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Primer Taller QOA 20313

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UNIVERSIDAD DEL CAUCA FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES, EXACTAS Y DE LA EDUCACIÓN DEPARTAMENTO DE QUÍMICA QUÍMICA ORGÁNICA AVANZADA PORTILLA O.M. 1.

Compuestos orgánicos usados como indicadores bioquímicos FUCSINA

Las paredes celulares de ciertos parásitos y bacterias contienen ácidos grasos (ácidos micólicos) de cadena larga (50 a 90 átomos de carbono) que les confieren la propiedad de resistir la decoloración con alcohol-ácido, después de la tinción con colorantes básicos. La coloración clásica de ZiehlNeelsen (que incluye Fucsina y azul de metileno) requiere calentamiento para que el colorante Fucsina atraviese la pared bacteriana que contiene ceras. Al suspender el calentamiento y enfriar con agua, provoca una nueva solidificación de los ácidos grasos de modo que el colorante ya no puede salir de las bacterias. Las bacterias que resisten la decoloración son de color rojo y las que no, se ven de color azul ya que se utiliza azul de metileno como tinción de contraste 2,6-DICLOROFENOL INDOFENOL (DCPIP)

Se trata de un colorante redox, usado en la determinación de la velocidad de las reacciones lumínicas como la fotosíntesis, ya que se trata de un aceptor de electrones, de color azul cuando se encuentra en su estado oxidado e incoloro cuando se reduce. La velocidad de la reacción fotolumínica de la fotosíntesis puede ser cuantificada por ésta propiedad dado que una de sus

La cantidad de DCPIP reducida puede ser cuantificada por la absorbancia de la solución en un espectrofotómetro. AZUL DE TRIPANO Ácido (3Z. La safranina se usa como líquido de contraste en algunos protocolos de tinción. También para detectar cartílago.3'-dimetilbifenil-4.8-dimetIl-5-fenilfenazinio Este colorante se utiliza en la Tinción de Gram para proporcionar un color violeta más intenso a las bacterias Gram+ y tiñe de rosa a las bacterias G-. mucina y gránulos de mastocitos. las células vivas.7-diamino-2.3'-[(3. no son teñidas por este compuesto dado que no .4'-diil)di(1Z)hidracin-2-il-1-ilideno]bis(5-amino-4-oxo-3. SAFRANINA Cloruro de 3. la cadena de transporte electrónico que termina con la reducción del NADP +. Cuando el DCPIP está presente.4-dihidronaftaleno-2.3'Z)-3. se reduce por la reacción lumínica. coloreando el núcleo celular de rojo. basado en la exclusión de pigmentos por las células vivas.etapas involucra.7disulfónico Es un pigmento usado para la determinación de la viabilidad celular. en histología y en citología.

3A. por su fuerte coloración es también usado como agente en la inspección por líquidos penetrantes en superficies de diferente tipo de materiales. 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1. 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1. Eric De Clercq. Stables. Jeyabalan Govindasamy .54. Christophe Pannecouque. Govind Mohan.4-dihydro-3H-indeno[1. JACS. 1977. Madrid . Vol. por el contrario las células muertas aparecen teñidas de color azul.5%.puede atravesar la pared celular.2-c]pyrazole-2-carboxamide/carbothioamide analogues. POMA analyses as new efficient bioinformatics’ platform to predict and optimize bioactivity of synthesized 3a.2C]PIRAZOL-2-CARBOXAMIDA (1) 3A. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 22 (2012) 7029–7035 1 2 .S Teaching bio-organometallic chemistry.1 2. Thayer J. Ediciones Días de Santos. son ampliamente estudiados debido a su posible uso como agentes antimicrobianos y antivirales3 Julio Coll Morales. Compuestos orgánicos usados como medicamentos MERCURIOCROMO Fue desarrollado para el tratamiento de infecciones internas actualmente es utilizado como antiséptico 2 en soluciones del 1 al 2. Habibullah Khalilullah.2C]PIRAZOL-CARBOTIOAMIDA (2) Estos derivados de pirazolina. No 11. 3 Mohamed Jawed Ahsan . 1993. Técnicas de Diagnóstico en virología.James P.

