PROTENAS

CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS

Las protenas son polmeros lineales de -aminocidos con amplia variabilidad estructural y funciones biolgicas muy diversas (Figura 1). La variedad de protenas es elevadsima, y para su clasificacin se puede recurrir a criterios fsicos, qumicos, estructurales o funcionales. El criterio fsico ms utilizado es la solubilidad. As se distinguen: albminas: protenas que son solubles en agua o en disoluciones salinas diluidas globulinas: son protenas que requieren concentraciones salinas ms elevadas para permanecer en disolucin prolaminas: protenas solubles en alcohol glutelinas: protenas que slo se disuelven en disoluciones cidas o bsicas escleroprotenas: son protenas insolubles en la gran mayora de los disolventes

Desde un punto de vista qumico, existen dos grandes grupos de protenas: las protenas simples: estn formadas exclusivamente por -aminocidos (Figura 2) las protenas conjugadas: adems de -aminocidos, contienen una proporcin significativa de otros componentes. La fraccin no aminoacdica se llama grupo prosttico (o cofactor), y puede ser un azcar, un lpido, un cido nucleico o una sustancia inorgnica. La protena en ausencia de su grupo prosttico se llama apoprotena, y en presencia de l se llama holoprotena. As, holoprotena = apoprotena + grupo prosttico. Son protenas conjugadas la hemoglobina, la mioglobina, los citocromos, etc. (Figura 2).

En cuanto a su forma molecular, las protenas son: globulares: son protenas en las que la cadena polipeptdica se enrolla sobre s misma dando lugar a una estructura ms o menos esfrica y compacta (Figura 3). fibrosas: son protenas en las que hay una dimensin que predomina sobre las dems. Las protenas fibrosas, por lo general, tienen funciones estructurales (Figura 3).

Segn su localizacin celular, podemos distinguir: protenas solubles: son las que estn en disolucin en el citoplasma o en el interior de los compartimentos intracelulares (Figura 4).

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protenas de membrana: son las que estn, de una forma u otra, asociadas a cualquiera de las membranas presentes en la clula (Figura 4).

Segn su grado de asociacin podemos distinguir: protenas monomricas: son protenas que constan de una sola cadena polipeptdica (Figura 5). protenas oligomricas: son protenas que constan de ms de una cadena polipeptdica. Las cadenas polipeptdicas que componen una protena oligomrica se llaman subunidades, y pueden ser iguales o distintas entre s (Figura 5).

Dada la gran variedad de estructuras a que puede dar lugar una secuencia aperidica de 20 -aminocidos distintos es difcil hacer una clasificacin ms descriptiva o conceptual. Sin embargo, los criterios que hemos descrito son muy tiles desde el punto de vista prctico, y nos permiten definir al colgeno como una protena simple, fibrosa y oligomrica, y al citocromo c como una protena conjugada, globular y monomrica.

FUNCIONES BIOLGICAS DE LAS PROTENAS

La gran heterogeneidad estructural de las protenas las permite desempear mltiples funciones en el ser vivo. Describir las funciones de las protenas equivale a describir en trminos moleculares todos los fenmenos biolgicos. La gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para cada reaccin. Estos biocatalizadores de naturaleza proteica reciben el nombre de enzimas. La gran mayora de las protenas son enzimas (Figura 6). Las estructuras encargadas del reconocimiento de seales qumicas de cualquier tipo son protenas. As, los receptores hormonales y los receptores de neurotransmisores son estructuras proteicas, que por lo general, interaccionan con sus ligandos por complementariedad entre sus estructuras. Muchos de estos ligandos (hormonas y neurotransmisores) son, a su vez, de naturaleza proteica (Figuras 7a y 7b). En los seres vivos son esenciales los fenmenos de transporte y los transportadores biolgicos son siempre protenas, que se encargan de: transportar molculas hidrofbicas a travs de un medio acuoso (la hemoglobina y las lipoprotenas transportan, respectivamente, oxgeno y lpidos a travs de la sangre) (Figura 8a). transportar vesculas cargadas de materiales diversos por el interior del citoplasma a travs de la red de microtbulos (Figura 8a), como hace la kinesina. transportar electrones en reacciones redox (como ocurre en la cadena transportadora de electrones de la membrana interna mitocondrial) (Figura 8b)

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transportar molculas polares a travs de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la membrana plasmtica) (Figura 8b)

