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Ligamiento y mapas genéticos

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos

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1

Objetivos tema 5: Ligamiento y cartografía genética (mapas)
Deberán quedar bien claros los siguientes puntos
•Los conceptos de ligamiento, recombinación y entrecruzamiento •Cómo calcular las frecuencias de recombinación en loci ligados •Construcción de mapas genéticos a partir de cruzamientos pruebas de 2 y 3 factores (puntos) •Interferencia y coeficiente de coincidencia •Demostración citológica del entrecruzamiento •Análisis de tétradas en hongos ascomicetos •Recombinación mitótica •Cartografía genética en humanos
Dr. Antonio Barbadilla

•Ligamiento y recombinación en bacterias y virus
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Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos

2

Ligamiento: Asociación de genes en el mismo cromosoma formando grupos de ligamientos
Ligamiento total A A a a B B b b a a A A B

B
b

Genotipo F1
Dr. Antonio Barbadilla

AB / ab

b Gametos (100% gametos parentales) 50 % AB 50 % ab Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 3

3

Antonio Barbadilla a a b b Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos Proporción 1:1:1:1 4 4 .-a b A A a a B B b b AB A A B B b b Ab A A aB a a 50% recombinanB tes B ab Dr.Segregación independiente (no ligamiento. 2a ley de Mendel) gametos Genotipos F1 A B -.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 5 5 .Mensaje: La frecuencia de gametos recombinantes (FR) debe estar entre el ligamiento total (0%) y la segregación independiente (50%) 0%  FR  50% Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 6 6 .Ligamiento: •Descubrimiento del ligamiento (Morgan con mutantes de Drosophila melanogater) Dr.

Antonio Barbadilla D: Dichaete 7 c: curved Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 7 .Mutantes de Drosophila melanogater Estudio del ligamiento con mutantes +: salvaje Cy: Curly sd: scalloped +: salvaje ap: aptera vg: vestigial dp: dumpy w: white sepia Bar Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 8 8 .Ligamiento: •Simbolismo del ligamiento Configuración en acoplamiento o cis -> AB/ab Configuración en repulsión o trans -> Ab/aB •Prueba de ligamiento: desviación de la proporción 1:1:1:1 en un cruzamiento prueba de un dihíbrido Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 9 9 .Grupos de ligamiento en Drosophila Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 10 10 .Ligamiento a nivel del DNA Haplotipo Dr.

Baa bb Cruzamiento prueba Gametos P F1 Ab aB Dr. Antonio Barbadilla ab Aa bb aa Bb aa bb A.Cruzamiento prueba: Genotipos P AA BB AB Aa Bb Gametos AB aa bb ab X ab Aa Bb A.bb aa Baa bb 11 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 11 Fenotipos Genotipos .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 12 12 .Mensaje: El cruzamiento prueba permite inferir las proporciones de los gametos que se forman en el doble heterocigoto Dr.

Antonio Barbadilla ab Ab aB Gametos parentales Gametos recombinantes Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 13 13 .Recombinación: la generación durante la meiosis de genotipos haploides distintos de los genotipos parentales Gametos P AB ab F1 Aa Bb AB Gametos Dr.

Recombinación: •Recombinación intercromosómica: genes (loci) en diferentes cromosomas (leyes de Mendel) Genotipos F1 A B -. Antonio Barbadilla •Recombinación intracromosómica: genes situados en el mismo cromosoma ---> Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos Entrecruzamiento 14 Proporción 1:1:1:1 14 .-a b A A a a B B b AB Ab aB A A A A a a a a B B b b B B b b 50% recombinantes b ab Dr.

Entrecruzamiento (Crossover): El intercambio de cromátidas no hermanas entre cromosomas homólogos durante la meiosis por un proceso de rotura y reunión del DNA Cromosomas en la meiosis Meiosis sin entrecru zamiento entre los genes Meiosis con entrecru zamiento entre los Dr. Antonio Barbadilla genes 15 Productos meióticos A A a a B B b b A A a a B B b b A A a a B B b b A A a a B b B b Recombinantes 15 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos .

Meiosis y entrecruzamiento Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 16 16 .

