BIOMOLECULAS

PROTENAS, ENZIMAS Y CIDOS NUCLEICOS

PROTENAS
Las protenas son esenciales en la qumica de la vida. Estas macromolculas se
emplean como componentes estructurales de las clulas y tejidos, as que el
crecimiento, la restauracin y el mantenimiento del organismo dependen del
abastecimiento adecuado de esas sustancias. Algunas son enzimas, molculas
especiales que regulan miles de reacciones qumicas distintas que ocurren en los seres
vivos.
Los elementos protenicos constitutivos de cada clula son la clave de su estilo de vida.
Cada tipo celular posee una distribucin, cantidad y especie de protenas que
determina el funcionamiento y la apariencia de la clula. Una clula muscular difiere de
otras en virtud de su gran contenido de protenas contrctiles, como la miosina y la
actina, a las que se debe, en gran parte su apariencia y su capacidad de contraccin.
La protena llamada hemoglobina, que se encuentra en los glbulos rojos o eritrocitos,
se ocupa de la especializada funcin de transportar oxgeno.
La mayor parte de las protenas son especficas de cada especie; es decir, las protenas
varan un poco de una especie a otra, de manera que el complemento de cada una de
ellas (determinado por las instrucciones de los genes) es el principal factor de las
diferencias que median entre una especie y otra. As, las protenas en las clulas de un
perro varan un poco con respecto a las de un zorro o a las de un coyote. Se cree que
el grado de diferencia depende de las relaciones evolutivas. Los organismos
vagamente relacionados tienen protenas que difieren en forma ms marcada, que las
de aquellos entre los cuales se establece una relacin evolutiva ms estrecha. Algunas
protenas apenas son diferentes an entre individuos de una misma especie, por lo que
se considera que cada organismo es nico, desde el punto de vista bioqumico. Slo
individuos genticamente idnticos (gemelos idnticos o cepas de organismos
cultivados en relacin muy estrecha) presentan protenas idnticas.
Funciones biolgicas de las protenas
Gracias a su gran hetereogeneidad estructural, las protenas asumen funciones muy
variadas. Describir las funciones de las protenas equivale a describir en trminos
moleculares todos los fenmenos biolgicos. Podemos destacar las siguientes:
Funcin enzimtica. La gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar
gracias a la presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para cada
reaccin. Estos biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran mayora de las
protenas son enzimas.
Funcin hormonal. Las hormonas son sustancias producidas por una clula y que
una vez secretadas ejercen su accin sobre otras clulas dotadas de un receptor
adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el
glucagn (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas
por la hipfisis como la hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el
metabolismo del calcio).
Reconocimiento de seales qumicas. La superficie celular alberga un gran
nmero de protenas encargadas del reconocimiento de seales qumicas de muy
diverso tipo (figura de la izquierda). Existen receptores hormonales, de
neurotransmisores, de anticuerpos, de virus, de bacterias, etc. En muchos casos, los
ligandos que reconoce el receptor ( hormonas y neurotransmisores) son, a su vez, de
naturaleza proteica.
Funcin de transporte. En los seres vivos son esenciales los fenmenos de
transporte, bien para llevar una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso
(transporte de oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o bien para transportar
molculas polares a travs de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la
membrana plasmtica). Los transportadores biolgicos son siempre protenas.
Funcin estructural. Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica
que constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus componentes, y
que dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la divisin
celular. En los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados,
las fibras de colgeno forman parte importante de la matriz extracelular y son las
encargadas de conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la compresin
Funcin de defensa. La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es
la de discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de protenas llamadas
endonucleasas de restriccin se encargan de identificar y destruir aquellas molculas
de DNA que no identifica como propias (en color blanco en la figura de la derecha). En
los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas se encargan de reconocer molculas
u organismos extraos y se unen a ellos para facilitar su destruccin por las clulas del
sistema inmunitario
Funcin de movimiento. Todas las funciones de motilidad de los seres vivos
estn relacionadas con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la
interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina. El movimiento de la clula
mediante cilios y flagelos est relacionado con las protenas que forman los
microtbulos
Funciones de reserva. La ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de
la leche, la gliadina del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen una
reserva de aminocidos para el futuro desarrollo del embrin.
Funciones reguladoras. Muchas protenas se unen al DNA y de esta forma
controlan la transcripcin gnica. De esta forma el organismo se asegura de que la
clula, en todo momento, tenga todas las protenas necesarias para desempear
normalmente sus funciones. Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un
complejo mecanismo de regulacin desempeado por protenas como la ciclina
Otras funciones. Los fenmenos de transduccin (cambio en la naturaleza fsico-
qumica de seales) estn mediados por protenas. As, durante el proceso de la visin,
la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotn luminoso (una
seal fsica) en un impulso nervioso (una seal elctrica) y un receptor hormonal
convierte una seal qumica (una hormona) en una serie de modificaciones en el
estado funcional de la clula.
Aminocidos
Es esencial tener un conocimiento bsico acerca de la qumica de las protenas, para
entender la nutricin y otros conceptos del metabolismo. Las protenas se componen
de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y a veces, azufre. Los tomos de estos
elementos suelen formar subunidades moleculares denominadas aminocidos.
Los veinte tipos distintos de aminocidos que se encuentran en condiciones normales
en las protenas contienen un grupo amino (-NH
2
) y un grupo carboxilo (-COOH)
unidos al mismo tomo de carbono, llamado carbono alfa. Los aminocidos difieren en
su grupo R o cadena lateral unida al carbono alfa. La glicina, el aminocido ms simple
presenta un hidrgeno como grupo R o cadena lateral; la alanina un grupo metilo (-
CH
3
).
Los aminocidos puestos en una solucin de pH neutro se comportan como iones
dipolares. Esta es la forma en que se comportan en el pH celular. El grupo amino (-
NH
2
) acepta un protn hasta convertirse en -NH
3
+
y el grupo carboxilo dona un protn
convirtindose en -COO- disociado. Segn se mencion, la solucin de un cido y su
base conjugada sirve de amortiguador y resiste cambios en el pH cuando se agrega un
cido o una base. Gracias a los grupos amino y carboxilo de una protena, al
encontrarse sta en una solucin, resiste cambios en la acidez o alcalinidad y, por lo
tanto, desempea las funciones de un importante amortiguador biolgico.
