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Steg PRINCIPIOS DE BIOQUIMICA % DAVID L..NELSON MICHAEL M. COX xiv Indiee 66 mates indice general Prologs V 1 Fundamentos de bioquimica 1 TESTRUCTURAY CATALISIS 45 Hoga a7 ‘Aminoscidos, péptidos y proteinas 75 Estructura tridimensional de las prateinas 116 Funcién de las proteinas 157 Enemas 190 Ghicides y glucobiologia 238 Nuclestidos yacidos nucteicos 273 Tecnologias de la informacion basadas: enel DNA 208 10 Uiides 343 11 Mombranas boligicas y transporte 369 12 Bloseflzaciin 425 sesseeen Il BIOENERGETICA Y METABOLISMO 13. Principio de bloenergética 489 14 Glucolsis, gluconeogenesis y uta de las pertosasfosfato 522 15. Principios de rguacién metabéiiea: lueosa y glueégena 560 16 Eciclo del Sido cities 501 17 Catabolism de los deldas grass 634 418 Oxidacién de aminodcidns y produccién de urea 656 Fosforlaciin oxidatna y fotofasforaeién 690 Blosintosts de ghicidas en plantas ybacterias 751 Biosintests de lipldos 787 Biosintests de aminoacidos, nuctestidos Yymoléculae relacionadas £33 Integracin y regulacién howonal del Ietabolismo de las mamiferos. 981 B BE Bs Ml LAS RUTAS DELA INFORMACION 921 24 Genes y cromesomas $23 25 Metabolismo del DNA. 948 26 Metabolismo det RNA. 995 27 Metabolismo de las proteinas 1024 ‘28 Regulacin de la expresingéniea 404 Apéndice A Abrevituras communes en la Heratura clontiicabioquimlea At Anéntice & Solvelones abreviadas 6 los problomas. Skt Giosaria 1 Provedoncia de is lustaciones Pt Inalie atfabétiea 4 _ INDICE DE MATERIAS 1 Fundamentos de bioquimica 1 1k Fundamontes celulares 3 ‘Las elulas son las unidades estructurales y funcionales de todos los argasiarnas vives 3 Las dimensionos colulares ests limitads por a capacidad de difusiin del oxigeno 4 Los seres vivos se clasfican en tres dominios 4 Escherichia coli es la ella procaridtica mejor estudinda 5 ‘Las células eucariéticas poseen diversos organulos rmembrangeos que pucden aslarve para saestudio. 6 Bl ctoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yesallamente dinimico 9 las eélulas construyen estructras supramoleculares. 10 Laseestudios n vitro podran no detectar interaeciones Tinportantes entre moléculas. I] 41.2 Fundamentos quimicos 12 Las biomoléculas son compuestos de carbono con una diversidad de grupos funcionales 13 Las macromoléculas son les principales constituyentes de las eélulas. 15 Reeusiro 1-1 Peso molecular, masa molecular y las unidsdss (we deben utlizarse 15 La estructura tridimensional se describe en términos de configuraciin y conformacién 16 Recuadro 1-2 Louis Pasteur y la actinidad dptica: in vino, voitas 19 Las interaceiones entre las biomoléculas son estereoespecifieas 20: 1.8 Faundamentostsieos 21 Las arganismes vivos existen en un estado estacionaria dindmnico y no se encuentran munea en equilibeio con su entomo 21 ‘Los organismos transforman energia y materia 22 BBI Myjo de electrones proporciona energia para los organismos 22 Grear y mantener el orden requlere trabajo y energia 23, El acoplamiento energética conecta las reacciones bioligicas 23 Recuadro 1-3 Entropia: las ventajas de estar desorganizade 24 Koy AG? micen la tendencia de una reaccion Para transcurrir esponténeamente 26 Los enairias faeilitan las seeuencias de reacciones quimicas 26 EI metabolismo est regulado para conseguir equilitrio yeconomia 27 1.4 Fundamentos genéticas 28 ‘La continuidad genética reside on las moléeulas de DNA. 29) {La estructura del DNA hace posible sa replicacion, yreparacién con fidelidad cas perfecta 29 La secueneia lineal del DNA eodifica proteinas con estrueturas tridimensianales 29 4.5 Fundamentos evolutios 31 [Las cambios en las instnucciones hereditarias hacen posible Inevolucién 31 Las primeras biomoléculas aparecieron por evehucién quimica 32 La evolucién quimica puede simularse en el iaboratorio 32 Los primeras genes y calalizadores podrian haber sido rmoléculas de RNA o precursores relacionados. 32 La evolucidn biolégica empeaé hace mis de tres mil quinientos millones deaiios 34 1s primera célula fue probablemente quimiahetersirofa 24 1s e€lulas eucaridticas evoluctonaron a partir de las procaridticas través de diversas fases 35 a anatomia molecular revela relaciones evolutivas 96 ‘La genéimica funcional permite deducir Ia correspondencia entre genes y procesos celulares espectficos 38 ‘La comparasién de genomas tendré una importancia cada vex mayor en labiologia y medicina humanas 38 I ESTRUCTURAY CATALISIS 45 2 Elagua 47 2. Interecionesdébites ens sistemas apuoses. 47 ‘Los puentes de hidrigeno confieren al agua sus propiedades extraordinaries. 47 El agua forma puentes de hicrégeno con los sohutos polares 49 El agua interacciona electrostaticamente con los solutos targidos 5 Laentropis aumenta cuando se disuelve una sustancia censtalina 51 ‘Las gases apolares se disuelven mal en elagua £2 {Los compuestes apolaresfuerzan camiosdestavorables ‘nergéticumente en la estructura del agua 62 Las interacelanes de wan cer Waals son atracciones interaidmioas débiles 54 Las interaceiones déhiles son crucisbes para la estructura y funcién de las macromoléculas 54 Los solos afectar a las propiedades colgativas de las disoluctones acuosas 56: Recundro 2 Respuesta ctl en plantas: un fenéimena samitice 58 2.2 lontacién del agua, deidosdebles ybases déiles 60 Bl agua pura ests ligeramentefonizada 60 la ionizacion del agua se expres mediante una constante de equilibria 61 [a escala de pH representa is concentraciones de H* OH" GL Recundro 2.2.8 producta inten del agua: dos problemas lustrathos 62 los tccosy bases debiles tienen constantes de disociacién caracteristicas 63 ‘as eurvas de titulacién proporcionan el pk, de ls écielos debiles 6 2.3 Tamponamiontas contra camblas de pH en los sistemas Diatogicos. 65 Los tampones son mezclas de écidos débiles y sus bases conjugadas 6 ‘Una expresién sencilla relaciona pH, pK ¥ concentracién de tampdin 68 Los dcidos o bases débiles tampanan eelulas y tejidos contra carbine de pit G7 Rocuadra 2-3 Resaluclin de problemas con la ecuaclén ‘de Henderson-Hassalbalch 67 ‘Recuadro 2-4 Sangro, pulmonesy tampén: el sistema tampén dal bicarbonate 68 24 Elagua comoseactio 69 25 La séecuscién del amblente acuose a les organismas vives 70, hneice de matedas aw 3 Aminodcidas, péptidos y proteinas 75 3. Aminadcitos 75 ‘Los antinodcidos tenen caracteristicas estructurales comunes. 76 ‘Los residuos arinodcidos de las proteinas son sterenistmeros 1. T7 Los aminodcicos se pueden elsiicar segtin su grupo R 7B {Los amminodcicos ne esténdar tienen también importantes funciones ‘Los aminodcidos pueden actuar coro dcidos y bases BI Reouaco 3-1 Absorcién del uz per las maeulas: ley de Lambort-Beer 82 {Los aminodcidos tlenen curvas de titulcion earsetersticas $2 Laura de titulacicn predtice la carga eléetrics de los aminocldos 34 ‘Los aminoicidas dfteren en sus propiedades dcio-base 84 3.2 Péptidesyproteinas. 85 Los péptides son cadenas de aminodcidos 85 Los peptides pueden distnguirse por su comportamiento de ionizacion 86 [Existen péptidos y polipéptices biolégicamente actives de una gran variedad de tamanos 86 Los polipéptidos tienen una compasicién de aminodcidos -caracteristica 87 Algunas proteinas contienen grupas quimices diferentes alos aminodcidas 68 Existen varios niveles de estructura de las proteinas 88 2.3 Wobalar can proteinas 89 Las proteinas se pueden separar y purificar 89 as protefnas pueden separarsey caracterizarse ‘por electroforesis 2 £85 posible canntificar las proteinas no aislacas 94 43.4 Estructura covalent de tas protainas. 96 1s fncign de una proteina depende de su secuencia de aminoscidos “98 Se ha determinado la secuencia de aminodcidos de millones deproteinas. 6 Los patipéptidos eortos se secuenctan utilizando procedimientog autoraaticns 7 Las proteinas grandes deben secueneiaese partir de fragmentos ms pequanns 90 las nccuencias de amninodcidos ve pueden dechicir también mediante ois métodas 100 Recuadre 3-2 Investigacion de tas protonas mediante ‘is ospectromeiia de masas. 102 Puede sintetizarse qurnicamente péptidos y protetnas equerias 104 ‘a secueneia de aminofcltes proporciona infarmacidn bioguirica imperarte 108 3.5 Sacuencias de protoinasy eoluelén 108 ‘Las secuencias de proteina permiten deducir la historia dela vidaen la Tierra 107 4 Estructura tridimensional de las proteinas 116 “4.1 Visin general sobre la estructura protolea 416 La conformacion de una protein est estabilizada principalmente por interaceiones débiles 117 Elenlace pepticico es plano y rigia. 118 wi Indice de materias 462 Estructura secundaria do las proteinas 120 La helice es una estructura secundaria habitual fen proteinas 120 La secuencla de aminodecidos afecta ala estabiiad delabélcea 121 RRecuadro 4-1 Céme distingur destrigr do lovigo 122 1 conformcin f onganiza las cadenas poipeptidias ‘envforma dehoja 123 Loa giro son frecuentes en las protelnas 123 Las estrocturas secundarias comunes tienen argues de enlace y un contenido de arinaieidos caracterisico 124 44.3 Estructura torelaiay cuaterara de las protinas. 125 {as proteinasfibrosas estan adapiadas a una funcion estructural 126 Recuadro 4-2 La ondutaciin permanente es un elemplo de Ingenieria biguimlea 127 [las proteis slobulares ia diversiad estructural reieja la diversidad funcional 129 ‘Reeuacro 43 Razaos para que los marinero, exploraresy ‘stolantes unertarlos consuman futaywerdras esc 130 La mioglobina proporcion6 las primeraselaves acerca dela ‘complejdad de las estructarasproteicas gobulares 132 [Las protein globulares tienen estructurastereiarias ‘diversas 134 Recuadro 4-4 Mtodos para doterminar ts estricturatdimenslanal de una protein 136 Bl andlsis de mumerosas provenas globulares revel patrones estructurales comune: 130 Las motivos proteicos constituyen la base de I clasificacicn estructutal de las proteinas. 14 {as estructuras cuaterarias de las prteinas comprenden desde dimeros sencilos hasta grandes complejos 144 [Existen limites al tamafio de las protefnas. 146 4A Desnaturalizachny plegamlento de proteins 147 La pérdida dela estructura conduct a a péitida defancién 147 Lasecuencia de aminedcidos determina la estructura terciaria 148 ‘Los polipéptios se piegan répidamente y segan un proceso de varias etapas 148 Recuadro 4-5 Muerte por un plegamlonto ncoreet: las ‘enfermedades piateas. 150 ‘Algunas proteinassufen un plegamiento asistido 161 5 Funcién de las proteinas 157 5.1 Unidn rerersible poteina-ligande:proteinas ounién a exigeno 158 El oxigeno puede estar unido a un grupo prostético hemo. 188 Lamioglobina tine wn tnieo sitio de flsci6n para elaxigeno 159 as interacckones protefinsligando se pueden describir cuanttativamerte 160 Lnestructura proteica afecta al modo de unién del igando 162 El oxigeno es transportada en la sangre porla ‘mioglabina 162 Las subunidades de la hemoglobin son similares ‘estnucturalmente ala igglobina 163 La hemogiobina experimenta un cambio estructural al unirse aloxigena 164 Lahemoglobina une oxigeno de manera cooperativa 168 ‘La union cooperativa de lisando puede ser deserita cunntitativamente 167 Existen dos modelos que explican los mecanismos de la ‘unién cooperativa 167 Recuadio 5-1 Monéiida de carbono: un asesina sllencioso 168 La hemoglobina también transportaHH” y CO, 170 La unién de oxigeno a la hemoglobina est regulada por el 2p-hisfosfoglicerato 171 La anemia faleiforme es una enfermedad molecular de la hemoglobina 172 5.2 Interscetones complomentaras entre prteinas y igandas: ‘ol sistema inmnitaioy las inmunogiobutinas 174 [La respuesta inmunitaria os ol resultado dela aceiém de una serie de celulas y proteinas especializadas 175 Las células distinguen lo prope de lo ajeno exponiendo éptides en su superficie 176 Los anticuerpos pascen des sins idénticas de union. aantigeno 178 Los anticuerpos se unen fuertemente al antigeno de una. manera especifica 150 ‘Las interacciones antigeno-anticuerpo som ia base de diversos, ‘Procesos analiticos importantes 180 5.3 Interseclones proteleas moduladas por energia quimic: acting, miasina y motores moleculares 182 Las principales proteinas del misculo son la actina ‘yla miosina 182 tras proteinas adicfonales organizan los Mlamentos delgado ‘y grueso en estructuras ordenadas, 184 Los flamentos gruesos de miosina ve deslizan alo largo ‘de los filamentos delgadios de actina 185 6 Enzimas 190 6.1 Introducelén alos onzimas 191 Lamayoria de-ercimas son proteins 19% Los enimas se clasifican segin las reacciones que catalizan 192 {62 Cémofuncionan os eaximas? 193 Los enzimas alteran las velocidades de reaccién pero no los equilibrios 193 Las velocidades de reaccién y lo equilibros tienen ‘dofiniiones terrmodindandeas precisas 195 ‘Unos pocos principios explican el poder catalitico yy ln espectficidad delos encimas. 196 Las interacciones détiles entre enzima y sustrato ‘son dptimas en el estado de transicién 197 ‘Los encima utilizan la energia de fijaci6n para proporcionar especificidad de reaccion y catilisis 198 ‘Grupos catalitioos especificos contnbuyen alacatdliie 200 6.3 La cinitica eruimética come métode para comprender mecanismo 202 Laconcentracion del sustrate afecta ala velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas 202 1a relaci6n entre concentracién de sustrato y velocidad de reaceién se puede expresar de manera cuantitativa 204 Para comparat Ins actividades oraimatieas se ullizan los pandmetros einétieos 205 Reeuaéro 6-1 Transformaciones do la eeuacion ‘de Michaelis Menten: grifica de dobles reiproces 206 Muchos ensinas catalizan reacciones en las que intervionen dos o mds sustratos 207 La cinética en el estado pre-estacionario puede aportar ‘pruebas sobre pasos especificos de lareaccion. 208 Los eraimas estin sojetos a inhibin reversible ‘iereversinie 200 Reeuscre 6-2 Pruchas cities para determinar los mecanienes de inition 220 Bl pl afecta aa actividad ensiméticn 212 6.4 Ejomplos de rseciones enimdtess 213 Jin el mecanisma de la quimotripsina se produce la aclacicn Ydesacllaciin de un residuo deSer 213 J la hexoquinasa se produce un eneaje inducido durante a union del sustrato. 218 BI mecanismo dé reaceidn de la Gnolasa requiete la presencia fle ones metalicns. 219 Reewacr 6-2 Pruvbas dela complementaredad entre el eezima yolestado detansicion 220, Elsozima utiliza dos reacciones de desplazarlento nuceoffico sucesivas 232 65 Entimas reulndores 225 {Los enimas alostéricos experimentan cartiblos conformacio- rales on respuesta ala unién del modulador 225 En-muchas rutas las etapas reguladoras estén catalizadas por enzimas alestériens 226 ‘Las propiedades cinéticas de los enzlias alostéricns differen ‘del comportarriento de Michaelis Menten 27 Algunos enzimas reguladores experimentan modifieaciones eovalentes reversibles 228 Los grupos fosforilo afectan ala estructura 1a actividad ‘eataitica de las proteins. 228 [Las fosforiaciones multiples perraiten un exquisito control dela regulacion 230 Alganos enzimas y otras proteinas son regulados mediante 1a robura proteolitica de un precursor eruimético 231 Algunos enzimas reguladores utilzan varios tnecanismos ‘deregulacion 232 7 Glicidos y glucobiologia 238 7A Monosacétdosy disacérdos 238 Las dos familias dle monosaeéridos: aldosas y eetosas 259 Los monosacéridos tienen centros asimeétricas. 239 Los monasacairidos comune ticnen estructura ciclica 240 Los organismos contienen numeroses dervados de-las tnexosas. 249 Los monosacéridos son agentes reductores. 244 Las disacéridas contionen wn enlace glucose 245, 7.2 Polisaciidos. 247 ‘Algunos homopolisaearidos son formas de almacenamiento ‘de combustible. 247 Algunos polisacdridas tienen funeién estructural 248 Factores estériens y los puentes de hidrégena contribuyen al plegamiento de los homopolisacéridas 250 {Las presen celulares de algas y bacterias contienen heteropolsararidos estructurales. 252 {Los glucosaminoghucanos son heteropolisacdridos de la matiz extracelalar 25:3 17.3 Glucoconlugades:preteaglueanos,gucopratlnas YyeBucolipides 255, [Los proteogducanos son macrommoléculas de la superficie cellar y de Ia matri extracelular que contienen hicosaminoglucans 256, Las glucoproteinas contienen olignsacarios unidos covalentemente 258 Los glueotipidos y os ipopolisaedrides gon eonponentes dela membrana 260 Indies de matariss axel L.A Las ghiehdos come maléculas portaderas de informactén: ‘lesdieo de las andeares 261 Las letinas son proteinas que leen el eédigo de Ios aztcares ‘eintervienen en muchos procesos bioligicos 262 Las interaceiones lectina-glicido son muy fuertes:y muy ‘expeciicas 264 17.5 Andlsis de ticidos 267 8 Nucledtidos y dcidos nucleicos 273 8.4 Alginos conceptoshisieos 273 [Las nvcedtides y deidos nuciaicos estén formads por bases ypentosas caracteristicas. 273 Las rucledtios sucesivas de ls dcidos nucleloas estén uuidos por enlaces fosfodister 278 1s propiedades de las bases de los nuicledtidos i tuyen en la estructura tridimensional dels icidos nucleicos 273 18.2 Estructura doles cds mucielcos. 279 IDNA almacens informacion genética 280 Las moléeulas de DNA tienen diferente eomposielin de bases. 281 ELDNA es una doble hélice 282 ELDNA adopia diferentes formas trdimensionales 253 ‘Algunas secuenclas de DNA sdoptan estrueturas no habituales 285 Los RNA mensajeros cdifican las caderas polpeptidices 287 “Muchos RNA tienen estructurattridimensinales complies 288 {8.3 Quimica dos écidos mucieleas 251 EIDNAy el RNA de doble hélice pueden desnaturaizarse 291. Los ides nueleiens de especies diferentes pusden formar brides. 292, Las nutclestides y les éeidos nucleicos experimentan Uransformaciones no enzimaticas 203 ‘Algunas hases del DNA estin mellidas 208 Es posible determinar la secueneia de largas eadenas cde DNA. 298 La sintesis quimica de DNA ha sido sutomatizaia 208 8.4. Oteas funeiones de las aclestides 300 [Los nude6tides transportan energia quimica cen las células 300 ‘Los nudledtides de aclenina formean parte de muchos ‘cofuetores enzimaticos 30L Algunos nuiclestides san meléeulas reguladeras 302 9 Tecnologias de la informacién basadas. enelDNA 306 9.4. Clonscién dol BHA: fundomentos. 308 ELDNA recombinante se proce con endonucleasas de restiocion y DNA ligasa_ 207 Los vectores de clonacién permiten la amplifieacién de fragmentos de DNA insertados. 311 La hibridacién permite la deteccidn de secuenctas especticas de DNA 314 La expresion se genes clonados produce grandes cantidades de proteina 315 La alteraciin de los genes clonados produce proteinas ‘woilifcadas 316 9.2 De ls genes als ganomes 347 [Las genotecas suministran eatdlogoe especialznds de informacion genética 318 alll incice de meteias TT La reaccitn en eadlena de la polimerasa ampliica secuencias ‘de DNA especies. 319 SecvencinciOn de genamas enteros 521 Recuadro 8-1 Un arma paderosa para a medicina forense. 322 123 Delos genomas ales poteotonae. 228 Lasrelciones entre iss secuercaso las estructura dan. informacién sobre la funcién de las protenas 20 {Los patrones de expresin celular pueden revelarlafuncién celular de un gen 326 [a deteccién de as interacciones pruteina-proteina es tit en elestudio de las funciones celulares ymleculares S27 3.4 Motificaciones de los gonomas y nuevos prductss 330 biotecnolégicos Un perésito bacteriano facia la clonacicn en plantas 390 La man‘pulaciin de los genomas animales suministra informacion sobre Ia estructura de los cromosaraas ylaexpresion génica 392 ‘Las nuevas teenologias pueclen fuelita el deseubtiitiento de muevos firmacos. 335 Rocuadra 9:2 1 genoma humano ya toraplagénlea humans 236 [La tecnologia del DNA recombinante ofrece nuevos ‘Productos y nuevas posibilidades 338 10 Lipidos 343 40.1 Lipides de almacenamiento 343 [Los deidos grasos son derivados de hidrocarbures 243 {Los triacilliceroles son ésteres cle cidas grasos yallceral 245 Los trincilglicéroles aportan energia almacenada Yoislamiento. 346 Muchos alimentos contienen riscilicercles 246 Reeundro 10-1 Cochalotos:eaberones do las profndiades. 347 Ls cerassirven como almacenes de energia y como cubiertas impermeables aL agua 338 10.2 Upidesextracturaes de as membranes 348 Las glicerofosfolipidos son derivados del cio fosfatitico 340 Alganos fosflipidos tlenen ros grasos wnides por enlace eter 849 Los cloroplastos contienen galactoliptas y sulflpides 261 las arquebacterias contienen lpidos de membrana, particulares 362 1s esfingotipidos son derivados deIaesfingosina 352 Los esfingolipidos de a superficie celular son sitios de reconoeamiento biok%gico 359 Los fosfolipdos y os esfingolipidos se degradan emlisosamas 354 Las esteroles tlenen euntro anllos hidrocarbonados fisionados 354 Recuadro 10-2 Apunas enfermedades gendtieas humanas son consecutncia de wna acurutacién anormal de ipidos de membrana 368 10.3 Lipldos como setses, cotactresy pgmentes 357 los foattidlinositoles son derivados de que actian como seas intracelulares 357 ‘Los icosanoides son portadores de mensajes a las céiulas vecinas 358 ‘as hormonas estereiteas transportan mensajes entre tesidas. 360) Lag plantas utlizan fosfatidinositoles esterides y comp uestos tipo ieosanoide para enviar seftales” 960 ‘Las vitaminas A yD son precursores hormanaies 360 [Las vitaminas By Ky las quinonas lipsdiess son cofactores de oxidacidn-reduecion 362 [Los dolicoles activan precursores gluelclicos paca la biosintesis 363 104 Tabor con lipides 369 Laextraccisn de Ipidos requiere la utilizacidin de disolventes orginiens 364 La cromstografia de adsorci6n sepata los lipidos de polaridacl diferente 365, [La cromatograffa gas-iquido separa las mezelas de derivados Lipldicos volities 365 Lahidrdlisis especifica ayuda a determinar ka estructura lipidlea 365 La espectrometsia de masas revela la estructura lpiica completamente 265 11 Membranas bioldgicas y transporte 369 ‘14.1 Compasien y arquitoctura de ts memiranas 370 Cada tipo de membrana presenta una composicion de protetnas y lipides caractertstca 370 ‘Todas las memnbranas bialdgicas coriparten cieriag propiedades fundamentales 371 El elemento hdsica estructural de las membranss es una bicepabpidiea. 371 ‘Las protetnas periféricas de membrana se solublizan ficilmente 373 Muchas proteinas abarcan la bicapalipiciea 373 [Ls proteinas integrates son sostenidas en la membrana Dr interacciones hidrofdbleas con pies 375 Puede predeeitse ia topologia de una proteina integral ‘de membrana apart desu secuencia 376 [Lipldos unidos covalentemente anclan algunas proteinas demembrana 378 41.2 Dindmlea de membranas 380 [Les grupos sel del interior de la bicapa esidn ordenados fen grids diferente 380 {movimiento de ipidos tranableapa requiere catélsis 361 Lipidos y proteinas difunden ierabmente en ta bicapa 287 Los estingolipcos yel colesterol se agrupan eonjuntarnente entalsas de membrana 385, Recuadro 11-1 Microscopia de fuera atémica para vsualzar proteinas de membrana 384 Las caveolinas definen una clase especial de balsas demembrans 385 Giercas proteinas integrates favorecen las interacciones intereelulares y la achesion 386 1a fuse las merabranaa es erueil en muchos procesos biolégicos. 387 14.3 Tansporte de solves a trarés de membranes 309° Proteinas de membrana fciitan el transporte pasivo 389 los ttansportadores pueden agruparse en superfamiias sequin sus estructura 391 El transportador de glucnea de los eritrocites facta el transporte pasivo 983 Elintercambindor de cioruro-bicarbonato cataliza el cotransporte electraneutra de aniones a través dela membrana eritrocitaria 395 Recuadro 11.2 Transporic delectoso de gucosa y de agua en ds formas de dahetes. 296 Eltransporte activo da lugar al movimiento de sobuto contra un sadiente de concentractin o gracienteeleetrcgatrico 207 ‘las ATPasas experimentan fosforlacion durante sus eiclas catallieos 398 lias bombas de Ca** tipo P mantienen una baja ‘concentrackin de calcloen el etosol. 400 lias ATPasas tipo F son borubas de protones neversibles| impulsadas-por el ATP 401 Los transportadores ABO utiizan ATP para impulsar el transporte activo de una amplia gama de sustratos. 402 luos gradientes de iones proporcionan ba enersia para el transporte activo secundaria 402 Recuadro 11.3 Un canal Knico defectuoso on ia frosts ‘wists 409 lias acuaporinas forman canales transmembeana hidrofiicos parael pasode agua 406 Los canales selectivus de iones permiter el movimiento rapido de ionesa través de las membranas 408 la funciin del canal idnico se mide eléciricamente 409 [ia estructura de un canal de K* muestra las bases de su especificidad 409 Bl canal de Na” neuronal es un cara iénico de compuerta regulada por voligie 410 El receptor de acetilcotina es un canal iénieo de compuerta rregulada por ligando 11 Canales inicos defectunsos pueden tener consecuericas Msioligices adversas 415 12 Biosefializacién 421 412.1 Mecanismos molecular de trnsduecién de seal 422 Fecuadra 42-4 6) aniisis de Scatchard cuantiica la intorcclén receptoriigande 423 12.2 Canales iniens de compuera egulada 425 Los canales iniens son el fundamento dela sefalizaciin léetrea en cfu excitables 125 El receptor ieotinieo deacetilealina es un canal iénico de compuerta regulada por ligando 425, [Los eanales inicos de compuerta regulsela por voltaje Pevducen poteneiales de aeeiin neronales 427 Las nouronas tienen eanales reeeptores que responden ‘una variedad deneurotransmisores 428 12.3 Encnae recoploes 428 Elreceptor de insulina es una protena quinasa expecifica de tirosina 429, Las gual cctasas de reeeptores genera el-sequndo, mensajero cGMP. 433 124 Receptores avoplados a proteina y segunda mensajes. 435 Elsistoma receptor Badrenergice acita a travis del sega rmersajero cAMP 435 El receptor B-atirenérpico se cesensiilian or fosforilacion 439 [BL AMP ciclico acti como segundo mensajero ‘para i conjunto de molécnlas reguladoras, 441 ‘Das seguridas mensajeros procerien de losfaliilinositoles 2 Bl calcio es un segundo mensajera en muchas transdueciones desefial 442 Recuadre $22 FRET; ioquimicavisualizada en una cule via 446 12.5 Protoinas do armaxin polhalentesy balsas de merbron 448 Médulos proteicos unen residus de"Tyr, Ser o Thr Tosforados de proteinas asociadas. 448 las balsas de membrana y las caveolas pueden searegar ‘rotefnas de sefialzacién 451 126 Sefalizacién on mictoorganicmes y plantas 452 1a sefalizaidin bacteriana impone la fasforilaeién ‘enum sistema de dos eomponentos 452 lice de materia ate ‘Los sistemas de senalizacicn en plartas tienen algunos de los componentes utlizados por microbios ymarilferos 452 Las plantas detectan etleno a través de tn sistema 4 dos componentes y una cascada MAPK 454 Proteinas quinass tipo receptor transducen sefales de péptidos yUrasinosteroides 456 12:7 Tansduceién sensorial ena vista, a oftate yal gusto. 