Entrecruzamiento visto mediante microscopía electrónica Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 17 17 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 18 18 .Entrecruzamiento visto mediante microscopía electrónica Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 19 19 .Entrecruzamiento en el nivel del DNA Dr.

Migración ramal Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 20 20 .

Sturtevant (1913). Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 21 21 . La distribución y el orden lineal de los genes se pueden establecer experimentalmente mediante el análisis genético Dr.Cartografía genética: La cartografía genética asigna el lugar cromosómico de un gen (o locus) y su relación de distancia con otros genes (o loci) en un cromosoma dado A.

depende de la distancia entre genes A B C Dr.m.Supuesto: las frecuencias de entrecruzamiento. Antonio Barbadilla Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.) o el centimorgan (cM) --> La distancia entre genes (loci) en los Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 22 que la frecuencia de recombinación es del 1% 22 . y por tanto la frecuencia de recombinación.

Antonio Barbadilla 4 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 23 23 .Meiosis 1 A C B C 2 3 Dr.

•Mayor distancia entre loci --> Mayor número de entrecruzamientos •Más Entrecruzamientos ---> Más Recombinación A mayor frecuencia de recombinación mayor la distancia entre loci El número de etrecruzamientos por meiosis y por cromosoma se puede representar por una distribución aleatoria de Poisson. Antonio Barbadilla e  f (i )  i! 24  i 1 FR  (1  e  ) 2    ln(1  2 FR) Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 24 . con media  Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 25 25 .Mapa a partir de cruzamientos prueba de dos puntos (dos loci en el mismo cromosomas) Se determina la distancia 2 a 2 entre loci y éstas se suman para estimar la distancia genética total de un cromosoma A B Dr.

Antonio Barbadilla Ejemplo: pr pr vg vg 26 1339 1195 151 154 ____ 2839 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 26 .Experimento de Morgan pr = Ojos Púrpura vg = Alas vestigiales Ambos alelos son recesivos respecto al salvaje P F1 pr+ pr+ vg+ vg+ X pr pr vg vg pr+ pr vg+ vg X Fenotipos F 2 pr+ vg+ pr vg pr+ vg pr vg+ Dr.

y la proporción no es predecible a priori porque depende de la distancia entre los genes estudiados •Las dos clases mayoritarias corresponden a los gametos no recombinantes (parentales). Una unidad de mapa o centimorgan (1cM) = 1% de recombinantes •Se ordernan tres genes cuyas distancias se han medido dos a dos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 27 Dr.Metodología •Normalmente heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> AB/ab X ab/ab •No se observa en la F2 la proporción fenotípica 1:1:1:1. y las minoritarias a los recombinantes (no parentales) •La frecuencia de recombinación (recombinantes/total X 100) refleja la distancia genética entre los dos genes. Antonio Barbadilla 27 .

Antonio Barbadilla vg 28 10.107 = 10. Un test de 2 es muy significativo FR = 305/2839 = 0.7 cM pr Dr.7 cM Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 28 .Fenotipos F 2 pr+ vg+ pr vg pr+ vg pr vg+ 1339 1195 151 305 154 ____ 2839 Proporción no 1:1:1:1.

Orden de los genes Se han estudias tres pares de genes y estas son las distancias entre ellos: distancia A-B = 12. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 29 29 . y distancia A-C = 5 ¿Cuál es el orden de los genes? Las distancias deben ser aditivas y consistentes entre sí Supongamos las tres ordenaciones posibles Dr. distancia B-C = 7.

Antonio Barbadilla 7 C 5 12 C B 7 Aditividad 30 C B Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 30 .Orden de los genes Ordenaciones posibles Caso 1: Marcador A está en el medio: B B 7 12 A A C 5 C Caso 2: Marcador B está en el medio: A B B 12 A C 5 Caso 3: Marcador C está en el medio: A A Dr.

9 pr Dr.5 c 31 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 31 23.7 Distancia experimento dos puntos b-c .Las distancias de mapa no son completamente aditivas A B C FR = x A FR = y C FR < x + y 25. suma (b-pr) + (pr-c) b 5.4 La mejor estima distancia. Antonio Barbadilla 19.