El carbono alfa de un aminocido es un carbono asimtrico. Por tanto, cada aminocido
puede presentarse en dos enantimeros distintos, o imgenes en espejo. Ambas
imgenes se Ilaman L-ismero y D-ismero. Cuando se sintetiza un aminocido en el
laboratorio se produce una mezcla de ismeros L y D. Sin embargo los de los seres
vivos son casi exclusivamente L-ismeros. Una excepcin seran los pocos aminocidos
D presentes en los antibiticos producidos por los hongos.

Los aminocidos se agrupan en la figura segn las propiedades de sus cadenas

laterales. Los aminocidos con cadenas laterales no polares son hidrfobos, en tanto
que aqullos con cadenas laterales polares son hidrfilos. Los aminocidos cidos
tienen cadenas laterales con un grupo carboxilo. En el pH celular, el grupo carboxilo se
disocia de manera que el grupo R tiene una carga negativa. Los aminocidos bsicos
tienen carga positiva debido a la disociacin del grupo amino en su cadena lateral. Las
cadenas laterales cidas o bsicas son inicas y por tanto, son hidrfilas. Adems de
los veinte aminocidos conocidos, algunas protenas contienen otros aminocidos
menos comunes. Estos se producen por la modificacin de aqullos, al formar parte de
una protena. Por ejemplo, la lisina y la prolina pueden convertirse en hidroxilisina e
hidroxiprolina respectivamente despus de incorporarse al colgeno. Estos
aminocidos dan origen a enlaces cruzados entre las cadenas peptdicas del colgeno.
Dichos enlaces aportan la firmeza y la fuerza de las molculas del colgeno, que es
uno de los principales componentes del cartlago, del hueso y de otros tejidos
conectivos.
Con excepciones, las plantas sintetizan todos sus aminocidos a partir de sustancias
ms simples. Las clulas humanas y animales fabrican algunos de importancia
biolgica, aunque no todos, si cuentan con la materia prima necesaria. Aquellos que
los animales no pueden sintetizar, deben obtenerlos en la dieta: stos son los llamados
aminocidos esenciales. Los animales tienen distintas capacidades de biosntesis; lo
que para un animal es un aminocido esencial, para otro puede no serlo.
Las cadenas de polipptidos se forman a partir de aminocidos
Los aminocidos se combinan por medios qumicos unos con otros enlazando el
carbono del grupo carboxilo de una molcula con el nitrgeno del grupo amino de otra.
El enlace covalente que une dos aminocidos se denomina enlace peptdico. Cuando
dos aminocidos se combinan, se forma un dipptido; una cadena ms larga recibe el
nombre polipptido. El elaborado proceso por medio del cual se sintetizan polipptidos
se tratar ms adelante.






Un polipptido contendr cientos de aminocidos unidos en un orden lineal especfico.
Una protena se forma por una o varias cadenas de polipptidos. Puede formarse una
variedad casi infinita de molculas protenicas. Debe aclararse que una protena difiere
de otra en cuanto al nmero, tipo y secuencia de los aminocidos que la conforman.
Los veinte tipos que se encuentran en las protenas biolgicas podran considerarse
como letras de un alfabeto de protenas, de manera que cada protena sera una
palabra formada por distintas letras.
Estructura de las protenas: niveles de organizacin
Las cadenas de polipptidos que forman una protena se encuentran enrolladas o
plegadas de modo que forman una macromolcula con una conformacin especfica,
tridimensional. Esta conformacin determina la funcin de la protena. Por ejemplo, la
conformacin nica de una enzima le permite "identificar" y actuar sobre su sustrato,
sustancia que dicha enzima regula. La forma de una protena hormonal le permite
combinarse con su receptor en el sitio de la clula blanco. (La clula sobre la cual la
hormona est diseada para actuar.)
Las protenas se clasifican en fibrosas o globulares. En las protenas fibrosas, las
cadenas de polipptidos estn dispuestas en lminas largas; en las protenas
globulares las cadenas de polipptidos se encuentran plegadas en forma estrecha a fin
de producir una molcula compacta, de forma esfrica. La mayor parte de las enzimas
son protenas globulares. Hay varios niveles de organizacin en una molcula
protenica: primario, secundario, terciario y cuaternario.
Estructura primaria
La secuencia de aminocidos en una cadena de polipptidos determina su estructura
primaria. Esta secuencia, se especifica por la informacin gentica. Utilizando mtodos
analticos ideados al inicio del decenio de 1950, algunos investigadores determinaron la
secuencia exacta de los aminocidos que constituyen una molcula de protena. La
insulina, hormona secretada por el pncreas, que se utiliza en el tratamiento de la
diabetes, fue la primera protena cuya secuencia de aminocidos en la cadena
polipeptdica pudo determinarse. La insulina contiene 51 unidades de aminocidos
unidos en dos cadenas enlazadas.
Estructura secundaria
La estructura secundaria de las protenas
implica que las cadenas se pliegan y
forman un hlice u otra estructura
regular. Esta uniformidad se debe a las
interacciones entre los tomos del
esqueleto regular de la cadena peptdica.
Los grupos funcionales no intervienen en
la formacin de enlaces de la estructura
secundaria. Las cadenas peptidicas no
suelen encontrarse aplanadas ni se
pliegan al azar sino que se pliegan y dan
lugar a una estructura tridimensional
especfica. Una estructura secundaria que
se observa con frecuencia en las
molculas de protena es la llamada
hlice alfa. Esto abarca la formacin de
espirales de una cadena peptdica. La
hlice alfa es una estructura geomtrica
muy uniforme y en cada giro se
encuentran 3,6 aminocidos. La
estructura helicoidal se determina y
mantiene mediante puentes de hidrgeno
entre los aminocidos en los giros
sucesivos de la espiral. En la estructura
alfahelicoidal, los puentes de hidrgeno
ocurren entre tomos de una misma
cadena peptdica.La hlice alfa es la
unidad estructural bsica de las protenas
fibrosas como la lana, cabello, piel y
uas. Las fibras son elsticas porque los enlaces de hidrgeno pueden reformarse.