456 Lanz hiperpolarza les conas y Bastones del fo. de vertebrados 456 Laz desencadena cambins de eonformacion en el receptor de larodopsina 457 Larodopsina excitada acta través de la proteina G transcucina reduciendo ia cancentracién de cGMP. 457 Lampliicacion de ia sefal visual tone iugar en.los hastones yennos 458 Lasefial visual termina rapicdamente 458 Laradopsina se desensiiliza por fosforlacién 450 Los eonos estin especlallzads en la visiin en color 460- El olfatoy el gusto en vertebradas utilizan mecanismos similares al sistema visual. 460 Rcussro 42-3 Daltonisie:expetimente de John Dalton osdota tumba 461 Los sisternas de receptones serpenitina acoplados « protein G prosontan caractaristieas eomunes 462 1a interrupeion en la sefalizaeson por proteiaas @ provoca enformesiaces 164 112.8 Regulacin de a transeripein por hormonasesterldess. 465 12.9 Repolacn del eile celular por proteinas quinasa 466 El ciclo celular tiene cuatzo ctapas 468 Los riveles de las proteins quinasa dependientes de cilina experimentan oscilaciones 407 Las CDK regulan la divisién celular por fosforlactén ide proueinas clave 470 12.10 oncogenes, genes supresores de tumores y muerte celular progromads. 471 Los oncogenes son formas mutadias de genes de proteinas que regulan el ciclo celular 471 Defectos en los genes supresores de tumores eliminan restrieciones normales de la divisie celular 102 La apoptosis es el suicido celular programado. 473 Il BIOENERGETICAY METABOLISMO 481 13 Principios de bioenergética 489 ‘13.1 Biocnergstica y tormodinémica 480 Las transformaciones biolégicas de energia obedecen Ins lavet dela temodindniea 400 Las eélulas precisan fuentes de energfa libre 491. eestor anereta ire GAArcar 4 iacameala ‘telacionada con la constante de equillbrio 491. a Weache he ome Lire aol de las concentraciones de reactivos y productos 499° Las variaciones de enengia libre estindar son aditivas 494 332 Waterco grupo festrloyATP_ 496 Lavaraclon de ener ie enn tis del ATP sqgmande yregaten. 405 Octo compuesie osorlaosytoésteres tambien tienen nena bres de hrs devadas 497 acon 121 Energia ede ATP dente Geo ease va eos processemetasleas 498 vx fndica de mateias ee ELATP proparciena energia por transferencis de grupo 'yno por simple crisis 500 EIATP dona grapes fosforilo, pirofosforlloy adeno 502 Aaucwado. Lis? Los desteles de a tuckérmag: informes reeplandecintes del ATP. 503 {La formacion de macromoléculas informativas requiere enerata. 54 'BLATP aporta eneraia para ef transporte activa ‘la contraceidn muscular 04 1a transfonforilaciones entre nuclectios se dan en todos Tos tipas ealulares. 505 El polifostat inorganico es un dador potencial de grupos fosforilo 506 ‘Las ecuacionetbioautmicas y qulmicas rroson identicas 505 43.3 Rencciones do xidseKinsoducelén. 507 Elfig de eloctrones puede realizar trabajo biokigien 507 Las reasciones de oridacion-reduccidn se pueden desenibir en forma de serirreacciones 008 ‘En as oxidaciones bioligicasinterviene con freeuencit Tadeshidrogenaciin. 508 Los potenciates de reduceidn son ua medida de I finidad pporloselectranes 509 Los potenciales de reduceién esténdar permiten el cleo de la varlacion de energia bre S10 In oxidaci6n celular de glucota a dioxido de carbono Tequiere transportadores de clectrones expecializados. 512 Tinos cuantos tipos de eoenzimas y proteinas actian como tranaportadores unuversales de elecirones, 612 [BI NADI y el NADPH actin con las deshidrogenasas camo transporiadores solubles de cleetrones 612 La deficiencia ena dicta de niacina forma vitaminica GeLNADy del NADP, produce pelagra. 514 Ios nuclestids de favina estan fuertemente ida ‘las Havoprotetnas. 515 14 Glucélisis, gluconeogenesis y ruta de las pentosas fosfato 521 3.3 Cucores 22 -- Una vision global ba glucslisistene das fases 528 La fase preparatoria dela guess precisa ATP. 625 Ta fase de benelicios de la ucdlisis produce ATP yNADH 629 Elbalance global muestra una ganancia neta de ATP 633 La giucélisis esta sometida a una regulacién estricta 593 Elcatabolismo de la glucosa est4 alberado en el tejido caneerasd 535 14.2 Rtas alimentadras dela ucisls 534 Elgluedaenoy elalmicn se degradan mediante fhataraliis Los polisacaridos y disacdridos de Ia dieta se hidrolizan ‘amonosactridas 536 ‘Otros monosacdtios pueden entrar en diferentes puntos dela rita ueoltiea 535 14.3 Destings del pirmata en condiciones anaeribicas: ermontacién 538 El piruvato es el aceptor electsnico terminal en la Fermentecion lictica 538 Bl etanol es el products reducido en la fermentacion slechiliea 538 Recuadro 14-1 Atltas, calmanes ycelacantas: Ia gluciiss ‘en condicianes limitantes de oxigena 539 1a tamina purofestato transporta grupos: *aldchido actives” 540 Algunas fermentaciones microbianas dan hugae a otros productos finales con valor comercial 541 ‘Recut 14-2 Elaboracion de In corn 842 144 Gluconeogénesis: 543 La conversi6n de piruvato en fosfoenalpiruvate requlere ds reacelones exeradnicas O44 [La conversion de Ia fructosa 1,6-bistootato fen fructosa fefosfato constituye el segundo rodeo 547 La conversidin de la ghicosa 6-fosfato en glucosa libre cconstituye eltercer rodeo 547 La gluconeogénesis es encrgétieamente cara, pero es cesencial 548) Los interinediaroe del cielo del aio cftrico y muchos ‘ariinodeieos son glucogénicos 548 La gluconeogénesis y Ta glucslsis estan reguladas de fornia reciproca 548 14.5 Ruta de las pontosas (osfoto de axidacion de la lucas S49 Tia faze oxidativa produce pentasas fosfato yNADPH 550 Feeuadro 44-3 zPor qué no comin falafel Pitagorast: defielencia de iucosa G-fostato deshidrogsnasa S81. La fase no oxidativa recica las pentasas fostato a slucosa Gfostato 552 lsindrome de Wernicke-Korsakoff ests exacerbado por un defecto ena transcetolasa B64 ‘La slucosa 6:fostata se reparte entre Ia gluedlisis y Ja. ruta de las pentosas foufato 554 15 Principios de regulacién metabolica: glucosa y glucdgeno 560 18.1 Metabolism del ucégana cn animales 562 Ia dagradacon el glucégeno estécatalizada por la glacégono fosforiis. 562 {La mlucosa 1-fosfato puede entrar en la ghuctisis 0, ‘ened higado, reponer la glucosa sanguinea 563 El nudedtido setear UDP-ghacosa aporta glucosa para lastest de glucigena 665, ‘nacunaro 15-1 Cay Ser Gat: loners Oe eta ‘las enfermedades del ucdgene EB {a glacogenina incorpora los residuos iniclales de azsicar idl giucogeno 269 18.2 Roputseién do as ras metabéllcas. S71 [as elas was rantienen tn estat estacionario ‘dnamico 71 Los mecanismos reguladores se desarrollaon bajo fuertes presiones selectivas 571 Los enzimas reguladores responder. cambios en ls ‘concentracion de metabolites. 672 La actividad ersimatiea se puede alterar de diversas rmaneras. 574 15.3. Regulacién coordinada deta glucdlsls ya ghuconengénesis 575 [Los iceitnad de Ia hexcoquinasa cle rmisculo y de higato ‘eas afeetados de forma diferente por su producto, Ta glucosa 6-forfato 57 ‘Recuadra 15-2 lsorimas:proteinas iferentes qua cataltzan a misma reaceiéa 577 [a fosfofructoquinasa- se halla sometida a una compleja reaulacién alostérica 578 Jia pinavato quinasa es inkibiea alostéricamente porel ATP 579) [Bxisten diversas puntos de control de lagluconeogénesis 580 La frictesa 2,6-bsfostato es un regulador potente de la glucélisis y de Ba gluconeogénesis 581 Son inttiles los ciclog de sustrato? 583 [La xilulosa 5-fosfato es un regulador clave de los metabolismos glucidice y lipidica 683 154 Regulacion coordinada dela sintesis ydemradacion dl gucégeno 583 La glucégen fosforilasa esta sujetaa control alostérico yhormenal BS ‘La gincdgeno sintasa también est4 regulada por fosforilseién y desfosfortacion 586 ‘La glucdgeno sintasa. quinasa 3 interviene en las acciones, dela insulina 586. [La fosfoproteina fosfatasa 1 es clave para el metaboliamo el slucdigeno 588 El transporte al interior de la cétula limita Ie utitizaciin de ghiccsa 588 El metabolismo gluciico est coordlinad por sefales alostérieas y hormonales 588 [Lainsulina modifica a expresin de muchos genes implicacos en el metabolism de ghicidos y de Hipidos 690 Elmetabolisme de glicidos y de ipidas eat integrado mediante mecanismes hormonales y alostéricas 591 48.8 Andlsis del contro motabstico 581 Se puede medir experimentalmente la contdbuciin de ena encima al fio a través de na ruta 592 eceficiente de control cuantifica el efeets de un esenbio en tna actividad entice sobre el fino metabtico através de una ruta 292 Elevaficiente de elasticidad esté relacionado con la sensibilidad de un encima a cambios en la concentraeién ‘de metabolite ode regwlador 6:83 Elcosficiente de respuesta expresa el efecto de un ofitrolador externo sobre el inj através de laruta 693 Elanilisis del control metabslico se ha aplicado al metaholismo ghucidieo oun resultados sorprendentes 503: ‘Recuadro 15-3 Andisis del control metabéticn:aspectos ‘cuantitatins: 594 Elanilisis del control metabslico sugiere un método general para incrementar el aj a taves de una rita 596 16 El ciclo del acido citrico 601 16.1 Produccidn de aeetl-CoA (acetato aetiado) 602 Elpiruvato se oxida aacetil\CoA y CO, 602 El complejo de la piruvato deshidrogenasa necesita cinco cvenaimas 608 El complejo de la piruvato deshidrogenasa estd formadlo or tres enzimas diferentes 60M En Ja canalizacion de sustratos, los intermediarios nunca abandonan la superficie enwimatica 605 18.2 Reoceionas del eel dol deldoeitien 606 El ciclo del ieido eftrco tiene ocho pasos 608 Recuadro 16-1 Sintasas ysintetasas;Igasas y Hasas; quinasas, {esfatasas y fosfortasas: ji, una nomenciatura confusa! 613 La energia de las oxidaciones eel ciclo se conserva eficiertemente G14 Rocuado 16-2 Citrate: una moléeuta simétres que reaceiona asimétricamente G14 Por qué es tan complicada la oxidacion del acetato? G16 lndice de materias ak ‘Los componentes del eielo del éeido ettrico son importantes Intermediarios biosintéticos 616 ‘Las reacciones anapleréticas reponen los intermediarios del ciclo del acid cftrieo 616 ‘Recuodro 16-3 Clrato sitasa,limanad y uministra mundi de ‘alimentos 618 ‘La biotina de la piruvato carboxilasa transporta grupos CO, 618 16.3 Regulacin del ciclo dl écito citico 621 ‘La producciGn de acetil-CoA por el complejo de a piruvato deshicrogenasa est regulada por mécanismos alostérioos Yoovalentes 621 ‘Elciclo del écido citrica esta regulado en sus tres etapas exergénicas 622 En el cielo del écide citrica puede darse la canalizacién de sustratosa través de complejos multienzimsticas 622 164 Bleiclodel giowiaio 623 Hlciclo del ghoxilito produce compuestos de euata carbonos a partir de acetato 623; ‘Los ciclos del aicido citrico y del glioxilato tlenen una regulacién coordinada G24 17 Catabolismo de los acidos grasos 631 17.4 Digestion, movizacin y transporte de grasas. 632 ‘las grasas dela deta se absorben en elintestino delgado 652 ‘Las hormonas aetivan la movilzacidn de tracigiceroles almavenades 634 ‘Los dels grass som activaios y transportados al interior dle las mitocondrias 635 172 Oildacin des Seidos grases 437 ‘La Boridacién de deidos grazos saturados se proiuoe en cuatro pasos bisicas 638 ‘Les cuatro pasos dela p-cxidacin ae repiten para generar acetGonyATP 30 lacetil CaA puede continuar oxidindose a través del ciclo del deo cisco 639 ‘Recwadro 17-1 Los osos van a cabo ts feenitsci6n durant ls Iibornacion 640" ‘a oxiacion de écidos grasosinsaturadlos requiere dos reaccinnesadicionales 641 Ta oxida de écidoograsos de ccna impar require tes reacciones adicionsles 642 La oxidacién de iio grasos est regulada 642 ‘efectos gonsticos de ls all geaso-CoA deshidrogenasas producen enfermedares graves. 613 Recuadro 17:2 El coenima By:: una solucién radical aun problema sdesconcertants. 644 ‘Los perosisomas tambigt evan & cabo la -oxidaciGn, G46 ‘Les peroxisomasy glioxisomas de las plantas utiizan acetil- CoA procesente dein Beoxidacién como precursor biosintetico. 647 Los entimas de la B-oxidacin de diferentes orginulos haan tenia ung evolucion aivergente 647 En elreticulo endoplasmstico tiene lugar la o-oxidacion de los cidos grasos. 648 Elida ftrieo experimenta a-oxidacin enlospetoxisomas 649 17.3 Guerpos coténicos 650 Los cuerpos cetnicos formados en el higada se exportan otros drginos como combustible 660 Durante la diabetes y en situaciones de inanicin se da luna sobrepruduceién de enerpos ceténicos 652 sail nica de matarias 18 Oxidacién de aminodcidos y produccién de urea 656 18.1. Destinos metabélicos de ls grupos amino 657 ‘Las proteinas de fa deta se dogradian enzimatiexmente aaminodcidos 658 I piridoxal fosfata participa en la transfereneia dle grupos ‘-amnino al a-cetogiutarato 660 Bl glutamato Ibera su grupo amino en forma de anoniaco enelhigedo 661 La glutamina transporta amoniaco al higado 062 Recuadro 19-1 Determinacién de Keslanes tisularos 664 1a alanina transporta amoniaco desde los mtisculos esateléticns al higao G64 Bl amoniace es téxico para los animales 665 48.2 Excrecidn de nitrégenoy cicio de la urea 865 1a urea se produce a partir de amoniaco en cinco pasos. cenaimétiens 667 1ias ciclos del aido eftrico y dela urea pueden conectarse 608 La actividad del ciclo de ia urea esta regulada des niveles 669 Las intercaneriones entre nutas reducen el caste energétion del ciclo dela urea 669) Defectos gendticos en ol cielo ea urea pueden ‘ser letales G59 46.3 Rules de degradaciin de los aminaicidas 674 Algunos arinoscidos se canvierten en ghucosa, ots encuerpas celonicns 671 ‘Varios cofactores ensimstiene juegan papeles importants ‘enel eatabotismo de los aminedeldos 672 Seis antinodtidos se degradan a piruvator 674 Slete aminosicidos se degradan aacetil Ca: 677 En algunas personas el catabolism de a fenilalanina esgeneticamente defectuaco 678 Cinco ancnadeidas se convierten en metoghutarats 681 Cuatro aminodeidos ee convierten en succil-CoA 682 ‘Los aminodcidos de cadena rarnificacia no se degradan, enelhigada 689 Recuadro 19:2 Detocthes centers resuelen crimen misterioso 684 1a asparagina y el aspartato se degradan a oxalacetato 685, 19 Fosforilacién oxidativa yfotofosforilacion 690 FOSFORILACION OXIDATIVA 691. 19.1 Seaccloes de tonsteenci acres nls itorona Ot Tos eectones son canalzados hacia ranspartadores ans iee ee Tne elaceett era tts dane da transportadores unidos amembrana 699 Los transportadores de electrons actian en complejos rmultienzimétieos 698 La energia de la transferoncia de electrones se conserva eficientemente en un gradiente de protanes 701 Las mitocondrias dé plattas tienen mecanismes alternatives para oxidar el NADH 704 19.2 Sintesls de ATP 704 Recuad 19-1 Cala plantas malltentes yrutasresphatvias| aMernathas 708 a ATP sintasa esta compuesta por dos dominios funclonales, Eyy Fy 708 En la superficie de F, el ATP esta estabilizado frente aLADP. 708 El gradiente de protones impulsalaiberacién del ATP de la superficie del enzima 709 (Cada subunidad dela ATP sintasa puede adoptar tres conformacianes diferentes 700 La catdlsisrotacional es la elave-en el mecansmo de uni6n yy cambio de la sintesis de ATP 711 Blacoplamlenta quimiosmétien permite que las ‘stequiometzias del consumo de Oy de la sintests de ATP zo se correspondan con niimeros enteras. 712 {a fuerza protén-motris suminista energia para el transporte activo 713 Sistemas de lanzadera envian indirectamente NADH ‘osdllen alas mitocondrins para su oxidacién ‘714 19.3 Repulackin de la ostoiacién oxdatha 726 La fosforlacion oxidativa esta tesulada por las nevesidades ‘energéticas celulares. 716 ‘Una proteina inhibisiraimpide la hidrdlisis de ATP durante laisquersia 717 ‘as mitocomeirias desacopladas del tej adiposo marrén producen calor 717 [Las rutas ce formacisn de ATP estén regulidas de forma coondinada 718 19.4 Cones mitocandrates: su origen y os efectos de mutaciones. 718 Malscinesen genes mitecondises prtaven enfermsades wumanas 71} [as mitoeondrias evolucionaron a partir de hacterias endosimbidtieas. 721 195 Funcién de las mitoconuias en ta apoptosis yen el estes oxidation 721 FFovosivTesis: CAPTACION DE LA ENERGIA LUMINOSA 723, 19.6 Caracteristicas generale del fetofestoricién 723 Ta fotesintesis en plantas tiene hxgar en. los sloroplasios 724 Lalas produce un fyjo de electrones en los loroptastos. 724 419.7 Absorcién de la ue 725 Tas clorafilas absorhen energia luminosa. paralafotosintesis 725, Los phamentos accesorios aumontan Ia fama de shsoreién delah 728 Laclorofla eanaliza Is energéa absorbida a centros de reaccion mesiante trarsferencia de excitones 728 19.8 © acontecimiento fotoquimice contra: ol fyjo laetréniee Lmputsade por ia ur 730 {Las bacterias Uenen uno de los dos tipos de eentros da reacci6n.foloquiimicns indlvicuales 730 Factores eindticos y tarmodindrieos evitan la dsipacisn ae ‘energia por conversion interna. 732 Dos cenizos de reaceitn actian en tandem en plantas superiores 739 Las clorofilas antensa estan intimament asoekarta a los transportadores electrénicos 734 La geparaeién espaeial de Ios fotosistemas 1 T-evita latrocinie de uestos de carbono para formar parte de la maquinaria mole- cular dle las células durante el erigen y la evolucién de tox ‘sores vivos. Ninguin otro elemento quiimica puede formar mo éculas con formas y tamanos tan diferentes-o con tanta varle- daa de grupos funcionales, ‘Puede considerarse que la mayor parte de las biomoléeula son derivados de los hidrocarburos, com atamos de hidrégeno Feemplazadios por grupos funcionales para dar higar a las dif rentes familias de campuestos organicos. Las més comvunes ‘on 108 aleohates, con tino o:mis grupos hidroxil, las amin, ‘con grupos amino, los aldehides¥ las cetonas,con grupos car. bonila,y los dcidas carboxiices, eon grupos carbonilo unidos (Pig, 1-15), Muchas biomoléculas son polifuneionales v contie. ‘nen dos © mis tipos de grupos duncionales (Fg. 1-16), esda tes ‘con propiedaces quimiens y reactiviad propias, La“personalie seal” quimica de cada compuesto viene determinaca por la qui ‘miea de sus grupos fonclonales y su disposiclén tridimensional. 14 Capitulo 1 Fundamentes de bioquimiea, Seis sek i ve ne ae i x H ni -< tumitnn = eC Carbentlo RSH ‘aldehido) Carbonilo EGE RE (cotona) Carbesile -R—C=07 Hidrexe (aleotod> Bur RO-R* FIGURA 1-18. Alpunos grupos funcionates comunes de los biaeaéculas. En os ies Figura, asi come en otras alo largn de todo el libro, se wliza fa R para vepresentar un susttuyerte cualquiera, Puede ser tan simple cons un staan de Ridge, pero ‘anes a pro cat, Cuando se representa os mas susttayentes en una molécul, seemples cl superinice RY, RE be (dow dio enrbonsicas) Las células contienen un conjunte universal de moléculas pequenas En a fase acuosa de una oflula (citosol) se encuentran di- ‘suelias de 100 a 200 pequeftas moléeulas organicas diferentes (Mf, -100 a ~500), que son los metabolitos.centrales de as ra tas principales presentes en la practica totalldad de las.célu Jas los metabolitos y rutas que s¢ han conservado a lo largo dela evolucion-. (Bn el Recuadro 1-1 se encuentra una expli- nein de las diversas maneras de referirse sl peso molecular ROH 8 ee Anbiiids BR! C=006- tine pa mM t suman SE Piaire ee Tener ‘Fr este 0 Fosfomnlidrido Ro. oe Anbidride mixto (ide earbariion sco roetries: {ambide Humdo et fatto) de una sustancia.) En este confunto de moléculas se incluyen los aminesicidos, nucledtides, amicares y sus derivados Fosfor laidos ¥ chertos deidas mono- di-y wiearboxilices. Las malseu- las son polares 0 cargadas, solubles en agua y se encuentran ‘en coneentraciones que van desde micromolar a milimolar. Se ‘mantienen dentro de la célula porque la membrana plasraa- tea es impermeable a ellas -aungue algunos transportalores sepecificas de membrana pusden eatalizar el movimiento de slertas moléculas hacia el interior oel exterior de la eélula 0 ‘entre compartimientas de las oflulas eucarétiens-. La presen. ii Niaietor ‘amide “anid He Si FB a BP ce bu Gi co Witte P FRAUPA-18 Aios pes cine comune ep cts econo pon Fsmmwparnedinoak orca peninle (Brupos acetilo en algunas reacciones enzimaicas, Acetil-coonzima A. ia universal delmismo conjunto de compuestos en Ins ef bs vivas ¢8 una manifestacién de la universalidad del diseiio metabslico refleja la canservaciin evolutiva de las rutas me- tabdlicas que se desarrollaron em las estulas priitivas, Existen otras biomoléculas de pequeris rasa molecular (que sun especificas para cieras tipos de células u organisms. Por ejemplo, las plantas vasculares contienen, ademas de los motabolitas ya comentados de caricter wniversal, otras molé- clas clenominadas metabolitos secundarios, que jueean un papel especifica on fa vida de la planta, Entre estos metaboli as se incluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma caracteristicoy otms como la morfina, quinina, nicotine yeafeins. El conjunto de pequefias moléculas de una célula ddeterminada ha resibido el nombre de metaboloma de la ce Inla, sugirienco un paraletismo cor el térraino "genoma’ (def nido anteriormente y que ge comertard més ampliamente en Ter W eee ‘Peso molecular, masa molecular y las unidades ‘que deben utilizarse ‘Existen dos maneras comunes y equivalentes de definir la masa mnleculary ambas se utizan en este texto. ba primera ‘eel pes moterula,omasa melocular rata, represen- tadas por elsimbolo Mf, El peso molecular de und sustancta se define como la relacion entre la masa de una moléeula de ‘sta sustanciay Ta duodécima parte dela musa de carbano- 12 (9C). Al definirse como una relacidn eit dos valores cor as mismas unidades, M;no tne dimensiones -no tiene tmidades asoviadac-. La segunda es la masa molecular, representada por m, Esta es simplemente la masa de una molscul, ols masa molecular divi por el imera de Avo. acto. La masa molecular, m, se exprnsa en calkons (abre- ‘wiaclo Da), Un dalton equivale a una duodécima parte de la masa del carbono-12; un kilodatton (kDa) equivale a 1000 ddaitons y un mnegadalton (MDa) un min de daltons Biogu 1a Seceién 1.4), Si supiéramos la cornposicidn del metaboloma de una eéiula seriamos camaces de predecir qué eraimnas y ru- tas metabolicas son actives en su interior. Las macromoléculas son os principales constituyentes de las células Gran parte de las moléculas bioldgicas son macromoléeulas, ppolfmeros de alta masa molecular construidoe a partir de pre- Ccursores relativamente simples, Las proteinas, las Acids nu- cletensy los polisaciridos son el resultado de la polimerizacion, de subunidades relativamente pequesias de masa molecular relativa igual o inferier a 500. Bl niimero de unidades polime- rizadas puede variar entre decenas y millones. La sintesis de macromoléeulas os una de las actividades celulares que més ‘energa consume. Las macrommoléculas pueden formar luego <3- Considérese, por ejemplo, una moléeula de masa 1900 veces la del agua. De esta molécula podemos decir la si- uiente: Mf, = 18.000 om = 18,000 daltons. Tarnbién la po- demos describir como “una. molécula de 18 kDa’. Sin ‘embargo, la expresion Af, = 18.000 daltons es incorrecta, tra unidad que sive para deseribirls masa de wn nico ‘torno-o una nica molécula es la unidad de masa atémiea Canteriormente denomminada uma, abreviatura que ahora ha Sido cambiada por u, Una unidad de masa atémica (1 u) se define como la duodécima parte de la masa de un atom de cearbone-12, Puesto que la masa dla un étomo de earbona-1. medida experimentalmente es de 1,9826 x 10°" g, 1.4 41,6008 10° g, La unidad de masa atomica resulta ade- cust para describir, pr ejemplo, la masa de un plo obeer- vido por espectroictria de masas (véase Recuadro 3-2). a 46 capiwio 1 Fundamentos de bioquimica (ructuras supramoleculares, dando lugar a unidades funciona Jes tales como los ribosomas, Kn la Tabla 1-2 s¢ muestra las brincipeles.clases de biomoléculas cela bucteriaB: col. ‘Las proteinas, lags polimeras de arminoscidas, constitu én, exchuyendo ef. agua, la fraceiin celular mis importance. Al -Sunas proteinas tienen propiedades eatalfticas y achian como: ‘naimas, otras sirven como elementos estructurales, eceptanes de sefales o transportadores que aarrean sustancias espectf ‘289 Racia o desde ef interior de las céinlas. Las proteinas son ‘quiza las biomoléculas mas versitiles. Los deldod ucleicos, ‘DNA, RNA, son poliieros de macletides, Almacenan y trans- ‘mien Ia informacion genética y algunas moléculas de RNA de- sempenan papeles estructurales y cataliticos en complejos Supramoleculares. Los polisacdridos, polimeras de azticares ‘simples como la glacosa, tienen do funciones: sirven como als ‘eén ce combustibles energéticos y como elementos estnuctura- Jes extracelulares que proporcionan sitins de fiacion especiiens ‘para determinadias protefnas. Lac poltmeros mis cortas de zi- ‘cares (oligomers) actian camo sefiales especiflcas cuando 5 presentan umides:a proveinaso pki dela supertite celular. Los lipides, derivacos grasos o aceitotos de hidrocarlruros, Ssirven como componentes estructurales de as membramas, serva de combustible rico en energia, pigments y sefiales it trocelulures. En proteins, dcidos nucleisos y polisacéeldas el, ‘imero de subunidades monoméricas es muy grande: In masa ‘molecular relativa de las protelnas eseila entre 5000 y mis de millon, es de hasta varios miles demallones en acicios nuclei ‘cos y del orden de millones en polisucirdes coma el alld. ‘Las moléeulas indivicusles de lipida son mucho mas pequefias, (M, 750.4 1800) y no se consideran macromolécalas, Pero la ‘sociactén no eovalente de un gran nimero de moléculas de IF Dido produce la farntacin de estructuras de gran tamafio. Las ‘membranas celulares se constrayen a partir de enemies agresa- os no cavallentes dle moléculas de lipides.y de proteinas. Las pratefnas y los deidos nuclescos son mekéenlas in- fermativas: cada proveina y cada icido nucloica pose una secuencia caractoristica rica en inforriaeiit, Algunos aligasa- ‘éridas de estructura ramificada y formados por seis 0 mas -auncares diferentes ton tambien rioléeulas portadoras de informacién y acitian en la superficie celular externa ene. ‘Duntos allamemte espécificos de reconocimiento en mucios, ‘procesos celulares (como se deseriblri en el Capitulo 7), \La estructura tridimensional se describe en términos ide configuracién y conformacién Las enlaces covalentes ylos grupos faronales de ls bio: Aoulas son de mmportancia central para su funcién, a gual que ladistribuciin de los étomas de unabiomoléeula eel espacio tridimensional (su esterooquirica). Los eompuestos. de ear- ‘bono esasten noralinente como estereoisémeres, moiécu- Jas que contienen Jos mismas enlaces quimieos pera