5aR. que ha sido aislado en Tripterygium Wifordii.15a.8-dimetildodecahidro-1H-6a.13bS.12R.15aR. 4 John Wing Shing Ho. Bioactive Herbal Alkaloids as Anti-Infective Agents. TRIPTERFORDINA (4R. Anti-Infective Agents.16-hexametilicosahidro-1H-3.9a.8R. 2013.11b(metanooximetano)ciclohepta[a]naphtalen-14-ona Al igual que el ácido salaspérmico muestra poder anti-replicatorio en células de linfocito H9 con un EC50 de 1µg/mL3. Otros compuestos como los gránulos de Salvia Plebeia.11aR.4aS.5ametanocriseno[2. 11.6aS.1-c]oxepin-12-carboxílico Se trata de un ácido triterpénico.7bR.9R.12.13b. Este ha mostrado tener poder inhibitorio en la replicación del VIH en células de linfocito H9. 70-74 .9aS.9-metano-4.11bR)-8-hidroxi-4. han mostrado tener una actividad antibacterial contra las infecciones del tracto urinario4.ÁCIDO SALASPÉRMICO ácido (3S.16R)-3-hidroxi-7b.

Diseño de herramientas bioquímicas para la ingeniería molecular de derivados inmovilizados de renina y β-galactosidasa.ZANAMIVIR Ácido (2R.3-trihidroxipropil)-3. proteínas y ácidos nucleicos 1.4-dihidro-2H-piran-6-carboxílico Es un inhibidor de la neuraminidasa (NA). 1996.4S)-4-guanidino-3-(prop-1-en-2-ilamino)-2-((1R. agarosas. Pharmaceutics 2011. por lo que se suministra en forma de spray. es decir. Arik Dahan. Mol. Enhancing the Intestinal Membrane Permeability of Zanamivir: A Carrier Mediated Prodrug Approach. 3. Amidon.4-BUTANODIOL-DIGLICIDOXIÉTER (BDE) 1. Yasuhiro Tsume.3R. Sheeba Varghese Gupta. silicatos de aluminio.2R)-1.4-bis(oxiran-2-ilmetoxi)butano Corresponde a un brazo espaciador para la inmovilización de enzimas. 2358–2367 6 Guadalupe Pensol Alonso. Memoria para optar al título de Doctor en Farmacia Universidad Complutense de Madrid. Kyung-Dall Lee y Gordon L. y óxidos metálicos6. 5 .7. Deepak Gupta. el cápside del virus de la gripe común de ésta forma es capaz de aislar el sitio activo de la proteína del virus impidiendo que salga de su célula huésped lo que previene su dispersión sin embargo su absorción intestinal es bastante baja. las dextranas. Compuestos orgánicos usados en la inmovilización.2. 8. como el vidrio poroso. Se usa para fijar enzimas en diferentes soportes que no cuentan con grupos activos. esto ha llevado a investigar sus prodrogas a partir de su condensación con aminoácidos5. una molécula bifuncional la cual puede enlazarse en un extremo a una superficie. y con el otro extremo enlazarse a la enzima u otra molécula afín. separación y precipitación de enzimas. John Hil finger. Jing Sun.