La funcin de algunas protenas consiste en el almacenamiento de sustancias nutritivas para el futuro embrin (como ocurre en el caso de la lactoalbmina de la leche materna, en la ovoalbmina del huevo o en la hordena de la cebada) o de determinados iones vitales para el organismo (la ferritina se encarga de almacenar hierro y de irlo liberando de forma controlada, segn las necesidades) (Figura 9). Hay protenas cuya principal funcin es estructural. Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus componentes, y que dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la divisin celular. En los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de colgeno presentes en la matriz extracelular son las encargadas de conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la compresin (Figura 10a). La queratina (presente en cabello, plumas, uas, cuernos), la fibrona de la seda de araa y la fibrina que segregan las plaquetas para formar los cogulos sanguneos tambin son protenas con funcin estructural (Figura 10b). La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, las llamadas endonucleasas de restriccin se encargan de identificar y destruir molculas de DNA que no identifica como propias, y en los vertebrados superiores, las immunoglobulinas reconocen molculas extraas y se unen a ellas para facilitar su destruccin por las clulas del sistema immunitario (Figura 11). Todas las funciones de motilidad de los seres vivos estn relacionadas con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina (Figura 12a). El movimiento de la clula mediante cilios y flagelos est relacionado con la tubulina (la misma protena que forma los microtbulos) (Figura 12b). Los fenmenos de transduccin (cambio en la naturaleza fsico-qumica de seales) estn mediados por protenas. As, un receptor hormonal convierte una seal qumica (una hormona) en una serie de modificaciones en el estado funcional de la clula Figura 13a). La rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotn luminoso (una seal fsica) en un impulso nervioso (una seal elctrica) (Figura 13b). Las protenas regulan la expresin gnica, es decir, se encargan de decidir en todo momento qu genes deben ser transcritos a ARN y traducidos a protena. Esta interaccin entre las protenas y el ADN constituye el pilar sobre el que descansa toda la Biologa Molecular (Figura 14). No se debe olvidar que muchas protenas ejercen a la vez ms de una funcin. Las protenas de membrana tienen funcin estructural y funcin enzimtica; la ferritina es una protena que transporta y, a la vez, almacena el hierro; la miosina interviene en la contraccin muscular, pero tambin funciona como un enzima capaz de hidrolizar el ATP, y as se podran poner muchos ejemplos ms.

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ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS

Se distinguen cinco niveles de estructuracin en las protenas (Figuras 15a y 15b): La estructura primaria viene determinada por la secuencia de AA en la cadena proteica, es decir, el nmero de AA presentes y el orden en que estn enlazados. Los AA se unen entre s mediante enlaces peptdicos. La estructura secundaria es el plegamiento que adoptan determinadas regiones de la cadena polipeptdica gracias al establecimiento de puentes de hidrgeno entre los tomos que forman el enlace peptdico. La molcula proteica adopta un plegamiento tridimensional que constituye su estructura terciaria, concepto equiparable al de conformacin absoluta en otras molculas. La estructura terciaria viene determinada por la estructura primaria y es la responsable directa de sus propiedades biolgicas. Las interacciones que estabilizan la estructura terciaria pueden ser tanto de tipo covalente (puentes disulfuro, enlaces amida) como de tipo no covalente (fuerzas de van der Waals, puentes de hidrgeno, fuerzas de polaridad, electrostticas, hidrofbicas, etc.) (Figura 16). Cuando se asocian varias cadenas polipeptdicas (iguales o distintas) para formar una unidad funcional, se habla de estructura cuaternaria. Las interacciones que estabilizan la estructura cuaternaria son, principalmente, de tipo no covalente. Por ltimo, si se asocian protenas entre s (Figura 16a) o con otra clase de biomolculas (Figura 16b) para formar asociaciones supramacromoleculares (microtbulos, ribosomas, nucleosomas, virus, membranas, etc.), se habla de estructura quinaria. Las interacciones que estabilizan este nivel de estructura tambin son de tipo no covalente. La estructura quinaria se diferencia de la cuaternaria en que la estequiometra de las estructuras formadas puede variar considerablemente.

La prdida de los niveles superiores de estructura (quinaria, cuaternaria, terciaria y secundaria) se denomina desnaturalizacin y va acompaada de la prdida de su funcin. Sin embargo, con la desnaturalizacin no desaparece la estructura primaria, ya que se mantienen los enlaces peptdicos. Como la estructura primaria determina los niveles superiores de estructura, en algunos casos, la desnaturalizacin es reversible (Figura 17).

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ESTRUCTURA PRIMARIA
La secuencia de una protena viene determinada por el tipo de AA que contiene y por el orden en que estn ensamblados (Figura 18). Como en las protenas existen 20 AA diferentes, el nmero de secuencias posibles viene dado por las variaciones con repeticin de 20 elementos tomados de n en n o,lo que es lo mismo, 20n, siendo n el nmero de AA que componen la molcula proteica, que generalmente oscila entre 80 y 300. Los enlaces que participan en la estructura primaria de una protena son covalentes: son los enlaces peptdicos. El enlace peptdico es un enlace amida que se forma entre el grupo carboxilo de una AA con el grupo amino de otro, con eliminacin de una molcula de agua (Figura 18). Por eso, cuando un AA est incorporado en una protena se suele hablar de residuo de AA (porque le faltan los tomos del agua eliminada al formarse el enlace peptdico). Independientemente de la longitud de la cadena polipeptdica, siempre hay un extremo amino terminal y un extremo carboxilo terminal que permanecen intactos. Por convencin, la secuencia de una protena se lee siempre a partir de su extremo amino (Figura 18). A nivel de estructura primaria, se distinguen dos regiones en la protena: una cadena principal o "esqueleto" a partir del cual emergen las cadenas laterales de los AA (Figura 19): El esqueleto (backbone) de la protena est formado por el tomo N del grupo amino, el C (a partir del cual emerge la cadena lateral) y el C del grupo carboxilo. Por lo tanto, la unidad repetitiva bsica que aparece en la cadena principal de una protena es: (-NH-C-CO-). Las cadenas laterales de los AA estn unidas a los C del esqueleto. Se orientan de forma alternada hacia uno u otro lado del esqueleto, para poder disponer de mayor espacio. Contienen los grupos funcionales que otorgan a las protenas sus propiedades qumicas y biolgicas.