eon tna estereoquimica diferente, es decir, can diferente eonfigara- im o relcion espacial entre sus étomos corstituyentes. Las Enteracciones enire las biomoléculas son invariahlemente es- tereoespecifieas, lo que implica ‘eolséimeros son imagenes especulares uno del otro; son lot llanados emantidmeros (Fig. 1-10}, Las parejas de estereo {seimenos que no son imsgenes espeeulares entre si se denomi- nan diastereémeros (Fis 1-20), Tal eon observ Louis Pasteur (Reenacio 1-2), los enan- tidmeras tienen propiedades quimicas cas ikénticas pero se cic {erencian en una propiedad fsie caraeteristien, su interaccidn, ‘con la luz polarizada. En soluciones separadas, los dos enan- tiémeras rotan el plano de la luz polarizada en dlrecclones opwestas, pero sohicinnes equimatares ce los das enantiéme- ros (mezelas racémias) no provoran rotacién éptica. Los ‘compusstas sin cenrros quirales no rotan la hu polarzadla Capitulo Fundamentas de bioquimica ‘Enantiémovs timigenes expcules) FIGURA 1-19 Acimetria molecular: moléculas quralesy aquiales. (6) Cusndo un Stamo de carbone tiene cuatro susitayentes diferentes (A, BX, 71, 0s pueden dsponerco de dos manras dierentes, que tan fugara dbs maléculas no syperperibes, senda cada una de elias 4a imagen especular de le ata (enarsiGmeros) tos Stomos de ear. bone asimétricos se denominan stoma! quirales oceniias qurales, (3 Cuando alecledar del tomo de carbone tetraédice se disponen Gicamente tres susttyetes terres (es dat, hay dos sustayentes gules, solamente es posible una configaraciin espacial y ln molé- ‘clases simética oaquiral. En ese caso fa molécula puede superpo- Persea su imagen espocular: la moléeuls de Is ixquierda, roland en sentido contario a las agujas del reo (cuando se mira hacia abajo por el sje vertical que une y C, da lugar la molécula del epejo Dada In importancia de la estereoquimica en las reaccio- nes entre biomoléculas (coma se vera mds adelante), el big- quimico debe poder denominar y representar la estructura de Jas biomoléculas de modo que su estereaquimiea quede defi hida sin arnbigiedd, El sistora de nomenclatura RS es el mis ‘til para compuestos pon mas de un centro quiral. En este sis- ‘tema se asigna uns pricridad a cada uno delos grspos wnidos ‘un carbono quiral. La prioridad pars algunos sustinuyentes ‘comumes es la siguiente, —OCH,> OH > —NH, >—COOH = —cHO> —CH,OH > ~CH >—# Seqiin ol sistema RS, el story quiral ha de mirarse de ‘modo que el grupo de prioridad mnés baja 4 en el digrama de ‘appigina siguiente) quede situado en direccién opuesta al ob ‘servador. ila prioridad de los oeros tes grupos (I a) dis rnuge segin el sentido de las agyjas del rel, la configuracidn, seri (R) (del latin rectus, “cerecha) y si-va en contra tel sen ‘Enantidmeras (imégoncs ospecularos) o > we OB] off ebm og 6 chy d Dinsterosmeros (imagines no expeculoree) FIGURA 1-20 Das tfnos de estereoiscmeros, Hay ciao butanos di ferentes 2 -bisustiuidos n=? eavhancs asimétrcos, por cansiaionte 2° = 4 esterwossémeraal. Cada una de ellos se muesta un rec coma una férmula en perspectiva y coma un medelo de boas y ‘sila, cleus se ha rotado para permite que el lector yea dbs los |7upE. Aliinos pares de estoreoiséneros son imsgenes espccularcs tuo det oto, sind por tanto enantiSmeros, Oras pares san im genes expecularesy reciben el norsire de dastenedeencs. tae! Louis Pasteur y la actividad éptiea: ‘In vino, veritas Louis Pasteur fue, en 1849, el primero en en- ‘contrar una explicacién corresta para el fen meno de [a actividad Optica. Investigando sobre el sedimentn cristalino que se acumalaba fn Jos bariles de vino (ua fora del do at trico denominada deido parstarsrco, también, coonoeida coma dio racérnico, ce latin race~ ‘mus “racimo de va"). Utlin6 unas piraas may finas para separar tos tspos de cristales euya forma era déntica pero de los que cada uno de ellos era In imagen especular del otro. Amos pposefan todas las propiedacies. quimicas del cio tartérico pero, al solvers, un dees ‘ia rotar la ux polarizada haeia Ia izquierdia Clewaio) y el ‘otro hacia la denecha (desxtréiro), Pasteur describe inter- ‘reid el experimento de este modo: touisPaseur 1822-1895, En los euerpos isomidicos, Ie elementoe y las proporeio- nes en las que estén catmbinados som tos mismvas, tan soo la disposickn de los stomos es diferente... Sabemos, por lun lado, que las isposiciones moleculares de los tos dei dos tardricos son asimétricasy, por el otro, que estas ds pposicioner son absolutamente idéntieas, a exeepel6n da que-exhuiben asimeirfa en direceiones opuestas. Se ene ccuentran los tomos del vido dextro agrunados en forma de una espiral dextrégira, situndas on el apice le un te ‘raedro irregular, o bien ordenalos cegiin ésta 0 aquella isposicion asimetriea? No lo sabemos.* 41.2 Fundamentos quimicss 19 CTT rosM arse tear tery Ahora podermos dar una respuesta, Los es dls Date El concepte de conformaciém molecular describe la dis: sicion eapacal dos grupos sustitayentes que ene ber tad para adoptar diferentes posiciones en el espacio sin necesiad de romper enlaces, gracias as ibertad de rtacin As, en el elano, un hidrmcarburo senile, existe Ibert easi ‘otal de rotarion alrededor del enlace simple carbono-carbono. Por lo tanto, son poribes muchas conformaciones diferentes ¢ incereonvertibles de la molécula de etano, segsin el grado de roacién del enlace (Fg. 121). Dos confortaciones son de pectal interés: Ia extendida, mee estable que las demas y por tanta la predominance, y la forma ecipsada, la menas estab ‘No es postble ask ninguna de estas dos forreas conforma ‘ales puesto que se hallan en equilib y son interconvertt 2 capt Fundamentos de bioquimies FIGURA 1-21. Conformaciones. El ean ene muchas cosformacio- ‘es posiblesal exist lbenad de rotacsén alrededor del enlace simple ‘earbono-casbono. En ol mosolo de bolas y varias, condo el tomo de carbono anterior desde el punto de vista cel ects) y sus tes Sto. ‘msde idtgeno rotan can selacin al storao de carbono poster, 1a energia potencial de a maléeula auments hasta ui tximo en la coniormacién completamente éclipsida (ingulos de tors de, “120, etc} y daminuye hasta el minimo en la canformacién comple- ‘amente extend ingulas de torsicn de 60", 180° etc.) Las elieren- ‘as de energia son lo suficiencerente pequelias coma para peritr | tpida interconversin de as dos formas, por lo que resulta imple ble aia Tas formas eclipsala y extend, bles. Sin embargo, cundo se reemplican uno 0 mas stomas de ‘icrdigeno de cada uno de los carbanns con grupos funcionales ‘Voluminoses o eargaclos eléetricamente, la ibevtad de rotacién alrededor del enlace carbono-carbono queda restringida, Elle Iinita el ndimero de conformaciones estables de los derivadas del cian, Las intoracciones entre las biomoléculas ‘son estereoespecificas Las interacctones biologicas entre mnléculas son estereoespe- Clficas: su “encaje” debe ser correcto esteneoquimicament2. a estructura tridimensional de las biomoléenlas grandes ¥ peque- fas es de importancia primordial en sus interazeiones biokigi- es un reactive Com $4 enzima, una hormora con su receptor de membrana celular, un antigeno con su anticuerpo esperiicn ‘son efemuplos de ello (Fig. 1-22). El estudio de la estereoqut= taica biomolecular mediante métados fisicos precisos consti tye una parte importante dea modems investigaeién sabre ‘estructura celular y funeié bisque, Las moléculas quirales de los organismos vivos se en- ‘cuentran generalmente presentes en slo una de sus formas ‘quirales. Por ejemplo, los aminodcidos estin presents en las proteinas slo coro isémeros 1; la glacosa, tan slo en forma de su ixémero b, (En el Capttulo 3 se describen las eonencio- ‘es para denominar los estereoisimeros cle los aminodcidos; las correspandientes a los glicidos se deseriben en el Capl- tule 7; ol aistema RS, deserito anteriormente, es el mds stil para algunas biomoléculas.) En camblo, cuando un eompuesto ‘que pasee un étomo de carbono asimélrico se sintetiza quit FIGURA 1-22 Eneaje-complementario de ema macromolécula yuna molécula pequelia. La figura muestra un segmento de RNA de la re _gin reguladora TAR del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana (en prs} unido a una molécula ce argininamid (en colar, representando un residus de Una proteina que $8 Une & eth regidn, Largininamids se ajusta a una cada dels supertice del RNA 36 imantiene en eta rientacin mediante vais interacciones no cova lentes com dste. Esta representacin de fa moléculacle RNA esta gene fada con el programa informético GRASE, que puede caleular fa fora de la supertice eaters de uma mactomoléeula, definiéa por los radios de van der Was de todos los Stamos dela rnakiculao por 141 olumen de exclusin del solvente", mas alls del cual ao puede prewar una molécula de agua, ‘camente en e! lahoratorio, la reacciGn suele producir teas las formas quirales posibles, formende, por ejemplo, una mezela de formas vy ls En las eéhulas vivas se produce una sola forma ‘quiral gracias a que las enaimas que sintetizan los compuestos ‘quirales son también, a su vez, moléeulas quirales. La estereoespecificidad, o capacidad cle distinguir entre festereoisémeros, es una propiedad de los enimas y otras pro- teinas y un tasgo caracteristica de Ia légica molecular de las ‘e¢lulas vivas, Si el sitio de unin en una protetna es cample- rmentario para un isimero de un compuesto quiral, no ser ‘complementario para el otto ismero. En La Figurs 1-23 se smestran dos notables ejemplos de In eapacidad dle los siste- ‘mas biol6gicos para distinguiresteraoisémoros. RESUMEN 1.2 Fundamentos quimicos Wm Gracias au verstiidad de enlace, e stor de carbone puede producir una ampia varied de exqueletos earbono-carbono con diveridad de grupos funcionales;esins grupos son las que conficren st personalidad bologia y quimica a las biomoliculas w Las células-vivas contienen un conjunto cas! universal ‘compuesto por unos centenares de moléculss de baja ‘masa molecular; lis interconversiones de estas moléculas en las ratas metabélieas centrales se han ‘conservado 2.0 largo de la evoluckin, 'w Las protefnas y los aids nucloteos son potimeros linesles de subunidades snonomérieas simples; sus [FIOURA.1-23 tstereoisomeros dstinguibles por ‘eceptoressensorales del gusto y oltta humans. (a) Des esersitiretos bela exrvona: a(R cacvona One! Seu ga, Seer es f f ae dla mera: (-carona fe acs Ho CH ab, 6 eri dealer) clea aloes, cH Pcie ‘paramo l edulcorante comercialzado con el 1 — nombre de NutaSweet, se lsingve fcmerte we Hy ey estreosmera amargo,& pir de que sus -earvons (Shearvona “coniormacianescifees tt slo en uno de lon ae (alesravead “don Soros de rho cuales, “NH “NE, 8 0 H © 000, AHN et ~o0c, ASH wt CH, “CSc “oon, CHE acy ~ocu, 8 = " i Hc” “a ait “e & a 4 H ‘-Aspartilseaitalsnil ti ster LeAspartil-enitalanil mati éter \aapartamo) cules) ‘amargo! secuencias cantienen la iformacién para definir su estructura tridimensional y sus funciones biolégicas.. [La tinica manera de eambiar la eonfiguractin ‘molecular es mediant# la rotura ce enlaces covalentes. Si un dtomo de cartono tiene cuatra swustiuyentes diferentes (un carbono quiralp, ést03 pueden ordenarse cle dos modos diferentes, generando estereoissmeros con prapiedades diferentes, Sélo uno de log estercoisimerts-¢3 Dioligicamente activo. La conformacidn molecular es a posicién de los somos en el espacio resulkante dé la rotacion alrededor de enlaces simples sin que ‘implique la rotura de enlaces covalentes, De modo practicamente invariable, las interaceiones ‘entre moléeulas biol6gicas son estereoespecificas: ‘requicren el encaje complementario entre as rmoléculas que interactian, 1.3 Fundamentos fisicos las eélulas y organésmos deben realizar trabajo para mante~ neree vivas y reproducirse. las reacciones sintétcas celulares: requieren aporte de energia tel mismo modo que los procesos: sinitéticos industriales, También se consume enezgia en el mo- Vimiento de una bacteria en el destallo de una luciéenla 0 en In descarga eléctrica de una anguila. Ademsis, el almacenaje y Ix expresidn de la informacion tienen un coste energétien, xin el cual las estructurasricas en informacion perdentan inevita- Dlemente su orden y, por ende, su significado. ‘Las oétulas han desarrotico, a to largo de la evotueisn, ‘mecanismos muy eficientes para el acoplariento de la enengia wo ‘obtenida de la luz solar @ de los combustibles con muchos pro- ‘cesos celulares que consumen energia, Uno de ls objetivas de Inbioquimica es la comprensién, en tsrmins piiticos y ena {ttativos, de Ios mecanismos de extraccién, canalizacién y cone sumo de la energia en las células vivas. Porlernos considerar las conversiones de La energéa celular en el contexto de Ias le- ‘yes de Ia Lermodinamica, Los organismes vivos existen en un estado -estacionario dindmica y no se encuentran ‘nunca en equifibrio con su entorno ‘Las moiéculasy los tones eontenidos en tn onganismo vivo dif Fem en cuanto a tipo y concentracion se los que se encuentran ‘en st entorno. Un Paramecium en una charea, un ert en el torrente sanguines.hnmario o un manzano en un jardin ‘son ejemplos de organisimos que tienen una cormpesieién clfe- rente ala desu entomo y que, uma vex maduros, mantienen {Cen una primera aproximacién) una composicién cofstante a Desar de que su entorne camebie constantemente, A pesar de que la composicion quiimica carseteristica de-un ‘Organism varia poco alo largo del tiempo, la poblacién de mo- eulas de una célula u organismo se encuentra bien lejos de ser ‘satitica, Gontimamente se sintetizan y se degradan pequetas, ‘moléculis, macromoléeulas y complejoe supramoleculares me dante reacciones quimicas que necesitan de un Mj constante de mas y energiaa través de sistem, Las nléeulas de hemo- slobina que ¢sl4n transportando en este momento oxigeno desde nuestres pulmones a mestro cerebro ee sintetizaron ol mes pasado; dentro de-un mes se habrin degradado y habrén sido reemplazadas por nuevas movéculas de hemoglobina. La ‘lucosa que ingcrinos en la ‘tima comida se encuentra ahora. 22 Cepfulo1Fundamentos de bloguimica ‘lreulando por nuestro torrente sanguineo; antes de que ter rine ei dia estas misma moléculas de glueosa se habrén ‘corwertide en didico de carbono 0 grasa y habrén sito reem- plazadas por un suministro freseo de gluensa, de modo que ‘muestra coneentracién de glucosa en sangrese manteng mis © ‘menos constante a o largo del dia, La cantidad de hemogiohina yy glucosa en sangre permanece précticamente constante pot- ‘que la velocidad de sintesis o ingestién de eada una de elas comperiss con exactitud la velocidad de su degradacién, con ‘sumo 0 contversiGn en alain otro products, La eonstancla en ia ‘concentracién ex el resultado de un estado estacionario divtd- ‘ico, un estado estacionario qué se enctienta lejos del equili- brio. El mantenimienta ce este estado estacionario requiere el ‘aporte constante de energia; cuando la cella ya no €3 capea dle generar onergia, muere ¢ iicia su degradaciGn hacia el-equ- ‘brio con su extomo. A eontinuacién verernos qué es Jo que $¢ ceonoce exactamente como “estado estacionario” y “equilbric™ Los organismos transforman energia y materia de su entorno Para las reacciones quimicas que tienen higar én soluclén, po demos definir un sistema cor el conjunto de los reactives ¥ [productos presertes el dlsolvente que los contene ya atmos feracircundante 0, dicho de otro mods, ado aquello que est inchuido en una regién definida det espacio. El conjunto da sistema y su entamo configura el universo. Sie sistema no intercambia materia né enerpia con su entorno, se denominss ‘Aislado, Sil sistema intercambia energia pero no materia fon su entorno es 4n sistema cerrado; st intercambia materia ‘yenergia, es un sistermaabierto. ‘in orgarismo vivo es un sistema abierta que intercambla materia v energi con su entorna, Los organismos vivas ex: tracn energia de su entomo de dos maneras: (1) capkan cme bustibles quinices {como par eemplo gucosa) del entarno ¥ cextraen energia de su oxidacién (wéase Recuadro 1-9, Ca80 2); 0 (2) absorben enenin dls haz soar ‘La primera ey de i termodindmica, desarroleds x partir le Jatisicay de la quinica pero plenamente vida para sistemas biokigicns, describe el principio de conservacién de la enoraia: en cualguifer proceso jtsico 0 quimico la cantidad de ener- ‘ofa total del universe permanece constants, aunque su ‘forma puede variar: Lae eSiulas son consuadis traneductores de energia, capaces dé Itercerwertir nergéa quirica, electro smagntiea, mecanicay osmética con gran eeiencia (Pig 1-24) El flujo de lectrones proporciona energia para los organismos Pricticarnente todos los onganismos vivos derivan su encrsfa, directa oindirectamente, de la energla radkanto de Ia hz solar cave proviene de ls reacciones de fusiGn termamuclear que 8° prodiicen en el sol Las eins fotosinteticas absorben Inener- ‘fa huninosa del sol y la utitizan para dirigir ls eleettones Gee el agua al didxide de carbono, dando hugar @ compues- tis ricos en energs tales como glacasa (C,¥80q), alin saearoua, ¥liberando Op ala atmésfera: tus tw 6C0 + 6H, —+ CoHi20s + 602 (reduccién 4el CO, par accién de In energia luminos#) {La céfulas y Jos onganismos no fotasintéticns obtienen energia [para sus necesidares mesiante la oxtdnelon de los procuctos re ‘eas en energfia de In fotoeintesis, transportando elecirones hacks Ausants en el decorden entropia) del entarne a Deseeney on 9 desorden entropla) del sistoma en informacién: © FIGURA 1-24. Alguns interconversiones ee energia en los organs mos vives, Durante las transducciones metablicas de ener, el de ‘orden dol sistema y de su entorno fentropia) aumenta a la vex que la ‘energia potencial de las moléculas nutrientes complejas dlsminuye. (a) Los organiamos vivos exten energia desu enor, (b)convierten ‘ua pane della en for ities para produce trabajo Xe) dewween tna paste al entomo en forma de calor y(d iberan mokéculs como products fines merws oranizadas que el combustible origi at rentand la enttopia del univers, Coro consecuencia de todas et tae traformaciones (eh auméata at erden (isrinuye el desorden} en cel sistera mediante fa formacién de macromsaléculas complejas EL Capitulo 13 hace un Watariento cuantitativo de I etropia “€105:atmostérioo para formar agua, didxido de carbano y otros _ procluctos finales, que son reciclacos en el medio ambiente: GyHi205 + 0; —+ 600, + SHO + energin (reaccicn de oxidacidn de Ia glacosa que produce eneryia) Pricticamente todas las transclucciones energéticas de las of Julas pueden entenderse como un fyjo de electrones desde tuna moléeul a otra, en un proceso “euesta abajo” desde po- tencinles electroquimicas superiores a infesiores; siendo asi, esto es formalmente andlogo al fujo de electrones en un cit- ‘euito eléctrco alimentado por una baterta eléetriea. Todas las reacciones que implican un flujo de electrones son reaceio- nas de oxidaelén-reduecién: un resotivo se oxida (piorde electrons) y otro se reduce (gana cleetrones). Crear y mantener o1 orden requiere trabajo y energia ELDNA, el RNA y las proteinas son macromoléculas informati- vas. Ademis de usar energia quimica para formar los enlaces eovalentes entre Ins subunidades de estos polimeros, las 06h fas deben invertir energla para ordenar las subunidades en su secnencia correcta. Es extremadamente improbable que los aminodcidos de una mezela se condensen espontneamente ‘para formar ua protesa de secuencla tinlea. Bllo implicaria un. aumento de! orden en una poblacidn de moléculas, lo que com: ‘rastaria con la segunda ley de ba termodinamica segin ta cual Ja tendencia de cualquier proceso natural es ls de incrementar el desorden del universo: fa eneropta total dol wniverso esti ‘en constants erecinvionto. Para dat Ingat als sintesis de ma- Ccromoléculas a partir de sus subunidades monoméricas debe ‘suministrarse onergia libre al sistema, en este caso, la célula, Eldesorden de los componentes de un sistema quitnica ‘se expresa como entropia, $ (Recuadro 1-2), Cualquler vo riacidn en el grada de desorden do un sistema equivale a una va- riacién de entropis, AS, que, con- vencionalmente, adopta valores ‘positives cuando aumenta el de- sSorden. J, Willard Gis, que dasa rrolié la teoria de las variaciones ‘energéticas durante Ins reacciones squimicas, demostré que el eon tenido en energia libre, G, de cualquier sisters eerrade puede definirse a partir de tres magnitu- des: entalpia, #, que refleja ¢l nimero y el tipo de enlaces; en- ‘tropa, $;y la termperatura absolute, 7 (en grados Kelvin). La definicion de energie lbre es: G = A — TS. Si una reaccion. jquimica tiene lugar 8 temperatura constante, la wariaelén de energia libre, AG, viene deverminads por Is variseidn de en- falpia, Aff, que reflejael tipo y la cantidad de enlaces quimioos f interacciones no covalentes que se rompen x forman, ys va- rHacién de entropia, AS, que deseribe el cambio en el grado de ‘desorden del sistema: AG= AH TAs JL witiard Gibbs, 11639-1903, WH, — Bey -o-Po-t-0-b on, NOt 648 HOR @ HPP Riboss— Adenine FIGURA 1-25. Adenosinatrifstato (ATP), (2 eliminacin del fsfata terminal de ATP fen rosa} mediante roura de un enlace fostoanh{- ADP +P, (exerénica; AG, es negativa) Estas dos reacciones comparten un interrnedliario comin, Py, ‘que se consume wn la reacedén Iy se produce en la reaccién 2 ‘Las dos reacciones pusden, por tanto, acoplarse en la forma de una tercera reaccidn que se puede escribir coma la cums de las reaceiones 1 y 2, emitiend el intermediaria comin, Py de los das lacs de la ecuncién: Ranecién 3: Reseed 2: Chasen + ATP —+ glacosa6-fosfate + ADP Puesto que se ibers mis energisen la teaccén 2 que ta con- ssumida en la reaceién J, la vurisehn de ener ibre-en la reac chin 3, AG, es negativa, lo que hace posible que la sintesis de slucose 6 fosfao tunscura através dela reaceiGn 3 El acoplamiento de reaceiones exergoricas con otras en dergénicas a traves de un intmesdiario compartido es bésico para los intercamiios energétioos en los sistemas wives, Lahi- drélisis del ATP (reaccién 2 en la Fig. 1-26b) es la reaccidin exergnica que proporciona la emerga para la mayoria de pro- ces08 endergénices en. las eélulas. De hecho, el ATP es el prin- cipal transportadr de cnergfa quimics en la esha Kay AG’ midon la tendeneia de una reaccién para transcurrir espanténeamente 1a tendencia de una reaccién quimica para Hegar a su final pede expresarse ett forma de una constante de equilib, Para la reaccién. aA +BB—> 60 + aD la constante de equllibrio, Kjq, viene daria por IcatDa PTET donde [Aq esa concentracidn de A, [Bq] ¢s la concentracion de B, etc, cuando el sistema ha Hepa al equitibrio, Un valor elevadio de Kc, indica que la reaccién tiene lugar hasta ‘que los reactvas 9 han convertido casi en productos Gibbs dermosted que la AG de una reseeién quimica cusl- 4gulers es funcin de la varlacién de energia bre estdn- dar, AG" (uma constante caracteristica de cada reaceicn specifica) y dun término gue expresa la concentracin in ial de reativosy proiuctos: AG= AG + RTI once [A] els concentracién inicial de A y ast sucesivamente, esa constante de los gases y Tres la temaperarura absotuta, Cuando una reace{én ha alcanzado el equilibrlo ne per- siste ninguna fuerza que la incluzea air en. una direceidn u otra y no pede realizar trabajo: AG = 0. En esta situacion eon. lereta, [A] = [Aceh €te, para todos los reactivos y productos, y Loui? _ (C.J Del _ TAPER ~ TAB? Sustiuuyende AG por 0 y [GIIDTA)IEY® por Kq en la Eeua- com 1-1, sbtenemea i else AG ~ -RT In Ky dela que deducimas que ACF es tan sélo una manera alterna- tiva a Ko bara expresarla direesion de una reaecidn. Graciss & poder medir Ka, experimentalmente disponemes de un modo de determinar 84°, la constante termodindmica caracte- ristca de cas reaccidn, AG*y SG se expresan ambas en joules par mol (9 calorias ‘por moD. Cuando Ky >> 1, AG" es grande y negativa;euando Ky By FIGURA 1-27 Vatiaciones energéticas durante wna raccis mica = la conversidn dels ecto (A en print 8) deb al ‘ase una ceva barra de actnacin, qe represenia ef estado de trunsicin a pesar de qe los productos san mis exabes que lo rea ties, tal come india la gran vriac\n regalia de ner le A). La energia necosva para spear a hares de acta esl ener de acticin (AG'. Los enzimas catalizan le rexccionesdsmino- end la barrera de acacsn. Se nen ferment ls intermedia el estado de wansicén yl ener de enlace de et interac in reduce la enesja de activin desde AC" bt 8x (Ob ‘ese que la energia de activacin no esti elaonada ca la varaciia de la ener ive de a eacckSn, AG) utente ‘ote tipa de salmacenados trabajo celular Comida Biomolécalas ingerida complejas Potonet ‘Trabajo solares meciniso ‘Trakajo comstico Cy tle FLOURA 1-28 apel central del ATP en ef metabolism £1 ATP es el intermediavio quimico comdn que conecta los procesos que liberam ‘energia con aquellos que fa requieren. Su papel en Is eélula es ans logo al det dinero en las relaciones eamerclals: se "ganafprecuce™ fen reaccionas exergénicaty se "gata/consume” en las ender inicas ‘Sora convirtiondolas en moléculas progresivamente mayores {y mis complejas. Dstas vutas sintéticas requieren invariable- mente un aporte de énengia y en conjunto se denominan ana- bolisme. La compleja red de reacciones catalizadas por ‘encimas constituye ¢l metabolism celular El ATP es el prin- ‘ipal nexo de unién (el intermediavio eompartido) entre los ‘eomponentes anablicos y eatabélicas de esta red (Pig. 1-28). Las rutas de reacclones catalizadas enaimeticamente que ac- ‘sian sobre Jos principales constituyentes ce kas célalas —peates- ‘as, grass, aitcares y dcidos nuiclelens~ son casi Kénticas en todos los erganismos vivos. El metabolismo estd regulado para conseguir ‘equilibrio y economia [Las cétulas vivas no son slo capaces ce sintetizar simultdinea- mente miles de clases diferentes de moléculas sino que ade- més son capaces de hacerlo en las proporciones precisas que 28 Copiuio 1 Fundamentas de bioquimica ‘son necesarias para la célula en cualquier situacin. Cuando, por ajemplo, se preduce un crecirwlento celular répido, deben tizarse grandes cantidades de precursores de protainas y sécidas mucteiens, mientras que en condiciones de no ereci ‘miento la necesidad de estos precursores se encuentes muy reducida. Los enaimas clave de cada ruta metabslca estn re- ‘ulados de manera que cada tna se moiécula precursora se ‘sntetiza en la cantidad adeeuad las necesidaees eitcuns ‘ancl de ia chal Considérese la ruta de B. col# que conduce a la sintes mis sencilo preset el compor- tamiento medio de las moléculas