4. 7 . En estudios recientes 8 . proteínas.3. quitina y quitosano. insulina. Inmovilización de pectinasas y/o celulasas y determinación de algunos de sus efectos en el jugo de guayaba . 8 Bartosz Adamczyk. Aino Smolander.4. es conocida su propiedad de precipitar proteínas. poliaminas. Soil Biology & Biochemistry 43 (2011) 628-637. sin embargo. Luis rolando Díaz Alzate. péptidos y compuestos nitrogenados.3S. Sylwia Adamczyk.4S. Francisco Javier Arias Vargas. por lo que puede ser aprovechado para controlar la relación de nitrógeno en el suelo ya que modula la precipitación de los compuestos nitrogenados y variados usos analíticos que involucren la separación de estos compuestos.6-pentail pentakis(3. Veikko Kitunen.ÁCIDO TÁNICO (2R. 2002. bases nitrogenadas. Trabajo de grado para optar al título de ingeniero químico Universidad Nacional de Colombia. muestran que el ácido tánico es capaz de precipitar arginina. astringente y antiinflamatorio.5.5R.5-trihidroxibenzoil)oxi)benzoato) Este compuesto ha sido ampliamente usado en el curtido del cuero.4-dihhidroxi-5-((3.6S)-tetrahidro-2H-piran-2. Tannic acid and Norway spruce condensed tannins can precipitate various organic nitrogen compounds .

6-dicloro-1. Vol. amino(4-((4-((4. Nicolas P. Burton. piridoxal fosfato. debido a que los cromóforos cargados de éstos ligandos mimetizan el enlace natural de heterociclos aniónicos como el NAD +. 9 .10dihidroantraceno-2-sulfonato) Para la cromatografía de afinidad se necesitan ciertos ligandos que correspondan con las conformaciones específicas de proteínas o enzimas que vayan a ser separadas. NADP+. 1992. Los ligandos derivados de antraquinona tienden a ser aniónicos.5-triazin-2-il)amino)-N. Wendy K. PIGMENTOS BIOMIMÉTICOS BENZAMIDINO-TRIAZINA 2.Ntrimetilbenzenaminio Christopher R. 1. Coenzima A. Thomas.N. Burton.3.3. TIBTECH. ATP. Designer dyes: “biomimetic” ligands for the purification of pharmaceutical proteins by affinity chromatography. Pittis and Jeanette A. Steven J. 10. folato.TINTES DERIVADOS DE ANTRAQUINONA (Derivados de 1-amino-4-((4-((4-cloro-6-(Fenilamino)-1.5-triazin-2-il)amino)-3-sulfonatofenil)amino)-9. Jennifer M.5-triazin-2-Il)amino)-2-metilfenill)diazenil)fenil)metani minio 4-((4-((4-((4-(amino(iminio)metil)fenil)diazenil)-3-metilfenil)amino)-6-cloro-1.3. Esto hace que permitan ser específicas para la purificación del la alcohol deshidrogenasa del hígado (ADH) del hígado de caballo y la fosfatasa alcalina de los intestinos de vaca. Alderton. Lowe.10-dioxo-9. oligonucleótidos y polinucleótidos9.

Melissis. 20: 1109–1115 (2006) 10 . se encuentra también otra proteasa conocida como calicreína.E. V. Lingyun Jia. producto metabólico de las bacterias intestinales.12S. éste compuesto se soporta en geles Sepharose CL-4B. generando un producto 99% libre de actividad contaminante de tripsina10.14S.D. Screening and chromatographic assessing of a novel IgG biomimetic ligand.91X106 y una capacidad máxima de adsorción de 17. Gogolas. Ésta forma inmovilizada enlaza a la calicreína de un extracto pancreático crudo con un rendimiento del 79%.Ph. Clonis. C.3mg IgG/mL de gel. Y. Journal of Chromatography A. Honglin Li y Xicheng Wang.17R)-3. El análisis de las isotermas de enlace para el adsorbente indica una constante de asociación (Ka) entre este ligando y la IgG de 4. S.10S. N. Chromatogr. Biomed. la calicreína no lo hace. es usado como detergente en procesos de precipitación de proteínas. La IgG puede obtenerse co un pureza del 98%11. Kotsira.13R. 891 (2000) 33–44 11 Hongqin Feng. Labrou.9S. por tal razón se desarrollan ligandos bicatiónicos como B. Mazitsos. N-BENCILOXICARBONIL-L-TIROSINA Bencil (3-(4-hidroxifenil)-1-(1H-imidazol-1-il)-1-oxopropan-2-il)carbamato Este es un ligando utilizado en la cromatografía de afinidad para la purificación de IgG (inmunoglobulina G) del plasma humano. G. por eso para su separación se hace necesario un ligando que no sea afín ni a la tripsina ni a la quimiotripsina.8R.En los extractos pancreáticos además de tripsina y quimiotripsina.13 dimetilhexadecahidro-1Hciclopenta[a]phenantren-17-il)pentanoico Es un ácido biliar. ÁCIDO DESOXICÓLICO (DOC) Ácido (R)-4-((3R.12-dihidroxi-10.5R. Biomimetic dyes as affinity chromatography tools in enzyme purification. mientras que la tripsina se adsorbe sobre el tinte monocatiónico inmovilizado A.

