Bioqumica

Las reacciones bioqumicas son las reacciones que ocurren en los organismos vivos, y son distintas de las del mundo de la qumica (inanimado).Constan de las siguientes caractersticas: Ocurren a temperaturas constantes, en los seres humanos, por ejemplo, es de 37 (con una pequea variacin), fuera de la cual se genera una incompatibilidad con la vida. La presin tambin debe ser constante. Los reactantes del mundo de la bioqumica son, en general, exclusivos, como protenas, cidos grasos, glsidos (glucosa), nucletidos, etc., todas las cuales se denominan biomolculas. Hay excepciones, como el agua. Las molculas de la bioqumica son de gran peso molecular, por lo que se denominan macromolculas, lo que tambin las diferencia de las molculas de la qumica. Las reacciones bioqumicas ocurren a alta velocidad, condicin para una compatibilidad con la vida. Esto es posible gracias a las enzimas. Las reacciones bioqumicas son reguladas y regulables de acuerdo a ciertas circunstancias. Se puede regular, por ejemplo, la cantidad y velocidad de produccin de insulina de acuerdo a la cantidad de glucosa presente en la sangre. Toda reaccin bioqumica implica un cambio. Al organismo llegan una serie de sustancias (nutricin), como sales, agua, glcidos, etc.; y salen de l (excrecin) otras distintas: urea, CO2, cido rico. Esto evidencia la presencia de cambios. Estos cambios se involucran en el concepto de metabolismo. En el metabolismo se distinguen 2 conceptos: Sntesis o anabolismo. Degradacin o catabolismo, donde se obtiene energa para la sntesis. Las biomolculas son caractersticas de cada organismo. As, las protenas de un ratn son distintas a las humanas. Lo importante son los elementos que las forman, en el caso de las protenas, los aminocidos.

MACROMOLCULAS
Generalmente son biomolculas, aunque no todas. Las biomolculas son: glcidos, protenas, lpidos y cidos nucleicos, todas ellas formadas de pequeas molculas que se juntan, o sea, son polmeros de unidades fundamentales (llamadas tambin sillares o ladrillos de construccin). GLCIDOS Los fundamentales son: glicgeno, almidn y celulosa. Estos son macromolculas, pero tambin hay micromolculas, como la lactosa. La unidades fundamental que los forma es la glucosa. La lactosa est formada por una unidad de glucosa y otra de galactosa (es un disacrido). El glicgeno y las dems macromolculas tienen miles de miles de molculas de glucosa (polisacrido). El glucgeno est en los animales; el almidn y la celulosa, en los vegetales. Son molculas necesarias y se recurre a ellas a travs de la nutricin. En toda dieta debe ir glicgeno y almidn (la celulosa se ingiere pero no nutre, s tiene fibras). La glucosa se une a otra molcula de glucosa a travs de los carbonos 1-4, liberando una molcula de agua, llamadas uniones glucosdicas. Tambin puede haber una unin en los carbonos 1-6 y las siguientes de esa rama, en 1-4. De esta forma se crea un polmiero ramificado. Esteban Arriagada