gracias al gran mimero de elas que es posibie analizar al mismo tiempo. Bn este aspoet, el DNA celular es una excepcin notable. I DMA de una céloia de, colt es una tniea moldeula que contiens 464 millanes tte pares de mucdedtidos y constituye todo su material genética, Esta moléeula dnien debe repliearse perfectamente en Lodos sus detalles para que &. coli genere un prugenie idéntica me- dante Ia division eofulan; en este case no €, por tanto, posible pensar en un comportarniento medio, estadistien, Lo misma eurre en todas las dems eéulas. Un espemategoide hurhano porta al 6vulo que fecuna una sola molécula de DNA en cata lune cle Fos 23 eromosomas diferentes, que se combinan con wi sola molécula ce DNA en cacta uno dle las cromosomas corres. ponulientes del Grulo. EL resultado de esta unin es fellmente Dpredecibie: un embridn que contiene fy totaled de sus 25,000 genes, fortado por 8 mil millones de pares de muclesices, en ‘acto: jun Iazafia quimica inerefble! La estructura del DNA hace posible su roplicacién ‘y Foparacién con fidelidad casi perfecta ‘Lu capacrdad te Is eélalas vivas de preseevar su material ené- tice y duplicario para su transmision ala generacion siguiente es el resultado de la complernentariedad estructural entre las dos mitades de Ia moléerla dle DNA (Pig. 1-20). La ual be sica del DNA es un poliero lineal formado por cuatro subuni- ddades monoméricas diferentes, los desonirribomuclestides, fdenacs en una seewencta lineal preeisa. En. esis seeuercia i neal seeneueniza codificada la informaciin genética. Dos de es- tas cadena poliméricas se enrollan ui sobre la otra para formar ta doble hélice de- DNA, en la que cara sbunidad mono. ‘mérica ee una cadena queda especificamente apareada con una sulbunidad romplementaria de Iu code opuesta. Antes de pr dducirse la dvisin celular, las dos cadena le DNA se separan y acttinn coma molde paras sitesi de otra caslena complemen ‘aria neva, eon Jo que se generan das moléeulas de dable he lioe idénticas, una para cada cetula kia, i una carlena resultase ldsgada, In comtineddad de la inforrackn queda asegurada por 4a informacion presente en la cadena complementaria, que ae- ‘ard come mode para la reparaciin de li les, La secuencia lineal del DNA codifica proteinas con estructuras tridimensionales ‘La informacién est enuifcaa en el DNA en su secuenla ical {(monodinensionsl) de unidades desoxiribonueleatidicas, pem Ji exprosion de esta informacion da con resultado una cfc (vidimensional. La transicidn entre una y tres dimensiones ocu- 30 Capitulo Fundamentos de bioquimica Cadena 1 Cadens 2 Cadena 1 Cadena 2 vieja nueva = ueva vieja FIGURA 1-20 Complementarcdad entre las dos cadenas del DNA. EEDA es um polimero lal de-eustro subunits, lar desosiibo- ‘nuclides desoxiadenilato (A), esoxiguanilta(G), desosicitelato (Q y dewoxtimidilato 7), unidos eavalenterante. Cada uno de los ucleldos, gracias a su procica estructura tidimensionsl, pose la apocidad tmrinseca de asociarse muy espeeificamente po no ce ‘modi covalent, con oe dels nuclides: A suo siernpe con su complementary G sieve can C. fm ls molécula de BNA de Hble cadena, ls Secuencia completa de mucletidos de una hebra es complernentari 2 la Secuencia de la ota baba. Las dos cadonas del DNA, unis por muchos puentes de hidrOgenc ines verticals asi les) ente fos pares de ruclectidos complementain, se ensollan una sobre I ota para formar la dable hice lel DNA. En ta replicaci6n el DNA, las dos cadena se separan y se snttizan dos cadena mue= 9s, cada un con una secuencia comnplementara la de ura de as. = =e = z= oe = 4 zn =m > ms em = xe ra =m = a “Transeripeiin dela seeuancia de DNA fen una secuencia de RNA LS E ‘Traduecion (en el ribosoma) de la steuencin de RNA du skcuencia ide protein y plegamiento de la proteins ‘para adoptar au conformacién nativa Proteina Protcinn 2 Protaina 3 sf Formaciin de un complejo supramolecular FIGURA 1-31. Del DNA al BNA y als peoteinas. La ecuencis i tales de desoxiibonucedtido en el DNA, dtu en goes se vanseriben en moléeuae ds Sido bon ueleicoIRNA)cuyassecurn- as de bon ucletdos le son complerentaris. Las scuenclas de ANA setraducon en cadaslineales de protein, aes plgan para {dopta sus conlrmacionestridimensonses nates, 2 nuda con ta ayuda de as chiperoras molecules Las potenas 3 aocian a ‘veces con otras proteinas para formar complejos supramaleculares, cetablizads po nteraccions Eb Cara moléeula de estos complejos poses sitios de unidn es pecificas y de alta afinidad para is dems y puede formar es- pontdnearnente compiejos funcionales en el medio cehular, A pesar de que las secuencias proteicas contienen toda la, informacién necesaris para el plagamianito ef el estado nativo, este plogamiento sélo puede producirce en el entorno ade- cuado. El autornontaje requiere, pues, una informacion co- recta (proporcionada por la secuencia del DNA) yun entorno: adecuso (eLinteror celular), por bo que la seeueneta de DNA ‘no es capaz por af sola de dictar la formacién de una célula Coma dijo Rudolph Virehow, el parslaga ¢ awestigador pru- siano del silo x, “Omnis cellule cellula" toda oélula pro- viene de otza oélula, RESUMEN 1.4 Fundamentos genéticos 1 Laiinformacién genética esta codtiicada en la secuen ela lineal de cuatro desoxirribonuelestcos en el DNA, = Lamoléeula de DNA en dable hétice contiene un ‘mole intemo que permite su propia replieacién y_ reparacisn. wm La secuencia lineal de aminedeclides ce una protein, codificada en el DNA del gen de esa protetna, da lugar ‘una esteuctums tridimensional protelea que es exclusiva para esa proteins. ‘© Giertas macromoléculas individuales con afinidat ‘specifica pam con otras macromaléculas formar, ‘complejos supramaleeulanes. 1.5 Fundamentos evolutives 31 1.5 Fundamentos evolutivos Nada tiene sentido en biologia sino es a la luz de la evolueién Theodosius Dobzhansty, The American Biology Teacher, ‘marzo 1973 Los grandes progresas dela bioquiniea y la bisingia moleeuilar desde que Dobzhansky hizo esta contundente generalizaciin han coninmado su validez, El alto grado de similitud entre las las metabolias y las socuencias génicas de onganismos de ta- dios los pila es un robusto argument a favor de la hipétesis de que todos los organismes modemnes eoenparten un progent- tor evoltivo comin y derivaron a partir de 61 a través de una larga serie de pequerios earnbies (inutaciones) que conferian, en carla caso, una veritaja selectiva a un organisma dado en un richo ecolgioo eonereto, tos cambios en tas instrucciones hereditarias hacen posible la evolucién ‘A pesar dela fietidad cas perfecta de i replicaciém genética, Certs errares muy poco frecuentes que no han sida repara. dos durante iareplicacién del DNA produen vartaciones en la Secuencia nucleotiticn de] DNA, dando lugar a un imag (Fig. 1-82) que cambia las instrucciones para alguna de los Componentes celulares. Una reparacién incorrecta ce una le- sin en una de las cadenas de DNA tiene el mismo efecto, Las runtaciones en el DNA que se transmite a las descendientes FIGURA 1-32. Papel de las mataciones en {a evolucién, La acumlacin gradual de ‘mutaciones a lo argo de un perfada proloagedo de tiempo da como resultado "ruevas especie bolas, cada una de ‘ells con uma secuencta de DNA dinica, fn Ja parte superior se mussta un segmento ‘carta de un gen cle as hipesético organismo progenitor Can al paso dal tamnpa, lot cambios en la secuencia nucleotidica Imutaciones, inicadas por cajas coloreadss), que afectan aun solo ucla en cada ocaskin, generan una progenie can secuencias de DNA dlorents. Esta prognie mutans tabign ste rmutaclanes ocasionalmentey da lugar & nos descendents qu teman un © mie racledides dfeentes en relacin eon la sacuencia progonitera. Una nue especie aparece cuando dos lineas han sivergido tanta en su aeerva genético qut yan pueden aparearse: tate 32 CapfuloFundamentos de blequimies pueden ser dafinas o incluso letales para el organism; pue- den, por ejemplo, provocar la sintesis de tun encima defectnosn incanaz de catalizar una reaccién metabdlica esencial. Sin em. ‘argo, una mutacin da Iagar oeasionalmente a un organisms ‘nejor preparado para sobrevivir en st entorno natural Elen: ‘dima mmutante podria, en este easo, haber adquirido una espe ‘ificidad ligeramente diferente que lo eonvierte en capaz de Ltilizar cierto compuesto que la eéiula era incapaa de metabo- lizar antes de producirse la mutacin. 8i una poblacién de eé- Julas se encontrase en un entomoen el que este compuesto fuera el dnico o el mds abundante de los mutrientes disponl- bies, 1a cella mutante tendria ventajas solectivas sobre lat otras celulas ne myutaries (de tipe silvestre —wild type-) de la poblacién, La oélula mutante y su progenle sobrevivirian y Drosperarian en el nueva entomo mientras que las eélalas del tipo sthestre no disponetrian de nutrentes y pereeerian ‘Avveces, se produce Ia duplicarién de mn gen entero, La segunda copia ¢3 superfius, eon lo que las mutaciones que se Drocuzcan en este segundo gen no serdin nocivas; ésta eons tituse ofra forma de evolucién celular, puesto que implica la prodiaccion de un nuovo gen con una nueva fume al siempo ‘que ge retionen el gen ya fonclon orginal, At las moléculas de DINA de tas organisttos ronciernas son como documents histrioos llenos de datos que hablan ce! largo viaje desde las Drimetas 6éulas a los organismos.actuales. Sin embargo, los «datas histérioos contenidos en et DNA no son completos; a to Jungo de la evolucin se han borrado Taichss de las mutaciones, (09¢ ha eserto sobre elas pesar de ello, as moléculas de DNA son la mejar fuente de historia biolgiea disponible Varios miles de miflones de aftos de sclecelén adaptativa ‘han condtucido al refinarniento de los sistemas ceulares, ha- clendolos capaces de obtener el maximo provechs de las pro- ledades fisicas y quimicas de las materi primas moleculares para levar a cabo las actividades hdsieas de transformacion de la cnergiay de autorreplicacion de las cetulas vivas. Lae varia clones genéticas producidas al azar entre indivsiuos de una poblacién, eombinadas con la seleccién natural Csupervivencia ¥ reproduccién de los individuos mejor adaptados en un am- biente selectivo y eambiante), han dado como resultado la ‘sohueién de una enorme variedad de organismos.. Las primeras biomoléculas aparecieron or evolucién quimica Hasta aqui hems pasado por alto el primer eapttlo de la his toris de la evoluclén: la apariciin de la primera célula viva, Las ccompuestos orgfinicos, entre los que se ineluyen biomalécalas Inisicas tales coma aminosetdos y glicides, se encuentran pre- sentes tinlcamente en muy pequefias cantidades en Ia cortera tervestre, el mar y In atmésfera, ;Cémno adquirieran los pi metos ofganismos vivos sus sillares estructurales orginicos ‘aracteristicos? En 1922, el bioguimico Aleksandr. 1. Oparin ropuso una teorfa para el orien de la vida en la Terra, pos- tulando que la atimdsfera fue en un principio muy diferente de la actual. Rica en metano, amontaco y agua, préicticamente ‘exenta de oxigen, se trataba cle una atméefera reduetara. Se. 10" gf, coud es la masa de una sola oélula? (0) La naed cer protectra le cof tiene un grasor dle 10 ram, {Cuil eso poreentaje de vlumen total de bar teria ocupada por la pared? (6) B colt scapes da cracer y ruiltipticame rip mente gracias ala presencia de unas 15.000 xTosomas eof 608 (dktneteo 18 nes) en cada oélula, que Kevan a cabo la ain- esis de proteins ;Cuil es el porcentaje del volumen celular totalocupado por los ribasomas? 4 Informaciin genética en el DNA de B. cot La infor: macion genética contenida en e} DNA consiste en una secuen- cia lineal de unidades codlfcantes sucesivas, denominadas codones, Cada.coddn 6 una sectieneia espectfica de tres des- xiriibonucledtidos (tres pares cle desoxirsibonucledtidos en eLDNA de doble cadena) ¥ cada cadn codifica un tinien am rodeo en una proteina, La masa molecular de una moléeuka de DNA de £. coli ex de 3,1. 10" wimol. La masa molecular media de un par de nuciestidos es de 660 gynoly cada nncled- tido-contribuye con 0,34 nr ala Korte del DNA. (9) Caleular la longitud de una molécula de DNA de cofi. Comparar la longitud de la molécula de DNA eon las dimensiones reales de ls célula (véase Problems 2). :Cémo puede caber lamsléeula ce DNA en el interior de la efi? (b) Considérese que la proteina promedio de E. coli tiene ua cadena de 400 aminosicides.:Cual es el mimera mae ximo de proteinas que pueden ser codifiadas por una mol clade DNA de E.coli? 4. Elelevado régimen del metabolismo bacteriane Las células bacterianas tienen un metsbatismo mucho rks rapido ‘Qe las elas animales. Bn condiciones ideals, algunas bac- terias multiplican su tamafo por dos y se dividen en 20 min, mjertiras que la mayoria de células animales reauieren 28 h et coniciones de ereeimiento rapido. La elovada tsa del me. tabolisimo bacteriano exige que la relacién entre Ia superficke cellaey su volumen sea geande (@) 2Cuil es fa razén de que la relacién superficle-vola- men tenga efecto sobre la velocidad de! metabolismo? (b) Caleutar la relacn supericie-rolumen pars la bacteria esférica Nefsseria. gonorrhoeae (simetro 05 yum, rebar sable de la enfermedad denominaca gonorres. Compararta con la relacion superficie-volumen de una ameba globular, luna célula eucatistia de gran tamatio (150 am de-dimetro), BB rea de una esfera es 4 5. Transporte axonal ripide Lasreuronss poseen exten- snes largis yfinas denominadas axones, que son estructt- as especializadas que conducen sedales a través del sistema nervioso de un organismo, Algunas extensiones axonales pue- den tener hasta 2:m.—por ejemplo, los axones que se originan 42° Capitulo Fundamentos de bioquimica cn fa méduls espinal y termitan en los ruiscuos de los dean ie ls pies-, Pequefiss veseulas membranes que tanspor- tan materiales esenciales para la faneion axonal 9¢ rueven a Jo lango de mierotublos sel etoesquelet, desde ol cuerpo de Jn cella hasta punta de os axanes: G@) Sila velocidad media de ura vesicula es de 1 saws, {cuinto tiempo tanta una wesieula en meverse dese ol caerpa ‘elular en la mec espinal hasta la punta de ann én los de dos de os pies? @)) Etmovinientn de moléeulhs pranses en kas ous mo tants difusion es relatvamente lento (Por ejemplo, la hes lobina difunde aproximadamente a una velcida clef nan.) Sin eanbargo, la difusin dela taearosa en dizolucién acwssa sucede ana velocidad que se apraxima a Ja de las mecanis mos de trasporte celular pid (aproximadamente ¢ pus) Cts son ls ventas, para la cGhulao parn un onganismo, ie los mecanismos de transporte pido dirgido compara ‘com fa simple difuscn? 6, Vitamina €: Es tan buena la vitamina sintética como: Janatural? Los productores de almentns “sanos" inser en sie las itaresobtetias ce fuentes maburals son mas sal dlables que las obtenidas por métodos siteticos Se dice, por jem, que el Ackins-aseobico puro Cstamins C)obgenio de ssxcaranuhse9 mejor que clio -ascshico pure chtenido en. tuna planta quimiea. ;Son diferentes as do vtaminas? ; Puede sTorgnnismo disingrla ente de una vitamin? 7. Identificacién de grupos funcionales Ex las Piguras 1-15y 1-16 se mmuestran algunos de los grupos furelonales era ‘comuunes de Ins biomoléculas, Es importante saberios identfi- ar, puesto que las actividades y kas propiedades bioligicas de las biomoléculas estin determinadas en gran parte por sus serupos foncionales. Identifiear y nombre cada uno de los ge os funeianales que forman parte de le sguients moléeulas. 3 Ho-F-o 1-¢-on 1 a ‘H-C—OK PA edhioch aA-{-p-on n-t-on HH H aninteratgiat dl ianolamiaa Glico mtateliane des gives a) ® © 0 0 iS Ho i Xo a 18 e fo aka HRC H—-C—0n Tae w-f-on ont pe CH CHLOH “I ‘Treonina, Pantotenato, CHOH. woerioais = tvtinmine > hueoeaaiaa a e © 8, Actividad de firmaces y estereoauimica En ‘ocasionos, las diferencias cuantitativag en la actividad binlGatea de dos enantiémeros de un compuesto son bastante grandes. Por ejemplo, el isimeron del firmaco ieopratenerol, ‘ublizado en el tratamiento del asma, es entre fil y 80 veces ims efectivo como broneotilatador que ol ismato L. Ident scar el centzo quizal del isoprotenerol. {ual puede ser la ‘causa cle que dos enantidmerus posean actividades biologicas, ‘tan radizalmente diferentar? oH OHH i fm no S-f-om hfe H cn, HO’ sepeoterenal 8. Separacién de biomoléeulas Al estudiar una bio molécula determinara (una protelna,deid nucleo, glide o lipid} en el Iaborstario, el bioqutinico necesita en prirner tga separara del resto de biomoiéenias de la muestra es decis, purificarla-, Mas adelante se considerarn ls Uée- nicas especifias dle purifleacin. Sin embargo, considerand simplerrente las unidadcs monomérias que constituyen las blomobéculas nis complesas, deberiamos tener algunas ideas sobre qaé earatersticas de ces bomliuss nos peeriian separar unas de otras Por ejemplo, cco se podran separat (8) ainoseidos de deidos grasos y €0) nuckesidas de hucosa? 10. Una vida basada en el silieio? El stleio pertennce al rniamo grupo delatabla perlédiea que ol earbono y, como éste, puede formar hasta cuatro enlaces simples. Se han eserit- mu. ‘has historias de cieneia ficcion sobre kx posbibdad de una via bbasada en el silicio, Seria esto posible? :Que caracteristicas dal silisio Lo hacen menos apto para actuar como el elemento ‘central onganizador de la vida? Para responder a esta pregantt se puede utilizar to aprendico acerca cela versatlidad de en- lace del carbons, ademis de referise aun beo de quimica inor- ‘siniea para averiguar las propiedades de enlace del silico, 11, Accién farmacoligica y estructura molecular Hace algunos afios des campaias farmaccutiens co- ‘mereializaron un farmaco bajo los nombres comerciales de Dexectrina y Benzedrina. La estructura del compuesto es: Outa Las propiedades Nscas (analisis elemental de C, Hy N, punto dd fusion, salubilidad, ete.) de ls Dexedina y de la Bemze- ddrina eran icknticas. La desis oral recomendlada dle Deer (qoe todavia se encuentra a la venta) era de Sega, pero la losis recomendada de Beraedeina (rotirada del mercado) era eldoble, Aparentermente hacia fatia mucha mais Benzesirina ‘que Dexedrina para conseguir la misma. respunsta fisiologica Exphear esta contradiceidn aparente, 12. Componentes de biomoléculas complejas Ela guru 1-10 se muestran las eatructuras de los prineipales ‘components de biomoléculas complejas. Mentificar ls consti ‘uyentes de cad una de las tres biomoléeulas que se muestran agontinuzeign (en sus formas ionizaras a pH fistol6gico). (@) Guanosina trifestato (GTP), un nuclestio reo en ‘enengia.que sirve de precursor del RNA: OH Capitulo 1 Problemas 43 (c) Posfatidleolina, un componente habitual de las ‘membranas: oy ° ca N—cH,-cH,-0-b-0-ath, cats 4 HE—0-C-(CH)y-0= 0 Bet REE 18, Determinacién de la estructura de una biomolécuta Se alsié una sustancia desconocida, X, a partir del maisculo de eongjo, La estructura de X se determiné a partir de 106 sh guiente experimentos y observaciones. El andlisis cuantita- ‘tivo demosteo que X se componia exclustramente de C, Hy. 0. Se oxidé completamente ura muestra de X de peso cong, ‘ido se midieron las cantidades de FO y Oy producidas. A partir de este andlisis cuantitativo, se llega la conclusién de ‘que contenia 1m 40,00% de C, un 6,71%4 de H y Un 53.20% de (0 en peso. Se determiné Ia masa molecular de X eon na es- bectrdimetro de masas y results ser de 94,00 u Conidadtes de ‘masa abémica; véase Recuadro 1-1). Un espeetro infrareojo de X demostr6 que contenia un enlace doble. X se disolvia ripi- damente en agua para dar una disolucidn dcida. Se ensayo ‘una disolucion de X en un polarimetra, shsorvandose que po. sein actividad aptien (CH,),CH, G@) Determinar ta formula empirica y molecular de X, (b) Dibular las posibles estructuras de X que sean con- siruentes con la frmula molecular y contengan un dable ens lace. Considérense fan s6to estructuraslineales o rariffeadas {y No estructuras efeieas, Reeuerdese que los enlaces del oni ‘eno consigo mismo son poco estab, (©) {Cudl es et significado estructural dela actividad 6p: {ica observada? ,Que estrueturas de (b) son eongruentes es ‘esta observacin’?| Gd) 2Cual es el significado estructural de Ia obtervacicn ‘acerca del carseter acidlico de una disaluelén de X? 4 tructuras de (b) son congmentes con esta abservacitin? Ce) :Gual es la estructura de X? ;.Existe mas de una es tructura congruente cot. Loios los datos aportarlag? PARTE ESTRUCTURA Y CATALISIS Elagua 47 Aminodcides, péptidos y proteinas 75 [Estructura tridimensional de las protefnas 116 ‘FunciGn de as protoinas 157 Enimas 190 \Glicidos y glucobiologia 238 Nucleétides y deidos nucieiows 273 Tecnologias de la informacién basadas enelDNA 306 10 lipides 343 11 Membranas biol6gicas y transporte 369 12 Biosefializacién 421 emaraneen £1 imvestigador alemén Eduard Buchner descubrié en 1897 ‘que era posible fermentar azicar, no séio con levadura ardinaria, sino: también con la ayuda de extractos de levadura que no contenian ninguna de las células de Saccharomyces... Por qué-se considerd que este experimento, aparentemente trivial, tenfa tanta importancia? La respuesta as evidente si se considera 2 desarrollo de las investigaciones dedicadas ala clucidacién de la naturaleza quimica (de ta vida... en ellas, y de modo mas insistente que en la mayoria de campos de investigacién, ha habido una tendencia a considerar lo inexplicada como inexplicable... De este ‘modo, la levadura esté formada por odluas vivas y ia fermentacién era cansiderada par la mayoria de investigadores -Pasteur ente ellas~ coma una manifestacién de la vida, es decir, deberia estar inestrieablemente asociada eon los procesas vitales en ‘esas ofjlas. El descubrimiento de Buchner demostié que ello no era asi. Se puede decir que, a partirde entonces y de repent, uns parte importante de los procesosvitates pasé de las células a los laboratorias de los quimiens para ser estudiados mediante metodolagias quimicas. También permitid demostrar que, ademds de la fermentacién, la ‘combustidn y la respiracién, a rotura de proteinas, grasas 1yglicidos y muchas otras eacciones similares que ‘caracterizan a la céiula viva podtan ser imitadas en el tubo sde ensayo sin que hiciera falta ninguna colaboracién por parte de las células y que, en general, estas reacciones y los procesos quimicos ordinatios estén gobemades por las mismas leyes. ~A Tisels, en la conferencia de presentaciin el Premio Nobel de Quimica otorgado a James B. Sumner, Jahn H. Northrop y Wendell M. Stanfey, 1946 | descubrimiento pionero de Buchner supuso el naci- rmiento de bs eiencia bioquimies, Su hallazgo abrié las puertas 2 un mundo quimica que ha inspirada a genernciones ide investivadores durante més de un siglo, ba bioquimica es precisamente Ia quimica de Ia wide: si, resulta posible investi sar, analizar y comprenderla vida. Para empezar con ello, wo festudante de bouimiea necesita un lenguaje ¥ algunos fan. damentas basicos; son los que se teatan en la Part Los capitulos de la Parte | se dedican a la estructura y funeidn de las prineipales clases de componentes celulines: el agua (Capitulo 2), los unitwodcides y las proteinas (Capioales 3 26, los aticares Ios potisacérides (Capitulo 7), los nucle dat y los deidos ruleicas (Capitulo 8), los éeidos graze y los lipids (Capitulo 10) y, inalmente, las membrarias ¥ las proves- has sefalizadoras de membrana (Capitulos 11 y 12)-1os temas dedicades a las moléeulas contienen informacién uplements 4B 46 are! Estructura y catatisis sia acerca de Ist teenologits wsadas para estudlartas, Algunas de las secciones técnicas se hallan integradas en las deserip- clones moleculares, aunque se dedica un capitulo entero {Ca- pitulo 9) a una descripcida integrada de los modernos avances de In Biotecnologia que han permitido acelerar el ritmo de la linvestigacion y los descubrimientos. Ins moléculas que se encuentran en Ia oélul son una ‘Parte principal del lenguaje de la hioquimica; es necesario es- tar famiiarizaclo con ellas para eomprender Ios temas més ‘avanzados que se discuten en este libro y para apreciar la inte resante ¥ calla ver mis wolunninosa literatura sobre bioquirs- ca. Empezaremos con el agua porque sus propiedades afectan. ‘a laestructura y la funcién de todos los dems constituyentes ccolulares. Para cada clage de moléeula orgéniea estudiaremas fen primer lugar la estructura cuvalente de sus unidades mono- -méticas (aminodeidos, monosacdridos, nuclootidos y éeidas gritos) para pasar luego a describir las estructuras de les ma ‘eromoléculas y complejes supramoleculares derirados de elas. ‘Un aspeeto constant emente presente es que la mancramelécn- las polinéricas cle los sisters viros, aunque de gran tamafio, son entidades quimnicas muy ordenadas con seeuencias espo- cifieas de las subunidaces monoméricas, Io que da higar a e5- tructuras y funciones concretas, Este aspecto fundamental se Puede descomponer en tres principios interrelacionados: C1) laestructura tnica de cada macromolécula determina su fune (2) las interacciones no cavalentes juegan un papel crl- Heo en Ia estructura y por tanto en la funcién de las mactomoléculas; y (8) las subunidades monoméricas en las mactomoléculas poliméricas estan dispuestas segnin seeuen- ‘elas especifices, lo que representa una forma ce informaeiin, ‘de laque depende el estato vira ordenado. Larelaeién entre estructura y funcién 25 especlaliiente cevidente en las proveinas, ya que muestran una extraondinaria \diversidad de funciones, Una secueneia polimériea conereta, de aminodeldos produce una estructura fibrosa resistente tal ‘como la que se encueritra en el cabello yen la lana: otra se- ‘euencia da lugara una proteina que transporta oxigeno en la sangre; la teroera se une a otras protelnas y eataliza la rotura {de los enlaces entre sus aminadcides. De modo pareeido se Peden entender las Funciones especiales de ls polisacridos, cidos nucleioos y fpidos como una manifestacin directa de ‘Su estructura quimiea, con sus subunidades monoméicas eo- racterfsticas unidas en precises palimeras funcionales. Los azicares enlazados entre s se transforman en almacenes de ‘enengia, en fibras estructurates y en puntos de reeanoctmmlento ‘molecular especiico; Ios nucleditos encadenados en el.DNA RNA contienen las instrucciones para la construecidn de un organise completo; y Jos Bids ages forman las mem. ‘branos, Enel Capitulo 12 se unifiea In diseusin de las funcio- ‘nes de las biomoléculas, describiendo de qué modo sistemas, de sefializacion especificos reguilan la actividades de ls bio roléculas dentro de una célula, dentro