1 fase. Preparacin de la sonda. Una sonda es un segmento de ADN marcado con fluorescencia que es complementario a la regin cromosmica de inters.

2 fase. Hibridacin. Los cromosomas desnaturalizados, fijados en el portaobjetos del microscopio, son expuestos a la sonda marcada con fluorescencia. La hibridacin (fusin) tiene lugar entre la sonda y el ADN cromosmico complementario (es decir, se acopla).

3 fase. Visualizacin. Tras la hibridacin, se examina el portaobjetos al microscopio con luz fluorescente. Las seales fluorescentes indican la presencia de ADN cromosmico complementario, la ausencia de tales seales implica que no hay ADN cromosmico complementario.