Como la estructura primaria es la que determina los niveles superiores de organizacin, el conocimiento de la secuencia de AA es del mayor inters para el estudio de la estructura y funcin de una protena. Clsicamente, la secuenciacin de una protena se realizaba mediante mtodos qumicos. El ms utilizado es el mtodo denominado degradacin de Edman (Figura 20a). Se hace reaccionar al pptido, en medio bsico, con el reactivo de Edman (fenilisotiocianato), que se une al grupo amino terminal. La acidificacin del medio hidroliza al producto generando, por un lado, una feniltiohidantona que incluye al AA en posicin N-terminal y por otro lado al resto del pptido, acortado en un AA. A continuacin se identifica el AA presente en la feniltioidantona por mtodos cromatogrficos y el resto de la protena (con un AA menos) se somete a un nuevo ciclo de reaccin. De esta forma se van determinando, de uno en uno, los AA presentes en la

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secuencia de la protena, a partir de su extremo amino (por eso se llama tambin secuenciacin N-terminal). Este mtodo permite secuenciar los primeros 50 AA. Si la protena es ms grande se la puede fragmentar en pptidos de menor tamao antes de comenzar el anlisis. Hoy en da, esta serie de reacciones se realiza de forma totalmente automtica con unos aparatos denominados secuenciadores de aminocidos (Figura 20b). Hoy en da, los avances de la Biologa Molecular permiten conocer la secuencia de un gen mucho antes de que se haya podido purificar la protena que codifica. El anlisis de la secuencia del DNA permite conocer la secuencia de la protena que codifica, ya que cada grupo de tres bases de la secuencia del DNA (o codn) especifica un aminocido. El Cdigo Gentico establece la relacin entre cada codn y el AA que codifica (Figura 21). La comparacin de las estructuras primarias de una misma protena perteneciente a especies distintas tiene un enorme inters tanto desde el punto de vista funcional como desde el punto de vista filogentico (Figura 22). Cuanto ms alejadas estn las especies analizadas en el rbol filogentico, ms diferencias se podrn observar en la estructura primaria de protenas homlogas (las que llevan a cabo la misma funcin pero en organismos distintos). Cuando un mismo aminocido aparece siempre en idntica posicin en todas las especies estudiadas, se dice que son AA conservados o AA invariantes, y suelen ser indispensables para que la protena adopte una estructura correcta que le permita llevar a cabo su funcin. Cualquier mutacin en estas posiciones es letal para el organismo, y por tanto hay una fortsima seleccin en contra (Figuras 23a y 23b).

ESTRUCTURA SECUNDARIA
A primera vista podra pensarse que las protenas son polmeros lineales de AA unidos entre s por medio del enlace peptdicos. Sin embargo, dentro de una protena existen diversas regiones que establecen puentes de hidrgeno entre los enlaces peptdicos (donde el grupo CO acta como aceptor y el grupo NH como donador), con lo que adoptan conformaciones de menor energa libre y, por tanto, ms estables (Figuras 24a y 24b). Hay dos tcnicas experimentales que permiten analizar los elementos de estructura secundaria presentes en las protenas: el dicrosmo circular y la espectroscopa de infrarrojo con transformada de Fourier. Cada tipo de estructura secundaria se puede describir perfectamente mediante los ngulos dihdricos y de cada uno de sus residuos. La representacin de vs. de cada residuo de una protena se llama grfica de Ramachandran (Figura 24c) y presenta varias regiones, cada una de las cuales corresponde a un tipo distinto de estructura secundaria. Algunos AA se acomodan mejor en un tipo de estructura secundaria concreto (Figura 24c). Salvo en el caso de algunos AA (como la prolina, la asparagina y la glicina) an no est claro qu es lo que determina estar preferencias.