de un drgano y entre rganos para mantener un organismo en homeostasis. ‘A medida que pasamos de unidades monoméricas a poli- ‘meros cada vex mayores, eLenfoqe quimtica se lsplaza desde tos enlaces covalentes a ls interaceiones. no egvalentes. Las propiedades de los enlaces cavalentes, tanto ee las unidades ‘monoméricas como ce Ins enlaces que las coneetan en los po mero imponen restricciones sobre las forms adoptadss par las moléclas grandes. Son, sin embargo, las tumeresas uiter- acciones no covalentes las que dictan Ia eonvformacién nativa salable de las moléculas grandes a la ves que perniten a exi- Dilidad necesarta para su funcidn bioligica. Como weresos, as Iinteracclones no covalentes son esenciales para que los ena ‘mas manifiesten su poder catalitico asf como para la interac: cidn especifica de los pares de bases eomplementarias en los cidos mceicos, el ondenamlent y propledades de ls lipides ens membranas y la interaecién de una hormona o factor de crecitniento con su receptor de membrana, El principio de que las seeueneias de uniacies monoméi- ‘cas son rieas en informacién aparece de manera clara en ta lseusicn de los scidos mucleioos en el Capitulo & No okstanta, Jas protenas y algunos polimeras cortos de wakeares Colignsa- caridos) también son moléculas rieas en informacion, La se ‘cuencia de aminodcitos es una forma de informacién que irige el plegamiento de la proteina hacia su estructura ti ‘mnsional tinica y, en iltimo Lésmine, determina la fancién de Jsmismma, Algunos oligasacaridos también tienen secuencas 3 cestructuras trdimensionaes Grieas que pueden ser reconot ‘das por otras macrornokéculas Para cada clase de moléculas encontramos una jerarquia «estructural sinilar en la que suburidades de estructara deter ‘minada se conectan mediante enlaces de fexibilidad limitasa formando macromoléculss ce estructura tridimensional deter ‘mirada por interacciones no covalentes. Betas macromoléculas interaceionan a su ¥ee para formar las estructuras supram.te= ‘culatesy los organs que penniten aun eélula evar a cabo ‘us numerosas funciones maetabelicas. Bn su conju las ma- Iéonlas deseritas en fa Parte Ison of material de a vida. Empe- ‘zaremnos por el agua, om EL AGUA 2.1 Interactiones débiles en los sistemas acuosos 47 22 lonizacién del agua, dcidos débiles ybases débiles 60 2.3 Tamponamiento contra cambios de pH an los sistemas biolégicos 65 2.4 Elagua como reactive 69 2.5 La adecuacién del ambiente acuoso alos organismos vivos 70 Greo que con la progresiva aplicacidn de los métodos de la quimica estructural a los problemas fisiolégjcos, ‘obsenvaremos que la importancia del enlace de hidrégeno en fsiologia es mayor que la de cualquier otra coracteristca estructural “Linus Poulin, Me Nature ofthe Chemleal Bond, 1939 £2QUE es lo que Bioom, amante del agua, extractor de agua y de agua acarreador admir6 en el agua al valver? ‘Su universalidad, su vintud democrdtica. James Joyce, Ulises, 1922 Es 5 Ja sustancia mis abundant en los sistemas vivs, ituyendo el 70% o mds del peso de la mayorta de or {ganismos. Los primoros organismas vivos aparecieron en wn ‘entorno acuioso y el curso de la evaluciéa ina sido moldeado or las propiedacies tel medin acuose en que se Inicé la vida. Este capitulo se inicia con ta deseripeidn de las propeds- des fisicas y quimicas del agua, alas que se adapan todas as ‘caracteristicas cle la estructura y funcién colulares, Las Euerzas de atraccidn entre las moléeulas de agua y lz débil tendencia del agua a jonizarse tienen una impoetancia crucial para la es- ‘tructuray funcidn dle Ins biomoléeulas, Tyataremes el tema de Ja ionizacién. en términos de constantes dle equilibrio, pH y ccurvas de titulackin y consideraremos la forma en Ja que las Ssolticiones acuasas de deidos o bases debiles y de sus sales ac- capitulo {tian como tampones contra los cambias de pH en los sistemas Dioligions. La maléeula de agua y sus productas de Sonizacién, Hy OF, influyen de manera profunds sobre la estructura, utoformaciGn ¥ propiedades dle los componentes celilares ‘Las interaeciones ne covalentes responsables de la fuerza y de In especificidad de “reconacimiento” entre las biomeléculas fest influiias de rhanera decsiva por bas propiedades disol- ventes del agua, entre las que se Incluye su enpacidd para formar enlaces de hidrdgeno consigo misma y con los solutes. 2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos [Los puentes dle hidgeno entre maléculas de agua proporcio- ran las fuerzas de cohesion que hacon que el agua sea liquid ‘temperatura ambiente y favorecen elextremo ordenariento Ge fas molécuilas,tipico del agua eristalina (hielo), Las biome léculas polares se disuetven ticiimente en el agua porque pue- den reemplazat la interacciones agua-agua por interacciones ‘agua-soluto energélicamente mis favorable, Por el contrat, las biomoléculas apolares interieren en las interacciones agua ‘gua pero-no son eapaces de formar inéeraccionessagua-soluto en consecuencia, las moléculas apalares gor muy poco soli bles en agua-, En soluciones acuosas, las moléculas apolares Uenden a agruparse ent si ‘Los puentes de hidrdgeno y los enlaces inioos as interse- Clones hidrofébicas (del griego, “temor al agua”) y de van der ‘Waals som individualmente débies, pero colactivamente tien luna influencia muy signiicativa sobre la estruetura tridimen- sional de las prateinas,dcidos nuacleicns, plisacdrides ¥ lipidos de- membrana, Los puentes de hidrégeno confleren al agua ‘sus propiedades extraordinarias lagua tiene un punto de fuslén, tin punta de ebullicién y un calor de vaporizacion mds clevados que la mayors dé disol- ventes comunes (Tabla 2-1). Bstas prepiedades del agua se a “emg cca mcr pa cern. de union ne Auli, peti ate, seo BUEOR a dlebera la atraccién entre mokéeulas de agua adyacentes, lo ‘que confiere al agua iquida una gran eohesin interna Ui vise tazo a ia estructura eleetrnien dels roléela de HAO penmite deduci a casa de estas fuerzas de atraccidn imermolecula. Cavin tome de Neifaeno de una moléeula de agua com- parte un par eleetrénieo con el toma de oxigeno central. La ‘feametza de la rokécula de agua sigue ls formas de los obi tals electénioas externos del stoma ce exigena, que son ih lares alos ortitales de enlace del carbono sp (vénse Fig. 1-14). Estos orbilalesdescrten un telracro, con un tomo de hid ‘eno en dos vrticesyeloctranes sin compartir en Ins atc clas (Fg. 2-18), El ngulo del enloce H—0—Hf es de 108,, menor Ae loe LO0.5° de un tetracdro perfecto por la compres por les orbitals no entazanves del lomo ce oxigen, 1 micleo del oxigeo trae electranes mas fuerlemente ‘cure icieo del hidrigeno (un pron) s dec, e oxigen e& Inds eloctronesalivo.Por tanto el Hy el O camparten ls elec: ‘wones de forma desigual; los electrones se sian con mayor frecuencia cerca del stomo del axgeno que det de hidrgeno El resukado de est ela formacin de dos dipolus elétrions nn molécula de agus, lo largo de cada uno de las enlaces HO; casa kiegena es parade de ura earga postive parcial (@*) ye suomo de oxigeno es portador de una carga dala parcial igual la suma de las dos cargas positivas parciales (25-) (Fis, 2-1). Como resuleada de elo, existe una atrae= ‘lon etectrustatica entre el stomo de oxigen de una melds dle agua y el hidrgena de otra (Fig. 2-16), que se denomina puente de hidrdgeno. 4 1 argo de este bo, representare. nos los puentes de hidréigeno redilante tres lineas paruelss de eolor azul, como en la Figura 2c los puentes de hidrgen son rolaivamente bites, Lox puentes de hidrifeno en ol agua liquida tienen una eneraia de disociacién de enlace (is energia requerida para voriper un enlace) de aprexiradamente 23 kl/e, en comparacion om ls. 470 timo del enlace cavalente O—H en a agua oe es 348 ol del enlace sovlenie CC, Hl erace de hidri- ‘emer En can a 4 eg reer aa za asd eel enh ” * ae a * to » our “ | Poente deh = o7Tam Enlaeocovalente ‘0.0903 nm te FAIGURA2-1fstuctua de la olla de agua, La naturale dpo- tor de la olde de#,0 se musta en mils ea) boli art Mas) exes. La ines 3 20 fa repeal crabs no cnlazares. Ese un enenamionto casi tekadcica de ls pares de cfeetones de a capa extems aledador del stomo de oxigen as das domes de hic’ geno eren carga parils posits localiza (2°) yo stoma de oxigen tiene una ears parcial negativs (28°) (6 Dos moléculas de HO unides por un puente de biden ine boizado au yo go de este ba event tee ines ales) sitet tomo de oxigen de la moldcula super y un dkame de hie drégeno de In infra. Los puenes de heogenn ton a argo y mis dbs que los enlaces OH eouslentes. eno tiene un 10% de cardcter covalente, debido al solapa- rianto de los orbitales de enlace, y un 90% de eardctor elec- ‘mostéticn, A temperatura ambiente, la enengia térmica de una, solucion acuosa (la energia cinética del movintiento de los ato ‘mos y moléculas individuales) es del mismo orden de magni ‘tc que la necesaria para romper los enlaces de hidrégeno. Cuando se ealiente el agua, el incremento de temperatura es tun refleo del movimiento ms répido de las moléculs indivi dduales det agua, Aunque en cualquier momento dado la mayo ade moléculas en el agua Kquida estén unidas por puentes de hidrégeno, el tiempo de vida de cada uno de ellos es tan s6lo de entre 1 y 20 picosegundos (L ps = 10"! s); al rom petse un puente de hidrégena se forma otro, com la misma 0 con otra molécula, en ellapso de 0,1 ps. Se ha aplicaro el tér- ino de “agrupantientas fluctuantes” (tickering clusters) a lac agmipacianes de cnrta duracidn dle moiéculas de agua uni- as por puentes de hidrigeno en fase Hguldla, La sua ce to- ‘os los puentes de hidrogeno entre molsculas dle HyO coniiere gran cohesidn interna al agua liquida. Las extensas redes. de moléculas de agua unidas por enlaces de hidrigeno forman taribicn puentes de conexion entre solutas (proteinasy dcitios nucleicos, por efermplo) que permiten que las moléculas ms grandes interaccionen ertire ellas a través de distancias de va- ‘ios nanéimetros sin necesidad de entrar en contacto Eisico Blordenamiento cas tetraddico de los orbitales alrededor el tomo de oxigeno (Fig. 2-1a) permite que ends molécula de agua forme enlaces de hidrégeno con hasta cuatro moléeuas de agua vecinas. Sin embargo, en el agua liquida a tempera- ‘tira ambiente y presicn armosferica, las moléculas de agua es- ‘én desorganizadas y en movimiento continuo, de forma que carla moléeula forma puentes de hidrdgeno con un promedio de otras 3.4 moléculas solamente. Por el contrario, en et hielo, ‘cada moléeula esté fija en el espacio y forma puentes de hidrs- eno con otras 4 moléeulas de-agua (Fig, 2-2). La rotura de un rimero de puentes de hidrégeno suficiente para desestabill- ar la retfcula crstalina del hielo requiere mucha enersia ter mica, lo-que explica el punto de fusién relativamente elevado el agua (Tabla 2-1), Cuando se funde el hielo o se evapora el ‘agua, se absorbe calor por parte del sistema: AH = +69 kd/mol H,O(liquide) —+H,0(gas) AT Durante in fusidn o la evaporacién aumenta Ia entropia del sistema acuoso a medida que canjuntos altamente ordenados de moléeulas de agua ge relajan para dar paso a los conjuntos cde puentes de hidrégeno menos artenados del agua liquids 0 ‘alas molécntas totalmente desorenacdas de agua en el estado saseoso. A temperatura ambiente, tanto la fusi6n del hielo co- ‘mo la evaporacion del agua se dan espontaneamente; la ten- denela de las moléculas de agua a asociarse mediante puentes de hidrdgeno queda contrarrestada por el empuje enengético hacia el desorden. Recuérdese que Ia variacién de energia bre (AG) ha de ser negat.iva para que un proceso se produzca de forma esponténea: AG = AH — TAS, en donde AG repre- senta la fuerza motriz, AFfJa variackin de entalpia relacionada H,O(86lido) —+ H,O(iquido) +440 lel/mol 2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos 48 FIGURA 2-2 Puentes de hidrdgeno en el hielo. Cada molécula de .gu2 forma un miximeo de cuatro puentes de idrogeno, carlo una red cristalinaregulae Por el contari, en el agua Kquida a tempera tara ambiente y presi6n atmastérica cada molécula de agua forma ‘puentes de hidrogena con ottas 3,4 moléculas de agua en promt. La red cristalina del hielo es menos densa que et agua liquida y por ‘eo lots en el agua liquida, ‘con la. rotura y formacién de enlaces y AS la variacién en el arado de desorden, Dado que AH es positiva para la fusién y para la evaporacién, es el aumenta de entropia (AS) el que hhace que AG sea negativa e impulse estas transformaciones. El agua forma puentes de hidrégeno. con los solutos polares Los puentes de hidrégeno no son exclusivos del agua. Se fo man facilmente entre un atomo electronegativo (el aceptor de hidrogeno, normalmente ox{geno o nitrOgena con un par de electrones no enlazantes) y un atoma de hidrdgeno unido covalentemente a otro atorno electronegative (el dador de li- drdgeno) en la misma o en otra molécula (Fig, 2-3). Los sto. ‘moe de hidrégeno unides covalentemente a étomos de carbon jecce mee fyeiy boy ay ef Pe in ce ee FIGURA.2-8 Tipos comunes de puentes de hidrégeno en los siste- mas bioégicos. El aceptor de hidrgena es habituaimente el oxigeno| ‘el nittigeno; el dado es oto stomo eecronegaivo. 50 Captuln2 El agua ‘no participan en la formacion de puentes de hidrgeno, puesto ‘que el carbono es tan s6lo ligeramente mits electronegativa ‘que el hidrégeno y, por tanto, el enluce C—H es slo muy dé bilmente polar. Esta diferencia explica por qué el Byutanol (CH(CH,}.CH.OH) tiene un punto de ebullicién relativa- mentealto de 117°C, mientras que el butans (CH,(CH,),CHs) ene un punto de ebullicion de solamente -0,5.°C. EL buta- nol tiene un grupe hidrexilo polar, por lo que puede formar uentes de hidrdgens intermoleculares. Las biomelécuis na ccargadas pero polares tales como los azicares se disuelven f8- calmente en el agua debido al efecte establlizadar de las puen- tes da hdrigeno que so forman entre los grupos hidroxilo 0 el oxigeno carbonilico del anicary las moléculas polares de agua, Los aleoholes, aldehidos, cetonas y las compuestos que antic nenenlaces N—H forman puentes de hiceogeno con las mole coulas de agua (Fig. 2-4} tienden a ser solubles en agua. Los puentes de hidrégeno alearzan una fuerza maxima ‘cuando las moléculas unidas estan orientadas de forrna que La interacciin clectrastética sea lo mayor posible, lo que tiene lugar cuando el tomo de hidrogeno y Ios dos tomes que Jo comparten se encuentran en linea recta ~esto es, cuando 41 dtomo aceptor esta alineadia com el enlace covalente entre Entroelgrupe Entre el grupo Entre grupos: Vidrasle carbonila peptidicns ‘de un aleabol Aeuna oetona en polipéptidos yelagua yelagua ae ot a figura 2. Iiolégica, Algunos paentes de hirgeno que tienen importancia Py Puente de 4H J hicrdgeno debit a FIGURA 2-5 Direccionalidad del puente de hidrégena. La avaecién ‘ent las cargaseléciricas parcial (ase Fig, 2-1) es maxima cuando J mes domyas implicados en este caso O, Hy CO} se hallan en nea recta. Cuando los grupos unides por punted hidOeno suen es triceianes extructurales(eoma por ejemplo cuando forman parte de tuna dinica molécula de proteina), esta geomettia ideal puede no sex posible yal punts de hideaqeno renutante ep mais di el toma dastor y et H (Fig. 2-5), Los puentes de hidnigeno tienen pues un eardcter altamente direcclonal y son capaces do mantener des moléculas 0 grupas unidoe por puente de Bi ddnégeno con un ordenamiento geonétrico especifico. Verernas mis adelante que esta propiedad de los puentes de Ridrégeno cconfiere estructums triimensionales muy preciaas a molecu Jas de proteinas y deidas ructeicas en las que existen muchas puentes de hidrégeno intramolseulures. ] agua interacciona electrostaticamente ‘con los solutes cargados Bl agua es un disolvente polar, Disielve facilmente la mayoria ee biomoléculas, que generaimente son compuestos cargadas ‘opolares (Tabla 2-2); los compuestos que se disuelven fécil- ‘mente on el agua son hidrofitiens (del griego, “amantes del agua"). Por el cantrario, Jos disolventes apolares tales como el ‘loroforno,y el benceno san males cisolventes de las blomolé ‘culas polares, pero disuelven ficilmente las que son hkdrofS- bbieas -moléculas apolares tales eoio los ipidas y las coras Bl agua disuelve sales tales como el NaC mediante la hi- Gratacion y estabilizacién de los Sones Na* y CI”, debilttando las interacciones eleetrostaticas entre elles ¥ contrarrestancio asfsu tendencia a asociarse en una red cristalina (Pig. 2-8), Lo rim ocurre con las blomoléculas cargadas, compuestes con ‘grupos funcionales tales coma las dcielas carbostlices ionlza tdos (—COO™>, Ins aminas protanadas (—NHS) y los ésteres 0 anhidridos fosforicos, 1 agua disuelve ficimente este tipo de compuestos recmplazando puentes de hidrégena soluto-soluto por puentes de hidrégena soluto-agua, apantallando asf Interacciones clectrostitticas entre maléculas del soluto, ‘Bl agua es especialmente efectiva en apantallar las inberac Clones elactrostiticas entre lones disueltar a causa de su ele vada constante dieléctrica, una propiedad fisica que refleja el mimere de dipoles en un disalvente. La intersidad, 0 fuerza (CP), delas interacciones jonicas en una dischucion depende de 1a magnitud de las cargas (@), In distancia entre los grupos ‘eangados (7) y ls canstanve dielectrics (2) dat disetvente en el ‘que tlenen Ingarlas ineracciones: ae oa 24 Inleraccianes débiles en los sistemas seuss Glicna—*8H,-CH, C00" os Aspanato ~000—Cybrt—000- Founcamcoma Laciato Cli -cHt—c00" enueunue- 2 O-eH, On CaN fp —O— Ft q "HICH Ds ‘ua é am HOCH: —CH-CHLOH DE crise raarst RN. ire ete Para el aguas 25°, « (aue e9 aimersional) tiene un La entropfa aumenta cuando se disuelve ‘valor de 78,5 mientras que para el benceno, que es un disol- ‘vente muy apolar, ¢ vale 4,6. Asi, Ias intaracciones isnicas ‘son mucho ms fuertes en los ambientes menos polares. La ‘dependencia respecto a2” hace que las atraccionts 0 repul- ssiones iénicas operen solo a distancias muy cortas, del orden. «de 10 a 40 nm (dependiendo de la concentracidn de electro lito) cuando el disalvente es el agua, FIGURA 2-6 El agua como divalvente, EI agus dcuelve muchse sales ‘istalins hidratando los ianes que las componen. La red cristina de] NuCl se desma 4 ated que riokeculaa de agua te arpa ale una sustancia cristalina ‘A medida que se disuetve una sal tal como el NaC, tos iones Na” y Cl” que abandonan la red eristalina adquieren mas li- bertad de movimiento (Fig. 2-6). Elineremento de entropia (desorden) que se produce en el sistema es el principal res- ponsable de la faclidad eon la que se disuelven en agua sales Ton Nat teddedor de los inves Cy Na". Las congas ténican som asl parcial ‘mente neuttalizadas y se debit ls aracciones ebectrositicas ne= ‘cosrias para I formacin co la red 52 catwio? El agua ‘ales como el NaCl. Ein términos terrnadinsémicos, la disolucidn ‘iene lugar eon una variacién favorable en la energta libre: AO = AH ~ PAS, en dande AW tiene un valor positive pequeno TAS un valor positivo alto, de fortha que AG es negativa. Los gases apolares se disuelven mal en el agua ‘Les gases bioldgicamente importantes tales comno el COs, Oa No, son apolares. Enel O, y Ny ambos étornos comparien los slectrones de igual manera. En ef COs, cada enlace C=8 es po- lay, pero los dos dipolos estan dirigidos de mancra opuesta, ‘con fo que:se anulan entre sf (Tabla 2-3). movimiento de es- tas moléculas desde 1a fase gaseosa desondenada a la fase ‘acussa testringe su movimiento y el movimiento de las mol ceulae de agua y representa, por tanto, un descenso de entro- pla. La naturaleza apolar de estos gases y la dismuinucién de entropia cuando se introducen en la disolueién hacen que sean muy’ poco solubles en agua (Tabla 2-3). Algunos organis- mos contienen protelnas transportadoras hicrosolubles (herio- -slobina y mioglobina, por ejemplo} que faelitan el transporte dol Q,, El dioxide de exrtone forma dcido carbénico (1,003) -en éisolucién acuosa y es transportado on forma de ton bicar- ‘vonato (HCOs), ya sex en forma libre -2l bicarbonata es muy ‘soluble en agua (~L00g/L 25 °C)- @ unido a hernoglobina, ‘Otros dos gases, el NHey el FS, también tienen papeles biols- sicos en algunos organismos; éstos son gases polares que se sdisuelven fécilmente en el agua. ‘Los compuestos apolares fuerzan cambios desfavorables ‘energéticamente en la estructura del agua ‘Cuando se mezela el agua con benceno @ hexana, s¢ forman dos fases: ninguno de ls cos iquides es soluble en el atts, Los ‘compuestos spotares tales como el benncena y el hexano son ‘hidrofobiees ton incapaces de expeeimentar interaceianes fenergéticamente favorables con las moléculas de agua y, de hecho, invefieren en la forniaciéin de enlaces de hiirdgeno er- tre las molecules de agua~, Todas las mnokieulu & fares en ai- ‘SolueiGin neuosa interfieren en fos puentes de hidrdgeno de algunas moléculas de agua en su proximidad inmediata, pero 1s solutos cargados o potares (tales como el NaCl) compen: ‘san esta péndica de puentes de hidrdgeno entre moléculas de ‘agi tuediante la formacién de nuevas interacciones entre el solutoy elagua. La variacién neta da entalpia (AEN) en la diss Ineion de estas sustancias es, generalmente, pequetia, Las eo Iutos hidrofobicos no ofreoen esta compensacion, por lo que swadicion al agua puede resultar, por tanto, en una pequena ‘eunancia de entalpfa; la rotura de puentes de Mdrigeno re- quiere Is adicion de energla al sistema, Ademds, la disolucion de compuestos hidrofobicos en el agus da lugar @ ui. descenso significativo de entzopla. Las moléculas de agua en la vecindad ‘nmediata del soluto apolar estin restrinwidas en 8 orienta siones posibles ya que forman una capa en forma de jatila de moléculas de agua muy ondensda alrededor de cada wioléciala de solute, Bsias moléculas de agua no estan tan altamente orienta corna las de los elatratos, compuestos cristalines de un solute apolar y agua, pero el efecto es. mismo en am- hos casos: el orden en las moléculas de agua reduce Ia entro- la, Blnimero de motéculas de agua omdenadas, y por tanto In ‘magnitud del descenso de-enteopia, ex proporctonal al érea superficial de! sohito hidrafobioo include en la jul de mole cculas te agua. La variaeién de energia libre que eonlleva la disolucidn de wn soluto apolar en agua es, por tanto, destavo- ble: AG = if — TAS, en donde AH tiene un valor positive, ‘AS un valor negativay AG es positiva Los eonpuestos anflpdticos contienen reglones que son polares (0 cargadas) y regiones que son apolares (Tabla 2-2). TABLA 2-3 Solubilidad de algunos gases en agua Setubal Gas Estructura* Potaridad en agua (g/t)! a ee itrégen0 NEN Apoiar 0,018 (40%) geno o=0 Apoar 0,035 (50"¢) Diuido de cartono Apoir 0.97 (45%) Aronfaca Polar 900 (1096), Sule de degen HH) oar 1860 (40 °C) “Ussher 5") 9 pura ey x pil psn (8° an ra ant en et ‘onthe males pa meen moms He baer ee, rus tsp es nls psn 3p (fichering clcters) ee maldeuli de Hg0 en ‘el xena del tiquido FIGURA 2-7 Compuestos anfipiticos en solucién aca. (ab Los Scidos grasos de cadena larga tlenen cadena aluiicas muy hid bicas, cada une de fs cuales esti rodeada por una capa de melacu Ja de agus altamente ordenselse, Wb) Agrupsndose ea nical, as moliculas de Scide grase exponen al agua la minima supeficie hi- drofébica posible y se pecesitan menos mokiculae de agua en 13 capa de ngu ordenada. La micela se esabillza gracias ala enegla ganaca fen a iberaciin de moltealas de agua inmouiizadas. (Cuando se mezcla un compuesto anfintien com agua, a ein polar hidrfiica ireracciona favorablemente eon el disalvente y tlende a daniverse, pero a regicn apolar hdrofbbientiende a evar el eontacto con el agua (Pi, 2-70) Lats regiones apolares de las moléculas se agrupan para presentar la mena dea hi- Arofobica posible al disolvente mientras que las egiones pola res se cisponen de forma que se maximice su interaccién con el disolvente acuinso (Pig, 27h). Bstas estructuras estables le ‘compuestos anfipsticos en agua, denominadas mieelas, puc- den contener efentos o miles de mokéculas. Las fuers que ‘mantienen juntas la regions apokares de las moles se de- ‘nominan interaeciones hidrofabieas. La fwerza de estas interacciones no se debe a ninguna atraccién itrinseca entre Jas partes apolares, Proviene ms bien de la obtencét eka ‘main estaba termudinaica eel sister al minimizar eb niimero de molgeulas de agua ordenadas necesarias para ro- dear porviones hidrofébicas de las malécula de soluto, ‘Muchas hiomotéculas son anfipaticas; las proteinas, pig= ‘mentos, cierias vituminasy los esteroles y fasflipidos de las ‘membranas tienen regiones ¢on superticies polaes ¥ apola- res. Las estructuras formatas por estas maléculas se estabi- lizan mediante interacciones hidrofébicas entre las regiones apolares. Las interaeciones hidrofbicas entre lipides y entre <<, Somes IPP satan prcines 4% Npsieasen a bord > ‘del agrupamiento: BK tikes sernnnto ot ‘moideulan de yO con ge o oe fuimenta In entrap, ‘apa ordenaaa do smleulaa de HO y Inentropia aumenia ‘xin mis, lipides y proteinas son los determinantes ms importantes de i estructura de las membrana btoligiess, Las interaceiones hidrofobicas entre aminoscidos apolares estabilizan también, Jas estructuras tridimensionales de las pratefnas, La farmacion de puentas de hideGgeno entre el aga y los solutos polares también produce un cierto ordenamiento de Jas moléculas de agua, pero el electo es menos significative que con los solutos apolares, Parte de la fueren impulkara de Ja unién de un sustrato polar (reactivo) a la superficie polar complementaria de un engima es el aumento de entropfa.que 54 Captuln2 Etagua Agua ordenada que interacriona con, ‘el sustrata vel ensima Interaceidn erin sustratn estabilizada ants intersccionen mediante or puentes de hidragersa, 6niens ¢ hides FIGURA 2-8. La liheracin de agua ordenada favorece La formacion de un compleje enrimasustiata, Cusndo estén separados, taro el encima coma el sustato fuerzan alas mokiculs de gua cerca a formar una capa ordenads. La unién del sustrato al encima libera parte del. agua ordenada y el aumento de enropia resutaets proper. ‘ona un Yempujin®termodinéico para la formackin del cermpejo enaio-wasrat, tiene Iugar al desplazar el enzima moléculas de agua ondena- das de! sustrato (Fig. 2-8) Las interacciones de van der Waals son atracciones interatémicas débiles Cuando dos étomos no eargados se encuentran may cera, las rubes clectténieas que los rodean se influyen rautuagnente Variueioneg al azar en las pasiciones de los electrones alreie- dor del nticlee pueden crear