Plataforma Bioinformatica de

protenas ExPASy
Claudio Lamilla Mardones

Doctorado en Ciencias Mencin Biologia Celular y Molecular Aplicada

2013
Temarios
Introduccin
Categoras
Protemica
Bases de Datos



Qu es ExPASy?
ExPASy es el Portal de Recursos Bioinformtica SIB que proporciona acceso a
bases de datos cientficos y las herramientas de software en diferentes reas de las
ciencias biolgicas, incluida la
Protemica
la genmica
la filogenia
la biologa de sistemas
la gentica de poblaciones
la transcriptmica, etc

ExPASy Proteomics Server
http://www.expasy.org/
Protemica clasificacin

Bases de datos
Bases de datos protemica Prosite
PROSITE se compone de entradas de documentacin que describen los dominios de protenas, las familias y los
sitios funcionales, as como asociados patrones y perfiles para identificarlos [ Ms ... / Referencias / usuarios
comerciales ].
PROSITE se complementa con ProRule , un conjunto de normas sobre la base de perfiles y patrones, lo que
aumenta el poder discriminatorio de los perfiles y patrones, proporcionando informacin adicional acerca de los
aminocidos funcionales y / o estructurales crticos [









Programas
FindMod es una herramienta que puede predecir los posibles protenas modificaciones post-traduccionales (PTM) y
encontrar posibles sustituciones de aminocidos en los pptidos


ProtParam explanation
Coeficiente de extincin: El coeficiente de absorcin o coeficiente de extincin es una medida
de la fuerza con una protena absorbe luz a una longitud de onda determinada.
Unidad: M-1 cm-1

Inestabilidad: Este parmetro es una estimacin aproximada de la estabilidad de la protena.
Cuando el ndice por debajo de 40, la protena es por lo general estable. Por encima de 40 es
una indicacin probable de inestabilidad.

Vida media: La vida media es una prediccin crudo del tiempo que tarda la mitad del importe
de la protena presente en una clula a desaparecer por completo despus de su sntesis.
Protein characterization tools
predice posibles sitios de corte escindidas por proteasas o productos qumicos en una secuencia determinada protena.
PeptideCutter entrega con los posibles sitios de escisin mapeados sobre el mismo y / o una tabla de posiciones de
sitios de escisin.
Peptide cutter output
Post-translational modification
Conclusiones
Es una potente herramienta bioinformtica
Gran parte de sus programas son de libre acceso.
Se puede utilizar desde la genmica hasta la transcripoma
Sus bases de datos se actualizan regularmente

Muchas Gracias