Este es el motivo por el cual el cabello humano puede estirarse hasta cierto largo y
luego recupera su longitud.
Otro tipo de estructura
secundaria es el
denominado lmina
plegada beta. En
stas los puentes de
hidrgeno pueden
ocurrir entre
diferentes cadenas
polipeptdicas (lmina
intercatenaria); cada
cadena en forma de
zigzag est
completamente
extendida y los
enlaces de hidrgeno
ocasionan la formacin de la estructura en forma de lmina. Pero tambin se pueden
formar lminas plegadas entre regiones diferentes de una misma cadena peptdica
(lmina intracatenaria). Esta estructura es ms flexible que elstica. La fibrona, la
protena de la seda, est caracterizada por una estructura de lmina plegada beta; el
ncleo de muchas protenas globulares tambien est formado por lminas beta.
Las estructuras laminares intracatenarias ocurren sobre todo en protenas globulares,
en tanto que las intercatenarias entre las fibrosas. En ambos casos son posibles dos
formas laminares, segn el alineamiento de las diferentes cadenas o segmentos: si
stos se alinean en la misma direccin (de extremo N- a C-terminal, por ej.) la
disposicin es una lmina beta paralela, en tanto que si estn alineados en sentido
opuesto, la lmina es beta antiparalela. Si bien ambos casos ocurren en la naturaleza,
la estructura antiparalela es ms estable porque los dipolos C=O y N-H estn mejor
orientados para una interaccin ptima.
En las protenas fibrosas la estructura es exclusivamente helicoidal (colgeno) o
exclusivamente laminar, pero en las protenas globulares la estructura secundaria
siempre tiene una porcin que no es ni helicoidal ni laminar, denominada aleatoria
(zonas de conexin); estas protenas pueden ser parcialmente helicoidales y aleatorias,
parcialmente laminares y aleatorias, totalmente aleatorias o una mezcla variable de
partes de ordenamiento helicoidal, laminar y aleatorio.
Un concepto muy utilizado en la estructura tridimensional de una protena es el
dominio, que corresponde a una zona de la molcula que tiene caractersticas
estructurales definidas. En una molcula de protena puede haber ms de un dominio y
este hecho est relacionado con la funcin de la misma. Los dominios suelen ser muy
conservados a lo largo de la evolucin: las proteasas tipo papana de virus, bacterias,
plantas y animales tienen una estructura compuesta de dos dominios entre los cuales
se ubica el sitio activo de la enzima.
Estructura terciaria
La estructura terciana de
una molcula de protena
est determinada por la
forma que adopta cada
cadena polipeptdica. Esta
estructura tridimensional
est determinada por
cuatro factores que se
deben a interacciones entre
los grupos R:
1. Puentes de hidrgeno
entre los grupos R de las
subunidades de
aminocidos en asas adyacentes de la misma cadena de polipptidos.
2. Atraccin inica entre los grupos R con cargas positivas y aqullos con cargas
negativas.
3. Interacciones hidrfobas derivadas de la tendencia de los grupos R no polares para
asociarse hacia el centro de la
estructura globular, lejos del Iquido
que los rodea.
4. Los enlaces disulfuro, que son
covalentes (-S-S-), unen los tomos
de azufre de dos subunidades de
cistena. Estos enlaces pueden unir
dos porciones de una misma cadena
o dos cadenas distintas.
Estructura cuaternaria
Las protenas compuestas de dos o
ms cadenas de polipptidos
adquieren una estructura
cuaternaria: cada cadena muestra
estructuras primaria, secundaria y
terciaria y forma una molcula
protenica biolgicamente activa. La
hemoglobina, protena de los glbulos rojos encargada del transporte de oxgeno, es
un ejemplo de protena globular con estructura cuaternaria. La hemoglobina est
compuesta por 574 aminocidos dispuestos en cuatro cadenas polipeptdicas: dos
cadenas alfa idnticas y dos cadenas beta idnticas entre s. Su frmula qumica
es C
3032
H
4816
0
872
S
8
Fe
4

La estructura de las protenas determina su funcin
La estructura de las protenas determina la actividad biolgica de stas. De entre las
innumerables conformaciones tericamente posibles de una protena, generalmente
hay una que predomina. Esta conformacin es generalmente la ms estable y en ese
caso se dice que la protena se encuentra en estado nativo (protena nativa).
La actividad biolgica de una protena puede ser afectada por cambios en la secuencia
de aminocidos o en la conformacin de la protena. Cuando ocurre una mutacin
(cambio qumico en un gen) que ocasiona un cambio en la secuencia de aminocidos
de la hemoglobina, puede producirse un trastorno: anemia de cIulas falciformes. Las
molculas de hemoglobina en una persona con anemia de clulas falciformes tienen el
aminocido valina, en vez de cido glutmico en la posicin 6, es decir, el sexto
aminocido del extremo terminal de la cadena beta. La sustitucin de la valina con una
cadena lateral sin carga por glutamato con una cadena lateral con carga hace que la
hemoglobina sea menos soluble y ms propensa a formar estructuras en forma de
cristal, lo que provoca un cambio en la forma de los glbulos rojos.
Los cambios en la estructura tridimensional de una protena tambin alteran su
actividad biolgica. Cuando una protena se calienta o se trata con algunas sustancias
qumicas, su estructura terciaria se distorsiona y la cadena peptdica en espiral se
desdobla para dar lugar a una conformacin ms al azar. Este desdoblamiento se
acompaa de una prdida de su actividad biolgica; por ejemplo de su capacidad de
actuar como enzima. Este cambio en la forma de la protena y la prdida de su
actividad biolgica se Ilama desnaturalizacin. En general, la desnaturalizacin no
puede revertirse; sin embargo, en determinadas condiciones, algunas protenas que
han sido desnaturalizadas recuperan su forma original y su actividad biolgica cuando
se restauran las condiciones normales del medio.
