UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO FACULTAD DE CIENCIAS BIOLGICAS DEPARTAMENTO ACADMICO DE QUMICA BIOLGICA Y FISIOLOGA ANIMAL

BIOQUMICA
T1. Los enlaces qumicos en bioqumica, el agua en las reacciones enzimticas. Protenas. Estructura. T2. Enzimas. Caractersticas generales: Holoenzima, Apoenzima. La energa libre y la cintica enzimtica, Km consideraciones generales.

Ms.C. Patricia Elizabeth Torres Plasencia .

Los enlaces qumicos en bioqumica

Los tomos interaccionan por medio de enlaces qumicos: covalentes (definen la estructura de las molculas) y no covalentes.

Enlaces covalentes: Ms fuertes. Consiste en un par de electrones compartidos entre dos tomos adyacentes.

Los enlaces covalentes y no covalentes son importantes para la estructura y estabilidad de las molculas biolgicas.

Enlaces no covalentes
Interacciones electrostticas: Atraccin entre cargas opuestas. Puente de Hidrgeno: tomo de H parcialmente compartido entre dos tomos relativamente electronegativos (N, O). Grupo donador del enlace de H: tomo estrechamente unido al H y al t. de H. Grupo aceptor de H: t. no unido. Interacciones de Van der Waals: Base: distribucin de cargas elctricas de un tomo vara con el tiempo (distribucin asimtrica de cargas). Interacciones hidrofbicas: Algunas molculas (apolares) no pueden participar en los puentes de H ni en interacciones inicas con el agua. Tendencia a asociarse: efecto hidrofbico, Interaccin entre molc. apolares: interaccin hidrofbica.

Propiedades del agua

Diluyente en el que tienen lugar la mayora de las reacciones bioqumicas.

El agua es una molcula polar

El agua es muy cohesiva: Las molc. de agua interaccionan a travs de puentes de H. Ejm: Hielo. Las molc. en soluc. acuosa interaccionan con el agua a travs de puentes de H e interacc. inicas.

Protenas. Estructura
Protenas: macromolculas ms verstiles de los seres vivos, participan en una gama de funciones de acuerdo a diversas propiedades: Son polmeros lineales: Construidos por monmeros: Aas. Son la transicin desde el mundo unidimensional al tridimensional (funcin).

Poseen grupos funcionales: alcoholes, tioles, tiosteres , c. Carboxlicos, carboxiamidas y una serie de grupos bsicos. Pueden interaccionar entre s y con otras macromolc. para formar asociaciones complejas.

Algunas son muy rgidas y otras muy flexibles.

Las protenas se construyen a partir de 20 Aas

Son -aminocidos: tomo de C unido a cuatro grupos. Son quirales: tomo de C unido a cuatro grupos diferentes.
Grupo Carboxilo

Grupo amino

tomo de H.

Grupo R cadena lateral.

Ismero L Dos ismeros: L y D. L, constituye las protenas.

Ismeros L, configuracin absoluta S

A pH neutro, los Aas se encuentran como iones dipolares: zwitteriones

Existen 20 tipos diferentes de Grupos R o cadenas laterales:

ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS

Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria

Estructura Primaria
Es la secuencia de aminocidos de una protena (cadena polipeptdica)
Aas unidos por enlaces peptdicos

Cada unidad aminoacdica se denomina residuo. El extremo amino terminal (N terminal), es el comienzo de la cadena polipeptdica, por lo que la secuencia de Aas empieza desde ah.

Estructura Secundaria
Las cadenas polipeptdicas se pueden plegar en estructuras regulares: hlice , hoja plegada , giros () y bucles ().
Hlice : Estructura helicoidal, se estabiliza por puentes de H entre los grupos NH y CO de la cadena principal (puentes de H intracatenarios).

Hoja Plegada : Se estabilizan por puentes de H entre las cadenas polipeptdicas (hebras ). Hoja antiparalela: Hebras en sentidos opuestos. Conecta cada Aas con un nico Aa (> estabilidad).

Hoja paralela: Hebras en el mismo sentido. Tambin existen hojas mixtas.

Giros inversos y bucles: Se encuentran en la superficie y participan en las interacciones entre protenas y molculas.

Estructura Terciaria
El plegamiento de la cadena principal es complejo y desprovisto de simetra. La forma global de la cadena polipeptdica de una protena se conoce como estructura terciaria.

Motivos o estructuras supersecundarias: Hlice-vuelta-hlice. Cadenas polipetdicas que se pliegan en dos ms regiones (dominios), conectadas por segmentos flexibles.

Estructura Cuaternaria
Para protenas que poseen ms de una cadena polipeptdica. Se refiere al ordenamiento espacial de las subunidades y la naturaleza de sus interacciones. Forma ms simple: dmero.