Qualtiere. product information. No. Anderson. es también usado como humectante en medios de cultivo antes de la realización de tinciones 13. Además. lo que alteraría la determinación de trazas en espectroscopia de masas de la disolución resultante. The journal of immunology. Esto ocurre porque el SDS se une a las zonas apolares del polipéptido. desnaturalizándolas. Vol. Amil G. 119. provocando que estas moléculas proteicas pierdan su conformación nativa. la cantidad de SDS unido es similar para muchas proteínas: una molécula de SDS por cada dos residuos aminoácidos. proteínas cromosómicas. El SDS actúa rompiendo enlaces no covalentes en las proteínas. Louis F. November 1977 13 MSDS. DODECILSULFATO DE SODIO Es un surfactante del tipo iónico usado en la preparación de proteínas para electroforesis en gel de poliacrilamida (SDS-PAGE). y Paul Meyers. no obstante debe usarse a la concentración mínima posible con el objeto de no contaminar la muestra. Sigma. TRITON X-100 t-octilfenoxipolietoxietanol Se trata de un surfactante no iónico. y varias enzimas enlazadas a membranas12. 5.Principalmente para solubilizar membranas celulares y virales con el objetivo de aislar y caracterizar ciertos antígenos. Effects of ionic and nonionic detergents on antigen antibody reactions. se usa frecuentemente como un auxiliar de disolución para proteínas integrales en medios acuosos.Aldrich 12 . antígenos de linfocitos. Triton X-100.

wikipedia. Eur. 214 (2):459. CHAPS 3-[(3-Colamidopropil)dimetilamonio]-1-propanosulfonato CHAPS es un detergente zwitteriónico usado para solubilizar macromoléculas biológicas tales como proteínas. [En línea]. a la masa molecular de la proteína. En este caso siendo mimético a un residuo de tirosina. product information. Ello proporciona al polipéptido una carga negativa que resulta proporcional a la longitud de la cadena (el número de aminoácidos) y. etc. Marzo de 2013. deshidrogenasas. Los rellenos de ATP-Agarosa pueden enlazar a proteínas de enlace del ATP como quinasas.correspondiendo a unos 1.org/wiki/Dodecilsulfato_s%C3%B3dico 15 MSDS. Sigma. Es usado como un solvente no desnaturalizante en los procesos de purificación de proteínas y es especialmente usado en la purificación de proteínas de membrana. Para soportarse se utilizan brazos espaciadores consistentes en 10 grupos metilenos.Aldrich 16 Haystead et al. hace que este material esté disponible para las tirosina quinasas (aunque las serina/treonina quinasas también podrían unirse)16. por tanto. (1983) Gamma-phosphate-linked ATP-sepharose for the affinity purification of protein kinasesrapid purification to homogeneity of skeletal muscle mitogen-activated protein kinase kinase. 14 . disponible en la web: http://es. Este aporte de carga negativa es sustancialmente mayor que la carga original de la proteína. CHAPS puede ser usado también puede usarse junto con detergentes no iónicos tales como el Tritón X-100 15 γ-AMINOFENL-ATP (AC-101) El AP-ATP es inmovilizado sobre un gel de agarosa por la función fenilo con el objetivo de usarlo como ligando en cromatografía de afinidad. CHAPS. Biochem.J.4 g SDS/g proteína.[03 de marzo de 2013]. SDS. La repulsión electrostática creada por la unión del SDS a la proteína es uno de las causas de que la proteína pierda su conformación nativa. las cuales son muy solubles o insolubles en soluciones acuosas debido a su hidrofobicidad nativa. eliminándose de este modo las diferencias en conformación de las diferentes proteínas que han de ser separadas en el gel14.

