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Moiss Alberto rquez Mendoza.

Grupo de Investigacin en Evolucin y Sistemtica Molecular.


Universidad del Magdalena

TUTORIAL:
Alineamiento de secuencias (Translator server) Conversin formatos (Alter) Seleccin modelo de protenas (Protest)

Translator server: realiza el alineamiento de los nucletidos con base en aminocidos y limpia los gaps del alineamiento. Link: http://www.translatorx.co.uk/

En el pantallazo inicial de la aplicacin (Fig1.) se modifican las opciones en rojo; esto Arroja 4 matrices alineadas, de la cual se escoge la que dice clean aminoacid alignment (Gblocks) (Fig2).

Fig1. Pantallazo inicial Translator server

Esta arroja una matriz alineada sin gaps, en formato fasta. Esta matriz tenemos que cambiarla a formato .phy y para esto se emplea el Software alter disponible en el posada labs de la Universidad de Vigo.

Fig2. Pantallazo de seleccin de matrices alineadas.

Alter: Aplicacin web para conversin de archivos, de secuencias gnicas. Links: http://darwin.uvigo.es/software/software.html http://sing.ei.uvigo.es/ALTER/

Para convertir un archivo fasta a uno con extensin .phy, se selecciona la opcin Autodetect para que el programa de forma automtica encuentre el formato del archivo que se va a convertir y despus se da click en la opcin Upload, aqu se especifica la ruta del archivo sobre el cual se va a trabajar. As se ve el archivo cuando ha cargado correctamente.

Posterior a esto se selecciona la opcin RAxML del men desplegable Select Program, como muestra la figura, una vez clickeada esta opcin se selecciona en el men encerrado en verde la opcin PHYLIP. Verificar que en el men Advanced options, este activada la opcin sequential.

Debe aparecer algo como lo siguiente:

Se selecciona la opcin save y se especifica la ruda para guardar el archivo de salida, el cual debe tener extencin .phy, con este archivo se busca el mejor modelo de evolucin para protenas, para ello se emplea el software PROTTEST 3,

PROTTEST 3: software para buscar el mejor medelo de evolucin, para una secuencia de aminocidos. Disponible para instalar en MAC o Linux en la pagina http://code.google.com/p/prottest3/. O se puede correr una aplicacin web disponible en la pgina de Universidad de Vigo (posada labs) http://darwin.uvigo.es/software/software.html

Esta opcin abre el siguiente pantallazo

En este pantallazo se debe cargar el archivo de extensin .phy, se especifica un nombre y una cuenta de correo donde ser enviado el link para ver los resultados del anlisis, los cuales se visualizan de la siguiente forma.

En este archivo aparecen los datos de la seleccin del modelo ms apropiado. En la primera seccin estn los datos del anlisis.

El segundo mdulo incluye las especies de las matrices.

El tercer mdulo incluye informacin de las frecuencias de los nucletidos y de los modelos testeados.