Las cadenas polip. pueden ensamblarse en estructuras de mltiples subunidades. Cada cadena polip. es una subunidad.

Caractersticas generales. Holoenzima. Apoenzima. Energa libre . Cintica enzimtica, Km consideraciones generales.

ENZIMAS

ENZIMAS. Caractersticas Generales

1. Composicin:
Casi todos son de naturaleza proteica, excepto molculas de RNA catalticamente activas (ribosimas).
En los viroides de plantas, como los que producen la mancha de los paltos y la mancha de la planta del tabaco. Estas ribozimas contienen secuencias de RNA, que tienen esta posibilidad de cortar otras cadenas RNA, en secuencias de nucletidos bien determinadas.

ENZIMAS. Caractersticas Generales

La actividad cataltica de muchos enzimas depende de la presencia de pequeas molculas llamadas cofactores.

COFACTORES

Metales

Molculas orgnicas pequeas deriv. vitaminas: coenzimas

Unin fuerte Grupo Prosttico

Unin dbil Cosustrato

Enzimas que requieren elementos inorgnicos

Citocromo oxidasa Catalasa, peroxidasa
Citocromo oxidasa DNA polimerasa Anhdrasa carbnica Alcohol deshidrogensa Hexoquinasa Glucosa 6-fosfatasa

Fe2+, Fe+,
Cu2+ Zn2+ Mg2+

Arginasa
Piruvato quinasa Ureasa Nitrato reductasa

Mn2+
K+, Mg2+ Ni2+ Mo2+

ENZIMAS. Caractersticas Generales

Aumentan las velocidades de las reacciones hasta 106 veces, sin afectar el equilibrio de la reaccin. El enzima no se modifica tras su actuacin cataltica.

2. Poder cataltico

3. Especificidad

Radica en el centro activo del enzima (responsable de la interaccin).

ENZIMAS. Caractersticas Generales

4. Requieren de condiciones ambientales: pH
Enzima Pepsina Tripsina Catalasa Arginasa Fumarasa Ribonucleasa pH ptimo 1.5 7.7 7.6 9.7 7.8 7.8

5. Requieren de condiciones ambientales: Temperatura

Enzima Mamferos Temp. pt. (oC) 37
aprx. aprx.

Bacterias y algas
Bacterias rticas

100
0

Bacterias en muestra de hielo antigua

DIVERSAS APLICACIONES:

Medicina Industria Qumica Transformacin de Alimentos

Transaminasas

Penicilina Fermentaciones Quesos Vinos Rhyzobium

Agricultura

ENZIMAS. Clasificacin
Descubrimiento de ms y ms enzimas surgieron ambigedades inevitables. Anteriormente, los nombres: tipo de reaccin catalizada, seguido por sufijo asa. Deshidrogenasas, proteasas e isomerasas.

La UIB: sistema de nomenclaturas sin ambigedad. Cada enzima: nombre y nmero de cdigo singular que identifican el tipo de reaccin catalizada y los sustratos comprendidos.

De acuerdo al tipo de reaccin catalizada, los enzimas se agrupan en seis clases:

1. Oxidorreductasas

Catalizan reacciones de oxidorreduccin, transferencia de hidrgeno (H) o electrones (e-) de un sustrato a otro.

EC 1.1.1.2 Accepted alcohol dehydrogenase (NADP ) name:

+

Reaction: an alcohol + NADP = an aldehyde + NADPH + H

Other name aldehyde reductase (NADPH2); NADP-alcohol dehydrogenase; NADP + (s): aldehyde reductase; NADP -dependent aldehyde reductase; NADPHaldehyde reductase; NADPH-dependent aldehyde reductase; nonspecific succinic semialdehyde reductase; ALR 1; low-Km aldehyde reductase; high-Km aldehyde reductase; alcohol dehydrogenase + (NADP ) Systematic name: alcohol:NADP oxidoreductase Comments: A zinc protein. Some members of this group oxidize only primary alcohols; others act also on secondary alcohols. May be identical with EC 1.1.1.19 (L-glucuronate reductase), EC 1.1.1.33 [mevaldate reductase (NADPH)] and EC 1.1.1.55 [lactaldehyde reductase (NADPH)]. A-specific with respect to NADPH.
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ http://www.enzyme-database.org/ http://us.expasy.org/enzyme/
+

2. Transferasas:
Transfieren grupos funcionales entre dadores y aceptores. Transfieren grupos amino, acilo, fosfato, glucosilo y los grupos monocarbonados.

3. Hidrolasas:
La reaccin generalizada implica la rotura hidroltica de enlaces C-C, CO, C-N, O-P y C-S; la rotura del enlace peptdico es un buen ejemplo de esta reaccin.

4. Liasas:
Aaden o eliminan los elementos del agua, amoniaco o dixido de carbono. Las descarboxilasas eliminan unidades de CO2 de y cetocidos o aminocidos.