Las protenas no son eternas y en las clulas es frecuente que las molculas de
protena se sinteticen y se degraden de acuerdo a las necesidades celulares. La
degradacin de una protena es llevada a cabo por proteasas o peptidasas que
hidrolizan algunas o todas las uniones peptdicas, con lo que la protena puede quedar
reducida a sus unidades constitutivas, los aminocidos, que pueden luego ser
utilizados para construir molculas de la misma o de otra protena. El proceso de
hidrliisis destruye la estructura primaria y en el laboratorio puede ser llevado a cabo
por la accin de enzimas o por cidos o lcalis concentrados y a elevadas
temperaturas.

LAS ENZIMAS, UN TIPO ESPECIAL DE PROTENAS
Llegamos ahora a las protenas ms notables y altamente especializadas, las enzimas.
Son los catalizadores de las reacciones de los sistemas biolgicos. Tienen un gran
poder cataltico, a menudo muy superior al de los catalizadores sintticos. Poseen un
elevado grado de especificidad respecto a sus sustratos, aceleran reacciones qumicas
especficas y funcionan en soluciones acuosas en condiciones muy suaves de
temperatura y pH. Hay pocos catalizadores no biolgicos que tengan todas estas
propiedades.
Las enzimas constituyen una de las claves para conocer de qu modo sobreviven y
proliferan las clulas. Actuando en secuencias organizadas catalizan cientos de
reacciones consecutivas en las rutas metablicas mediante las que se degradan
nutrientes, se conserva y transforma la energa qumica y se fabrican las
macromolculas biolgicas a partir de precursores sencillos. Algunas de las enzimas
que participan en el metabolismo son enzimas reguladores que pueden responder a
diversas seales metablicas cambiando adecuadamente su actividad cataltica. A
travs de la accin de las enzimas reguladoras los sistemas enzimticos estn
altamente coordinados, proporcionando una armoniosa influencia recproca entre la
multitud de actividades metablicas diferentes que son necesarias para la vida.
El estudio de las enzimas tambin tiene una importancia prctica inmensa. En algunas
enfermedades, especialmente en las que son genticamente heredables, puede haber
una deficiencia, o incluso una ausencia total, de una o ms enzimas en los tejidos.
Tambin se pueden producir situaciones anormales por la actividad excesiva de un
enzima especfico. La medicin de la actividad enzimtica en el plasma sanguneo,
eritrocitos o muestras de tejido es importante en el diagnstico de enfermedades. Las
enzimas se han convertido en herramientas prcticas importantes, no slo en medicina
sino tambin en la industria qumica, en el tratamiento de los alimentos y en la
agricultura; juegan un papel incluso en las actividades domsticas diarias tales como la
preparacin de alimentos (enzimas tiernizantes de la carne como la papana) o en la
limpieza (proteasas y lipasas que degradan protenas y grasas, respectivamente, que
son incorporadas a los detergentes).
La mayora de las enzimas son protenas
Con la excepcin de un pequeo grupo de molculas de ARN cataltico (ribozimas),
todos las enzimas son protenas. Su actividad cataltica depende de la integridad de su
conformacin proteica nativa. Si se desnaturaliza o disocia un enzima en sus
subunidades, se pierde normalmente la actividad cataltica. Si se descompone un
enzima en sus aminocidos constituyentes, siempre se destruye su actividad cataltica.
As, las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de las protenas
enzimticas son esenciales para su actividad cataltica.
Las enzimas, al igual que otras protenas, tienen masas moleculares relativas que van
desde unos doce mil hasta ms de un milln de daltons (12 a 1000 kDa). Algunos
enzimas no requieren para su actividad ms grupos qumicos que residuos
aminoacdicos. Otros requieren un componente qumico adicional Ilamado cofactor. El
cofactor puede ser uno o varios iones inorgnicos tales como Fe
2+
, Mg
2+
, Mn
2+
o Zn
2+
o
un complejo orgnico o metaloorgnico denominado coenzima. Algunos enzimas
requieren tanto una coenzima como uno o ms iones metlicos para su actividad. Una
coenzima o ion metlico unido covalentemente a la protena enzimtica se denomina
grupo prosttico. Una enzima completa catalticamente activa junto con su coenzima
y/o iones metlicos se denomina holoenzima. La parte proteica de tal enzima se
denomina apoenzima o apoprotena. Las coenzimas actan como transportadores
transitorios de grupos funcionales especficos. Muchas vitaminas, que son nutrientes
orgnicos requeridos en pequeas cantidades en la dieta, son precursoras de
coenzimas. Finalmente, algunos enzimas son modificados por fosforilacin,
glucosilacin y otros procesos. Gran parte de estas alteraciones intervienen en la
regulacin de la actividad enzimtica.
Las enzimas se clasifican segn la reaccin catalizada
Muchas enzimas se han bautizado aadiendo el sufijo asa al nombre del sustrato
sobre el que actan (como la ureasa, que cataliza la hidrlisis de la urea) o utilizando
una palabra o frase que describe su actividad (como la ADN polimerasa, que cataliza la
sntesis de ADN en el proceso de duplicacin o replicacin del ADN). Otros enzimas,
tales como la pepsina y la tripsina (enzimas digestivas), tienen nombres que no se
refieren a sus sustratos. A veces la misma enzima tiene dos o ms nombres, o dos
enzimas diferentes tienen el mismo nombre. Debido a tales ambigedades y al nmero
siempre creciente de enzimas descubiertas, se ha adoptado por acuerdo internacional
un sistema de nomenclatura y clasificacin de las enzimas. Este sistema distribuye las
enzimas en seis clases principales, cada una de ellas con diferentes subclases, segn el
tipo de reaccin catalizada.
