El logotipo actual de la UNIVA fue diseado por el arquitecto Ernesto Minakata Arenas, y est constituido en forma de escudo, mediante

reglas de proporcin integradas en latitud y longitud. Tiene en su interior 3 lneas que forman una Y, en la que las dos ramas tocan los ngulos superiores del escudo, la base el centro inferior. La interseccin entre los brazos y la base de la Y se da en el centro del escudo, est enmarcada por un crculo.

Para explicar la Y que aparece en el logotipo existen dos versiones: la primera es la que dice que al establecerse la UNIVA en Guadalajara, al existir ya universidades que llevaban el nombre de la ciudad, se opt por bautizarla con el nombre de Universidad del Valle de Atemajac, debido a que Guadalajara est asentada en el Valle de Atemajac, siendo el significado de Atemajac lugar donde se bifurca el ro. De esta forma, la Y que aparece en el smbolo representa el ro, que en la parte superior se divide en dos, el crculo blanco que encierra la unin enfatiza la parte en donde el ro comienza su bifurcacin. Complementando este punto, la Y tambin tiene representacin de una cruz forcada, es decir, el Cristo crucificado. Los valores que se engloban en el logotipo son: la Enseanza, la Vinculacin y la Trascendencia. Estas dos versiones de alguna manera se complementan, pues hacen alusin a los dos fundamentos ms importantes de la Universidad del Valle de Atemajac: su pertenencia a la ciudad de Guadalajara y su identidad catlica.