341-342. cuenta con un enlace adicional tipo peptídico (amido). Esto explica porque es más suave que el SDS en su capacidad para desnaturalizar y romper la membrana y las estructuras de proteínas.N-LAURILSARCOSINATO DE SODIO 2-(N-metildodecanamido)acetato de sodio También conocido como sarkosyl. Sample Preparation Techniques in Analytical Chemistry . es un surfactante iónico usado para inhibir la iniciación de la transcripción del DNA. En soluciones de alta concentración MITRA S. dentro de la cadena principal hidrófoba. Copyright © 2003 by John Wiley & Sons. Pág. sin embargo. se relaciona estructuralmente a SDS. y la solubilización y purificación de la proteína de la tembladera (Scrapie protein) o proteína de los priones PrPSc. Esto brinda rigidez y conduce a una disminución de su capacidad para insertarse en membranas de bicapas hidrofóbicas y de proteínas. N. Al ser ampliamente eficiente para disociar nucleosomas y ribosomas su principal uso ha sido aislar ADN y ARN. Inc. N-trimetilhexadecanamonio El CTAB es un detergente catiónico que tiene la propiedad de precipitar ácidos nucléicos y polisacáridos ácidos en soluciones de baja concentración iónica. 17 . All rights reserved. BROMURO DE CETILTRIMETILAMONIO (CTAB) Bromuro de N. Sus usos más comunes corresponden a la purificación de los factores sigma de la RNA polimerasa de Escherichia coli por solubilización de los cuerpos de inclusión. También puede desnaturalizar los ácidos nucleicos e inhibir ciertas enzimas como desoxirribonucleasas y ribonucleasas que pueden degradar éstas moléculas17. Bajo estas condiciones las proteínas y los polisacáridos neutros permanecen en solución.

usándose en cromatografía de afinidad con una columna que contiene avidina (también estreptavidina o neutravidina). Klaus.. Wood. 3. [En línea]. que es mucho más fácil de liberar (usando un pH alrededor de 4)19.4S.20 18 CTAB. BIOTINA Ácido 5-((3aS. 3´-DIAMINOPLOPILAMINA (DADPA) N -(3-aminopropil)propano-1. Sin embargo para romper la interacción entre la biotina y el ligando se hacen necesarias condiciones bastante fuertes (6M de 6GuHCl a pH 1. Judith A. Sara W. Montibeller. Finn. Charles C.3-diamina 1 Se usa como brazo espaciador para soportar ligandos con funcionalidades carboxilo. Proceedings of the National Academy of Sciences 77 (8): 4666–8 . que consisten en enlazarla a través del grupo carboxilo a grupos amino libres.[03 de http://en.5) que pueden llevar a desnaturalizar la proteína biotinada (o marcada con biotina). que son sus ligandos naturales. sobre geles de agarosa activadas con CNBr. por lo que si se hace necesario aislar la proteína marcada se prefiere usar iminobiotina.4-d]imidazol-4-il)pentanoico Se utiliza en procesos de biotinilación. Brinton. disponible en la web: Hofmann. antes de enlazarse al soporte la amina también debe ser activada con CNBr.6aR)-2-oxohexahidro-1H-tieno[3.iónica el CTAB forma complejos con las proteínas y polisacáridos pero no precipita ácidos nucleicos. Marzo de 2013. coli)18. (1980).wikipedia."Iminobiotin Affinity Columns and Their Application to Retrieval of Streptavidin" . Frances M.org/wiki/Cetyl_trimethylammonium_bromide 19 marzo de 2013]. Por esta razón es especialmente útil para precipitar ADN genómico de organismos que producen grandes cantidades de polisacáridos como las plantas y algunas bacterias Gram negativas (incluyendo algunas cepas de E...