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A continuacin se describen los diversos tipos de elementos de estructura secundaria que podemos encontrar en una protena. 1.- CONFORMACIN AL AZAR En algunas protenas, o en ciertas regiones de la misma, no existen interacciones de suficiente consideracin como para que se pueda distinguir un nivel de organizacin superior a la estructura primaria. En estos casos se habla de conformacin al azar. Estas regiones se localizan preferentemente en la superficie de la protena, donde pueden establecer interacciones con el agua, principalmente interacciones polares y puentes de hidrogeno. Son las regiones de las protenas que mejor toleran las mutaciones, ya que contienen AA que no son particularmente importantes para la estructura o la funcin de la protena. 2.- HLICE Cuando el esqueleto de un polipptido se pliega en el espacio en forma de helicoide dextrgiro se adopta una conformacin denominada hlice . Cada vuelta de la hlice implica 3,6 AA, de modo que cada residuo presenta una rotacin de 100 en relacin con el anterior. Como la translacin media por residuo es de 0,15 nm, una vuelta completa de la hlice representa una distancia de 0,54 nm (Figura 25a). Cada enlace peptdico puede establecer dos puentes de hidrgeno. Un puente de hidrgeno se forma entre el grupo -NH- del enlace peptdico del AA en posicin n y el grupo -CO- del enlace peptdico del AA situado en posicin n-4. El otro puente de hidrgeno se forma entre el grupo -CO- del enlace peptdico del AA en posicin n y el grupo -NH- del enlace peptdico del AA situado en posicin n+4 (Figura 25b). Existen variantes de la -hlice, que adoptan un patrn distinto a la hora de formar los puentes de hidrgeno. Se trata de la hlice 310 (en la que se forman puentes de hidrgeno entre los residuos n y n+3) y de la hlice (en la que se forman puentes de hidrgeno entre los residuos n y n+5). Los momentos dipolares de los enlaces peptdicos quedan alineados, de manera que se genera un macrodipolo a lo largo de la hlice, con el polo positivo en el extremo amino de la -hlice (Figura 25b). Las cadenas laterales de los AA se orientan hacia la parte externa del helicoide, lo que evita impedimentos estricos (Figura 25c). Esta estructura puede albergar a cualquier AA, a excepcin de la prolina, cuyo C no tiene libertad de giro, por estar integrado en un heterociclo. Por este motivo, la prolina suele determinar una interrupcin de la hlice o una desviacin de su trayectoria (Figura 25c). Los AA muy polares (Lys, Glu) tambin desestabilizan la hlice porque los enlaces de hidrgeno pierden importancia frente a las interacciones electrostticas de atraccin o repulsin. Cuando la hlice contiene un residuo hidrofbico cada cuatro posiciones, stos se acumulan en uno de los lados de la hlice. Las -hlices que presenten un lado hidrofbico y otro hidroflico se denominan hlices anfipticas (Figura 25c). En las protenas de membrana las regiones de la protena que atraviesan el interior hidrofbico de la bicapa son, con mucha frecuencia, -hlices hidrofbicas que contienen unos 20 AA hidrofbicos seguidos (Figura 25c).

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3.- ESTRUCTURA Cuando la cadena principal de un polipptido se estira al mximo que permiten sus enlaces covalentes se adopta una configuracin espacial denominada estructura (Figura 26a). Las estructuras de distintas cadenas polipeptdicas o bien las estructuras de distintas zonas de una misma cadena polipeptdica pueden interaccionar entre s mediante puentes de hidrgeno, dando lugar a estructuras laminares denominadas hojas plegadas u hojas . Cuando las estructuras tienen el mismo sentido N C se dice que la hoja plegada es paralela, y si tienen sentidos opuestos, la hoja plegada es antiparalela (Figura 25a). Esta conformacin es tpica de protenas fibrosas como la fibrona de la seda o las -queratinas de las plumas de ave, pero tambin aparece en protenas globulares como las inmunoglobulinas. El patrn de formacin de puentes de hidrgeno es distinto segn se trate de una hoja paralela o antiparalela (Figuras 26a y 26b). 4.- GIROS En una protena globular, las regiones con estructura o estn conectadas entre s por medio de los llamados giros (Figura 27). Son secuencias cortas, tpicamente formadas por cuatro AA, con una conformacin caracterstica que impone un brusco giro de 180o a la cadena principal de un polipptido. AA como Asn, Gly y Pro, que se acomodan mal en estructuras de tipo o , aparecen con frecuencia en este tipo de estructura (Figura 26). Normalmente, la conformacin de los giros est estabilizada por medio de un puente de hidrgeno entre el grupo carboxilo del residuo 1 y el grupo amino del residuo 4 (Figura 27). En una protena globular los giros pueden incluir a casi un tercio de los residuos de la protena. Los giros se localizan preferentemente en la superficie de la protena, de modo que los AA en posiciones 2 y 3 puedan establecer puentes de hidrgeno con el agua (Figura 27). Hay varios tipos de giros . Los ms abundantes son: Giro de tipo I: Formado por 4 AA, con un puente de hidrgeno entre los residuos 1 y 4 (Figura 27). Giro de tipo II: Formado por 4 AA, con un puente de hidrgeno entre los residuos 1 y 4. Se distingue del anterior porque el AA en posicin 3 es una glicina (Figura 27). Giro de tipo : Formado por 3 AA, con un puente de hidrgeno entre los residuos 1 y 3.

5.- UN CASO ESPECIAL: LA CONFORMACIN DEL COLGENO El colgeno es una protena fibrosa y con funcin estructural que est presente en la matriz extracelular del tejido conectivo de los animales (Figura 28a). En mamferos puede representar entre un 25 y un 35% del contenido proteico. Presenta una secuencia tpica formada por la repeticin de grupos de tres AA. El primer AA de cada grupo es Gly, y los otros dos son Pro (o hidroxiprolina) y un AA cualquiera: Protenas Pgina 8 de 17

La frecuencia peridica de la Pro condiciona el enrollamiento peculiar del colgeno en forma de hlice levgira (Figura 28b). La glicina, sin cadena lateral, facilita la asociacin de tres hlices levgiras para formar un helicoide dextrgiro (el tropocolgeno) (Figura 28b). El tercer AA refuerza la estructura mediante la formacin de enlaces covalentes intercatenarios que dan lugar a las fibrillas de colgeno (Figura 28b).

ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
En protenas con estructura terciaria globular es frecuente encontrar combinaciones de elementos de estructura secundaria (estructuras al azar, , , y giros ) con una disposicin caracterstica, que pueden observarse en distintas protenas, aunque sus secuencias sean muy distintas. Estas combinaciones de elementos de estructura secundaria que se repiten en distintos tipos de protenas reciben el nombre de estructuras supersecundarias o motivos estructurales. Las estructuras supersecundarias se suelen clasificar en funcin del elemento de estructura secundaria predominante: motivos : hlice-giro-hlice, helicoide enrollado (coiled coil), mano EF, agrupacin de 4 hlices (Figura 29a). motivos : horquilla , meandro , barril , hlice , sndwich , greca griega (greek key) (Figura 29b). motivos -: --, estructura de Rossman, barril TIM, herradura - (Figura 29c).

Las estructuras supersecundarias se estabilizan por los mismos tipos de interacciones que estabilizan la estructura terciaria. No todas las protenas presentan estructuras supersecundarias.

ESTRUCTURA TERCIARIA
Con o sin estructura secundaria, la protena presenta un plegamiento tridimensional compacto que constituye su estructura terciaria. Podemos definir la estructura terciaria como la disposicin tridimensional de todos los tomos que componen la protena. Se trata de un concepto anlogo al de configuracin absoluta en molculas pequeas. Para las protenas que constan de una sola cadena polipeptdica (carecen de estructura cuaternaria), la estructura terciaria es la mxima informacin estructural que se puede obtener (Figura 30). La estructura terciaria de una protena es nica y siempre la misma en igualdad de condiciones, ya que est determinada por la secuencia de AA (estructura primaria). La

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estructura terciaria es la responsable directa de sus propiedades biolgicas, ya que la disposicin espacial de los distintos grupos funcionales de la protena es la que determina su interaccin con los diversos ligandos. Por tanto, la desnaturalizacin de una protena supone la prdida de su actividad biolgica. Estructura y funcin estn ntimamente relacionadas y, en muchas ocasiones, el conocimiento de la estructura de una protena puede aclarar muchos aspectos sobre su funcionamiento. Para conocer la estructura terciaria de las protenas se pueden utilizar diversas tcnicas experimentales: Difraccin de rayos-X: para utilizar esta tcnica es preciso disponer de cristales de la protena, una cuestin que puede llegar a resultar muy complicada, debido a su complejidad estructural. Resonancia magntica Nuclear (RMN): Mediante esta tcnica es posible determinar la estructura terciaria de protenas en disolucin. Sin embargo, esta tcnica est limitada por el tamao de la protena: no se puede utilizar en el caso de protenas grandes (>50 kDa), aunque cada poco tiempo van saliendo al mercado aparatos con ms prestaciones. Microscopa electrnica y reconstruccin tridimensional de imgenes: En el caso de protenas de membrana se utiliza esta tcnica para obtener informacin estructural, aunque con muy poca resolucin (slo da detalles de sus dimensiones y de su forma).

El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos que se puede consultar libre y gratuitamente por Internet (http://www.rcsb.org/pdb/) que almacena todas las estructuras tridimensionales proteicas que se conocen a da de hoy. Las fuerzas que estabilizan la estructura terciaria de una protena globular se establecen entre las distintas cadenas laterales de los AA que la componen. Los enlaces que estabilizan la estructura terciaria pueden ser de dos tipos (Figuras 31a y 31b): Los enlaces covalentes pueden deberse a (1) la formacin de un puente disulfuro entre dos cadenas laterales de Cys, o a (2) la formacin de un enlace amida (CO-NH-) entre las cadenas laterales de la Lys y un AA dicarboxlico (Glu o Asp). Los enlaces no covalentes pueden: (1) fuerzas electrostticas entre cadenas laterales ionizadas, con cargas de signo opuesto, (2) puentes de hidrgeno, entre las cadenas laterales de AA polares (3) interacciones hidrofbicas entre cadenas laterales apolares, (4) fuerzas de polaridad debidas a interacciones dipolo-dipolo y (5) fuerzas de van der Waals.

No todas estas interacciones contribuyen por igual al mantenimiento de la estructura terciaria. Obviamente, los enlaces que aportan ms estabilidad son los de tipo covalente. De entre las interacciones no covalentes, las ms importantes son las de tipo hidrofbico, ya que exigen una gran proximidad entre los grupo apolares de los AA. Se distinguen dos tipos de estructura terciaria: la de tipo fibroso y la de tipo globular Figura 32). En las protenas con estructura terciaria de tipo fibroso (como pueden ser el colgeno, la queratina del cabello o la fibrona de la seda), una de las dimensiones es