Nmero Clase Tipo de reaccin catalizada
1 Oxidorreductasas Transferencia de electrones (iones hidruro o
tomos de hidrgeno)
2 Transferasas Reacciones de transferencia de grupos
3 Hidrolasas Reacciones de hidrlisis (transferencia de grupos
funcionales al agua)
4 Liasas Adicin de grupos a dobles enlaces, o formacin
de dobles enlaces por eliminacin de grupos
5 Isomerasas Transferencia de grupos dentro de molculas,
dando formas isomricas
6 Ligasas Formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N
mediante reacciones de condensacin acopladas a
la ruptura de la molcula de ATP
A cada enzima se le asigna un nmero clasificatorio de cuatro dgitos y un nombre
sistemtico, el cual identifica la reaccin catalizada. Por ejemplo, el nombre
sistemtico formal de la enzima que cataliza la reaccin
ATP + D-Glucosa ADP + D-Glucosa-6-fosfato
es ATP:glucosa fosfotransferasa, que indica que cataliza la transferencia de un grupo
fosfato desde el ATP a la glucosa. El nmero de clasificacin de esta enzima (nmero
EC) [1] es 2.7.1.1, donde el primer dgito (2) denota el nombre de la clase de enzima
de la que se trata (es una transferasa); el segundo dgito (7) hace referencia a la
subclase (se trata de una fosfotransferasa); el tercer dgito (1) indica que es una
fosfotransferasa con un grupo hidroxilo como aceptor y el cuarto dgito (1) precisa que
el otro sustrato es la D-glucosa, que actuar como aceptora del grupo fosfato. Cuando
el nombre sistemtico es largo, o demasiado complicado, puede utilizarse un nombre
trivial (en este caso hexoquinasa).
Cmo funcionan las enzimas?
La catlisis enzimtica de las reacciones qumicas es esencial para los sistemas vivos.
En las condiciones que predominan en los sistemas biolgicos, las reacciones sin
catalizar tienden a ser lentas. La mayora de molculas biolgicas son muy estables al
pH neutro, la temperatura suave y el ambiente acuoso que existe en el interior de las
clulas. Muchas reacciones comunes del metabolismo de los seres vivos resultaran
poco probables en el ambiente celular, tales como la formacin transitoria de
intermedios cargados inestables o la colisin de dos o ms molculas con la orientacin
precisa requerida para la reaccin. Para tomar un ejemplo contundente, digamos que
las reacciones necesarias para digerir los alimentos, enviar seales nerviosas o
contraer el msculo no se dan a una velocidad til sin catlisis.
Una enzima soluciona estos problemas al proporcionar un ambiente dentro del cual
una reaccin determinada es energticamente ms favorable. El rasgo distintivo de
una reaccin catalizada enzimticamente es que tiene lugar dentro de un hueco de la
molcula de la enzima denominada sitio activo o centro activo. La molcula sobre la
que acta la enzima y que queda fijada en el sitio activo se denomina sustrato. El
complejo enzima-sustrato es de importancia central en la accin de las enzimas
Las enzimas alteran las velocidades de reaccin pero no los equilibrios
Un anlisis de una reaccin catalizada por un enzima nos servir para introducir
algunos conceptos y definiciones importantes.
Se puede escribir una reaccin enzimtica sencilla como
E + S

ES

EP

E + P (1)
donde E, S y P representan enzima, sustrato y producto, respectivamente. ES y EP
son complejos del enzima con el sustrato y con el producto, respectivamente.
Para entender la catlisis, hemos de apreciar en primer lugar la importante
distincin entre equilibrios de reaccin y velocidades de reaccin. La funcin de un
catalizador (y, en consecuencia, de una enzima) es aumentar la velocidad de
una reaccin. Los catalizadores no modifican los equilibrios de reaccin.
Cualquier reaccin, por ejemplo S P, donde S es el sustrato y P es el producto,
puede describirse mediante un diagrama de la coordenada de reaccin, que es una
descripcin grfica del camino energtico de la reaccin.



En su forma normal estable, o estado basal, cualquier molcula (tal como S o P)
contiene una cantidad caracterstica de energa. El equilibrio entre S y P refleja la
diferencia de la energa ( G) de sus estados basales. En el ejemplo que se muestra
en la figura, la energa del estado basal de P es inferior al de S, con lo que el equilibrio
favorece la degradacin de S y la formacin de P. Este equilibrio no es afectado por
ningn catalizador.
No obstante, un equilibrio favorable no indica que la conversin S P sea rpida.
La velocidad de reaccin es dependiente de un parmetro totalmente diferente. Existe
una barrera energtica entre S y P que representa la energa requerida para el
alineamiento de los grupos reactivos, formacin de cargas inestables transitorias,
reordenamientos de enlaces y otras transformaciones que se requieren para que la
reaccin tenga lugar en cualquiera de las dos direcciones. Esto viene representado por
la colina energtica de la figura. Para que haya reaccin las molculas han de
superar esta barrera por lo que se deben llevar a un nivel energtico superior. En la
cumbre de la colina energtica existe un punto en el que la cada hacia el estado S o P
es igualmente probable (en cualquier caso es de bajada). Es lo que se denomina el
estado de transicin. El estado de transicin no es una especie qumica con
estabilidad significativa por lo que no se ha de confundir con un intermedio de
reaccin. Es, simplemente, un momento molecular fugaz en el que acontecimientos
tales como rotura de enlace, formacin de enlace y desarrollo de carga han llegado al
preciso instante en el que la vuelta al estado inicial del sustrato o la generacin de un
producto son igualmente probables. La diferencia entre los niveles de energa del
estado basal y del estado de transicin se denomina energa de activacin.
La velocidad de una reaccin refleja esta energa de activacin, ya que si la energa de
activacin es ms elevada la reaccin es ms lenta. Las velocidades de reaccin
pueden aumentarse incrementando la temperatura, mediante la que se aumenta el
nmero de molculas con energa suficiente para superar la barrera energtica. De
modo alternativo, puede disminuirse la energa de activacin aadiendo un catalizador.
Los catalizadores (como las enzimas) aumentan las velocidades de reaccin
disminuyendo las energas de activacin.
Las enzimas no constituyen una excepcin a la regla de que los catalizadores no
modifican el equilibrio de reaccin. Las flechas bidireccionales de la Ecuacin (1)
ilustran este punto: cualquier enzima que catalice la reaccin S P tambin
cataliza la reaccin P S. Su nica misin es acelerar la interconversin de S y
P. No se gasta enzima en el proceso y no queda afectado el punto de equilibrio. No
obstante, la reaccin alcanza el equilibrio de una manera mucho ms rpida
cuando est presente el enzima adecuado, ya que incrementa la velocidad de
la reaccin.