5. Isomerasas:
Catalizan isomerizaciones de diversos tipos dentro de una molcula. Interconversiones cis trans y aldosa cetosa.

6. Ligasas:
Catalizan la unin de dos molculas acopladas a la hidrlisis de ATP. El trmino sintetasa se reserva para este tipo de enzimas.

CATLISIS ENZIMTICA:
Formacin del complejo Enzima - Sustrato
La mayor parte de la capacidad cataltica de los enzimas procede de yuxtaponer sus sustratos en condiciones favorables dentro de los complejos ES para facilitar la formacin de los estados de transicin. Los sustratos quedan unidos a una regin especfica del enzima denominado centro activo.

El Centro Activo, al ser la regin que se une al sustrato, contiene los residuos que participan directamente en la produccin y roturas de enlaces (grupos catalticos). La funcin del centro activo es: Fijar especficamente al sustrato Transformarlo catalticamente. Los centros activos de las diversas enzimas poseen ciertas caractersticas comunes: Centro activo, porcin pequea del volumen del enzima Es una entidad tridimensional

Los sustratos se unen por fuerzas dbiles: Interacciones electrostt., hidrofbicas, Van der Waals, puentes de H.
Los centros activos son hoyos o hendiduras La especificidad del enlace depende de la disposicin definida de los tomos del centro activo.

Modelo llave - cerradura

Modelo del ajuste inducido

CATLISIS ENZIMTICA: Energa libre:

La primera ley de la Termodinmica establece que la energa total de un sistema y su entorno permanece constante.

Para comprender el funcionamiento de los enzimas, es necesario conocer:

La diferencia de la energa libre (G) entre los productos y los reactantes Si G es negativo: Reaccin espontnea. si G es cero: Equilibrio. si G es positivo: Reaccin no espontnea
A+B C+D

La energa que se requiere para iniciar la conversin de los reactantes en productos (energa de activacin G++.). Determina la velocidad de la reaccin

Intervienen los enzimas, favoreciendo La formacin del estado de transicin.

Los enzimas alteran las velocidades de reaccin pero no el equilibrio

Por lo tanto:

De S a P: estado de transicin X++ que tiene mayor energa libre.

G entre X++ y el S: energa libre de Gibbs o energa de activacin: G++.

Energa liberada por interacciones dbiles entre el E y el S (energa de unin) permite que la energa de activacin disminuya.

La esencia de la catlisis es la estabilizacin especfica del estado de transicin .

CINTICA ENZIMTICA
Concentracin de enzima, sustratos y productos (incluyendo inhibidores y/o activadores)

pH

La cintica enzimtica estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por los enzimas, as como tambin los factores que intervienen.

Temperatura

Qu significa velocidad cuando hablamos de una reaccin qumica? Si tenemos la siguiente reaccin:

La velocidad (V) es la cantidad de A que desaparece en una unidad de tiempo concreta; es igual a la velocidad de aparicin de P, es decir, la cantidad de P que aparece en una unidad de tiempo completo. La velocidad de la reaccin est relacionada directamente con la concentracin de A mediante una constante de proporcionalidad k, denominada constante de velocidad: Primer orden Muchas reacciones bioqumicas importantes incluyen dos reactantes: V = k[A][B] Segundo orden

Pseudo primer orden Orden cero

La concentracin del sustrato afecta la velocidad de reaccin catalizada por enzimas

Para investigar la velocidad de reaccin el mtodo ms sencillo es seguir el incremento del producto de la reaccin en funcin del tiempo.

Se alcanza un equilibrio, el enzima es activo y transforma el P en S y vicev.

Sin embargo, las cinticas enzimticas son ms fcilmente comprendidas si se considera solamente la reaccin directa (conversin del S a P). Velocidad de catlisis (V0) : nmero de moles de producto formado por segundo cuando la reaccin acaba de empezar (t = 0).

Leonor Michaelis y Maud Menten propusieron un modelo sencillo que explica estas caractersticas cinticas mediante la formacin de un complejo E-S intermediario en la catlisis.

E+S

k+1 k-1

ES

k+2
K-2

E+P

Teniendo en cuenta la velocidad de reaccin cercana a 0: E+S k+1 k-1 ES k+2 E+P

En el estado estacionario la [ES] permanece invariable y las concentraciones del S y P van cambiando. Se obtiene una constante que relaciona las constantes de velocidad de destruccin y formacin del complejo [ES]

Baja concentracin de sustrato

Si K1 >> K2, Km = cte disociacin del complejo ES, es decir es una medida de la estabilidad del complejo ES: una Km baja indica una unin fuerte. Pero tambin a partir de la ecuacin de Michaelis Menten:

ALTA concentracin de sustrato SATURACION

Si [S] es igual a Km, Vo = Vmax/2

GRACIAS POR SU ATENCIN