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mucho mayor que las otras dos. En este caso, los elementos de estructura secundaria (hlices u hojas ) pueden mantener su ordenamiento sin recurrir a grandes modificaciones, tan slo introduciendo ligeras torsiones longitudinales, como en las hebras de una cuerda. En las protenas con estructura terciaria de tipo globular, ms frecuentes, la cadena polipeptdica sufre un nuevo plegamiento, en el que no existe una dimensin que predomine sobre las dems, y su forma es aproximadamente esfrica y compacta. En este tipo de estructuras se suceden regiones con estructuras al azar, hlice hoja , giros y estructuras supersecundarias. Como resultado de estas interacciones, las molculas con estructura terciaria globular suelen contener un interior compacto de carcter hidrofbico, con las cadenas laterales ms polares orientadas hacia la superficie, interaccionando con el agua y permitiendo que la protena permanezca en disolucin (Figura 33). Recientemente, se han descrito regiones diferenciadas dentro de la estructura terciaria de las protenas globulares. Estas regiones, que constituyen un nivel estructural intermedio entre las estructuras secundaria y terciaria reciben el nombre de dominios. Los dominios (Figura 34a) son unidades autnomas de plegamiento. Parece ser que a medida que se sintetizan las cadenas polipeptdicas, los distintos dominios se pliegan por separado. En una protena es muy comn que cada dominio est especializado en realizar una funcin determinada. Esta funcin puede consistir en (Figura 34b): La unin a un ligando de tamao pequeo Atravesar la membrana plasmtica Albergar el entro cataltico La unin al ADN Ofrecer una superficie de contacto para la unin a otras protenas

Con frecuencia se observa que el mismo tipo de dominio aparece en protenas distintas y en todas ellas realiza la misma funcin. Esta arquitectura modular de las protenas permite hacer estimaciones sobre la funcin de una nueva protena si sta contiene dominios cuya funcin en otras protenas se conoce. Hoy en da existen bases de datos especializadas que contienen los dominios descritos hasta la fecha en las protenas. Ejemplos de esas bases de datos son PROSITE, SMART y PRODOM. La diferencia entre dominios y estructuras supersecundarias radica precisamente en que los dominios estn asociados a alguna funcin, mientras que las estructuras supersecundarias se tratan nicamente de motivos estructurales que contienen una determinada combinacin de elementos de estructura secundaria. Los dominios pueden contener o no estructuras supersecundarias.

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ESTRUCTURA CUATERNARIA
Cuando una protena consta de ms de una cadena polipeptdica, es decir, cuando se trata de una protena oligomrica, decimos que tiene estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria debe considerar: (1) el nmero y la naturaleza de las distintas subunidades o monmeros que integran el oligmero y (2) la forma en que se asocian en el espacio para dar lugar al oligmero (Figura 35). En protenas con estructura terciaria de tipo fibroso, la estructura cuaternaria resulta de la asociacin de varias hebras para formar una fibra o soga. La miosina o la tropomiosina constan de dos hebras con estructura de hlice enrolladas en una fibra levgira (Figuras 36 a y 36b). El colgeno consta de tres hebras helicoidales levgiras que forman una fibra dextrgira (Figura 28b). La -queratina del cabello y de la lana consta de largas -hlices dextrgiras. El enrollamiento de 2 -hlices da lugar a un helicoide enrollado (coiled coil) levgiro. La asociacin de 2 helicoides enrollados da lugar a un protofilamento y 4 protofilamentos forman un filamento (Figura 37). La queratina (fibrona) de la seda presenta varias hebras con estructura de hoja orientadas de forma antiparalela (Figura 38). Cuando varias protenas con estructura terciaria de tipo globular se asocian para formar una estructura de tipo cuaternario, los monmeros pueden ser exactamente iguales (como en el caso de la fosfoglucoisomerasa, un homodmero) o muy parecidos (como en el caso de la lactato deshidrogenasa, un tetrmero) (Figura 39a). Tambin puede ocurrir que los monmeros tengan una misma funcin aunque sean estructuralmente distintos, como es el caso de la hemoglobina (Figura 39b), o que los monmeros sean estructural y funcionalmente distintos como en el caso de la aspartato transcarbamilasa, una enzima alostrica formada por 12 subunidades (dos trmeros con actividad cataltica y 3 dmeros con actividad reguladora) (Figura 39b). Las fuerzas que mantienen unidas las distintas cadenas polipeptdicas son, en lneas generales, las mismas que estabilizan la estructura terciaria. Las ms abundantes son las interacciones dbiles (hidrofbicas, polares, electrostticas, puentes de hidrgeno, de van der Waals), aunque en algunos casos, como en las inmunoglobulinas, la estructura cuaternaria se mantiene mediante puentes disulfuro. El ensamblaje de los monmeros se realiza de forma espontnea, lo que indica que el oligmero presenta un mnimo de energa libre con respecto a los monmeros. La estructura cuaternaria modula la actividad biolgica de la protena y la separacin de las subunidades a menudo conduce a la prdida de funcionalidad.

ASOCIACIONES SUPRAMOLECULARES
En muchos casos, las protenas se agrupan bien entre s, bien con otros grupos de biomolculas para formar estructuras de orden superior y que tienen un carcter permanente. Este nivel de asociacin recibe el nombre de estructura quinaria. As, las protenas y -tubulina forman unos filamentos huecos enormemente largos llamados

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microtbulos, cuya funcin es fundamentalmente estructural, ya que forman parte del citoesqueleto de las clulas (Figura 16a). La fibrina es otra protena que forma una asociacin supramolecular. Los monmeros de fibrina originados a partir del fibringeno se unen entre s mediante enlaces covalentes para formar la malla tridimensional caracterstica del trombo o cogulo sanguneo (Figura 40). En otros casos, las protenas se unen a otras biomolculas para formar asociaciones supramoleculares. As, cuando se unen con azcares se forman los proteoglicanos y los peptidoglicanos, cuando se unen con lpidos forman las membranas biolgicas y cuando se unen con cidos nucleicos forman ribosomas, nucleosomas o virus (Figura 16b).

DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS

La estructura que adopta una protena en presencia del disolvente acuoso es la que le permite llevar a cabo su funcin y se denomina estructura nativa. Cualquier alteracin de la estructura nativa que modifique su interaccin con el disolvente y que provoque su precipitacin dar lugar a una estructura desnaturalizada. Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida total o parcial de las estructuras de orden superior (secundaria, terciaria o cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica reducida a un polmero estadstico sin una estructura tridimensional fija, pero que conserva la estructura primaria (Figura 41). Normalmente, la desnaturalizacin es un proceso irreversible pero, en algunos casos, la desnaturalizacin es reversible, ya que la informacin presente en la estructura primaria permite reconstruir las interacciones que dan lugar a los niveles superiores de organizacin (Figura 41). La desnaturalizacin provoca diversos efectos en la protena: una drstica disminucin de su solubilidad, ya que los residuos hidrofbicos (que normalmente se agrupan en el interior de la molcula) aparecen en la superficie y provocan la agregacin y precipitacin de molculas proteicas cambios en las propiedades hidrodinmicas de la protena: aumenta la viscosidad y disminuye el coeficiente de difusin prdida de las propiedades biolgicas: las protenas desnaturalizadas ya no pueden llevar a cabo su funcin biolgica.

Los agentes que provocan la desnaturalizacin de una protena se llaman agentes desnaturalizantes. Se distinguen: agentes fsicos (calor y las radiaciones ionizantes) agentes qumicos (detergentes, disolventes orgnicos, pH, fuerza inica)

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1.- EFECTO DE LOS DISOLVENTES ORGNICOS Y DETERGENTES La polaridad del disolvente disminuye cuando se le aaden sustancias menos polares que el agua como el etanol o la acetona. Con ello disminuye el grado de hidratacin de los grupos inicos superficiales de la molcula proteica, provocando la agregacin y precipitacin. Los disolventes orgnicos interaccionan con el interior hidrofbico de las protenas y desorganizan la estructura terciaria, provocando su desnaturalizacin y precipitacin. La accin de los detergentes es similar a la de los disolventes orgnicos. 2.- EFECTO DE LA FUERZA INICA Un aumento de la fuerza inica del medio (por adicin de sulfato amnico, urea o hidrocloruro de guanidinio, por ejemplo) tambin provoca una disminucin en el grado de hidratacin de los grupos inicos superficiales de la protena, ya que estos solutos (1) compiten por el agua y (2) rompen los puentes de hidrgeno o las interacciones electrostticas, de forma que las molculas proteicas se agregan y precipitan. En muchos casos, la precipitacin provocada por el aumento de la fuerza inica es reversible. Mediante una simple dilisis se puede eliminar el exceso de soluto y recuperar tanto la estructura como la funcin original. A veces es una disminucin en la fuerza inica la que provoca la precipitacin. As, las protenas que se disuelven en medios salinos pueden desnaturalizarse al dializarlas frente a agua destilada, y se renaturalizan cuando se restaura la fuerza inica original. 3.- EFECTO DEL pH Los iones H+ y OH- del agua provocan efectos parecidos, pero adems de afectar a la envoltura acuosa de las protenas tambin afectan a la carga elctrica de los grupos cidos y bsicos de las cadenas laterales de los aminocidos. Esta alteracin de la carga superficial de las protenas elimina las interacciones electrostticas que estabilizan la estructura terciaria y a menudo provoca su precipitacin. La solubilidad de una protena es mnima en su punto isoelctrico, ya que su carga neta es cero y desaparece cualquier fuerza de repulsin electrosttica que pudiera dificultar la formacin de agregados. 4.- EFECTO DE LA TEMPERATURA Cuando la temperatura es elevada aumenta la energa cintica de las molculas con lo que se desorganiza la envoltura acuosa de las protenas, y se desnaturalizan. Asimismo, un aumento de la temperatura destruye las interacciones dbiles y desorganiza la estructura de la protena, de forma que el interior hidrofbico interacciona con el medio acuoso y se produce la agregacin y precipitacin de las protenas desnaturalizadas.