Se puede ilustrar este principio general considerando la reaccin de la glucosa con el
oxgeno para formar CO
2
y H
2
O, que representa los estados inicial y final del proceso
de respiracin que veremos ms adelante. Esta reaccin tiene una variacin de energa
libre muy grande (el contenido de energa libre de la glucosa es notoriamente mayor
que el de los productos), por lo que en el equilibrio la cantidad de glucosa presente es
insignificante. No obstante, la glucosa es un compuesto estable y puede combinarse
con O
2
en un recipiente de manera casi indefinida sin que reaccionen. A pesar de que
la variacin de energa libre es favorable para que la reaccin tenga lugar, su
estabilidad es reflejo de una elevada energa de activacin para la reaccin.
Sin embargo, en las clulas la glucosa es degradada en presencia de O
2
a CO
2
y H
2
O
en una ruta de reacciones catalizada por enzimas. Estas enzimas no slo aceleran las
reacciones sino que las organizan y controlan de tal manera que gran parte de la
energa liberada en este proceso se recupera en otras formas que pueden ser utilizadas
por la clula para realizar todas sus funciones. Esta es la ruta primaria de formacin de
energa para las clulas y las enzimas que actan en ella permiten que el proceso
tenga lugar en una escala de tiempo til para las clulas.
Las energas de activacin son barreras energticas para las reacciones qumicas;
estas barreras son cruciales para la propia vida. La estabilidad de una molcula
aumenta con la altura de su barrera de activacin. Sin tales barreras energticas, las
molculas complejas (como por ejemplo las protenas o los cidos nucleicos)
revertiran espontneamente a formas moleculares mucho ms sencillas. No podran
existir ni las estructuras complejas y altamente ordenadas ni los procesos metablicos
que tienen lugar en cada clula. Las enzimas han evolucionado para disminuir
selectivamente las energas de activacin de las reacciones necesarias para la
supervivencia celular.
Unos pocos principios explican el poder cataltico y la especificidad de las
enzimas
Las enzimas son catalizadores extraordinarios. Los aumentos de velocidad conseguidos
por las enzimas son de 7 a 14 rdenes de magnitud. Las enzimas son tambin muy
especficas, discriminando fcilmente entre sustratos con estructuras muy similares.
Cmo se pueden explicar estos incrementos enormes y altamente selectivos? De
dnde viene la energa que proporciona un descenso espectacular de las energas de
activacin de reacciones especficas?
Parte de la explicacin de la accin enzimtica proviene de acciones qumicas bien
estudiadas que tienen lugar entre un sustrato y grupos funcionales de las enzimas
(cadenas laterales de aminocidos especficos, iones metlicos y coenzimas). Los
grupos funcionales catalticos de las enzimas pueden interaccionar de manera
transitoria con un sustrato, activndolo para la reaccin. En muchos casos, estos
grupos disminuyen la energa de activacin (acelerando de este modo la reaccin) al
proporcionar una ruta de reaccin de menor energa. La energa requerida para
disminuir la energa de activacin proviene generalmente de interacciones dbiles no
covalentes entre el sustrato y la enzima (puentes de hidrgeno e interacciones inicas,
hidrofbicas y de van der Waals) que se denomina energa de fijacin.
Las interacciones dbiles entre enzima y sustrato (energa de fijacin) son
ptimas en el estado de transicin
Cmo utiliza un enzima la energa de fijacin para disminuir la energa de activacin
de la reaccin? La formacin del complejo enzima-sustrato (ES) no es por s misma la
explicacin, si bien algunas de las primeras consideraciones sobre los mecanismos de
reaccin empezaron con esta idea (se pensaba que las enzimas eran estructuralmente
complementarios de sus sustratos, de modo que se acoplaban del mismo modo que
una llave y una cerradura).
La nocin moderna de la catlisis enzimtica considera que para que una enzima
catalice una reaccin ha de ser complementaria al estado de transicin de la reaccin.
Esto significa que las interacciones ptimas (mediante enlaces dbiles) entre sustrato y
enzima se producen en el estado de transicin. Al generarse el complejo ES se forman
algunas interacciones dbiles, pero el complemento total de las interacciones dbiles
posibles entre sustrato y enzima slo se forma cuando el sustrato alcanza el estado de
transicin. La energa libre (energa de fijacin) liberada por la formacin de esas
interacciones equilibra parcialmente la energa requerida para llegar a la cima de la
colina energtica (la energa de activacin). Sin embargo, la reaccin catalizada por el
enzima es mucho ms rpida que en el proceso sin catalizar, porque por lo dicho la
colina es mucho ms baja. El principio importante es que las interacciones de fijacin
dbiles entre el enzima y el sustrato proporcionan la fuerza motriz principal de la
catlisis enzimtica. Los grupos del sustrato que intervienen en estas interacciones
dbiles pueden estar situados a cierta distancia de los enlaces que se rompen o
modifican. Las interacciones dbiles formadas en el estado de transicin son las que
ms contribuyen a la catlisis.
La necesidad de mltiples interacciones dbiles para impulsar la catlisis es una de las
razones de que las enzimas (y algunas coenzimas) sean tan grandes. El enzima ha de
aportar grupos funcionales para interacciones inicas, puentes de hidrgeno y otras
interacciones y ha de posicionar estos grupos de forma precisa para que la energa de
fijacin en el estado de transicin pueda ser ptima.
La misma energa de fijacin que aporta energa para la catlisis tambin hace que el
enzima sea especfico. Por ejemplo, si el sustrato tiene un grupo hidroxilo que forma
un puente de hidrgeno especfico con un residuo Glu del enzima, cualquier molcula
que carezca de este grupo hidroxilo concreto ser, en general, un peor sustrato para el
enzima. Adems, cualquier molcula con un grupo funcional extra para el que el
enzima no contiene una bolsa o sitio de fijacin ser muy probablemente excluido del
enzima. En general, la especificidad proviene asimismo de la formacin de mltiples
interacciones dbiles entre el enzima y muchas partes, o todas, de su molcula de
sustrato especfica.
