I.

IDENTIFICACIN DE LA ASIGNATURA
UdelaR - Facultad de Qumica - DETEMA Centro de Bioinformtica Estructural

Nombre: TALLER DE SIMULACIONES BIOMOLECULARES Cdigo:

Unidad Responsable: Facultad de Qumica CeBioinfo UdelaR Docente Responsable: Dr. Margot Paulino Zunini. Docentes participantes: Dr. Sergio Pantano, Dr. Federico Iribarne, Docentes Asociados: Dr. Alejandro Buscchiazo, Dr. Mercedes Gonzles. Carrera: SUBAREA FIICOQUIMICA Plan: PEDECIBA QUIMICA Tipo: Formacin de Postgrado Carcter: Electivo Nmero de Crditos: = 8 70 horas presenciales: Tericos (18), Terico prcticos (24), Talleres de proyecto y elaboracin de informes (28) Estructura del Curso: Duracin: 8 semanas (hemisemestral) Carga Horaria: 70 horas 8 semanas de clases incluyendo Tericos (18 horas), Terico-prcticos (24 horas), Talleres de Proyecto e informes (28 horas) Dos evaluaciones con un tiempo estimado de 4 horas Semestre. Semestre impar primer hemisemestre.

Fecha Actualizacin: noviembre 2011

GENERALES

7II. OBJETIVOS GENERALES

Capacitar al alumno para que desarrolle competencias y habilidades que le permitan estudiar estructura y propiedades de biomolculas claves asociadas a problemas biolgicos, bioqumicos, farmacoqumicos, de qumica medicinal y/o biomdica. Se entrenar al estudiante en la aplicacin de nuevos mtodos y recursos bioinformticos de modelado de protenas y cidos nucleicos, prediccin de caractersticas funcionales de biomolculas. ESPECFICOS Capacitar al alumno para: a. Reconocer la importancia de la bioinformtica estructural en el proceso del descubrimiento de nuevos frmacos. b. Conocer las estructuras tridimensionales de las biomolculas claves en los mecanismos de accin estudiados.

c.Conocer las estructuras tridimensionales de las molculas que puedan actuar como ligandos o sustratos de tales biomolculas. d. Adquirir conocimientos sobre los mtodos computacionales que permiten desplegar y visualizar las estructuras tridimensionales en estudio. e.Adquirir conocimientos sobre los mtodos computacionales que permiten obtener modelos validados de nuevas biomolculas (modelos de homologa y dinmica molecular). f. Adquirir conocimientos sobre los mtodos que permiten estudiar la forma de unin de las diferentes estructuras en estudio y la energa asociada a dicha unin (Docking y Dinmica molecular) g.Adquirir conocimientos sobre los mtodos de estudio de la variacin de energa libre en la interaccin biomolcula-ligando. h. Incentivar el estudio de artculos relacionados con el tema. III. CONDUCTAS DE ENTRADA Conocimientos : Elementos bsicos de biologa celular y molecular Elementos bsicos de bioqumica Elementos bsicos de anatoma humana Elementos bsicos de farmacologa Elementos bsicos de fsica Elementos bsicos de matemticas Elementos bsicos de fisicoqumica Elementos bsicos de informtica Elementos bsicos de bioinformtica
II.

COMPETENCIAS A DESARROLLAR

HABILIDADES: Capacidad de autoformacin del alumno para aprender por cuenta propia. Capacidad de anlisis, sntesis y evaluacin, pensamiento crtico, creatividad. Capacidad de identificar y orientar en problemticas de salud humana. Capacidad de identificar biomolculas claves asociadas a diferentes enfermedades. VALORES Y ACTITUDES: Respeto y compromiso con la vida y la salud. Compromiso con el aprendizaje, responsabilidad, iniciativa, proactividad, innovacin y creatividad que le permitan avanzar en su desarrollo y aportar no slo al conocimiento propio, sino tambin a la profesin. Desarrollar en los alumnos la capacidad de trabajar en equipo para el desarrollo de nuevos compuestos bioactivos.

Valorar los conocimientos e informacin que pondrn al servicio de los colegas involucrados en la temtica.
III.

RELACIN CON EL PERFIL DEL EGRESADO

Asignatura que contribuye a la formacin del alumno como profesional competente en el campo disciplinario y como agente de cambio en el rea de la bioinformtica estructural. ESTRATEGIA DOCENTE

IV.

Clases expositivas. Seminarios de descripcin de protocolos. Realizacin de Talleres de Entrenamiento en tutoriales de bioinformtica estructural. Realizacin de Talleres de Proyecto, en grupo o individuales en el que el estudiante aplicar los conocimientos tericos y entrenamiento adquiridos previamente, a casos de aplicacin