Cuanto más lejos están los marcadores peor es la estima •La frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50% Dr. subestimándose la distancia A y C A B C A A a a B b B b C C c c a b c •La relación entre la distancia real de mapa (número de entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinación entre dos marcadores o loci no es lineal.5 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 32 32 . Antonio Barbadilla FR  0.Relación entre frecuencia de recombinación y entrecruzamiento (o distancia real de mapa) Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan en un cruce de dos puntos.

pues corrige los intercambios (entrecruzamientos) no detectados 50 FR observada (%) 40 30 20 10 1  FR  (1  e ) 2 =1 =2 =3 =4 Número medio de entrecruzamientos por meiosis Dr.Función de mapa Es una función que permite estimar la distancia de mapa mejor que empleando solamente la frecuencia de recombinación. Antonio Barbadilla Zona de linealidad 33 50 100 150 200 Tema 5: reales Ligamiento y mapas genéticos Unidades de mapa 33 .

la FR máxima es 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 34 34 . a+.¿Por qué la frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%? Demostración 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b Dr. ++. es como si segregaran independientemente ambos loci. Luego. ab. Antonio Barbadilla Es igual de probable cualquier combinación. +b.

Antonio Barbadilla FR promedio de un doble entrecruzamiento = 8/16 = 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 35 35 .¿Por qué la frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%? Demostración 2: caso completo para 1 ó 2 entrecruzamientos Dr.

el gen del medio es el que está cambiado Dr. no se observa en la F2 la proporción fenotípica 1/8 para cada tipo de gameto •Se agrupan las clases recíprocas (aquellas que tienen un fenotipo mutante en el par recíproco. como el par de fenotipos fenotipos ABC-abc ó Abc-aBC.Mapa a partir de cruzamientos prueba de tres puntos (tres loci en el mismo cromosomas) Metodología •Triple heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> ABC/abc X abc/abc •Si hay ligamiento. Antonio Barbadilla •Distancias de mapa: a la distancia entre genes consecutivos debe Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 36 sumarse las frecuencias de los dobles entrecruzamientos 36 A B C . Las clases recíprocas deben ser de frecuencia parecida •Orden de los genes: •Los fenotipos no recombinantes (parentales) son los más frecuentes •Los fenotipos menos frecuentes resultan de un doble entrecruzamiento •Al comparar los fenotipos no recombinantes con los doble entrecruzados.

alas curvadas Los tres alelos son recesivos respecto al salvaje P F1 b+ b+ pr+ pr+ c+ c+ X bb prpr cc b+b pr+ pr c+ c X bb pr pr vg vg Si no están ligados 1/8 bb prpr cc 1/8 bb prpr c+c F2 1/8 bb pr+pr cc 1/8 bb pr+pr c+c 1/8 b+b prpr cc 1/8 b+b prpr c+c Dr. c = curved. pr = Ojos Púrpura.Tres mutantes marcadores b = Cuerpo negro. Antonio Barbadilla 1/8 b+b pr+pr cc + + + 37 1/8 b b pr pr c c Si están ligados 1/2 bb prpr cc 1/2 b+b pr+pr c+c Ejemplo: Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 37 .

9% 3550 23. Antonio Barbadilla 15 000 887 5.curved b+b pr+pr c+c bb prpr cc b+b prpr cc bb pr+pr c+c b+b pr+pr cc bb prpr c+c b+b prpr c+c bb pr+pr cc 5701 5617 388 367 1412 1383 60 72 388 367 60 72 1412 1383 60 72 2927 19. purp.7% 38 El gen pr está en el medio Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 38 . cur Purp.curved Black Curved Black.Resultados del cruzamiento prueba. F2 Fenotipo Genotipo Número Número de recombinantes entre b-pr pr-c b-c Salvaje Black.purp Purp Black.5% 388 367 1412 1383 Total Porcentaje Dr.