a new protective reagent for SH groups". Sus 20 Sugawara. Kazuharu. En esta reacción el DTT es oxidado a un sulfuro cíclico. W. W.3-diol Es un agente reductor de puentes –S-S. Hirabayashi. Compuestos orgánicos usados como tampones TRIS 2-amino-2-(hidroximetil)propano-1. "Dithiothreitol. (2005). 897–900 21 Cleland. 4. La reducción de los sulfuros se completa en minutos a pH 8. Biochemistry (1964).DL-DITHIOTHREITOL (DTT) (2R. Analytical Sciences 21(8).4-dimercaptobutano-2. Kamiya. Hideki " Voltammetric Homogeneous Binding Assay of Biotin without a Separation Step Using Iminobiotin Labeled with an Electroactive Compound". .: 480–482. Kuramitz. Un uso común del DTT es como agente desprotector del DNA tiolado21. Naoto. George.3-diol TRIS y sus sales son usados para la preparación de buffers en una variedad grande de sistemas biológicos y bioquímicos ya que su intérvalo útil de tamponamiento va de 7 a 9 unidades de pH.a –SH.3R)-1.

. Sigma. siendo un buffer efectivo a pH entre 6. K. introducido por Good et.. Sigma. Histochemistry. PIPES. product information. TRIS.usos incluyen el control in vivo e in vitro. Sin embargo. HEPES Ácido 2-(4-(2-hidroxietil)piperazin-1-il)etanosulfónico Se trata de uno de los mejores tampones multipropósito. HEPES. N. K.Aldrich 26 Good.4-diil)dietanosulfónico Es un miembro de la serie de los ácidos etanosulfónicos. máxima solubilidad en agua y mínima solubilidad en otros solventes. es el buffer indicado para la deposición de proteínas en la microscopía electrónica porque no afecta los sustratos metálicos.Aldrich 24 Yamamoto. También se usa en la fijación de glutaraldehído en muestras de tejido de plantas y animales para evitar pérdida de lípidos o cuando se fijan organelos de hepatocitos de rata con cacodilato tamponado con glutaraldehído ya que retiene la actividad de la fosfatasa alcalina hasta en un 60%23. product information. 5. et al. 77. product information. a pH fisiológico la molécula es zwitteriónica. interfiere en la determinación de proteínas por el método de Folin-Ciocalteu25.26. Ya que su pKa a 37°C e cercano al pH fisiológico es usado en trabajos de cultivos celulares. Sigma. 339 (1983) 25 MSDS..Aldrich MSDS.E. Biochemistry. Se usa en cultivos de tejido.2. Para fluidos corporales y como agente alcalinizante en el tratamiento de acidosis en la sangre22. PIPES Ácido 2. mínimos efectos salinos. 467 (1966) .8 y 8. and Ogawa. 22 23 MSDS.24. desarrollado para tener las siguientes propiedades: valores medios de pKa. al. poca variación en el valor de pKa debido al cambio de temperatura. estabilidad química y enzimática y mínima absorción en el UV.2'-(piperazin-1..

102.Aldrich 27 . TES. Es usado en estudios de interacción de proteoglicanos con colágeno del tipo I. 313(1). Sigma.5 a 7.. Pogany. G.28. et al.111 (1994). 28 MSDS.. Biophys. Biochem. The in vitro interaction of proteoglycans with type I collagen is modulated by phosphate. y en estudios de interacción de vesículas de fosfolípidos con poli(L-lisina)27.3-dihidroxi-2-(hidroximetil)propan-2-il) amino)etanosulfónico Este compuesto forma un buffer zwitteriónico. Arch. product information.9 a 37°C..TES Ácido 2-((1. usado en un rango de pH de 6.

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