Inicialmente partidario del presidente Jos Ballivin (1841-1847), Morales se convirti en
enemigo jurado del general Manuel Isidoro Belz, responsable de la deposicin de Ballivin en 1847. Despus de aos de enfrentamientos con Belz, Morales accedi al poder con el presidente Jos Maria Linares (1857-1861). Opuesto al gobierno del general Jos Maria de Ach, que depuso a Linares, Morales respald el golpe de 1864 que llev al poder al general Mariano Melgarejo, siendo recompensado con el generalato y el comando en jefe del ejrcito boliviano. El Sexenio de Melgarejo fue polmico y brutal, ganndose una dura oposicin. Finalmente Morales cambi de bando y uniendo a todas las facciones opuestas al presidente le destron con un golpe de estado en enero de 1871. Fue el final del sexenio, pero no de los gobiernos de militares.
El 15 de enero de 1871 se produjo un gran levantamiento en La Paz acaudillado por el Gral. Agustn Morales y ejecutado por el Gral. Hilarin Daza y que se constituy en la guerra civil ms sangrienta que conoci nuestro pas hasta ese entonces