Tetrada meiótica Entrecruzamiento entre b y pr Gametos b b b+ b+ pr pr pr+ pr+ c c c+ c+ b b b+ b+ pr pr+ pr pr+ c c+ c c+ Doble entrecruzamiento en la región b-pr-c b b b+ b+ Dr. Antonio Barbadilla pr pr pr+ pr+ c c c+ c+ b b b+ b+ pr pr+ pr pr+ c c c+ c+ 39 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 39 .

Mapa genético de los marcadores La mejor estima distancia entre los extremos es la 25.4 suma (b-pr) + (pr-c) b 5. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 40 40 .9 pr 19.7 Distancia b-csin considerar los dobles recombinantes Dr.5 c 23.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 41 41 .Coeficiente de coincidencia: mide si los entrecruzamientos son independientes entre sí •Si los múltiples entrecruzamientos suceden independiemente los unos de los otros. dobles disminuidos •Si CC > 1. la frecuencia de los dobles entrecruzamientos será al producto de la frecuencia de los intercambios sencillos •Coeficiente coincidencia (CC) = (número de dobles entrecruzamientos observados)/(número de dobles entrecruzamientos esperados) •Si CC < 1. dobles incrementados •Interferencia: 1 .CC Dr.

Mapa de ligamiento parcial de los 4 cromosomas de Drosophila melanogaster Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 42 42 .

Mapas genéticos (de recombinación) versus mapas físicos Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 43 43 .

Antonio Barbadilla • Describir Ias tasas de recombinación a lo largo del genoma • Predecir la transmisión genética de un gameto • Localización de genes que influyen el fenotipo (QTLs) • Marco de referencia para cartografía física • Marco de referencia para la cartografía de genes asociados a enfermedades Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 44 44 .Importancia mapas de recombinación Dr.

2 x 105 pb 2.7 x 107 pb Nemátodo 8.3 x 109 pb Mujer 3.5 x 107 pb 9.0 x 104 pb 1.2 x 106 pb Levadura 2.0 x 107 pb 3.0 x 109 pb Humanos Varón 3. coli 4.3 x 106 pb 1.2 x 107 pb 2.3 x 109 pb Dr. Antonio Barbadilla 800 1750 4200 1000 320 280 1700 2809 4782 200 pb 2400 pb 5000 pb 27000 pb 250000 pb 500000 pb 1800000 pb 1200000 pb 700000 pb Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 45 45 .Mapas genéticos versus mapas físicos Frecuencia de recombinación por unidad de DNA Especies Tamaño haploide Unidades de mapa del genoma Tamaño de la unidad mapa Distancia media entrecruzamientos consecutivos 1.4 x 108 pb Ratón 3.6 x 105 pb E.5 x 105 pb 1.0 x 107 pb Hongo 2.0 x 107 pb 6.5 x 107 pb Fago T4 1.0 x 107 pb Mosca de la fruta 1.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 46 46 .Análisis de tétradas Los hongos ascomicetos retienen los cuatro productos haploides de cada meiosis en un saco denominado asca Dr.

permitiendo estudiar aspectos básicos de la genética de la meiosis (un proceso central de la biología de los eucariotas) •Cartografiar los centrómeros como si fuesen loci •Investigar la posibilidad de interferencia de cromátida •Examinar los mecanismos de entrecruzamiento Ustigalo hordei Neurospora Aspergillus Coprinus (basidio nidulans crassa Lagopus Ascobolus miceto) (basidiomiceto) immersus Saccharomyces cerevisiae Tétradas Dr. Antonio Barbadilla Octadas Tétradas Octadas No ordenadas Patrones distintos de ascosporas y ascas en Lineales Neurospora Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 47 47 .Hongos ascomicetos Estos organismos son únicos porque se puede analizar meiosis individuales.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 48 48 .Meiosis y mitosis postmeiótica en la tétrada lineal de Neurospora Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 49 49 .Distancia de un locus al centrómero en Neurospora No recombinación entre el locus y el centrómero 4:4 Dr.