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El hombre necesita en la dieta almidn, glicgeno y disacridos. Estos elementos entran al organismo en sus unidades de glucosa. La degradacin en glucosa se llama digestin. En el caso de los glcidos esto ocurre en el intestino delgado gracias a las encimas digestivas, una de las cuales se denomina amilasa pancretica. La glucosa es una molcula necesaria. Una vez en el LEC, pasa la membrana celular (ver esquema). Para ser utilizada la molcula de glucosa, debe transformarse a travs de muchas vas, o sea, se va a metabolizar. La primera transformacin que le ocurre es transformarse en glucosa-6-fosfato, gracias a la adicin de fosfato de un ATP, que queda como ADP. Esta transformacin se llama activacin de la molcula de glucosa, para transformarse en una molcula reactiva (la glucosa es poco reactiva). La glucosa-6-fosfato se polimeriza y transforma en glicgeno. Esto ocurre cuando no se necesita la glucosa, entonces se guarda. Pero no se puede guardar glucosa ni glucosa-6fosfato. La glicgenognesis implica guardar glucosa y liberar grupos fosfato. Cuando se necesita glucosa, se degrada glicgeno en glucosa (glicogenolisis), la glucosa hay que degradarla, formndose 2 triosas, hasta 2 piruvatos (ver esquema). Degradar glucosa-6-fosfato implica liberar energa. Todos los procesos biolgicos cuestan energa. La degradacin hasta piruvato se llama glucolisis. El piruvato entra a la mitocondria, degradndose hasta 2 molculas, que son CO 2 y agua. As la glucosa se ha degradado completamente. Este proceso ha dado como resultado la formacin de varias molculas de ATP, lo que significa la aparicin de energa. Todos los procesos biolgicas implican consumo de energa. El cerebro es un gran consumidor de energa, tanto que las clulas cerebrales no transforman glucosa en glicgeno. Uno de los procesos cerebrales ms consumidores de energa es el sentido de la vista, por lo que se dice que es endergnico (necesita de mucha energa). En cambio, la degradacin de glucosa es exergnica. (La glicognesis y la glicolisis son llamadas vas metablicas.) Desde el ciclo ctrico sale el CO2, y el piruvato se transforma en Acetil-CoA. LIPIDOS Son macromolculas formadas por una unidad fundamental que se repite: cido graso. Adems de este denominador comn, existen otros elementos ms. Mientras ms dobles enlaces tenga, el material lipdico se va haciendo ms lquido, y viceversa. El aceite, por ejemplo, tiene abundancia de cidos grasos con dobles enlaces; en las grasa slidas hay abundancia de cidos grasos sin dobles enlaces, por tanto, con ms hidrgeno. En la glicerina (3 carbonos) se unen 3 cidos grasos. Esto se llama trialcilglicrido (TAG). Si tiene 2 cidos grasos, DAG, y si tiene 1, MAG. Lo ms abundante en la dieta son los TAG. Otro lpido es un colesterol unido a un cido graso. Otro lpido es cuando la glicerina tiene 2 cidos grasos y un fosforo y un nitrgeno, lo que se llama fosfolpido. La digestin est a cargo de las lipasas, producto del pncreas. Una vez dentro de la clula, reacciona con ATP y con Acil-CoA (Acil coenzima A). Esto es para activarlo, porque el cido graso no es reactivo. Luego se puede formar TAG o fosfolpido. Esta sntesis ocurre cuando no se necesita energa. Esto puede volver a ser Acil-CoA, y ste entra a la mitocondria, donde se va a degradar en el ciclo ctrico, con la formacin de ATP. Este mecanismo se llama lipolisis, es exergnico y se producir cuando se necesita liberar energa. El mecanismo en que la mitocondria sintetiza Acido graso (ver esquema) se realiza cuando se est en reposo; es endergnico porque requiere de energa, pero en una magnitud muy inferior a la obtenida cuando se degrada. Esteban Arriagada

Bioqumica Glcidos Lpidos Protenas Acidos nucleicos

3 Unidades que se repiten Funciones glucosa energtica cidos grasos energtica, estructural (en las membranas estn presentes los fosfolpidos) aminocidos multifuncionales (enzimas, membranas, transporte) nucletidos informacin: contenerla, preservarla y trasladarla.

Cada una de estas molculas generalmente las sintetiza el organismo. Por ejemplo, la necesidad de glcidos se satisface en la dieta a partir de las fuentes nutricionales; el organismo toma estos polmeros de glucosa los digiere y construye los glcidos propios para el organismo. Lo mismo pasa con los lpidos, protenas y cidos nucleicos. Cualquier hepatocito va a tener glucosa, la que puede venir desde la dieta (la mayora) o de la sntesis de la propia clula. Lo mismo pasa con los lpidos; los fosfolpidos que forman la membrana pueden venir de la dieta o ser sintetizados por el organismo. Lo mismo para los aminocidos, pero algunos no los puede hacer el organismo, llamados esenciales (para el hombre, pero no para un pez, por ejemplo), hay otros inesenciales. En el caso de los nucletidos, la mayora son sintetizados por el organismo. Cuando se degrada algo para su uso, hay que restituirlo, lo que justifica el tener que alimentarse constantemente. PROTENAS R H2N C H COOH 1 H2N R C H O C N H R C H COOH 2
+

R H3N C H COO 3

1. ESTRUCTURA Estn hechas sobre la base de unas unidades que se denominan aminocidos (1). La variacin del redical R va a dar origen a los distintos aminocidos, puede ser H, tener un grupo azufrado, aromtico, un grupo OH, un grupo carboxilo (caso en el que sera dicarboxlico), aminocido (resultando monocarboxilico diamonado). Tienen la posibilidad de unirse unos (2) con otros gracias a un grupo cido de uno de ellos y un grupo mino del otro, perdindose una molcula de agua y se establece una unin entre carbono-nitrgeno, llamada unin peptdica (resistente), semi o casi de doble enlace (por lo que esa parte no puede rotar). Al unirse 3 aminocidos hablamos de un tripptido (con 2 uniones peptdicas), y as hasta polipptido. Cuando este polipptido alcanza un cierto peso molecular de ms o menos 5.000 (promedio PM de aminocidos 100), hablamos de una protena. Hay protenas formadas exclusivamente por aminocidos, llamadas simples. Las complejas estn unidas a otras estructuras: unidas a metales, como la hemoblobina que tiene fierro. glucoprotenas: unidas a glucosa lipoprotenas nucleoprotenas, asociadas a estructuras de los cidos nucleicos. (ver amelogenina?) Esteban Arriagada