un dipolo eléctrice transiterto, ‘que induce un dipolo eléetrics opuesto también transitorie en el étomo cereano. Los dos cipolos se atraen débilmante entre Si con lo que los nicleas se acercan mds, Estas atracctones erftele de las rniéculas, Aldeterminar la estructura de una proteina tal como I ‘hemoglobin (Fig. 2-8) por cristaloarafia ce rayos X (véase Re ‘eundro 4-4, p. 198), es frecuente encontrar moléeulas de agua ‘unidas tan fuerternente que forman parte dela estructura crs (a) ow FIGURA 2-9 Unién del agua a In hemoglobins. La estructura cits, ina de la hemoglobina se muestra en (a) con sus molkculas de agua ‘unidas esieras rojas) y on (sin las moléculae de agua. Estas mole. ‘sulas de agua se halla tan frmemente unidas ala proteina que afec- ta al patidn de difrxcesin de rays X como si formaran parte del ‘rst. Las dos subunidades a de la hemaglabian se muestran en co- Jor gris y las dos subunidados on azul. Cada suum tem unis ‘un grupo hemo (estructura de varillas rojal, que slo es visible en las subunidades Ben esa figura. La estructura yfuncén de la herwoglo= bina se tratan en detalle enol Capitulo 5, 58 Capitulo? Etagua {alin lo mismo ocusre en crstales de RNA © DNA, Bstas ma eulas de agua, detectables tambien en disotucion mediante ‘esonanca magnetica nuciear, poseen propiedades que las di tinguen del resto de agua cel disalvente. Son, por eemplo, 08 moticamente inactivas (wéase més adelante), BL agua fuertamente nid es esenctal para la funciin de muchas pro tina. Por ejemplo, en una dels reacciones clave del proceso de a fotosinesis, la ereraia dela lz ae sa para borbear pro- tones através de una membrana bioldgica al tempo que se prochice un fujo se electrones a través de una serie de protet nas transportadoras (vase Fig, 10-54). Una de estas protet- nas, el cltocromo tiene unida ina cadena de cinco moléculas dle agua (Fig. 2-10) que puedle proporcionar una via para el movimienta de los protones a través cela membrana sein um broceso conocido como “salto de protones” (que se deseribe ‘mas adelante). Casi con toa seguridad, otra bomb de prato- ‘hes que utiliza la energia dela Iu, a baeteriorrodopsita, usa luna endena de moléeulas de agua unidasy orientadas de una forma precisa para el movimiento wansmembrana de los pro- tones (véase Fig, 19-59), vate? PN Feat sa Go opt FIGURA 2-20 Caciena de agua en el citacromo f Hay aa unit en «canal de protones de la preteina de membrana eitaciomo f que fara parte de la maquinaria recolectora de enerpa dela ftosinesis en cloroplastos (véase Fig. 19:57). Cinco moféculas de agua estin ‘nidas mediante enlaces de hidrogeno aire ellaey con gris fun ‘nals dela proteina: ls stomeos def cadena principal de residss ‘de valina, prota, argnina y alanina y ls eadens ales de res ‘suo de asparagina y dos resiuos de glutarina La protena ene un _wrupo hema unido (ease Fig. 5-1} que, mediante ws Stomo de hiewo, facta el flujo de electrones durante Is ftosintesis.E flujo elects neo ests acoplade al movimiento de protones a través de la mer ‘bana, lo que probablemente produce un “sala de protones” (Wise Fig, 2-14) lolango do esta cadens de motéculas de agua unas, Los solutos afectan a las propiedades coligativas de las disoluciones acuosa: “Los soutos de cualquier tip steranclertas propietaes fsicas dl agua disolvente: su presin de vapor, punto de eblicién, puntos fustin (punto de congelacisn) y presién osmnstic Es tas e denominan propiedades coligativas Cligacas”) puesto due el efecto de les solutos sobre las etiatea tiene Ia misma boas la concentracén de agua es menor en las disoluciones queen el au pura. Elefecto de la eoncentracién de soluto so bre las propiedates cogativas del agua es independiente de las Dropiedades qutmieas del salut; depende Gnicamente del i- ‘mero de particulas de solute (moléculas ones) en una deter- rninada cantidad de agua, Un compuesto tal como el NaCl, que se disocia en disolucdn, tiene un efecto dos wees mayor 80- bre la presién osmetica, por ejemplo, que un ntimero ideéntico de moles de un solato que no se disocie coma por ejemplo la lucas Las solos alteran las propiedades coligativas de las disa- Juciones acuosas al disminuir la cancentracién efectiva de ‘agua Por efemplo, cuando una fracién sgnicatva de las ma \kculas de la superficie de una disolueion aeuosa no son de agua sino de soluto la tendencis dels moléculas de agua a fescapar ala fase vapar - decir a presién de vapor dismi: ‘nay (Fig. 2-11). De modo similar, la tendeneia de las mole culas de agua a trasiadarse deol fase acunsa ala superficie dle un cristal de hielo en formacin se reduce cuando algunas de las mokéculas que choran con el erstl son de sluto, node agua En este caso, le disolucion se eorgelard mds lentariente aque el agua purs, a una temperatura inferior. Para tna diso- Jct6n actos 1,00 mola (1,00 mol de soluto por 1000 g de ‘gua de un soluto ideal, no volt y no disociable, a 101 KPa atm) de presion, et punto de congelacin. es 1,86 °C menor Yel punto de eballicion es 0,88 °C mayor que el del agua ura, Para cisoluciones 0,100 mola del mismo gota, os eam bios som de ta deta parte Las moléculas de agua tienden a trasladarse de una re gon de etovada concentracion de agua a una de concentra sign inferior, Cuando dos disoluciones acuosas diferentes estan separadas por una membrana semipermeable (que daa pasar moléculas de agua pero no del gluta), ls maléeulas de ‘agua que difunden de la region de alta cencentraaidn de agua hacia lade coneentracin de agua tenor prochacenpresiGn os métiea (Fig. 2-12), El valor aprosimado de esta presién, I, medida como la fuerza necesaria para oponerse al movimiento dle agua (Fig. 2-126), viene dado por la ceuacin ce van"t Ho ike en In.que R es la constante de los gases y Tes Ia temperatura absoluta. El término ic es 1a asmolaridad dle ia disalucin, producto de la coneentracion molar dle solute ¢ el factor de van't Hoff, qué es una medida det grado de disoeiacldn del slut en dos 6 més especies dnieas, En dischuciones diliias de NaCl, el soluto se disocia completamente en tones Na* 1, dablando ef ntimero de particulas de soluto, y en este ‘caso i = 2. Para solutos no ionizables, i es siempre 1. Para di- Enel agua pura, cada (En cota solucién, moldcaa dela superfide Ie concestraida efeliva eHOytedeg eee nrc de vapor Cia molgenle fn el feno del. Kiquide t= fn Ia superficie yen el sane 'y puede contripuir del Hquido son de HO. ala frmacion de crstles La preswn de vapordel de hela. ‘aguay Ia tendencia del agua ‘quid a ineorporarse ex ‘un cristal esta -proporci- rnalmente reducidss, FIQURA 2-11. Los slutos alteran las propiedaes coigatvas de las isoluciones acuosas. (a) A una presién de 101 kPa abe el agua pu hierve a LOO"Cy se-congela a 0°C. tb) La presencia cle mole clas de soluto reduce I probabilldad de que las molculas de aan abundiones la cisaluctin y entre en la fase gas, rediuciendo de esta ‘vm la prsién de vapar de la isolscicn# inerementando el punto «de cbullcién, De modo similar, la probabailidad de que una molé- ‘ula de agua cheque com un cristal de hla en fermacién sua a mismo es menor cuande algunas de lat moléculas que chcan con cist son ce soluto en ver de agua. El efecto es a dsminucién det punto de congelacisin, soluctones de varios (1) solutes, [Tes la suma de las eontribue Giones de cada expecie: T= Rigg,» Huey + + Beh LaGamosis, el movimiento de agua a través de una rmembean semipermeable impulsalo por diferencias en ia presién osmd- tica, es un factor importante en la vida de la mayoria de las c- Tula, Las mernbranas plasmiiticas son més permeables al agua quea la mayor parte del resto ce moiéculas pequettas, ines ¥ rmacromoléculas. Bota permeabilidad es debida en parte ala simple difusin de agua a través ce a icapa lipciea y en parte a canales proteicos Cacuaporinas; véase Fig. 11-48) en lamem- bbrana que permiten el paso selective de agua. Las diselueiones clegual osmolardad se denominan Iseténleas. Una o¢lula 10- deada por una dsolucén isotonica no gana ni pierde aga (Pig, 219), En una disolncidn hiperténica, aquélla con una astm laridad mayor que cl eltosol, la eélula se encoge al salir agua 2.1 Interacclones débiles en las sistemas acuosos BT. hacia fuera, Ba una disoluctén hipeténien (de osmolaridad ‘menor), las célolas se hinelian al penetrar ol agua en ells. Em sumedio habitual, ks clas contienen generaimente concen- {raciones mas elevadas de biomoléculas y de iones que aus al- rededores, de forma que la presién osmadtica tiende aimpulsar ‘agua hacia et interior de lag colulas. Si na se equitisrara de al- ‘2una forma, este movimiento de agua hacia dentra distenderia la. membrana plasmatica y legaria a eausar la explosion de la ‘ula (isis osrndtica), ‘Alo largo de fa evolucton han surgilo varios mecanismos bara evitar esta caldstrofe, En las bacterias y Jos vesetales, la membrana plasmatiea esta roceada de una pared celular n9 expandible de rigidez y Fuerza suficientes para resist la pre~ sidn osmétiea y evitar la isis oamética. Algunos protaznos de agua dulce, que viven en un medio altamente hipotonioo, po seen un orgénuls (vacuola contréetl) que bomben agua al ex- terior de la célula, En animales multicelulares, el plasma sanguinea y el fluids intersticial (el Nuldo extracelular de los {tefidas) se mantienen a una osmolariciad cercans la del eito- sol, La elevatls coneentracicn de allsinina y otvas protesas en el plasma sangusinen contribuye a su osmolaridad. Las oélulas, {amin bombean activamente iones tales coma el Na* hacia el Muido intersticial para permanecer en equilbrio asmético con su entorno. Puesio que el efecto de los solutos en la osrnokaridad de- ende del mimero de particulas disueltas, no de sa masa, las Agua Slut no porn permeanto Aiselto en agua semipermeable FIGURA 2-12 Osmosis y medida dela presi oxmatica. ta) Estado inca, 1 tubo contiene una solucin acuosa, el vaso contiene agua pura y la meena semipermeable permite ol paso de agua pero no ‘de solu. agua fluye desde el vaso hacia el tubo para fqualar su concentracién aun lado ya ota dels membrana. ¢b) Ets fl. Se ha movida agua hacia la solucléa del camputsto no perenne, di- luyéndolay elevando ta columna de agua destra cel tubo. En el squilibrio, I fuerza de graveiad que acta sobve la saluciin que bay en el tubo equilibra exactamente Ia teadencia del agua a moverse hacia el iveriar dal tubo, donde su concanteacin as menos, (€) La resin osnstca (I) se ide como la fuera que es necesaro aplicat para devolves la soluciin dal tuba al rive de a del vas, Fata fuerza ‘s:praporcional ala aura, fy de la colurana eb), ‘miento del agus a través de ana membrana plasmética, Cuando una Célula en equlivio-ownetico con elertoro quel dea vetoes. en un medio iscténico) (se transere 3 una volun hiperica @) &una solucén hipotonica (el agua Hu tind dela membrana plasmatica en a dveciin que era a gta Ta exmolardad deera y fuera de fa cul, :macromoléculas (protetnas, écidas mucleicos, polisacdridos) tenet un efecto mucho menor en I osmolardad de una disoly ‘eign que la que tendsia una misma masa de sus componentes onoméricos. Per ejemplo, Un grea de un polsacirido com- puesto por 1000 unidades de glucosa tiene el mismo efecto en 4a osmolariad que un mitégramaa de ghuoosa. Un efeero dela ‘macenamiento de combustible en forma de polisacéridos (al- ‘nid6n © glucégeno) en vez de como gucosa u otros azicares simples es el de evitar un aumento enorme de la presién os- ridtica en la célula de depésito Las plantas utiizan Ja presién osmética para conseguir rii- ez meesnica. La concentracion muy elovada de soluto en las ‘vacuolasimpulka agua hacia el interior de la ola CPi, 2-13). La presiOn osmética resultante contra la pared celular (pre sion de turgencia) proporviona rigide a la céhula al tej y al ‘organtsina vegetal. Cuando la lechuga de su ensalada se mar- Chita. debicoa que la perdi de agua ha redcld b presin ‘de tungencia, Alteraciones repentinas en la presién de turgencia roducen el movimiento de partes cela plata que se observa en plantas senses al tacto como ia Venus strapamoseas yl i rosa (Reeuadiro 2-1). La dsmosis tambidn tiene consecuencias en los protocolos {de laboratorio, Las mitocandriss, cloruplastos y lsosomas, por ejemplo, estan redeados de membranas semipermeables. Para aislar estos orgénulos a partirde cétulas rotas, jos biequimicas «deben llevar a cabo los fraccionamientos en disolucianes isot nicas (véase Fig, 1-8). Los tampones ulilizados en los fraccin- namientos celulares contienen normakmente concentraciones suficientes (alrededor de 0.2 x) de sacarosa 0 algin otro s0- lta inerte para proteger los orgénulos de Ia isis osmética. RESUMEN 2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos ‘= Las muy diferentes electronegatividares del Hy delO hacen del agua una moléeula muy polar, paz de formar enlaces de hidrégeno consigo misma y con. ‘ss snlutos. Los enlaces de hidedgeno san de ids eflmera, principalmente electeostatieos y més débiles ‘que los enlaces covalentes, El agus ea un buen disolvente de solutes polares (hidrofiticas), com tos que forma enlaces de hidrigeno, v de salutas ccargados, con los que interscciona electrostiticamente, © Los compuestos no polares (hiceafsbicos) no se disuelven bien en el agua; no pueden formar enlaces de hidrogeno con el disoivente y su presencia induce ‘un ordenamiento enengéticament desfavorable de ‘moléeulas de agua alrededlor de sus supertickes hidrofobieas. Para minkmizarla superficie eapuesta al ‘agua, los compuestos no polares como por ejemplo los lipids forman agrogadas (micelas) en los que sis partes hidrofGbieas se hallan secuestradas en el interior, asociéndose a través de interacciones hidrofébieas, y s6lo las partes més polares interaccionan con el agua, 1m Numerasas interarciones débiles no covalentes, influyen decisivamente sobee el plegariiento de ‘macromoléculas tales como las proteinas 0 los dekdlos ‘ucleicos. Las conforraciones macromoleeulares mas estables son aquollas en lae que se raximiza el niimero de enlaces de hidréeno en el interior dela ‘molécula y entre la molécula y et disolvente, y en las ‘que las zonas hidrofobieas se agrupan en el interior de ln molécula, lejos del disolvente acunso, © La concentrackin de los salutos tiene una gran inf uencia sobre las propiedades fsicas de las ‘isoluciones acuosas, Cuando se separan dos ‘compartinientos acunsos anediante una mernbrana ‘semipermeable (tal coro la membrana plasmitica ‘que separa la oélula de su entorno), ef agua Duye a ‘través de esta membrana hasta iguslar Is osrwolaridad ‘de Jos das compartimientos, Esta Lendencia del aguaa ‘ur a través de la membrana semipermeable tecibe ef ‘nombre de presifn osmitien. ici RO: Respuesta téctil en plantas: un fenémeno osmético hojas atamenté edpecinlizasias de la Ve Dionaca musciputa) se ci | un lier toque de in insecto despzevenido, atrapanco al insecto para su posterior digestion, a\taiclo por al néetar de la superficie de las hojas, el insecto toca tres pel mncatenando el eierre en forma de trampa de la boja (Fig, 1). Este movimiento de la Droducico por rapisas varlaciones (en 0,5 s) en Ia presidm de tuargencia de las células meséilas (las echsas interiores de la Hoja), probablemente producidas por Ia Liberacion de innes K* de las eélulas y el consiguiente Majo resultante de agua rramente sensibles, de a 2. Inleracciones débiles en los sistemas acuoses 59 SEND ee MICU Cery hacia fuera por demoeis. Glindulas digestivas en la superti- ce de la hoja lberan enzimas que extraen nutrients del in- ‘a planta sensible (Mlanasn pudica) también experi- rmenta un cambio destacable en la Forma de las hoias desen- ‘aulenado por un toque mecanico (Eig. 2). Un ligero toque 0 wibeacion produce tn repetting decaimiento de-las jas, re sultada de una sobita reduccion de Ia presion de turgencia en as céiulas de In base de cada folfolo y haja. Al igual que rs atraparnoscas, la caida de presidn do tun ol resultad de la Hberacién de fones K* seguida del flujo hacia fuera de nau, FIQURA 1. Reepucsta ict en La Venus atrapamoscas, Unt mosca ‘ve se acerca una hoja abverta (a) es arapacls para digest, o por laplanca FIQURA ZL hojas en forma de pluma de la planta semble (a se Geran y caer tb) para peoeger ataplanta d b) jar el vient, 60 Capita? Etagua 2.2 lonizacién del agua, dcidos débiles y bases débiles Aunque gran parte dé las propiedades del agua como diol ‘vente se pueden explicar en funcién de la molécula H.0 sin carga, debe tenerse tambidn en cuenta el pequene grade de ionizaciéin del agna en iones hidrégeno (H*) ¥ en jones ideo xilo (OH). Al igual quo todas las reaceiones reversibles, se Dude describe Ia ionizacién del agua mediante una constante de equilrio, Cuando se disuelven dcidos débiles en agua, su ionizacion aporta H"; las bases consurnen H al protanarse, Estes procesos estuin también gobernadas por canstantes de equilibrio. La concentracion total de ion hidrégeno se puede medir experimentalnente y s¢ expresa como el pH de la 50 Inelén, Para predecir e estado de ionizarién de Ins solutos en agus, hemos de tener en cuenta las constaites de equilbrio pertinentes para cadla reaccidn de lonizacién. Haremos por lanto ahora una breve discusicn sobre ks tonizacién del agus y- de los acids y bases dbs disaeltas en la misma, El agua pura esté ligeramente tonizada Las moléculas de agua tienen una ligera tendenciaa iontzarse teversiblemente para proporcianar wn ion hidrégeno (protén) .¥n jon hidraxilo, dando el equilib H,0 == H* + OH” en ‘Aunque normalmente se nuestra el producto de disociacién del agua como H*, Joe protones libres ne existen en alsolt- ‘cid; los iones Iidrégeno formados en el agua son inmediata. ‘mente hidratados a iomes hidronio (H,0"). La formacidn de ‘puentes de hidrégeno entre las molécuilas de agua tiace que la hidratecion de fos protones disociados sea virtualmente ins tamanea: How ito =n t -H+ OH nH La ionizacidn cet agua puede medirse a través desu conde Vad eléetrica; el agua pura conduce la comet eléetrica al rmigrar H® hacia el edtodo y OH” hacia el nado, Bl movi lento los ines hidrorio e hidroxilo en et carupo eléetreo se produce con una rapidez andmals en comparaciin con el de ‘otto Sones tales camo el Na* ,K* y CI. Esta elevada movil dad nica os ol resulcado de “alto de protanes" que se mues- {rn en a Figura2-14. Ningin protin individual se mueve muy ojos através del volumen de la disolueién, pero una see de salts de protones entre moléculas de agua uidas por puen tos de hidrgeno produce el moximienta neta de un protén a ‘una gran distancia en un tiempo notablemente corta, Commo re- sultado de la elevadia mosis del H (p det OH”, que tate bien se rmeve répidamente mediante salto de protines, pero enla ditecciin opuesta), las rescciones deido-base en diohi- Cin acuosa 30n en general excepcionalmenterapidas. Como vase ha visto antarioment,el salto de protons también des- ‘empefia probablemente un papel en las reacciones bioldgieas de transferencia de protones (Pig. 2-10; vase también Fig 19.58) Et aga acepta un protin yee forma on wn ion hidronio FIGQURA 2-14 Salto de protones. “Sattos” de protones a cert dstan- ia a través de uns serie de mokiculas ce agua vnicas por puentes de hiddgeno tienen como resutada ef movimiento new extnemarla- mente tépido de un protén a una gran distancia, Cuando un ion fi dono (ariba ata gules) cede un prota, una molécula ce agua a tuna cierta distancia labajoa la devechal adquiere uno, conwiniéndose {en un fon hidronio. El salto de prozones es mucho mis pio que la utériea difisién y explica la estrasdinariamente elevad ailidad ‘nica de ls ones H" comparada con otros cattones monovalent. como e! Nato K* Puesto que la ianizacién reversible es enictal para el papel del agua en Ia funcifn celular, hemos de tener una manera de cexpresar el grado de ionizacidn del agua en términos cuantita tivos. Un breve repaso de algunas propiedades de las reaccio nes quiinicas reversiles nos mostraré como poclems haeerto, ‘La posieion del equilibrio de eualquler reaccién quimica, ‘viene dada por su constante de equililrie, Bya (a veces ex: prosada simplemente coms A’). Para I renecidn general AvB==c+D a2) se puede definir una constante de equilibria en funn de la ‘concentraci6n de los reaetivas (A y B)y de los productos (C y D) presentes en e] equiibio: ou (ANB En rigor, los términos de concentracién deberfan ser las ac- ‘tividades, 0 concentraeiones efectivas en soluciones no idle- les, de cada especie. Excepto en los trabajos muy precisos, se puede llegar @ una aproximacn de la constante de equilirio Imldiendo ls coneentraciones en ol equilbri. Por razones ‘que escapan esta discuston, ins wonstantes de equilbrio son. aadimensionaes. Sin embargo, en las expresiones ce equilibria. tilizadas en este bro heres mantenida en genera as unilar des de concentracién (9) para recordar que larnolaridiad 8 ba ‘midad de concentracion que se uz en el cleula de Kay. La constante de equilibria es fja y caracteristica para, ‘cada reaecidn quimica a una ternperatura daca. Define la com= posicidn de Ia mezcla final en el equilibria, independiente mente ce las cantidades inicinles de reactivos ¥ productos. De modo inwerso, porlemos calcular la constante de equitirio de una reaccén dada.a una temperatura determinada si se cono- cen las eoncentraciones en el equibrio de tados los reaetivos y productos, Como hemos vista en el Capitulo 1 (p. 26}, la va ‘acidn estindar de energia libre (AG") est elacionaciadirec- tamente C00 1a Keg. La lonizacién del agua se expresa mediante una constante de equilibria El grado de jonizacidn del agua en el equilibria (Re. 2-1) es pe- que; a.25 °C aproximadamente tan s6lo das de cada 10° rno- doulas ene] agus pura etsn ioniadas en un momento dado, La constante de equilitrio para la ionizacién reversible del gua (Ex. 2-1) 08 2a) [Bn agua pura a 26, In concentracién del agua es de BB,5 3 (Grams de H,O en IL dividicoe por el peso molecular en gra mos, o sea [1000 g/LV(18,015 g’mol)] y es esencialmente ‘constante en relacién a ls hajésimas concentraciones de H* y LOH™, es decir, 1 10-7, De acuerdo con ello podemes susti- buir por 58,56 el denominador de la expresigin de la constante de epuilibria (Be, 2:3) para dar Ineual, reordenando, se convierte en 65,5 00NK.«) = TH*HOH-] = Re (ed) donde Ky designa el produeto (55,5 1)(Kay)s denominado producto idnico del agua # 25°C. El valor de Ky, detenninado mediante medidas de con ‘ductividad eléctrica del agua pura, ¢s 1.8% 10-"* ma26 "O.La, sustitucin de este valor de Ky, en la Eeuacidn 2-4 da el pro- sducto ini del agua: K_ = [H*HOH™1 = (65,5 00,8 x 10°10) 0 10-8 at Ast, el producto [HOH] en disaiuciones acuosas a 25°C es siempre igual al X 10" y?, Cuando existen concentraciones cscctamente iguales de Hy OH" taleneno-sucerle en el agus pura, se dice que la solucién esta.a pH neutro. A este pH, se puede ealeular la concentration de H* y OF” a partir del pro- Aueto nico del agua de la manera siguiente: 2.2 lonlzaclén del agua, dcldes débiles y bases débiles 1 K, = 10H = Despejando [A] da GH) = Vite = VIX G] = (0H) ado que el produeto nico del agua es constant, siempee ‘Que fH] sea superior a 1% 10°" 4, [OF] serd inferior at» 10"? wy viceversa, Cuando la [H*] es mus alta, tal como st ‘ede en a colucon de dito clohirice, (OH) era muy pe- squena. A partir del producto Kinico del agua podemos calcular [H"] i conseemos [OH y ieeversa (Reeundro 2.2). 0 La escala de pH representa las concentraciones de H* y OHT Bl producto iénice det agua, Kyy canstituye la base de la ef fala de pH (Tabla 20), Bl pHi consitaye una fornea comve- siete de desigiar a eoncentracion de H” (y por consiguiente ‘de OFT) en cualquier solocidn acuosa entre 10 de H* ¥ 1.034 de OH”. EL érmino pl se define mediante Is expeesion 4 i PH ~ log ry ~~ log OT El situbolo p denota cl “logaritauo neqativo de", Pari una solu- ‘eid exactamente neutra a 25 °C, en la que la concentracién «de los iones hidrdgeno es 1,0 % 10-7 u, se puede calcular el ‘pH de la manera siguiente: Avoca expen pogo OA ade ocmeaCN OMe a lc 0M edie ors eee OH = og (OW Lee eae een a Oise ew sins a + OH 1 2 Capitulo? EL agua iiaee No oder} Ee nu] El producto iénico del agua: des problemas ilustrativos El producto idnico del agua permite caleular la concentra- ‘on le H* dada la coneentrackin de OH y wiceversa oss ‘uientes problemas o demuestra. 1. ;Cual es la coneentracién de HY en-una disolucién de NaQH 0,1 w? K, = (10H, Despajandto (H*] da Ky 1d Me 10 MO" ET-~ Gim 7 10%w = 10°" erspuesto) 2. {Cdl es la concentracion de ONT en una disolucion en Ja que la concentracidn de H* 8 1.3 1074 ue K, = HOH") ‘Despejando [OH] da K, x0" ton bry” 1300 = 71x 10°" M ircopuestay Al realizar estng n otrus cileulos, hay que aseguraese de ‘clizar eltimero corneeto de cifras significativas en Ins res riestas, $$ SSsSsSsSsSSSSSSSSSS—S—S—SFSsSsSsSs Elvalor de 7 para el pH de una solueidn exactamente nen trae es una cifya excogida de manera arbitratia; poviene del valor absoluto del prorlucto idnico del agua a 25 *C, que por luna feliz caincidencia es un nimero entero. Las sotuciones (que tienen un p#f superior a 7 son alealinas 0 bésieas; la eos ccontracion de OH™ es:mayor que la de H®. Inversamente, ls soluciones con un plH inferior a 7 san dcidas. ‘Obsérvese que Ta escala ce pH es logaritmica, no aritrué tica, Decie que el pH de dos soluciones differe en 1 unidad de pH significa que una solueién tiene una eoncentracian de Ht” diez veces superior al de a otra, pera ne nas dice cul ee] va lor absolute de a diferencia, La Figura 2-16 indica el pH de al- Eunos fluids acuosos:comunes. Una ebida da cola {pH 3,0) 0 LUNwino tinto (pHT3,7) ene una coneentracidn de H® aproxi- ‘madamente 10-000 veces: superior ala de la sanure (pH 7.4), ‘Se puede medir aproximadamente el pH de una soliein sacyosa utilizand dlversos eolorantes indieadores, entre ellos el tomaso, la fenolftaleina y el rojo fencl, que experimentan ‘cambios de color cuando se disacia un proton de la moléeula de colorante, Las determinaciones precisa del pH en el abo: Tatorio quiinico o clinico se hacen con an electrode de vidr ‘que es selectivamente sensible a la coneentracicn de HY pero. ‘que es insensibie al Na*, K* y otras eationes. En un pHirvetro. ‘8 amplifica la seal de un clectroda de este tipa y se compara, con la sential generaca por una disolucidn euye pH se conoce con exactinad Lamedicidn del pH-es una de las operaciones mas impor- {antes y frecuentemente utlizadas en bioqutmien, El pH afeeta, ala estructura y setividad de ihacromoléculas binlégicas: por emplo la actividad catalitiea de los eraimas tiene una gran depencencia del pHi (véase Fig. 2-21), La medida del pH de Ia sangre y de ln orina se utiliza normalmente para diagnosticar enfermedades. B] pH del plasma sanguineo de las personas NaOH an Lejia domestica Amcataco doméatico Solus de Ievadara svtficial (NsHICO,) ‘Agua de mar, clara at huew io _ humana, z aes lagrimas | Leek, lion 6 5 + Cazola ervers 4 amo do tomate | f notin 3} Cala, vinare 2 Cums ds ints | satin | — {net ase FIGURA 2-15, ptt de algunos Muidos acuosos. 