Recombinación entre el locus y el centrómero 2:2:2:2 Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 50 50 .

la distancia de mapa (medida como frecuencia de Tema Ligamiento y mapas genéticos 51 recombinación) será 14/2 = 7 unidades de mapa ó5:cM 51 . Antonio Barbadilla recombinantes.Distancia de un locus al centrómero: estímese el porcentaje de tétradas que muestran patrones de segregación en la segunda división para ese locus y divídase por 2 Patrones MII = 9 + 11 + 10 + 12 = 42 o sea 14% Puesto que sólo la mitad de los cromosomas que sufren entrecruzamiento son Dr.

Antonio Barbadilla 52 52 .Demostración citológica del entrecruzamiento Técnica de cromosomas arlequinados •Demuestra el intercambio de cromátidas •Coincidencia entre quiasma y lugar de intercambio •La existencia de recombinación mitótica Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos Dr.

Retinoblastoma hereditario por entrecruzamiento mitótico Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 53 53 .

Retinoblastoma hereditario por entrecruzamiento mitótico
R R

r
r R r R r

Mitosis
R R
Célula normal R/R

r r
Dr. Antonio Barbadilla

Célula retinoblastoma r/r
Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 54

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Cartografía en humanos
Mapas genéticos (de recombinación)
•Herencia ligada al cromosoma X •Marcadores polimórficos asignados a colecciones de familias (CEPH). •alozimas •DNA (RFLPs, microsatélites, RAPDs,...) •La caza de genes asociados a enfermedades

Mapas físicos
•Métodos especiales de cultivo celular: hibridación de células somáticas •Hibridación in situ de sondas de DNA en cromosomas metafásicos •Secuenciación del DNA

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos

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Cartografía genética en humanos
Estudios familias •Herencia ligada al cromosoma X marcadores clásicos •Autosómicos marcadores clásicos

•Cartografía marcador-enfermedad
•La caza de genes asociados a enfermedades

•Cartografía marcador-marcador
•Estudios marcadores polimórficos asignados a colecciones de familias (CEPH). DNA (Microsatélites, RFLPs, RAPDs,...)
Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos

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nih. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 57 57 . The Cooperative Human Linkage Center http://lpg.Mapa genético de alta resolución del Cromosoma 1 Homo sapiens.gov/CHLC/ Dr.nci.

Cartografía a través de la herencia ligada al cromosoma X (359 loci se han asignado al X) Xg Proteína grupo sanguíneo Ictiosis (un efermedad de la piel) Albinismo ocular Angioqueratoma (crecto celular) Centrómero Fosfoglicerato-quinasa Alfa-galactosidasa Xm Deutan (ceguera color rojo-verde) G6PD Protano (ceguera color rojo-verde) Hemofilía A Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 58 58 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 59 59 . conjugación. transducción y sexducción en bacterias y recombinación vírica •Conjugación •Ciclo biológico de fagos Dr.Ligamiento y recombinación en bacterias y virus Procesos sexuales en bacterias y virus: Transformación.

Procesos sexuales en bacterias y virus Transformación Proceso sexual: combinación del material genético de dos individuos distintos Conjugación Recombinación vírica Transducción Dr. Antonio Barbadilla Sexducción Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 60 60 .

Incorporación del material genético por transformación Se requiere un doble entrecruzamiento para la transformación Ejemplo del uso de la fecuencia de transformación para estimar distancias genéticas: Una cepa his+ met+ se transforma con his.met+ Distancia entre ambos genes = 28 hist+ met194 hist. Antonio Barbadilla 61 .met34 hist.met.(transformantes sencillos/total transformantes) = (34 + 28 )/(34 + 28 + 194) = 0.24 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 61 Dr.

Conjugación bacteriana Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 62 62 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 63 63 .Cinética conjugación bacteriana Dr.

Conjugación. recombinación y mapas Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 64 64 .

Mapa bacteriano por conjugación. Dr. Antonio Barbadilla Unidades en minutos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 65 65 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 66 66 .Virus bacteriófagos: •Fase lítica o infecciosa •Fase lisogénica (la bacteria o huésped lisogénico y el fago temperado) Dr.

Virus bacteriófagos: Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 67 67 .

Transducción: •Especializada o restringida •Generalizada Dr. Antonio Barbadilla Recombinación bacteriana por transducción Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 68 68 .

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