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Proteínas asociadas a nucleoide.

 MukB

MukB es una proteína bacteriana de SMC (mantenimiento de la estructura del cromosoma) necesaria para el plegamiento correcto del cromosoma de Escherichia coli. La proteína MukB forma un homodímero; como otros miembros de la familia de proteínas SMC, MukB es una proteína grande formada por cinco dominios. MukB actúa como una pinza macromolecular que compacta el ADN; la condensación es cooperativa, y el ATP estimula su iniciación, pero no propagación. Actúa en complejo con las dos proteínas no SMC , MukE y MukF . MukE/F interrumpe interacciones MukB-ADN in vitro. En vivo, sin embargo, MukEF estimula la condensación del ADN inducida por MukB. MukE/F es esencial para la asociación estable de MukB con el cromosoma. Existe un gen supresor de mukB, el SmbA, que es esencial para la proliferación celular en el rango de temperatura de 22-42 ◦ C. Las células que carecen de la proteína SmbA cesan la síntesis macromolecular.  Fis

Fis es una proteína pequeña, de unión a ADN básico que se identificó originalmente por su habilidad para efectuar la variación de fase flagelar en E. coli mediante la estimulación de la inversión de ADN. FIS también ha sido implicada como un participante en la transcripción de rRNA y tRNA. Puede desempeñar un papel importante en la replicación del ADN cromosómico como se evidencia por su unión al origen de replicación ( OriC ) en E. coli . Los niveles Fis varían drásticamente durante el crecimiento de la célula y en respuesta al cambio de las condiciones ambientales. En la fase estacionaria, en un medio rico, los niveles de Fis aumentan de menos de 100 a más 50.000 copias por célula antes de la primera división celular. Cuando la célula comienza su crecimiento exponencial, la síntesis de Fis se reduce y la concentración intracelular cae. La alteración simultánea en los niveles de mRNA de la Fis sugiere que la regulación es a nivel transcripcional. Fis Aparece para autorregular su propia expresión como se muestra por el hecho de que la unión a su promotor excluye unión de la ARN polimerasa.