2.2 tonlznelén del agua, Acides.débites y bases débiles con diabetes grave no controlada, por ejemplo, es con fre: ‘cuencia inferior al valor normal de 7,4; este estacio se conoce como acidesis. Bn otros estados patologicos el pH de la sangre ces superior al normal, estado que se denomina alcalsis Los deidos y bases débiles tienen constantes de disociacién caracteristicas Los dcios clorhidriea, sulfirieo y nitro, denominados co- rinmente dcidos fuertes, estin completamente ionizados-en soluciones acuosas diluidas; las bases fuertes NaOH ¥ KOH también estén ionizadas completamente, De mayor interés para los bioguimicos es el comportamiento de Jos decides y bases débiles los que no estén. completamente jonizados at disolverse en el agua~, Estos son frecuentes en los sistemas biokigicos y Juegan papeles importantes en el metabotismo ¥ su regulacién, Se comprendera mejor el comportamiento de Ih soluciones actiosas de los dcidos y bases débiles si defini- ‘mos primero algunos términos, ‘Se pueden definir os dcidas como dadores de protones ¥ Ins bases coma aeplores de protoner. Un-daeor de Peotone y ‘1 cortespondiente aceptor forman un par éeido-base com- Jugados (Fg. 2-16). Bl écido acético (CHigCOOH), un dador de protones, y el aniGn acetato (CH,COO™}, el eorespon- dliente aceptor de protones, constituyen tun par cido-base Conjugados, reacionado por ia reaccién reversible CH,COOH == Ht + CHCOO™ (Gadi aco tiene una tendiencia caracteristica a perder su pro t6n en disolucién aeuoss. Cuanto mis fuerte sea el écido ma- yor seri Ia tendencia a perder su protén. La tendencia de ‘cunlquier dino (HA) a perder un protén y formar su base con= Jugada (AW) se define mediante la eonstante se equilibria ‘Bec) paral reaccn reversible HASH +a", ques ILA ee THA Las constantes de equilibro de las reacciones de ionizacién se suelen derominar constantes de disociacién o de loniza- ‘in, 2 menudo designadas como X,. Bn la Figura 2-16 se dan las constantes de disaclaciom de algunos sido. Las cis mas fuertes,talea coma el fost6rico yl carbénico, tienen eonstan- tes de disociacin mis alka; os cides mds déblles, tales como ‘elmonohidrdgeno fosfato (HPOJ-), tienen constantes de di- sosiacifn mas bayas, K ‘Acidoa monoprstieas ° ‘Aldo actiee one. Gee htt 10-20 on | | {on amonio (B= 5,62 » 10-1) Acidos diprétieos | ‘Acido carbonieo | (y= 1,70 = 10-4 Bisatonaio ix, ‘HOO; +H 3,97 6.1 x 10-1) ising grape carboilo [NIE g ete iot, (A Gis raps anine othe a) Acidos tripréticos ‘Aci fostrieo (Ween 725 > 10-25 Difisdriene foci (k= 138 «10-740 Monohidrégeno fosfsto (Kp 898 10-2) FIGURA 2-16 Un par deida-have corjugsdo carcste xm un dador de Protones y un aceptoe de peotones. Alpunas cornucsios les coma 1 cid acthico yl lon amonio, son monopréticos: pueden ceder so lament un protin, Otrs son dipréticos [HCO (cide carbnico)y cnc!) ek 2476 | o +H ‘bp NEg = NH, + He ok, 925 coy+ PR, 102 HPO} == POR: + Ht phat sicina} 0 tiprtiens 14, PO, (cide fostérien). Se muestra las reac- ones de dioclacica para cada paren donde nen agar a la Largo ‘de un attomte de pH. Para cada reacchin se muesra la constante de ‘quilibrio a disoctacicn (yy su logarima negate py 64 Captulo 2 agua En la Figura 2-16 también se incluyen toe valores de BI, luna exprestin anloga a la cel pH y que se define mechan la eouacin 1 py ~ og = —loe Ka ‘Cunnto mas fherte sea la tendencia a disociar un protin, ands fuerte es el dcido y menor es su pA. Camo veremos a canti- ‘uaci6n, se puede determinar faellmente el pk, de cualquier fSeido debi Las curvas de titulaci6n proporcionan et pKa de los acidos débiles Latitulcin oe ulfzn yarn determina la eantidad de un dctdo una soleiGn dada, Bn ese procedimionto se tala un vor Imen determinsdlo de cco con wna sahucin de una base fuerte, normalmente hidritid sco (NaOH), de concentra ‘in conoeida. El NaOH se afaco en poquenas poreones hasta que se ha consurnido (neutratizade) el dcido seguin se deter+ mina mediante un colorante indiador o-eon un pHimetro. Se puede calcular la concentracidn de acide en la solacin origi- nals parte el wolumen y Ex concentracion te NaOH afi, ‘Una grtica del pH ronte ala eantcad ee NaOH afacido (curva de titwlacion) muestra el pA, del dcide debil. Consi- deremas la titulacion de una disoluci6n 0,1» de acido acético {que denominaremes HAe para simplifies) ean NAOH 0,1 sa 25°C (Fig 2-17). Enel proceso estan implicades dos emul brios reversibles: H,0 =H +0H- es Hac == Ht + Ace 6) Los equilibrios deben cureplirsimultéineamente sus-constantes de equilibria caracteristicas que son, respectivamente, Ky ~(H*}OH-] = 1% 10" a? en Ae") Ky = A 7 BEE 1070 a) ‘Alprincipio de i ticulaciin, antes cle ariadir nada de NaOH, el Acido acéticn va esta ligeramente ionizado, en in grado qué se ‘Puede calclara partir de su constante de disociaciin (Bc.2-8) A medida que se va incorporando gradualmente el NaOH, OF atficionad se combina com e! II” ibre en la dsotucion para formar H,0, en un grado que sitisfaga la relacin de eq brio de la Ecuacivin 2-7, A medida cue se elimina H libre, el HAc se disoeia mas para satisfacer su propia constante de equilirio (Be, 2-8), Bl resullado neto.« media que progres Ja titulacién es que se ioniza més y mis He, formando Ac segin se va afadiendo NaOH. En el panto medio de la ttula, cin, en el que se han afaitida exactamence 0,5 equivalentes do NaOH, se ha cisoeizno Ia ita del deida aeétice original, de modo que la concentracir del dador de protones, [HAcI ¢3 ‘gual a la del aceptor de protones, [Ac™|. En este punto medko tiene valldez una relacion muy importante: el pH de a soluein equimolar de acido asético y acetate es exactamente igual al pt oO 02 08 0,4 06 06 0,7 08 09 ‘OH anaido (equivalente I street ee 100% ry Poreentaje ttulads FIGURA2-17 Cura de titelucisn del Sci aeéticn El pH dels mez- clase mide después de cada adiciin consecutiv de NaOH a la solu- dn de deido acéico, Este valor se representa frente a la accion de la cantidad wal de NaOH requesida para convert tao elcid a6 ‘ico en su forma desprotonada, el acetao. Los puntos obvenidos de ‘sta manera dan La curva de tulacign. En loerecuadeos se muestra las formas iénicas predaminantes en loe puntos indicados. En <1 nto medio de ls utulacida las concentaciones del dao de proto es y del acepior de protores son igualesy of pH es nurnéicamente igual al pk, del cies acétieo, La ona sumbecads es begin til ‘capacidad tampanante; generalmante ere el 1M y el 90% de late ‘ulaci del icido da, DK, del écido acético (pK, = 4,76; Figs. 2-16 y 2-17). Pronto quedaré clara la base de esta relacin, que es valida para todos Jos actos ebites ‘A medida que la Utulacién continda mediante la edicts, de mayores cantidades de NaOH, el deldo acéticn todavia sin ddisociar se convierte graduslmente en acetata, B] punto final de In tituluein tiene hogar a aproximadamente pH 7,0: todo et ‘iido aeétion ha pendida sus protones, eindolas al OH”, pata formar HzO y aeetalo, A todo lo largo de Is titulaciin coexisten, Jos dos equilibrios (Es. 2-0 y 2-6), eumpliendo eacta uno de ellos eon su eonstante de equilibeio, Bn la Figura 2-18 se comparan las curvas de ttulaeién de tues deidos débilos eon eonstantes de disoeiseién muy diferen- tes: el Acido acttico (pKa = 4,76); el dihidrégeno fosfato, HPO; (Dk, = 6.86),y elon amonio, NH (BA, = 9,25). Aun- que las eurvas de titulacién de estos éeidos tienen la misma forma, estan desplazavias a lo largo del eje de pH debido a que estos dcidos tienen diferente fuerza. Bl Acido acética, que tiene la mayor K, Cel menor pi) de los tres es el re fuerte (pierde su protén con ms facilidad); a pH 4,78 se encuentra 23. Tamponamiento contra cambios de pH en los-sistemas biolégleos 65 is p 5 O41 02 08 04 05 06 07 08 09 1.0 OFT aftadida (equivalentes) tf eel . 30 100% Porcentaje ttulado FIGURA 2-18 Comparacisin de las curvas de itolacim de tres Se: dos débiles. Se muestran las curvas de titulacién de CH,COOH, HPO; y NH}. En los recuadros se muestran as ormas lénicas pre- dominant en los puntos seialacos dela titulacin. Las regiones con espacidad tamponante extin indieadss 3 a derecha. Lo pres eldo- base canjugsdos son tampanes eiectvas enire aproximadamente el “10 y€190% de a neuralizacidn de a especie dadora de protones. _¥8 sernisociado, El ihidrégeno fosfato plerde wn protén com ‘menor faclidad y esta semidisociado a pil 6,88. Bl ion amonio es ol deido mis debil de los tres y no-esté semiilisoeiada hasta pit 925. El rasgo mas importante de la curva de titulaciin de un Jcido déhil es que muestra graficamente que um dcido cébil st anion, un par dedo-base eonjugado, pueden aetuar como Aampones. ‘RESUMEN 2.2 lonizaci6n del agua, dcidos débiles y bases di @ Elagua pum esta ligeramente ionizada y contiene 1 misma cantidad de iones hidregeno (iones hidronio, HO") que de ines hiceoxilo. 2 grado ede ionizacién se describe mediante una constante de equilibrio, Ka He) de la que se deduce el producto Sco det agin, Ky. A25 °C, Ry = (H"HOH (6550) Kah = 10 ae, = Elpl{ de una solucidn acuosa refleja, en escala Togariumica, la concentracién de jones hidrgeno: 1 " PIL = loa ayy = “low 1. ‘= A mayor acide de una disohiclén, menor ser su pH, ‘las icdos débiles se jonizan parcialmente y liberan ‘un fon hidden, Lo que hace eisuiir el pH le i solucin acuosa. Las bases débiles aceptan un ion ‘hidrdgeno y aumertan el pH. Et grado en que se ‘producen estes procesos es caracterstien de cada ‘dcido-0 hase dell concreto y se expres como lt -eonstante de disociacin, Ky: aS co fm EI pK, expresa la fuerza relative de un deido 0 base slebiles en eseala logaritmien 1 PK = 108 je = “108 Ke ‘= Cuanto mas fuerte sea un dco, menor sera su pis cuanto rns fuerte sen una bate, mayer seri si pK, El pk, se puede determinar experimentalmente; es el pH del punto meslio dela curva de titulacin del seid ode la base, 2.3 Tamponamiento contra cambios de pH en los sistemas biolégicos Casi tedos los pracesos bialégicos son dependientes del pH; ‘un peauetto camnbio en el pH produce un gran cambio en ta velocidad del proceso. Esta no sélo es cierta para las muchas reacciones en las que el ion H” es un partcipante dineeto, sina también para aquelias en las que no existe un papel aparente ‘para los tones H'. Los enzimas que catalizan las reaeciones ce- Tulares, yimuchas de lis moléculas soe las que actlak, con ‘tienen grupos ionizables con valores de pi, caracteristicos.. Las arpos amino y carboxilo pralonados de las aminaicidos ¥ el grupo fosfato ce los nncledtidos, por ejemplo, funcionan, camo detdas débiles; u estado idrieo depende det pF del me- dio que los rodea, Ta como hemos seftalads antertormente, las interaeciones tnicas se cuentan entre las fuerzas que estabili- ‘an una moléeula proteica y permiten que un enzima reco- nonce y se file a su sustrato Las o¢lulas y los organismos roantienen un pH eitoscice cespecitico ¥ constante, que mantiene las biemoléculas en su es tado idnico éptima, narmalmente cerea de pil 7. En los organs ‘mos multicelulares, el pH de los fides extracelulares también ‘se mantiene estrechamente regula. El pH se mantiene cons- tante principalmente gracias los tampons bikdgios, que san, meccias de actos débiles y de sus bases conjugadlas. Describiremos aqui los enilibrios de ionizacién implica dos en el tamponamiento ¥ mostraremos la telacién cuantita- tiva entre el pH de una soluckin taraponada y el py sel tampon, E1 tamporamiento binkigicn se slustra mectante los sistemas tampén del fosfato y el carbonato en el hombre. 66 Capitulo? El agua Lo» tampones son moxcles de éuides uétitos ¥ sus bases conjugadas [Los tampones son sistemas acuosos que tienden a resistir cambios en #u pH cuando se afaden pequefas cantiades de edo (H"} 0 base (OH). Un sistema tampén consiste en un cide dbl (dador de protones) ¥ su base conjugaca Caceptar e protones). Por gemplo, una mezcla de igual concentracién de Scido acético y deion acetato, tal como la que se encuentra cen el punto medio de la curva de titulacién dela Pigura 2-17, um sistema tampon, La curva de titulacin del acid acetico ‘Ueme una 20a rebativamente plana que se extiende alrededor le 1 unidad de pHa cada lado de su pH de punto melo 4,76, En esta zona una cantidad de H* 0 OH” afadida al sistema tiene un efeeto-mcha mene sabre el pH que la misma ean ‘dnd afidida fuera del margen de tamponamiento. Esta zona re lativamerte plana es ia regin tamponante del par del tarapén {iid aostieo-acetato, En el punto mes de ln rein tampo- ante, en donde la concentracién de dador de protanes (icido acttico} es exactamente igual a la del aceptor de protones (avetato) el poder tamponante del sstemi es maxi; e500 5, se produce el cambio iinimo de pH cuando se adiciona OH 0 H" El pi en este punta dela curva de ttulacion del écido acé- tico es igual a su pA. EI pH de sisiema tampon del acetato cambialigeramente cuando se aliciona una pequens eantisd de OH” ode H*, pero-este cambio es muy pequeito silo com- paramos con el cambio de pH que se produciria si xe afadese 1a misma cantiad de OH” 0 H* al agua pura oma dseluckin dels sal de un dcido fuerte y una base fuerte, tal como-el NaC, ‘que no tiene capacidad ‘amporante, El tarmponarniento-es el resultado de coe equlbrios de reac clones reversibles que tienen lugar en una disolucién de eon ccentraciones eas males de dador de protenes y de eu aceptor de protones conjugado. La Figura 2-19 explica de qué modo funciona el sistema tampin, Siempre que se aftade H w OH 4 un tampén, el resultado es un pequeto cambio en el 6o- ciente de ls eoncentraciones reativas del acido dbl y de su anion ¥, por tanto, un pequefio cambio de pH. El descenso en | concentracién de un componente del sistema se equilibra ‘exactamente por un incrermento del otro, La suma de los-com ‘ponentes del sistema no vara, silo varfa su proporcign. Cada par conjugal deido-base tiene una zona caracterts ‘ica de pif en la que es un tampén eficar (Fig. 2-18). El par HPO; HPO?” tiene un px de 6,86 ¥ por tanto puede ser. vir como sistema tampon eficiente entre aproximadamente pH 5,9y pH 7.sel par NH "NH, con un py de 9,26, puede ‘ctuar coma tampin entre aproximaciamente piT83 y pil 1033, Una expresién sencilla relaciona pH, pK y concentracién de tampén [Las curvas de titulacn del didlo acético, HaPO?~y NEY (Pe, 218) tlenen formas casi itléntieas, Io que sugiere que son re- ‘ojo de una ley 0 relacién furddamental. ste es, efectivamente, el caso, La forma dela curva de titulacién de cualiuler dckdo- debil esté expresada por la ecuacion de Henderson-Hassel- x. araon7 on Ho fiat (eH,coom nce a (H*|1Ac*] Tae) Avetato «CH,C00~) x, FIGURA 2-19. E par cide acético-acetata come sistema tampén. sistema es capaz de absorber H” uw OW” a taveés de la reveribiidad de la disociacion del dcida acctico. EI dadar ce protanes, el écido aeético (MAC), contiene un reserva de HI ligado, que puede libe- ‘arse pata neutializa una adicin de OH al stra formando HO. Esto sucede porque el producto H1*}JOH™) excede tanstoriamene Fy (1% 10°") El equiv se ajusta rapidamente de modo que ‘ste producto sen igual a 1 x 10-25 °C), edociend at tran sitofamenve la concentracie de H’, No ebstante, hors el cociente TH"IIAclAFAc] es menor que K,, parle que se dsccia mis Hac para restaurar ef equilibvi. De modo semejant, la bave conjugada, AC”, pede reaceionar con jones adicionads al sistema; de nuevo Las dos rmacciones de ionizacién vuelven simaltsneamente al equliri, ‘Ast, un par acid-base conjugado, tal com el Scido attic el ion ceo, tender a resistr un cambio-en el pH cvando se aan po- |queiascantidades de Scido o base: La actin tarpponante es simple ‘mente a-consecuencia de dos rescctones reversible que lenen gat simuitneamente y que alcanzan sus puntos de equilibrio sega sus Constantes de equiibio, Ka YK bleh, que es importante para eompeender la acid de los tampones y el equilbrio dcido-base en la sangre y tejidos de Jos wertebrados. Esta ecuatin es simplemente una forma iti de reenunciar la expresién de la constante de dsociacion de tun eda. En el ease de Te dsoclacon de un seid dbl KA en Hy A>, lnecuacién de Henwlerson-Hasselbolch puede ded eve de I forma siguiente: CaCHIA) ae (HAT Despejando primero fH") + Hal baa) ‘Tomuande elogaritina negative en abs miembros . tna) log} = log Ky ~ los Ty Susttuyendo “lot” por BH y “log por DK: ual 23 Tamponamionto contra eambias de pH an los sistemas biolégieas 67 Invirtiendo ahora —log(HAV/IA~), 1a que implica cambiar su. signo, se obtiene la eewacion de Henderson-Hasselbalehs = THAT que-se enuncia de forms muss geval: pH = pk, + log ae) [ceptor de protones} BET pK. + log “Taador de protons] sta ecuacion se ajusta a la curva de titulacion de todos Ins cidos débiles ¥ nas permite deducir una serie de relaciones ‘cuantitativas importantes, Por ejemplo, niuestra por qué el DK, de un Seid dil es gual al pH de In solucién ene punto ‘medio de su titulaciGn, En este punto [HA] ~ [A"] y de abi pH = pK + log 1 = pK, + 0 = nk, Coma se muestra en el Recuadm 23 la ecwaciin de Hender ‘son-Hagselbaleh también permite (1) ealeular el pk, a partie del pH y la relacidn molar entre dlador ¥ aceptar de protones (2) calcularel pH a pariir del pK y la relackin molar enize da dor y acoptor de protones; y (3) caleular la relicién molar en- tre dador y aceptar de protones, conoekdos el pH v el DK. Los dcidos 0 bases débiles tamponan eélulas y tejidos contra cambios de pH Los fhidos iniracehtlar y exiracelular de los arganismos mult Ccolulares poseen un pH caracteristino y priictieamente cons tante. Los sistemas tampén proporcionan la primera linea de roid histidia, componente de las proisinas, c+ un ido dbl. pk del atnigeno protonad de La cadena lateral 60. ddefensa del organistno enntra los cambios del pH interno. El fe identified Ras Los aminodcidos tienen eavacteristicas estructurales comunes ‘Los 20 aminosicidos estndar encontrades en las proteinas son, ‘aminoacids, Tienen todos un grupo carboxila y un grupo amino unidos al mismo dtomo de carbone (el earbone a) (Fig 8.2). Difieren unos de otros ests cadenas Iaterales, 0 gru- pos R, que varian en estructura, tamano y carga eléetrica y ‘que inftuyen en la solubilidad en agua de Jos amunoacidas, Ademas de ests 20 aminadcidos existon muchos nis que se ‘encuentran con menor frecuencia, Algunos de ellos son resi- ‘duos que han sico modificados después de la sintesis de nna Droteina; otras se hallan prosentes en organisms vives pero ha como tuidades eonstituyentes de las proteus, A los ami Hsicidas estandlar 5 les han asignado abreviaturas de tres Ie lias y stmbolos de una sola letra (Tabla 3-1) que se wtiizan FIGURA 3-2 Estructura general de-un anal, Fata eects es ‘comin tors Ios r-aminncidos, con ana nica excep, (La exc ‘idm sla protina, un amines cic, El grupo eo cadena lateral {er coo unio al carbon az) e diene para cata amici. tnucturalprnciaal del pelo, escamas,cuernos, lana, was y pra rinaceronte neg esa cas exinguido en estado salvaje devia a Tos itor prevalentes en algunas partes del mundo de que un pole cet vado de su cuerno tiene propiedades siodisiess, En ralidid, as prepieeladas quimicas del pals de cuore ee Fnocerante m9 son di ferent de de as peas de havo do fas us humana. para indicar cle manera abreviada la composieiin y seeuencia de amtinadcins polimerizailos en las proteins, En una prictica que puede resultar confusa, se utlizan dos convenciones para identificar los carbonas dentro de unt ‘aminoicido, Los carbones adicionales de wn grupo R se desig hat comuinimente B, ¥, 8. #, ete, empezanuto a partir del car- bono a Para ta mayoria de las clerss moléculas oryanicas, bos tomes de carbono se numeran simplemente a partir de un ‘extremo, dando la maxima prioridad (C-1) al earbono cuyos sustituyentes contengan tomas de mayar aiimero aténtico. Siguiendo este dltima conyencién, el grupo carboxiko de un, ‘aminesiciclo seria el C-1 y elcarbono ar seria el C-2. Bn algisnos ‘casos, come en aminodeidus eon grupos R Nelerveielieas, sistema de letras griegas es ambiguo y se ulliza por ell la CH, —CH,—CH,~CH,—€H—Co0- i “NH ‘NH, En todos los aminodeidos estanular excepts Is glicins, el ear bono ests unio a cuatro grupos diferentes: un grup carbo- 2slo,un grupo amino, un grupo By un atomo de hideegeno (Pi. 3-2; en la glicina el grupo Res olze dtomo de hicrdgeno). El stom de eathon a es, por tanto, un esateo qwiral (p. 17). Debio al ordenanzento teteaédrico de los arbitales ee enlace alredeitor del atomo de carbon a, los cuatro grupos diferen- ‘es pueden ocupar dos ordenamienios distintos en el espacio, por le que los aminosieidos pueden ceslerenisimeros. Al ser imagenes especulares no superpon- bles entre 3€ (Fig, 8:9), lis dos formas canstituyen un tipo de cestoresisimerns denorinadas enantdémeras (véase Fig, 1-19). ‘Todas las moléeulas com in centen quiral son también éptien- mente aetivas, es deci, hacen girar el plane ce blz pola sada Cvéase FRecnaudno 1-2) parecer en forma de dos ‘Para especifcar a configuraciéa absoluta de los cuatro sustituyentes de las étomoe de carbono asimétricas se Ba desi rrallado una nomenclatura especial, Las confiuraciones abso- tas de los azicares sencllis ks athinodcidos se especifican mediante el sistema p, 1 (Pig. 4) basado en la configuracisn beoluta del azdcar de tres carbonos glicerakdehido, ina com vencién propuesta por Ean Fischer en 1891, (Fischer oonocka tos grupes que rodean el étoma de casbono asimnético del gli- Ceraldehido pero tuve que adivinar su configuracicin alsoluta; su predicein se confirms pasteriormenite por andlisis de di- fraccivn de rayos X.) Para todos lng commpuestos quirales, las estereoisGmeros que tienen una configuracién relacionada con 1a del taliceraldehido se desigian ty los estereniscmerns re- lacionados can el m-gtceraldehido se designan 0, Las grupos funcionales de fa Llanina se hacen coinciir con is del Lh scraldchide alineando aquelins que pueden interconvertirse ‘mediante reaeeiones quimicas simples en un solo paso, Asi, el ssrune carboxila de la ralanina oeuipa la misma posicidn res- ‘ecto al earbono quiral que el grupo aldehid cel t-ficeralde- ‘ido, pueste que wn aldehido puede convertirsefiilmente en tun grupo earboxilo en un solo paso mediante una oxidacion isidricarnente las denonuinaciones simares ¢y d se wilizaron para levigiro (que giea a hwzalaizquierda) y dextrégito (que coo coo wi oe cH, cH, to) lana Alina coo" 00" mig bon mb, on, oH, ©) cAlanina -Alunina 00 nt, bn, © -alnnina FIGURA 3-3. Esterecisomeria en las a-aminodeldos. (a) Los dos festereoisémeros de 1a alanina, fa. y la oalanina, son imsgenas = ppeculores no superponibles-ente s{enantiderstos. (hy eb Dos con enciones diferenes para mostrar la configuracion en el expacio de Hos ertereoixmero. En las féemulae de perspctiva (b) los enlaces com forma de cua se proyectan fuera de! plano del papel: loserdaces razor lo hacen hacia aris, En lis formulas ce proyeccin (2) ses pone que los enlaces horizantales se prayectan fuera del plano del papel, los enlaces verticales hacia ais, Ne abstante, se utlizan 2 “menu las Krmulis de proyeecin de modo no sistemsic, sin pre tender repeesertar una conviguracion estereoquitiea expecta. 21 Aminoseidos 77 “eno uo ose vm on SCH,0H CHLOE \leelchin ie oa coo nie be eG ai, én, ba, tli on FIGURA 9-4 Relaci esiricade ls extereaisimeros del alanina cam la configuracin absoluta del y giceraldehida fests Kr mus de perspectiva ls carbonos es alnesdes vertcalmente con -l domo quia en el centro. tos carbonns de esas molkeulas extn numerados erpezand por ls carbons alehido 0 eat se nals er oa de 13 y dear abajo al como se mesa, Cuando se presentan desta forma, el grupo R del aminadcid fen este caso €l grupo mail de a alain es siempre debajo del carbon Las ‘-ainoscos som los que nen el grupo asain ata zquiena fox Daminnicdos bs que een el grup sino a Is decks sire la luz ata derecha). Sin embargo, no todos los L-amino- fcidos son levigiros y se hiao necesaria la eonvencidin que se muestra en a Figura 3-4 para evitar posibles ambighedsdes so bre la configuracién absoluta. Seaiin la convencisn de Fischer, yp hacen reforeneia solamnte a la configuracién abeeluts 4 los cuatro sustituyentes alrededor de carbono quiral Otro sistema para especificar Ia configuracién alrededor do.un contra quiral es el skatema RS, que se whiliza en la no- ‘menclatura sistemstia de ls quires orginiea y deserbe com ‘mayor precisiin la confguracitn de las moléculas con mas dle ‘un centro quial (véage p. 18). Los residuas aminodcidas de las protefnas son estereoisémeros ‘Cas todos tos comp uestos Biokgicos con un centro aus se Dresentan en Ja naturaleza en una sola de sus formas estereo- ‘someras Ja» 0 1. Los residuoe aminadeldos debs protenas son exclusivamente L-estereaisGmeres, Silo 3e han encon trado maminodcides en unos peas peptides, generalmente ‘pequeios, que incluyen algunos peptides de las paredes cetu- lareshacterianasy algunos antbiticos peptices Bs un hecha notable que casi todas los aminescidos de las rotenas sean -esterecismeros, Cuanao se forma eompues- tos quirales en reacclones quimicas ordinarias, el resultado es tuna mezcla racsmica de isdmeras by 1, que son difciles de die tinguiry asia por el quimico, Sin embargo, para los siternas ‘vos, ls smeros.n so tan diferente como la mana dete cha y la izquierda. La formacién de subestructuras estables y repetias en las proves (Capita 4) requiere en general que sus aminofeSdoe sean de una inks serie estereocuinden. Las cdlulas som capaces de sinbetizar especificamente los iximeros L-de los aminesicidos gracias @ que las conteos actives de los enzifnias son asimeétricos, lo que implica que las reacclones que catallzan sean estereoespeetficas 78 Copitulo Arhinedcides, péptides y proteinas, TABLA 3-1 Propiedades y convencianes asociadas con los aminoacids estindar Valores dep Abrovatura/ Py, Phe PK Indies Presencio on las Aminoscido simbolo ——M,(—C00H) (NMS) (guna) pl hidrapétioo* _protofnas (I ‘Grupos R apolares alifiticos Glia syG = 1523460 591-04 a Alaina Nak 89 23h O69 601 18 78 Protna PoP 115992096 648 16 52 Valina Yel Vo 417232 962 597 42 66 Leucina tet 131.236 9,60 59838 91 Isoleucina te 1 1381236968 602 45 53 Netionina Mem = 149-2280 21 57418 23 ‘Grupos R arométiens Fenialanina Pref = 188183 9,13 54828 38 Tiosina mY 18 «27009111007 588-13 32 Viptétano WW 204 238939 589 09 M4 Grupos R polares sin carga Serina SS 105221915 568-08 68 ‘reonina TT 119 241 962 587 = -07 59 Cistoina Cec 121 961028. ate 507 19 Asparagina Asn 132-202 880 S41 -35 43 Glutamina Gn Q 146273 585-35 42 ‘Grupos R cargados positivamente Uisina bsK 462885108374 309 59 Histidina We H 15519297800 789-32 23 Arginina weR 174 AT 804 12,48 10.768 48 5a ‘Grupos R cargados negativamente Aspartato jsp 4331.88 960 2a7 53 Glutamate Que 47 «2867 63 bs tes pnts es Caps IOs Ks 18 Da, RE(1982 Ape mo reer neni ara ofa, UAL Bol 187, 405 32 ‘Preancametiyon mse 150 pines. et, C1989) dsc pace Bese oli Sti a th Beet ee Canta asm) 89-£23 Pm Ps He Wh ‘Los aminoacidos se pueden clasificar segtin su grupo R, BI conocimiento de as propiedades quimicas de los aminadei- dos estéindar es co vital importaneia para Ja cornprensign de ls Dioquittica. Eltema se puede simplificar agrupande los amine 4cidos en cinco elases principales basacas en las propiedades de sus grupos R (Tabla 3:1), en especial su polaridad, o ten- dencia a interaecionar Con el agua. pH biolégica (cerca de pH 7,0). La polaridad de los grupos R varia enormemente desde {totalmente apolar o hidrofobieo (insolubie en agua) hasta alta- mente polar 9 hidrofiien (soluble en agua), En la Figura 5 se muestran las estructuras de los 20 ‘aminodcisos estindar y algunas de sus propiedades se mues- tran en la Tabla 3-1, Dentro de cada clase existen gradaciones ide polaridad, tamatioy forma de los grupos R. ‘Grupos R apolaresaltitiees Los grupos R de esta clase de ami ‘nadcidos son apolares ¢ hidrofobicos. Las cadenas laterales de ralanina, valina, leusina e isoleueina (ienlen a agruparse ‘entte sCen las proteinas, estabilizando las estructura proteicas 1 través de interacciones hidrofobicas, La gicina tiene la es- ‘ructura més simple. Aunque formalmente es apolar, su muy pequefia cadens lateral no tiene una contribucién real en las interaceioncs hidrofSbicas, La metionina, ure de los dos an ‘nedcidos que oonticnen aauffe, tiene un grupo tioéter apolar en sueadena lateral. La prolina tiene una cadena lateral aiitica Grupos R apolares alifiticos coo foo" $00 ae er feo oe: w—Gat maton toon | | nae ce Haft I i Hw ie I I H cH 1 oH oe Hy CH Chica Alaina Protina Yolioe Asparagina Glutamina 3 Aminodeidos 79 Grupos R aromaticos FIQURA 3-5 Los 20 aminadcidos extindar de las protefnas. 