La energa de fijacin mantiene los sustratos en la orientacin correcta para
reaccionar, lo que es una contribucin muy importante a la catlisis ya que las
colisiones productivas entre molculas en solucin pueden ser extremadamente raras.
Los sustratos se pueden alinear sobre el enzima de forma precisa. Una multitud de
interacciones dbiles entre cada sustrato y grupos localizados de manera estratgica
en el enzima mantienen juntas las molculas de sustrato en las posiciones adecuadas.
Las enzimas estn sujetas a inhibicin reversible e irreversible
Las enzimas catalizan virtualmente todos los procesos celulares, por lo que no es
sorprendente que los inhibidores enzimticos se encuentren entre los principales
medicamentos. La aspirina inhibe el primer paso de la sntesis de las prostaglandinas
al bloquear irreversiblemente la accin de la prostaglandina perxido sintasa (un tipo
de prostaglandinas que eleva la temperatura corporal produciendo inflamacin y
dolor). Existen dos tipos de inhibidores enzimticos: reversibles e irreversibles.
Los inhibidores reversibles pueden ser de distintos tipos, pero los ms comunes son
los inhibidores competitivos, que son generalmente sustancias que se parecen al
sustrato y que compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima. Cuando se ha
fijado el inhibidor la reaccin catalizada por la enzima no tiene lugar, pero como la
reaccin es reversible, se puede desplazar el equilibrio agregando ms sustrato. La
inhibicin competitiva se utiliza en el tratamiento de envenenamiento con metanol, que
se convierte en formaldehido por la enzima alcohol deshidrogenasa; el formaldehido
lesiona muchos tejidos, en especial los ojos. El etanol compite con el metanol por la
enzima, de modo que la terapia para el envenenamiento con metanol es la aplicacin
endovenosa de etanol, lo cual hace que la formacin de formaldehido sea lo
suficientemente lenta como para que el metanol se pueda eliminar inocuamente en la
orina.
Los inhibidores irreversibles son los que se combinan con (o destruyen) un sitio
esencial para la actividad de la enzima. Los inhibidores irreversibles son muy tiles
para estudiar el mecanismo de accin enzimtico: los aminocidos con funciones
catalticas clave pueden ser identificados determinando cul es el aminocido al que se
ha unido covalentemente el inhibidor despus de la inactivacin de la enzima. La
farmacoterapia moderna hace uso de variados inhibidores competitivos para el
tratamiento de algunas enfermedades, incluido el SIDA.
La actividad enzimtica es afectada por diversos factores
Las enzimas tienen un pH ptimo o un intervalo de pH en el que la actividad es
mxima. Esto es debido a que las cadenas laterales que intervienen en la actividad
cataltica presentan diferentes grados de ionizacin a diferentes valores de pH. La
fuerza inica del medio tambin afecta significativamente la actividad enzimtica,
debido a la posible interaccin de grupos cargados con los sitios activos de la enzima.
Por el hecho de ser protenas, las enzimas son sensibles a la accin de la temperatura.
El incremento de la temperatura produce un incremento de la actividad enzimtica,
pero al llegar a determinados valores de temperatura la enzima comienza a
desnaturalizarse y se produce el efecto inverso. De todos modos debe tenerse en
cuenta que en la mayora de los organismos la temperatura celular es relativamente
constante.
Enzimas reguladoras
En el metabolismo celular es muy frecuente que haya grupos de enzimas que
funcionan conjuntamente en rutas secuenciales que parten de un reactivo inicial y
llegan a un producto final luego de varios pasos. En tales sistemas enzimticos, el
producto de la reaccin catalizada por la primer enzima se convierte en el reactivo
(sustrato) de la siguiente, y as sucesivamente. En cada sistema hay al menos una
enzima que fija la velocidad global, porque cataliza la reaccin ms lenta, que es la
que limita la velocidad de la reaccin total. Estas enzimas reguladoras muestran una
actividad cataltica mayor o menor en respuesta a la accin de ciertas sustancias
(moduladores) que se unen a la enzima en forma reversible, con lo que la velocidad de
cada secuencia metablica se ajusta constantemente a la necesidad de la clula.
Un mecanismo diferente de regulacin enzimtica lo constituyen los precursores
inactivos de algunas enzimas (zimgenos). Muchas proteasas del estmago (pepsina)
y del pncreas (tripsina y quimotripsina) se sintetizan en forma de proenzimas
inactivas (pepsingeno, tripsingeno, quimotripsingeno) que requieren la accin de
una proteasa especfica que libera un residuo polipeptdico, con lo que se obtiene la
enzima activa. El sistema de formacin de precursores inactivos se da no slo en las
enzimas: la hormona insulina se sintetiza como proinsulina y la protena fibrosa
colgeno se sintetiza como procolgeno; en ambos casos proteasas especficas liberan
restos polipeptdicos innecesarios y producen la protena activa.
ACIDOS NUCLEICOS
En las clulas se encuentran dos variedades de cidos nucleicos: el cido ribonucleico
(ARN) y el cido desoxirribonucleico (ADN). El ADN forma genes, el material
hereditario de las clulas, y contiene instrucciones para la produccin de todas las
protenas que el organismo necesita.
El ARN est asociado a la transmisin de la informacin gentica desde el ncleo hacia
el citoplasma, donde tiene lugar la sntesis de protenas, proceso al cual est
estrechamente relacionado. Hay tres tipos de ARN: ARN mensajero (ARNm), ARN de
transferencia (ARNt) y ARN ribosmico (ARNr), que actan en el proceso de sntesis de
protenas.
Al igual que las protenas, los cidos nucleicos son molculas grandes y complejas.
Fueron aisladas por primera vez por Miescher en 1870, a partir del ncleo de las
clulas del pus; su nombre se origina del hecho de que la primera vez que se
identificaron se observ que eran cidos, adems de que fueron identificados por
primera vez en el ncleo celular.
