATPs
Sin oxgeno: C
6
H
12
0
6
2 lactatas 2 ATPs
C
6
H
12
0
6
2 etanol + CO
2
2 ATPs

La gluclisis tiene lugar en el citoplasma de las clulas, no requiere oxgeno y sucede en
todos los organismos.

~ Hace unos 3.500 millones de aos: no haba suficiente oxgeno, por lo que los
organismos llevaban a cabo un metabolismo anaerbico.
~ Hace unos 2.500 millones de aos: ya haba el oxgeno necesario para el metabolismo
aerbico.
La gluclisis puede realizarse en extractos de levadura (esto es, no hace falta levadura viva,
sino solamente enzima. La palabra enzima quiere decir en levadura).

La gluclisis tiene dos fases:
1) Fase de inversin de energa (utiliza ATP).
2) Fase de generacin de energa (fabrica ATP).

Resumen de las reacciones de la gluclisis:
Consiste en 10 pasos: el carbono 1 6 del azcar es transformado en molculas de carbono 2
3.



Nota importante:
La reaccin G3P DHAP tiene un G = -1.86 kcal/mol.
Sin embargo, en la gluclisis, la DHAP se convierte en G3p; por lo tanto, el G de esta
reaccin es de + 1.86 kcal/mol!

Cmo se desarrolla esta reaccin en las clulas?
Como el G3P se usa en ms reacciones, el [G3P] disminuye, lo que desplaza la
reaccin a la derecha, creando ms G3P.
Aunque el G> 0, el valor G < 0 debido a la tasa de productos / reactivos.

G = G + RT ln [PRODUCTOS]
[REACTIVOS]

En la clula, todas las reacciones avanzan hacia adelante porque G < 0 (que se logra
manteniendo un ratio ptimo de productos / reactivos).
TABLA de los valores G y G de las reacciones en la gluclisis.
Observe que muchos G > 0, y sin embargo, todos los valores G son < 0.
Por lo tanto, la reaccin procede a formar piruvato!
Una kinasa es una enzima que aade un grupo fosfato a una molcula.

Regulacin de rutas
El objetivo de la gluclisis es fabricar ATP. El ATP fabricado se utiliza para otras
reacciones celulares (reacciones biosintticas, transporte, etc.)
- La clula percibe el ratio de ATP / ADP.
Ej. Cuando los msculos estn esforzndose, el ATP se convierte en ADP.
- Si el [ATP] es alto, la gluclisis es baja.
- Si el [ATP] es bajo, la gluclisis se pone en marcha (un aumento del ADP
activa la gliclisis).

Las velocidades de reaccin (v) de las enzimas en la gluclisis se pueden cambiar
modificando las variables en la ecuacin:



Para aumentar la tasa de la gluclisis:
1) Aumento [TE], fabricar ms enzimas (nueva sntesis).
Ej. Tras comer muchos carbohidratos los niveles de piruvato kisana aumentan.
2) Aumento [S], si se aumenta la cantidad de sustrato, entonces aumenta la fraccin
(f) de enzima ocupada con sustrato:

3) Si se cambia Km la tasa de reaccin puede verse afectada.
o Si Km es ms alto tasa ms lento.
o Si Km es ms bajo tasa ms rpida.

El Km de una enzima puede ser modificado cambiando la forma del sitio activo (sitio
cataltico) de la enzima.

Ejemplo:


La unin de los reguladores al sitio alostrico conduce a un cambio en la forma de la
enzima lo que afecta al Km de la enzima.
-Si disminuye Km aumenta el ratio (v) porque f tambin aumentar.
-Si aumenta Km disminuye el ratio (v) porque disminuye f.
La ligazn de los reguladores en el sitio activo hace que el sitio activo cambie. La posicin
de algunos aminocidos cambia unos pocos amstrongs suficiente para inactivar la enzima.

Regulacin de rutas:

Regulacin por retroalimentacin (feedback) y proalimentacin (feed-forward o
retroalimentacin positiva )
Se regulan la mayora de las enzimas que catalizan reacciones en rutas bioqumicas.
Ejemplo de ruta:

1) F puede actuar como un inhibidor de la retroalimentacin de la enzima que cataliza el
paso C D (1 paso limitante en la sntesis de F).

2) I puede actuar como un inhibidor de la retroalimentacin de la enzima que cataliza el
paso C G para ralentizar la tasa de ese paso.
3) Tanto I como G, juntos o por separado, pueden actuar como inhibidores de la
retroalimentacin del paso A B.
4) A puede actuar como inhibidor de la proalimentacin (o retroalimentacin positiva) del
paso B C para aumentar la tasa de esa reaccin.
Ej. Si se tiene demasiado A (esto es, si A se est acumulando), la reaccin puede ir al paso
que limita la tasa, disminuir el Km de la enzima y acelerar la reaccin.

En general, el producto final de una ruta suele regular el 1 paso limitante de la ruta (o el
primer paso que requiere una enzima).
En la gluclisis, determinadas enzimas son reguladas para que la tasa de gluclisis se pueda
aumentar o disminur en funcin de los requisitos energticos de la clula.
Regulacin de la enzima hexokinasa:



La G6-P inhibe a la hexokinasa si la gluclisis es bloqueada o ralentizada.
Regulacin de la enzima fosfofructokinasa (enzima PFRK):



- El ATP acta como inhibidor de la enzima PFK.
- A una alta [ATP], el ATP se une al centro alostrico y cambia la actividad cataltica de la
PFK (aumenta el Km).
-A una baja [ATP], el ATP se une al centro activo de PFK y activa la PFK.
-Una alta [ADP] activa la PFK.