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PROPIEDADES DE LAS PROTENAS

Desde el punto de vista bioqumico, las propiedades de las protenas son: (1) la precipitacin selectiva (2) la capacidad amortiguadora y (3) las propiedades osmticas. 1.- PRECIPITACION SELECTIVA En disolucin acuosa, los residuos hidrofbicos de las protenas globulares se acumulan en el interior de la estructura, mientras que en la superficie aparecen diversos grupos con carga elctrica, que variar en funcin del pH del medio (Figura 33). Los dipolos del agua se orientan alrededor de los grupos cargados en funcin de la carga elctrica de cada grupo, de tal manera que la protena presenta una capa formada por el agua de hidratacin, que es el agua retenida por las cargas elctricas presentes en la superficie de las protenas (Figura 42). Los AA polares sin carga tambin se disponen en la superficie, donde interaccionan con el agua mediante puentes de hidrgeno. Cualquier factor que modifique la interaccin de una protena con el disolvente disminuir su estabilidad en disolucin y provocar su desnaturalizacin y precipitacin. As, la desaparicin total o parcial de la envoltura acuosa, la neutralizacin de las cargas elctricas de tipo repulsivo o la ruptura de los puentes de hidrgeno facilitarn la agregacin intermolecular y provocarn la precipitacin. En muchas ocasiones, la formacin de agregados fuertemente hidrofbicos impide su renaturalizacin, y hacen que el proceso sea irreversible. Sin embargo, en algunos casos, la desnaturalizacin es reversible, ya que la estructura primaria contiene la informacin necesaria y suficiente para recuperar la estructura tridimensional nativa. Esta propiedad es de gran utilidad durante los procesos de aislamiento y purificacin de protenas. Como no todas las protenas reaccionan de igual forma ante un cambio en las condiciones del medio donde se encuentra disuelta, es posible provocar la precipitacin selectiva de protenas. Las protenas precipitadas se separan fcilmente de las dems protenas y, si el proceso es reversible, se puede renaturalizar la protena para que vuelva a adoptar su estructura nativa. Los dos mtodos ms utilizados para provocar la precipitacin selectiva (y reversible) de las protenas son: cambios en la fuerza inica: para ello se utiliza sulfato amnico, urea o cloruro de guanidinio cambios en la polaridad del disolvente para ello se utiliza etanol o acetona

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2.- CAPACIDAD AMORTIGUADORA Esta propiedad se debe a la existencia de (1) los grupos ionizables de las cadenas laterales de los aminocidos Asp, Glu, Lys, Arg, His, Tyr, Cys; y (2) los grupos COOH y NH2 terminales. Por este motivo, las protenas poseen un considerable poder amortiguador en una amplia zona de pH. Aunque cada AA tiene unos grupos ionizables con unas constantes de ionizacin (pKa) caractersticas, el valor de dichas constantes puede verse ligeramente modificado por el entorno proteico. El grupo imidazol del AA histidina es el principal responsable del poder amortiguador de las protenas a pH fisiolgico, ya que su pKa est prximo a 7. Cuando el pH es bajo, los grupos ionizables estn protonados, y la carga neta de la protena es de signo positivo. Cuando el pH es alto, los grupos ionizables estn desprotonados, y la carga neta es de signo negativo. Entre ambas zonas, habr un pH en el que la carga neta de la protena es nula y se denomina pH isoelctrico o punto isoelctrico (pI), y es caracterstico de cada protena. Por tanto: Cuando el pH es igual al pI, la carga neta de una protena es cero A valores de pH por debajo del pH isoelctrico la carga neta de la protena es positiva A valores de pH por encima del pH isoelctrico, la carga neta de la protena es negativa

Cuando el pH del medio es igual al pI, la solubilidad de una protena es mnima ya que, al no haber carga neta, desaparecen las repulsiones electrostticas que podran impedir la agregacin y precipitacin de las molculas de protena (Figura 43). En funcin del punto isoelctrico se pueden distinguir: protenas cidas: son las que tienen un punto isoelctrico bajo (como la pepsina), y a pH fisiolgico estarn cargadas negativamente. protenas bsicas: son las que tienen un punto isoelctrico alto (como las histonas) y a pH fisiolgico estarn cargadas positivamente.

La mayora de las protenas intracelulares tienen carga negativa, ya que su pI es menor que el pH fisiolgico (que est prximo a 7). 3.- PROPIEDADES OSMTICAS Como todo soluto molecular o inico, las protenas ejercen un efecto osmtico cuando existen barreras que limitan su libre difusin. Si tenemos dos compartimentos acuosos separados por una membrana semipermeable y uno de estos compartimentos contiene protenas, stas tienden a captar agua del compartimento vecino (Figura 44). Este efecto osmtico es proporcional al nmero de partculas dispersas. El valor de la presin osmtica se puede calcular mediante la frmula de Van't Hoff ( = mRT). Protenas Pgina 16 de 17

En el caso de las protenas, el efecto osmtico se ve amplificado por otros dos factores. Por un lado, el agua de hidratacin que forma la envoltura acuosa de las protenas contribuye a la presin osmtica (Figura 44). Por otro lado, las protenas se comportan como polianiones, cuyas cargas estn neutralizadas por iones Cl, Na+ o K+. Las membranas biolgicas son algo permeables a estos iones, con lo cual su concentracin a ambos lados de la membrana se equilibra. Sin embargo, la existencia de protenas en slo uno de los compartimentos provoca la retencin permanente de iones difusibles en ese lado de la membrana (efecto Donnan), lo que incrementa el efecto osmtico (Figura 44). Se denomina presin coloidosmtica o presin onctica al efecto osmtico conjunto de las protenas y que es el resultado de (Figura 44): la presin osmtica (que slo depende del nmero de partculas la presin provocada por el agua de hidratacin la presin provocada por el exceso de iones debido al efecto Donnan

La mayor parte del agua en el sistema circulatorio est retenida por el efecto osmtico de las protenas del plasma. Cuando por cualquier circunstancia patolgica disminuye la concentracin de protenas en el plasma, el agua puede fluir libremente hacia los tejidos, provocando un edema.

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