35 fr. mula etructuales muta el estado de ioixacisn que peederitna 1+ pH 7,0, Las pares no sombreadas son comunes a tala ls amino cides; las partes sombreadas en rojo son los grupos R. Aunque ol ‘con una estructura cfclica distintiva. El grupo amino secunda- Fo {imino} de los residuos de prolina tiene una conformaeidin rigida que reduce la Mexibilitad estractural de las regiones po ‘Bpeptidicas que contionen este aminodeido, Grupos Rarométices La fenilalanina, ia tirosina y cl tripts- fano, con sus cadenas laterales aromdticas, san relativa- Mente apolares (hidrofsbieos). Todos ellos pueden participar ‘en interacciones hidrofobicas. El grupo hidrosilo de la trosina puede formar puentes de hidrégeno y constituye un geupo grupo R de a hstidina se muestra sin carga, su pi, (véase Tabla 3-1) 6 tal que una fracciba pequeria pero sigificativa de estas grupos ‘ot corgeda poshinvamente a pH 7, funcional importante en alguitos enzimas. La tirosina yl trip (6fano son significativamente més polares que la fenilalarina \debido al grupo Iidroxilo de la tirosina y al nitréyeno del ani lo indotien det tiptéano, El triptéfana y la tirosina, yen mucho menor grado la feni- lalanina, absorben la luz ultravioleta (Pig. 3-6; Recuadro 3-1) Esto explica la fuerte abgorbancia de-la haz caracteristica de la mayoria de las proteinas a una longitud de onda de 280 nm, propiedad aprovechada por los investigacores en la earacteri- 2ackén de las proteinas, 80 Capitulo 2 Aminoseides, piptides y proteinas: Grupos & potares stn carga Los jgrapos R ile estos aminesicidos ‘son mis sofubles en agua, o hicrofilico, que Jos ce los anno. cidos apolares, debidde a que contienen grupos funcionales que forman puertes de hidrigeno con el agua, En esta elase de aminodcidos se incluyen a serina, treonins, cisteina, aspa- ragina y glutamina. La polaridad de ls serina y la treonins proviene de sus grupos hidrosdl; Ia polarided de la cisteina de su grupo sulfhidrilo; y a polaridad de La asparaginay ghita- mina de sus grupas amid, La asparagina y la glutamina son las amuidas de atros dos aminoseidos que también g¢ encuentran en las proteinas, as partato y glutamato, respectivamente, alos que se hidrolizan faciimente por scido 0 base. La cisteina se oxida facilmente formando un aminodcido dimérico unido covalentemerte Us mado elatina, en el que dos moléculas do = | ok aes 2 al petee| 2-2 5 |] Eten] E--L = : Raab iaieGd - pL a atlen— rilligramo de proteina (Fig, 2-24). La actividad especifiea cconstituye una medida de la pureza enizimstica: aumenta due ‘ante lk purifieacién de un enzima y Uega.a ser maxima y cons ante cuando el enzima es puro (Tabla 3-5). ‘Despucs de cada paso de purifiearién, se determina la 2e- lividad de la preparacin (en unidades de especifidad enim tea), se determina independientemente la eantidad total de proteina y su cociente dala actividad especifica, La actividad y Ia proteina total generalmente disminuyen en cada pase. La actividad disminuye porque siempre se produce alguna pér- ‘ida debido a inactivacion o a interaceiones mo Optimas con los materiales cromatogréficos o con otras moléculas de la solu cin. La protefta total dismimuye ponque el objetivo es elimina tanta proteina no deseada 0 no espectfica como sea posible, En un paso de puriftcacién exiteso, la peedida dle proteina no, fespecifica es rmucho mayor que la perdida de actividad; por ‘tanto, aun cuando la actividad total disminuye, la actividad os- pecifica aumenta. Los datos se revogen finalmente en una ta ‘bla de purificacion similar a la Tabla 35. Generalmente se 3.3 Trabajar con proteins 95 FIGURA 3-22. lectroforesshidimensional (Las protien o psran primera mediante enfoque ioskcrica en un gel llindico. A Continuaciin 4 extiende ol gel hovzontalmente sabre un segundo te en forma de planch,y fas protelnas se separen mediante electro forse get de poser co SDS. La sepracin hoizotal te ja las lferencias de pl: a vertical rete as diferencias on mca molecule.) liza et nies ve pueden separa mss de 1000 proteins dilerrtes de Ecol considera que una proteins es pura cuando pasos adieionales ide purificacién no consiguen aumentar su actividad espect fiea y cuando slo ve puede deteetar una especie proteica (te. Aliante elet2oforesis, por ejemplo) Enel caso de penvelnas que no sean engias, se requieren ‘otros meters ce eusntiieaci6n. Las proteinas de transporte pueden determinarse por su unin ala molécala que transpor- tan, y las hormonas y las toxins por os efectos biokigicos que sprodicen; por ¢jerplo, as hormvonas ce erecimiento estima el crecimiento de ciertas cétulas citivadas. Algunas protefnas festructurales representan una fracciGn tan grande de Ia masa ‘sul que pueden extraerse y purificarseticilmente sin nec sidad de un ensayo funcional, Los métodos son tan varlados FIGURA 3-23 Actividad frente a actividad expecifica. Se pure Me tra la diferencia entre sins das tminas considerando dos ecipien- tes 00n canicas. Aros contienen el mismo rémeno de canicas ras, pero cantidades diferentes de canéeas de otros colons, Si ve consi era que las canicas representan protenas, ambos recipients contle= nen la misma actvidiel de la proteina representala por Lae canicas ‘ojas, No obstnte, el sagunds nciplente tena ane sctiid espe fica mayor debi @ que las canicas sojas son wna fraceién mucho ‘mayor del rt 96 Capiulo’9_ Aminosicidos, péptides y protoinas RESUMEN 3.3 Trabajar con proteinas Las proteinase separan y purifican en fureién de diferencias en sus propiedades, Las proteinas se pueden preeipitar selectivamente mediante la adicidn de clestas sales. Existe uno amplia gama de métods una‘prueta muy importante de que in cluso las proteinas may grandes son entidades quimicas discretas con ua estructura nica, Esta conchusin revoucons el pensamlento vigente acerca de las proteins y sus fancones. Bn este eapttulo exploraremos la estructura tridimnensio. nal de las proteinas ponlendo énfasis en elno temas, En pri ‘er lugar, la estructura tridimensional de una proteina viene 116 ddeterminada por su geeueneia de aminageides, En segue ku- 2a, la Funcisarde una protelna depende de su estructura. En Lercer Ingar, Una proteina aislada adopta generalmente una ‘nica forma estructural o un pequerio numero de ellas, En CCuarto Ingar, las faorzas mus importantes que estabilizt ka es ‘ructura especiiica de una protelva son interacclones no cov lentes, Por dltimo, dentro del gran mimero de estructuras proteias tnicas, es posible reconocer algunos patrones es: tructurales comunes que nos ayudan a organizar nuestro co- ‘ocimiento Sobre la arquitectura de las proteinas. Bstos temas no deben entenderie en el sentido de que las Droteinas tengan estnicturae tridimensionales estaticase inv Fiables. La funcin de una proteina a menudo impone una ine terconversi6n entre dos a més formas estructurales. En los Capitulos 5 y 6 se abordaran los aspectos dindmicos de la es Uructura de las peoteinas. La relaciGn existente entre la secuencia de aminadcidos y Ia estructura tridimensional de una proteina constituye un in- Uuineada rampecabeass que se va solucionando graskualmente mediante el uso de la Wécnicas de la bloguimica morlerna. La ccomprension de la estructura es, a su vez, esencial para la dis- ccusion de la funcion en los prdximos eapitules, Podemos en contrat y entender los patrones dentro del laberinto bieguimico dela estructura de las proteinas aplicande los principios funda ‘mentales de la quimica ylafsiea, 4.1 Visién general sobre la estructura proteica Se denomina eonformacién « la dispasicién espacial de los ‘omos de una prateina, La posibles conformaciones de una proteina inchuyen cualquier estado estructural que ped lo arse sin romper enlaces covalentes, Un cambio de confor ei6n puede ser, por ejemplo, ef resultado de la rotacign alrededor de enlaces sencillos. De entre las mumerasas confor- ‘maciones teoricamente pasibles para una proteina que eon FIGURA 4-1 Estructura del enzima quimotripsina, una proteina glo- ular Las prodeinas son molécalas grandes yal como veremos, cada na tiene una estructura nica. Se muesta también una moécula le slicina (azul) para la comparacin de tamafos. Las estructura tridi- mensionals conocidas de protefoas se almacenan es el Prateia Data Bank o PDB wawuecsh orp Cada estructura tiene asignado un ientitcador de cuatro digtos Gnico, denominado 10 del POS. Allé donde sa necesario, proporeionacemos los 1D del POB para obtener imigenes moleculares de las figuras. La imagen que se muestra aqui se elaboes uslizande el archivo 6GCH del PDB, Los datos de los ar- chivos PDB coatienen una serie de coordenadas que detallan fs loca leacidn de los Stomos y su conectvidad, Para la viswalizactin de las imagenes soa necesatios programas graficos de uso Sei tales coma: RasMolo Chime, que convierten las coordenadas en una imagery peseiten que el usuirio manipule la estaictura er tres dimensiones. Fncontatéinstuceiones para inatalae Chime en las Fuori sobre es ‘wuctura end silo wa del libra de testo (asmmsnhtneeman.comfehin- {FE sie wab del PDB contiane inerucciones para a descarga de ‘ots vitualizadores. Animamod 3 todos ls asulantes a que apron chen los medlos puostosa su disposicién por el POR y por los page mas gatos de prificas molecular. tiene ciontos de enlaces sencillos, hay una o, més general mente, unas pocas, que predorninan en condiciones biokigicas. La necesidad de la existencia de maitiples conformaciones es- tables refieja los cambios que deben producirse en la mayor parte de proteinas cuando se unen a otras moléculas o catal- zan reaceiones. Las conformaciones existenies en unas condi- ciones determinadas son generalmente las mss estables ‘ermodtinsimicamente y las que poseen la menor energia libre 4e Gibbs (@). Las proteinas que se encuentran en cualquiera de sus conformaciones funcionales y plegadas se denorvinan pro toinas natives. {Qué principlos determinan eusles son las eonformacio- nes mas estables de una proteina? El conocimiento de la con formacidn de una proteina puede construirse paso a paso a partir de la discusin sobre la estructura primaria del Capitulo 3 y mediante la considieracién de las estructuras securslaria, ter- aria y cuaternaria, A este enfoque tradicional se debe afacir ‘un nuevo énfasis sobre las estructuras supersecundarias, unt cconjunto creciente ce patrones conocisos y clasificahies de plegarniento de proteinas que proporctona tn importante con- texto de onganizacién a este complejo esfuerzo, Empezarernos por establecer algunos principios indicacares, 4.1 Visién general eobee la estructura proteles 117 La conformacién de una proteina esta estabilizada principalmente por interacciones débiles Fin el contexto de la estructura de protetnas, el trmino esta- bilidad se puede definir como la tendencia a mantener la «onformaciin nativa, Las proteinas nativas silo son margina- mente estables. La AG entre los estados plegado y desplegado {te proteinas tipicas en condiciones fsinlaieas se encuentra ‘nel intervalo de tan slo 20 265 k/mol Un eacena polpep Xidica determinadla puede adoptar tedricamente ineontables 1mos buscar, pues, otras explieaciones para saber por qué la conformacion rativa de una proteina se encuerira favored a contribacidn de las interacciones dbilesa a estabili dad de las proveiras puede entenderse a partir dela conse- racifn de tas propiedad del agua (Capitulo 2). El agua pura contene ua red de moléculas de H,0 unias por puentes cle hdrogeno, Ninguna otra molécula ene el potencial de forma- 118 Captuiod Estructura tridimensional de las prote(nas, cin de enlaces de hidegeno que theme agua y otras molécullas presentes en tna soluci6m acuosa rompen las enlaces de hi ddrgene del agua. La optimizacin de ls enlaces de hidrégeno alrededor de una moléeulahitrofébica en medio acuoso forma luna eapa. de solvataetén dle agua altamente estracturada en su inmediata proximidad. Bl ineremento de] orden de las mo- léculas de agua en la capa de solvatacin tiene como conse- ‘cuercia un descenso desfavorable en la enteopéa del agua. Sin ‘embargo, cuando los grupos hidrofébices se agrupan se re- duce esta capa de snivatacion al no ofrecer cada uno de los, ‘grupos si entera superficie ala isoluciin. Como resultado de ello se produce un aumento favorable de la entropia. Como se decia en el Capitulo 2, el término-entrépico es la principal {fuerza motora termodinamica de la asoclaciit de ripas hidao- {dbioos en solucién acaiia- Por esta readin, bas cadens latera Jes hirofébieas de los aminodcidos tender a empaquetarse en linterior de la protetna, evitaneo su interaccién con el agua, En eoniiciones fsilégicas Ia fortacidn de puentes de hi: ddrogeno e interaceiones \6nieas-en una proteina san también, procesos dirighdos en gran medida por e] mismo efecto ente pico. Las grapos polares puesien formar normstmente enlaces «de hidrogena con el agua ¥ son solubles en ella. Sin embargo, eLauimero de puentes de hidrégeno por unidal de asa es e- neralmente mayor en el agua pura que en cualquier otro I ‘quido 0 disoluciém, por lo que existen limites: a la solubilidad de ineluso las moléculas ms poiares, a causa de ta cis clon neta de enlaces de hidrégenc por tniiad de masa cue 9¢ produce cuancla estén presentes, En consecuencia, y hasta cierto punto, también alrededor de las moléculas polares se formaré una capa de salvatacién dle agua estructurada. A pe- sar de que Ia eneraia de formactin dle enlaces de hidrgeno 0 interaecinnes inieas intramoleculares entre dos grupos pola res de una macromolécula se compensa en gran patte por la liminaciGn de las interaceiones entre estos mismos grupas y lagna, la esestructuracién del agua al producise a intorae- con intramolecilar proporciona una fuerza ertz6pica impul- sora del plegnmiento, La variacion neta de energialibre que se prortuce al formarse interacciones débiles en el interior de las proteinas es mayoritariamente ima consecuencia del aurnento de entropia ena sohicion acuasa circundane debido a la inte- lorizacidn ele superficies hidrofbicas, Esto contrarresta con freces la gran pérdlida de entropta conformactonal cuando el polipéptido queda limitado a une dinica eonformacin plegada, Las interacelones hidrofsbieas juegan un papel especial- mente importante en la estabilizacién dela conformacidn de Jas proteinas; 1 interior de una proteltia es generalmente un nwicleo densamente eripaquetado de cadenas laterals hicro- {obicas de aminndcidos, También es importante que cushquiee srupo polat 0 cargado situado en el interior de la proteina {eng cerca otros grupos adecuacos para el establecimiento de ‘enlaces de hidrogeno 0 interacciones iénicas. La contribuelén de un enlace de hirrigeno a la estabilidad de la estructura nae ‘va pareoe pequeta, pero la presencia de grupos con potencad de farmacién de puente de hidrdgeno o de grupos cargados sin Ja pareja adecuada en el interior hidrofdbica de la protein pueile ser tan eesestabilizunte que las conformaciones que Jos contienen son a menudo imposibes de adoptar termadind- micamente. La variain favorable de energia libre debida ala combinacion de este grupo con otro de la soluci6n. externa puede ser mayor que la diferencia de energia libre entre los estados plegado y desplegado, Adem, ls enlaces de hidré- eno entre grupos dela proteina actian cooperativanente. La formiacién de un enlace de hideégeno facilita la formacién de otros enlaces de hidrSgeno. Ain se esti evaluando cuales la contribuelém global ee ls enlaces de hidrégeno y otras inter- acciones no covalentes a la estabilizacién de la conformacion de una proteina, La interaccin entre grupos de carga opuesta fe Forman tn par iGnico (puente salino) también tiene efee- {os estabitzantes sobre uns 0 ms conformaciones nativas de algunas proceinas. La mayor parte de los modelos estructurales esbozados a Jo largo de este capitulo son refejo de dos regis simples: (1) Jos resdhos hidrofébicos se encucotra mayoritariamente se pltados en el interior de ln proteina, ejas de contacto con el ‘agua, y (2) se forma el mayor nimero posible de enlaces ce hi- drégeno dentro de la proteina. Las proteinas insolubles y las que se leaizan en membranas (analkcadas en el Capitulo 11) siguen regs ligeramente diferentes a causa de la funcidn que realizar o del entomo en el que se encuentran, pero Is interac tones débiles son también en estos easos elementos estructa- rales de importanefa ertea El enlace peptidico es plano y rigido @ Arcuitectura de proteinas~tstrueturaprimaria Los enlace covalentestarbién imponen trite impartantes alas posibies confermaciones de un polipéptido. A finales de la década de 199, Linus Pains y Robert Corey iniclaron una serie de e- tudios que sentaron las bases de nuestros conocimientas ac~ tnales sobre estructura proeica, mpezaron con un ands ‘idadoao del enlace peptidco, Los carbons a de aminod dios adyacentes se encueniran separados por tres enlaces ¢o- valentes, ordenados asi; €,—C—N—C,. Los extulios de Aifraciin de rages Xd eistles de amis yd dpe os ¥tripéptidos sencllos demostraron que el enlace pop dico C—N es algo més corto que el enlace C—N de una amina simple que los toms ascii con ol enlace son copies. “to nfcaba la exstencia de una resonant, es deci, ox seno carbonilico ¥ el nitrdgeno amida compartian parcial: mente dos pares de eleetrones (Fig. 4-28). Bl oxigeno tiene ‘una carga. negativa parcial yet ritigeno ‘una posit parcial formando un pequefodipoloeldctrico, Los ses étomos del ‘Brupo peptidiee ce hallin en clmismo plano, de md que el somo de oxigeno del grupo earbonilcoy el dtm de hide sno de rlséeno arniico se hallan entre ellos en posicion trans. Pula ¥ Corey conchiyeron que los enlaces peptiicos (CN no pueden sre iremente a esa ce su carter par ‘al de doble enlace. La rtaein es posible alrededor de los eices NC, ¥ C,—C. Et escuelet paieptitico deta po ‘teina puede visualizarse por tanto como una serie de planos ri- sicdos nla que tos planes conseeutivos comparten in punto cami de giro alrededor ele C, CPi. 4-20). Larder de tos elaces peptiios limita nimera ce conformaciones que urd adoptar una cadena poipepicticn @ Oo) FIGURA 4-2 1 grupo peptiice plano. (a) aes enlace peptsico tiene ‘earkclerparcal de doble enlace debi ala reionancia yno-puede gia. () Tres enlaces separan los carbonos « secvencllmente consecutivos en tuna cadena polipeptisiea. Los enlaces N—Cuy uC pueden rotary 50 Angulos de enlace se denominan g 94, rempectivamente, Elenlice peptiico C—N no puede oar ibremente. tos enlaces sencilos de a adena principal pueden tener también inpedida la rotacia, seat el tama carga de los grupos R. En ls. conformacion que se muestra, @ 47 tienen un valor de 180" (ode —180P), A mar desde un carbon, los Sngulos ¢ v¢ sumentaneuandi el srupa carboriloo los nirgenos amida,respectnamente, tan en sentido de as sguja de eo 4) Por conencién, se considera que los Angus yen un valor ‘de. 0" cuando los ds enlaces peptidics que anguean un carbono @ se encuentran en erin plano-y se colocan sein se muestra, Esta ‘conformactin no-es accsibe en a patna, pesto cue se prciucia ‘un solapamient estiica entre el oxigeno de un grupo a-carbonTico _yun tomo de hikégena del grupo warning, Pac ils Los ences entre stoma, Ls bolas que represeetan cada stomo son mis pequenas que el radio de van der Waals para esa excala,1.A = 0,4 em, -FIOURA 4-3 Representacim ele Ramchandra para lox residue de ILAla Las conformaziones de los ppt se definen pat les valores de $v. Hasindose en eilevios en os que se vlizan radios de van dat Wels y dnguos de en.ace.conacidos, las conformaciones consideradas posible san las que enatan poca o ninguna inererenciaestérica Las reas sombreadas de azul oscuro reflejan canformaciones sin _solapamiento estticoy portato estin totalmente pernitidas-el azul Bée intensidad rmecia indica conformaciones permiidas en lat ites os de contactos atnicos desiavorables el drew azul claro indica yaciones que estén permitidas Sse permite cierafesbiicad en sngulos de enlace. La estereoquimica de fos residuos -aminoscidos la asimetta de fa epesertacion, Las represertacianes para ors ues arinoscidos de la series sin rarnificaciones en sus cadens Jes son prcicamerte kicas Los margenes peemitides para residuos aminoscides ramificados tales como Vay ey Thr som is peauerios que para Ala. Et residvo de Gly el que tiene menos imentaseséricos, presenta un margen mucho més amplio de clones permits. EI mangen para las restuos de Pro esta muy ing debido ace ol valor de @ ext imitado a un marnen ent IS a BS" debido a sucadons lateral icica, (or ¥ (eras) aa ‘Vislén general sobre la estructura protelca 119 El axigeno carbonilio tiene carga parcial negative y e nltrigene amida carga percial positiva, io que da fugar a un pequeo dipolo ‘dctrieo. Pricticanente todos los enlaces Deptidieos de protetnas ve encuentran on ‘onfigurscida trans, aunque hay excepciones tomo Is representats on la Figues €-8b, 4180 120 Cantulo 4 Estructura tridimensional de tas proteinas Linus Pauling, 1901-1994 abet Corey, 1997-1971 Los fygulos de giro de los ences s¢ denaminan por con- vencidn ¢ (1) para el enlace N=C. y W (psi) para el enlace ,—C. También por comenelin, 9 Padquicren tn valor de 4187" cumno el polipéptio ests en ta conformmcion totalmente extendida y todos los grupos peptidicos estin en el mismo plana (Pig, 42b). En principio, 6 ¥ & pueden adoptar cur {quie valor entre — 1847 y 1807, pero muchos de estas valores zo 50m accesibles a causa de las interferencias estériens entre tomos del esqueleto polipéptitico y de ls carenas lterales de los aminodtdos. La conformaridn en la que ¢ y.pvalen es inaccesible (Pig, 4-2c); eate valor se usa coma punto de refe- enc para describ ls énguiosde giro. Los valores permits para 4 y 4 pueden visuilizarse grifieamente repeeseniando frente a 6, ea representacién de Ramachandran (Fg. 4-5), inrodueida por G.N, Ramachandran, RESUMEN 4.1 Visi6n general sobre la estructura posee un estructura tridinénsional, «que es un refleo desu fancion La estructura proceiea ost estabilizda par maltiples interaceiones débiles. Las interaeeiones hidratobicas son las que mis contribuyen ala estabilizacién de a formra globular de la mayorts de pros cme, los enlaces de hidrogens (las Interaeciones incase encuentran optimizadosen las estructura especiicas mds estables termosinimicamente La naturateza de Ins enlaces covalentes en el esqueleto polipeptidieo impone lmitaciones ala estructura, El enlace peptitico tiene un carieter de doble enlace Darcial que mantione a ls sei tomas del grup peptidino en una eonfiguracién plana rigida. Los enlanes N=C, y C=C puecen girur adoptando, respectivamente, diversos valores en los ingulos 6 4.2. Estructura secundaria de las proteinas Elsérmino estructura secundaria se reflere-a la conforma ion loeal de algunat partes del polipépttda, Normalmenite la discusidn de la estructura secundaria se centra en los patro nes de plegamiencoregulares comunes.de las ealenas polipep. Mitcas. Sélo unas cuantas estructuras secundarias son mary e5- tables y estan ampliamente distribuidas en las protefnas, Las ms destacables:som las conformacsones en hice a y'en fsque se deseriben a.continuacion, Ullizand los principio quimions fundamentales y unas cuantas observaciones experimentales Pauling y Corey predjeron, en LOGL, la existencia de estas es tructuras secundaria, algunos aiios antes de que se resolviera, 1a primera estructura proteies enters. La bélice «es una estructura secundaria habitual en protefnas G Arquitecura de proteinae— Métice Pauling y Corey subion de I importaneia de los enlaces de hidragen en ia orienta cin clo grupos quimiros polares ears ef C=O y el N—H del enlace peptidico. También eonoctan los resuitados experimen tales de Wiliam Astbury quien, en Ia déeada de 1960, habia Iievado a cabo un trabajo pionero sobre las proteinas con rayos: X. Astbury demostrd que la proteina que eonstituye las pias del puercoespin y el cabello (la proteina fibrosa a-queratina) Dosee una estructura regular que se repite cada 5,15 «5,2 A (ELangstram, A, nombre debidoal fisioo Anders 1 Anastrom, ef igual 0,1 nm). Con esta snformacidn y sus datos acerca