CONTENIDOS
TERICOS (9 clases de 2 horas cada una) Participan: Federico Iribarne, Sergio Pantano y Margot Paulino Clase 1 Introduccin y repaso sobre Campos de Fuerza. La Bioinformtica Estructural Qu es la Bioinformtica Estructural? Contexto en el que surge y objeto de estudio Relacin con otras disciplinas de Qumica terica Campos de fuerza Definiciones y conceptos iniciales Campos de fuerza Fundamento espectroscpico Campos de fuerza espectroscpicos Campos de fuerza de Mecnica Molecular Trminos de la ecuacin de potencial Bond stretching Angle bending Diedros propios Diedros impropios Interacciones no enlazantes Electrostticas van der Waals Parametrizacin Fuentes Mtodos Clase 2 Repaso sobre Minimizacin de Energa Definicin y conceptos iniciales (mnimo) Derivadas de las funciones de potencial Mtodos Repaso sobre conceptos y generacin de farmacforos de ligando y sitio Clase 3 Repaso sobre Docking Molecular Estrategias generales Algoritmos de posicionamiento Algoritmos de Scoring Clases 4, 5 y 6 Dinmica Molecular Introduccin. Mtodos de simulacin Sampleo conformacional, ensamblajes y promedios temporales Aproximacin ergdica, distribucin de Boltzmann y funcin de particin Espacio de fase. Propiedades trmicas y mecnicas

Dinmica molecular con potenciales continuos El problema de los sistemas de muchos cuerpos Ecuaciones bsicas de dinmica molecular. Segunda Ley de Newton Algoritmos (Verlet, Beeman, Gear, Shake) Dinmica molecular en diferentes condiciones El ensemble microcannico Dinmica Molecular a temperatura constante Dinmica Molecular a presin constante Dinmica Molecular restringida Dinmica molecular activada Dinmica estocstica El potencial de fuerza media Efecto del solvente La ecuacin de Langevin Dinmica browniana Aspectos prcticos de las simulaciones Tratamiento de bordes en las simulaciones. Efecto del solvente Tratamiento de las interacciones de largo alcance Preparacin y ejecucin de una simulacin Anlisis de resultados de una simulacin Anlisis energtico Energa total, potencial y cintica Energas de interaccin electrosttica y de van der waals Anlisis estructural RMSD Factores beta Momentos de inercia Clases 7, 8 y 9 Clculos de Energas Libres Introduccin. Energa libre. Concepto y definicin El problema de la prediccin de energas libres Mtodos de clculo de energas libres Perturbacin termodinmica Integracin termodinmica Crecimiento lento Energa de interaccin lineal (LIE) Ciclos termodinmicos Clculo de diferencias de energas libres de binding. Free Energy Perturbational models (FEPs) A.B.F. Umbrella sampling

TERICO - PRCTICOS (12 clases de 2 horas cada uno) TALLER 1 y 2 Generacin de modelos biomoleculares, estudio grfico de sitios de unin y del farmacforo del sitio seleccionado y del o los posibles ligandos Bsqueda de estructuras blanco Bsqueda de estructuras molde Alineamiento y seleccin del mejor modelo Generacin de modelos biomoleculares por homologa Refinamiento por Minimizacin de Energa Generacin de bases de datos de ligandos Modelado molecular de ligando y clculo de propiedades Generacin de farmacforos de ligando y sitio. TALLER 3 y 4 Docking Molecular Site Finder: bsqueda de sitios posibles de unin Seleccin y aplicacin de Farmacforos de ligando y sitio Docking molecular. Protocolizacin del procedimiento en base a estructuras experimentales Aplicacin del protocolo y seleccin del o los mejores complejos biomoleculares TALLER 5: Generacin del modelo solvatado y con iones Regularizacin por Minimizacin de Energa TALLER 6 y 7: Validacin por Dinmica Molecular. Simulaciones de equilibracin y anlisis TALLER 8 y 9 : Dinmica Molecular: Simulaciones de muestreo y anlisis. Talleres 10, 11 y 12: FEPs TALLERES DE PROYECTOS (28 HORAS PRESENCIALES) SE DESARROLLARN DURANTE UN MNIMO DE 28 HORAS PRESENCIALES, CONSISTIENDO EN PASANTAS EN LOS LABORATORIOS DEL CENTRO DE BIOINFORMTICA ESTRUCTURAL DE LA FACULTAD DE QUMICA Y DEL INSTITUTO PASTEUR DE MONTEVIDEO bajo las supervisin de los Prof. Sergio Pantano y Margot Paulino. Los estudiantes desarrollarn una aplicacin en un tema de su inters, utilizando las estrategias desarrolladas durante los terico-prcticos

Software: MOE, VMD-NAMD, GROMOS, AMBER

EVALUACIN Evaluacin ctedra: 40%. Examen escrito. Evaluacin de laboratorios-talleres: 60%. Presentacin de protocolos y resultados de las aplicaciones por escrito y en forma de exposicin oral. Se promediarn las siguientes notas: a) Nota de la exposicin oral (ppt o similar) con presentacin de resutados y Trabajo de Taller b) Nota de la exposicin grfica (haciendo uso de los programas para los cuales fue entrenado durante el curso). c) Nota por la presentacin escrita de los Trabajos de Taller
I.

Todo alumno que tenga una evaluacin de ctedra menor al 60% de la nota mxima deber rendir exmen. POLTICAS Y NORMAS

II.

La asistencia es obligatoria a las actividades del curso, y por tanto el alumno que obtenga un porcentaje menor al 80 % de asistencia a clases no cumplir con requisito de aprobacin.

BIBLIOGRAFA

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