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La conquista del territorio signific el fin de una poca de poblamiento indgena que haba durado varios milenios. Despus de miles de aos de aislamiento, el territorio fue incorporado por la fuerza al Imperio espaol y convertido en colonia. El Imperio determin que el territorio que hoy ocupa El Salvador formara parte de la Capitana General de Guatemala, la cual dependa administrativamente del virrey de la Nueva Espaa. La poblacin nativa sobreviviente, diezmada por las guerras de conquista y por las nuevas enfermedades provenientes de Europa, pasaron a ser "indios" y su trabajo sera servir a sus conquistadores.2
Mestizaje y estratificacin social Durante el perodo colonial, se produjo un proceso de mestizaje entre indgenas, negros y espaoles. Para el momento de la Independencia, los mestizos constituan la mayor parte de la poblacin del territorio.2 La sociedad colonial salvadorea estaba fuertemente segmentada. Por un lado, exista toda una codificacin acerca de las relaciones entre los grupos tnicos. Exista el concepto que la posicin que una persona ocupaba en la escala social, deba estar de acuerdo con una supuesta mezcla de sangres. Mientras ms sangre espaola, mejor posicin, por ello los espaoles peninsulares ocupaban las posiciones de privilegio, en especial los puestos ms altos del gobierno colonial.2 La convivencia entre los diferentes grupos tnicos no fue del todo pacfica, muestra de ello es la rebelin de esclavos africanos acaecida en la Alcalda Mayor de San Salvador entre noviembre y diciembre de 1624 cuando se desempeaba como alcalde mayor Pedro Aguilar Lazo de la Vega, la sofocacin de la rebelin estuv a cargo del capitn Juan Ruiz de Villela, el cual logr con xito su cometido con un ejrcito conformado por contingentes de indgenas y soldados ladinos; los rebeldes capturados seran ejecutados en San Salvador en 1625.2 24 Incursiones piratas Durante la poca colonial ocurrieron tres incursiones de piratas en el actual territorio salvadoreos: el primero fue Sir Francis Drake el cual incursion en dos ocasiones en territorio salvadoreo (primeramente a inicios de abril de 1579 en el Golfo de Fonseca y posteriormente en 1586 en el puerto de Acajutla),8 el segundo fue el ingls Thomas Cavendish el cual ancl en el Golfo de Fonseca en julio de 1587, finalmente la tercera incursin de piratas en territorio salvadoreo fue la de un equipo francs liderado por Eduardo Davis, Tomas Eatan y William Dampier los cuales anclaron en el Golfo de Fonseca en julio de 1684 y saqueron el pueblo de Santa Mara de Meanguera provocando el despoblamiento del Golfo.25
Organizacin territorial en los primeros dos siglos de la colonia La Nueva Espaa (1535-1821) era el virreinato espaol que se extenda desde el Oeste de los Estados Unidos hasta Costa Rica en Centroamrica, teniendo su capital en la Ciudad de Mxico. De este virreinato dependa la Capitana General de Guatemala (comprendida por los actuales territorios de Guatemala, Costa Rica, El Salvador, Honduras y Nicaragua).26 Desde 1540 hasta 1580 el territorio que en el futuro sera El Salvador, estaba dividido de esta forma:
Alcalda Mayor de Sonsonate; cubra los actuales departamentos de Sonsonate y Ahuachapn; fue creado en 1540 siendo su primer alcalde Francisco de La Cueva, originalmente su capital estaba en Acajutla hasta 1556 cuando Sonsonate se convirti en su nueva cpital estando como alcalde mayor en ese momento Alonso de Paz Provincia de San Salvador; abarcaba toda la zona central y el Departamento de Santa Ana, su origen se remonta a la fundacin de la villa de San Salvador en 1528, sus gobernantes llevaban el ttulo de Justicia Mayor o Teniente de Gobernador, siendo el primero Diego de Alvarado. Provincia de San Miguel; se extenda en toda la zona oriental; su origen se remontan a la fundacin de la villa de San Miguel en 1530 siendo Luis de Moscoso su primer Justicia Mayor o Teniente de Gobernador.26 27
Desde 1534 cuando Pedro de Alvarado parti hacia Per, las provincias de San Salvador y San Miguel (esta ltima sera deshabitada en 1534 debido a que muchos de sus pobladores partieron en el viaje de Pedro de Alvarado hacia la actual Per, siendo posteriormente refundada por el capitn Cristbal de la Cueva en 1535) seran gobernadas por sus alcaldes ordinarios.27 En 1560 el rey de Espaa Felipe II se dio por enterado de que haba un corregidor en Usulutn el cual haba extendido su jurisdiccin a la Provincia de San Miguel y que los alcaldes mayores de Sonsonate se haban aadido la Provincia de San Salvador debido a la falta en ambas de justicia mayor y teniente de gobernador; por tal motivo Felipe II orden que tanto San Salvador y San Miguel se siguiesen gobernando por medio de sus alcaldes ordinarios. Posteriormente, en 1575 aparece un corregidor en Tecoluca, este cargo y el de corregidor de Usulutn no tuvieron continuidad.27 En 1579 se le dio el rango de Alcalda Mayor a la Provincia de San Salvador y se nombr como Alcalde Mayor interino a Diego Galn, el cual desempe ese cargo hasta 1580 cuando se lo entreg a Juan Cisneros de Reynosa (el cual haba sido nombrado Alcalde Mayor por el rey Felipe II), este a su vez entreg el mando en 1581 a Alonso de Nava. En el mismo ao de 1580 se incorpor la Provincia de San Miguel a la de San Salvador, quedando el territorio que conformara a El Salvador dividido nicamente en la Alcalda
Mayor de Sonsonate (conformado por el territorio antedicho) y la Alcalda Mayor de San Salvador.27 26