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En la naturaleza los aminocidos no estn como aparece en el esquema (1), sino de una forma que tiene cargas elctricas (3), por lo que un aminocido es un in bipolar, porque puede llegar a tener dos polos. Que el aminocido se presente con dos o una carga depende de: Si est en agua se presenta como dipolar Si el medio es cido, por tanto con ms protones, llenarn el grupo carboxilo dejando slo cargado el grupo amino positivamente. Si agregamos una solucin bsica (medio alcalino), neutralizan el protn del grupo amino, dejando el grupo carboxilo cargado negativamente. Por tanto, el comportamiento de un aminocido va a depender del medio en que se encuentre. Hay un pH (+7) en que se encontrar con carga neta igual a cero, llamado punto isoelctrico. Bajando el pH, el aminocido se carga positivamente; sobre el punto isoelctrico los amiocidos se cargan en forma negativa. Si un aminocido tiene un radical cargado, por ejemplo, negativamente, no est en su punto isoelctrico, sino sobre l; para que est en el punto isoelctrico hay que agregar cido. Para este aminocido el punto isoelctrico est en un pH bajo 7 (cido). Otro aminocido (lisina) con un segundo grupo amino, est bajo el punto isoelctrico por el predominio de cargas positivas, para neutralizar una de estas cargas hay que agregar una solucin bsica. Para este aminocido el punto isoelctrico est a un pH sobre 7 (bsico). Al tener una mezcla de aminocidos a pH 7 habr aminocidos en el punto isoelctrico, otros con cargas positivas y otros con cargas negativas. Esto es lo que se conoce como comportamiento elctrico de los aminocidos. Trasladando esto a una protena, las uniones peptdicas no se pueden cargar, por lo que las posibilidades de cargarse estarn en los extremos y en los radicales. Una protena de 100 aminocidos tiene un mximo de 102 grupos cargables (las cargas de los grupos de los extremos y las de los radicales) y un mnimo de 2 (slo los extremos). Por tanto una protena es un poli-in. La protena tambin tienen un punto isoelctrico donde se igualen las cargas y un punto bajo el isoelctrico. ELECTROFORESIS Es una manera de separar las protenas aprovechando las cargas elctricas de ellas de acuerdo al medio en que se encuentren (pH), colocndolas en un campo elctrico que permite su migracin o no migracin en uno u otro sentido. Despus de un tiempo la corriente se corta y se determina cuanto han migrado las protenas de la mezcla. La velocidad de migracin depender de cuan lejos est la protena del punto isoelctrico, mientras ms alejada este, migrar ms. La electroforesis permite cuantificar la cantidad de protenas que se encuentran en una mezcla. Un densitograma mide la densidad o concentracin de cada una de las protenas. Le electroforesis del suero sanguneo tiene un perfil determinado, lo que permite compararla con el de un paciente determinado. En la sangre hay normalmente una pequea cantidad de enzimas provenientes, por ejemplo, del hgado, porque las clulas se renuevan permanentemente; pero si esta enzima se encuentra exageradamente en la sangre, significa que las clulas del hgado se estn destruyendo anormalmente.