Nucletidos: subunidades de los cidos nucleicos
Los cidos nucleicos son biopolmeros, pero a diferencia de los polisacridos como el
almidn o el glucgeno, en los que el monmero es una molcula simple (la - o la -
glucosa, respectivamente), los monmeros de los cidos nucleicos son los nucletidos,
unidades moleculares que constan de: 1) un azcar de cinco carbonos, ya sea ribosa
en el caso del ADN o desoxirribosa en el caso del ARN; 2) un grupo fosfato y, 3) una
base nitrogenada, ya sea una purina de doble anillo o una pirimidina de anillo simple.
El ADN contiene las bases pricas Adenina (A) y Guanina (G) y las bases pirimdicas
Citosina (C) y Timina (T), junto con el azcar desoxirribosa y el fosfato. El ARN
contiene las mismas bases pricas (A y G), pero en cuanto a las bases pirimdicas el
Uracilo (U) reemplaza a la timina.







Las molculas de los cidos nucleicos
estn formadas por cadenas de
nucletidos, cada uno de ellos unido al
siguiente por enlaces covalentes entre la
molcula de azcar de una cadena (el
carbono 3de la ribosa o de la
desoxirribosa) y la molcula de fosfato de
la otra cadena, que a su vez est unido al
carbono 5de la pentosa.
Estos enlaces son Ilamados uniones o
puentes fosfodister, porque el fosfato
est unido por una unin ster fosfato al
azcar del nucletido y por otra unin
equivalente al azcar del nucletido que
lo precede.
Las molculas de ADN son
considerablemente ms
grandes que las de ARN, pero
adems poseen una
estructura doble, ya que
estn constituidas por dos
cadenas que son
complementarias entre s. Las
dos cadenas se enfrentan por
las bases, que se mantienen
unidas por la existencia de
puentes de hidrgeno, pero la complementariedad proviene de que siempre una base
prica (de mayor dimensin) se enfrenta con una base pirimdica y que el
acoplamiento siempre enfrenta a A con T y a G con C. Este hecho es fundamental para
permitir la duplicacin (replicacin) del ADN, ya que cada una de las cadenas sirve
de molde para que se produzca la cadena complementaria respectiva.
Como consecuencia de su elevado contenido en cido fosfrico y a raz del pH cercano
a la neutralidad del medio celular, las molculas de ADN en el ncleo poseen carga
negativa. Este hecho favorece su asociacin con protenas bsicas (las histonas), que
aparentemente juegan un rol protector y que en conjunto con el ADN constituyen la
cromatina nuclear. El ADN (y las histonas asociadas) se dispone en forma helicoidal
y parcialmente enrollada mientras la clula est en actividad normal, pero sufre una
gran condensacin (superenrrollamiento) en el momento de la divisin celular, dando
lugar a los cromosomas. En realidad no existen diferencias estructurales entre la
cromatina nuclear y los
cromosomas, sino que se
trata de distintos grados de
condensacin de la
molcula de ADN. Si bien el
trmino cromatina se sigue
utilizando (proviene de la
poca de las primeras
observaciones
microscpicas de ncleos
coloreados: cromatos =
color), la tendencia
moderna es llamar
cromosoma al ADN nuclear,
independientemente del
grado de condensacin que
exhiba.
La diferencia esencial entre
ADN y ARN, adems del
reemplazo de la
desoxirribosa por la ribosa
y de T por U, es que el ARN
est constituido por una
cadena nica y que sus
dimensiones son considerablemente ms reducidas que las del ADN. Los tres tipos
principales de ARN (mensajero, de transferencia y ribosmico) estn asociados con el
proceso de sntesis de protenas, que tiene lugar en los ribosomas, estructuras que
contienen ARN y protenas y que constituyen el lugar fsico en el que se desarrolla la
sntesis de las molculas proteicas. El ARNm contiene generalmente la informacin de
la secuencia de aminocidos de una nica protena y obtiene dicha informacin por el
proceso de transcripcin, a travs del cual una enzima especfica (ARN polimerasa)
copia la informacin contenida en un sector (un gen) de una de las dos cadenas del
ADN. Este proceso ocurre naturalmente en el ncleo, pero el ARNm pasa al citoplasma
a travs de los poros nucleares y se encuentra con los ribosomas. La secuencia de
bases del ARNm (que como se dijo es complementaria de la secuencia de bases de un
sector de ADN) contiene la informacin sobre la posicin que deben ocupar los
aminocidos en la protena. Esta codificacin recibe el nombre de cdigo gentico.
Por su parte distintos ADNt son los encargados de reconocer a cada uno de los
aminocidos y ubicarlos en el lugar sealado por el cdigo gentico en un proceso
conocido como traduccin.






Otros nucletidos importantes
Aparte de su importancia como subunidades de los cidos nucleicos, los nucletidos
intervienen en otras importantes funciones de las clulas. El trifosfato de adenosina
(ATP), compuesto de adenina, ribosa y tres fosfatos tiene una importancia destacada
como fuente de energa para las clulas. Los dos fosfatos terminales se unen al
nucletido mediante enlaces "ricos en energa", que se sealan por el smbolo ~P.
Estos enlaces reciben tal nombre porque liberan una gran cantidad de energa cuando
se someten a hidrlisis. La energa que se libera es biolgicamente utilizable y puede
transferirse a otras molculas. La mayor parte de la energa qumica de las clulas se
almacenan en enlaces de fosfato (ATP) ricos en energa, lista para liberarse cuando el
grupo fosfato se transfiere a otra molcula.
Un nucletido puede convertirse en una forma cclica por medio de enzimas Ilamadas
ciclasas. De esta manera la adenilatociclasa convierte al ATP en adenosn monofosfato
cclico (AMP cclico). Los nucletidos cclicos juegan un papel importante en la
mediacin de los efectos hormonales y en la regulacin de varios aspectos de la
funcin celular.
Las clulas contienen varios dinucletidos de importancia especial en los procesos
metablicos. Por ejemplo, como se discutir en el captulo 7, el dinucletido de adenina
y nicotinamida (NAD) es muy importante como receptor y donador de hidrgeno y
electrones en funciones biolgicas de oxidacin y reduccin en las clulas