Esteban Arriagada

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ESTRUCTURA PRIMARIA: Se conforman de acuerdo a un orden de aminocidos, unindose a travs de uniones peptdicas. El orden en que se encuentren los aminocidos es fundamental, y est comandado por el material gentico. As la estructura de la hemoglobina est informada en un gen, para trasladar esa informacin al lugar de la sntesis proteica se crea un mRNA que va al ribosoma. Esto es tan estricto que si est daado el material gentico y se altera un aminocido se crea una hemoglobina anormal que no funciona, mutacin que a veces no es compatible con la vida (albinismo, hemofilia). ESTRUCTURA SECUNDARIA: Enrollamiento denominado alfa hlice (resorte) Pliegue sobre s mismo denominado estructura B plegada. Hay enlaces especficos que estabilizan la formacin de estas estructuras: los puentes de hidrgeno. Se establece entre las molculas de carbono y oxgeno, ambas molculas tienen afinidad con el hidrgeno del oxgeno, compartindolo sin quedarse con l. ESTRUCTURA TERCIARIA Plegamientos en las 3 dimensiones del espacio. Se estabiliza a travs de: Uniones elctricas o salinas: grupos cargados en la cadena que se atrae por tener cargas opuestas. Uniones hidrofbicas: las protenas estn en estado natural disueltas en agua; el radical aromtico de ciertos aminocidos tiene repulsin por el agua, por lo que tiende a juntarse con otro grupo hidrofbico para alejarse del agua. Fuerzas de Vanderwalls Uniones que se producen entre 2 aminocidos cuyos radicales tengan grupos SH: puente disulfuro. Si uno agrega protones, desaparece este puente. ESTRUCTURA CUATERNARIA. Una subunidad se junta con otras ms, cada una de las cuales tiene estructura primaria, secundaria y teriaria. Pero para que la protena funcione bien, necesitan estar las 4 unidas. Las subunidades no necesariamente deben ser iguales. La hemoglobina est formada por 4 subunidades, dos cadenas alfa y dos cadenas beta. Una protena sin estructura cuaternaria no est formada necesariamente por una sola cadena. La subunidad puede estar formada por dos cadenas, lo que no significa que la molcula tenga estructura cuaternaria. DESNATURALIZACIN E HIDROLISIS Una protena que se encuentra en su naturaleza se dice que est en estado nativo. Si se estira y deja lineal, el fenmeno se llama denaturalizacin y la protena pierde su funcin biolgica. El agente denaturalizante puede ser temperatura, cidos, bases, etc. Lo que se conserva es la estructura primaria, la que puede desaparecer en forma parcial (quedando pptidos) o total (aminocidos), para ello se rompen uniones peptdicas, lo que se llama hidrlisis proteica o proteolisis, proceso que es irreversible. Hay agentes de proteolisis: cidos o bases muy fuertes y muy concentrados, a altas temperaturas, etc; y enzimas (estas usa el organismo).

Esteban Arriagada

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Hay un mtodo para separar las protenas basado en el tamao de ellas. Consiste en colocar mezcla de protenas en un depsito que contiene un conjunto de molculas llamadas sephadex, material poroso que sobre una estructura rgida presenta una serie de poros. Las protenas se retienen en los poros y pueden salir a travs de una corriente. Las que no se retuvieron salen primero, luego, de las retenidas, salen de la ms grande a las ms chicas. Esto se recolecta en tubos de ensayo. Tarea: ver Amelogenina. FUNCIONES Lo que ms o nico que caracteriza a los seres vivos son las protenas. Por ejemplo, las protenas de la piel del caballo son distintas de las de la piel del hombre.

ESTRUCTURAL: formando partes de membranas o piel, pelo, etc. Ej: colgeno. FUNCIONES DE TRANSPORTE: hemoglobina, por la sangre se transportan lpidos (lipoprotenas), otras protenas transportan metales. Hay protenas de transporte intracelular. DEFENSA: como los anticuerpos, las protenas de la coagulacin (que nos defienden de una hemorragia). ENZIMAS: todas las enzimas son protenas. EJ: exoquinasa. HORMONAL: algunas hormonas tienen caracter proteico. NUTRICIN: como las protenas de la leche materna.

Las protenas son, por tanto, especficas, esto es, sirven exclusivamente para una funcin determinada.

Esteban Arriagada

Bioqumica FORMAS IONICAS DE LOS AMINOCIDOS COOH H3N+ C H + COO_ H2N COO_ C H COO_ H3N+ COOH C H + COOH H3N+ COO_ C H + CH2NH3+ COOH H3N+ C H + + -

COO_

CH2NH2 H3N+ C H + COO_ H2N

CH2NH2 C H COO_ H3N+

CH2NH3+ C H + +

COO_

Las formas inicas de los aminocidos son muy variadas y dependen de la estructura y del medio en que se encuentren. Cuando las cargas son iguales, est en su punto isoelctrico, lo que es muy poco probable en la realidad. Esto ayuda a entender la funcin y estructura de las protenas. La conformacin terciaria y cuaternaria se debe en gran medida a la presencia de cargas elctricas que se atraen. Esta condicin es dable en los organismos superiores, donde no se soportan variaciones de pH. Si la funcin de la protenas es dejar un espacio, ste se puede conseguir de acuerdo a las cargas; si bajamos el pH, predominan las cargas positivas y se alterar su forma, y con ello su funcin.

Esteban Arriagada