NUCLEOTIDOS -Composicin -Bases nitrogenadas 1.-bases pricas 2.-bases pirimidnicas -Otras bases 1.

-bases modificadas a) mutilaciones b) isopentenil derivados c) tioderivados 2.-productos naturales 3.-anlogos sintticos de bases -Propiedades qumicas de las bases 1.-carcter dbilmente bsico 2.-baja solubilidad 3.-formas tautomricas 4.-absorcin en el UV 5.-reacciones qumicas a) desaminacin b) alquilacin -Nuclesidos Estructura Nomenclatura Propiedades qumicas Otros nuclesidos -Nucletidos Generalidades y nomenclatura Propiedades qumicas Funciones biolgicas 1.-depsito de energa libre 2.-activacin de substratos 3.-forman parte de algunos coenzimas 4.-algunos son segundos mensajeros 5.-sillares de los ac nuclecos Metabolismo PURINAS 1.-Sntesis de nucletidos purnicos. Sntesis de NOVO a) formacin de IMP b) sntesis de AMP y GMP, a partir de IMP c) regulacin de la sntesis de purinas 2.-Va de recuperacin de purinas

PIRIMIDINAS 1.-Sntesis de nucletidos pirimidnicos. Sntesis de NOVO a) sntesis de carbamoil fosfato b) sntesis de orotato y UMP c) sntesis de UTP y CTP a partir de UMP d) regulacin de la sntesis de nucletidos pirimidnicos 2.-Va de recuperacin de pirimidinas Sntesis de desoxirribonucletidos 1.-Sntesis de desoxirribonucletidos difosfato (dNDPs): Ribonucletido reductasa a) estructura b) formacin de un radical libre c) mecanismo de reduccin d) fuente de electrones para la reduccin e) regulacin de la actividad cataltica 2.-Sintesis de desoxirribonucletidos trifosfato (dNTPs) Sntesis de timina: vas de novo y de recuperacin Metabolismo de los nucletidos de desoxiuridina a) timidina quinasa b) dUTPasa c) timidilato sintasa 1) estructura 2) mecanismo cataltico 3) regeneracin del N5,N10 metilen-THF Vias de recuperacin de los desoxirribonucletidos a) sntesis de novo b) va de recuperacin Catabolismo de nucletidos a) catabolismo de purinas 1.- el ciclo de los nucletidos purnicos 2.- mecanismo cataltico de la xantina oxidasa 3.- destino del ac. rico b) catabolismo de pirimidinas

NUCLETIDOS COMPOSICION 1.- La Hidrlisis completa de los ac. nuclicos da lugar a una mezcla equimolar de: a) base nitrogenada heterocclica (purina o pirimidina) b) pentosa (D-ribosa o 2-D-desoxirribosa) c) ortofosfato 2.- La Hidrlisis suave de los ac. nuclicos (enzimtica, nucleasas) da lugar a una mezcla de nucletidos. Nucletidos + nucleotidasas da: a) ortofosfato b) nuclesido

nuclesido + nucleosidasas da: a) pentosa b) base nitrogenada heterocclica Ejemplo:

BASES NITROGENADAS DESCRIPCION Bases nitrogendas heterocclicas que pertenecen a dos tipos fundamentales: 1.- purinas 2.- pirimidinas ejemplo:

1.- Bases pricas: Adenina, Guanina (DNA y RNA) Hipoxantina, Xantina y ac. Urico (metabolismo).

2.- Bases pirimidnicas: Citosina (DNA y RNA), Timina (DNA) Uracilo (RNA); adems ac. Ortico y dihidroortico ( metabolismo).

Abreviaturas ADENINA (A) GUANINA (G) HIPOXANTINA ( I ) OTRAS BASES 1.- Bases modificadas se encuentran preferentemente en el RNA y particularmente en el tRNA. a) metilaciones; metiladas o dimetiladas CITOSINA (C) URACILO (U) TIMINA (T)

b) Isopentenil derivados c) Tioderivados; sobre todo en las pirimidinas

2.- Productos naturales: grupo importante con estructura de base prica son las metilxantinas; cuya accin farmacolgica ms importante es la de inhibir la fosfodiesterasa de cAMP prolongando la accin de este segundo mensajero hormonal.

3.-Anlogos sintticos de bases; que se emplean como agentes antineoplsicos que actan por mecanismos de competitividad, o bien como agentes mutagnicos.

PROPIEDADES QUIMICAS DE LAS BASES 1.- Carcter debilmente bsico; a pH intracelular los grupos bsicos aparecen mayoritariamente en forma desprotonada, por lo que carecen de carga elctrica significativa.

2.- Poco solubles en agua 3.- Presentan tautomeria (isomera ceto-enol o aldimino-cetimino) _

LOS NUCLEOSIDOS Estructura a) Base nitrogenada + pentosa ------- N-glicsido (Nuclesido) b) Enlaces en beta entre: C1 de la pentosa y N1 de las pirimidinas el N9 de las purinas. c) La pentosa es invariablemente en forma furansica y la conformacin del enlace glicosdico puede ser tanto syn- como anti- (se refiere a la situacin relativa de los anillos de base y pentosa; siendo syn- del mismo lado y anti del lado contrario).

NOMENCLATURA 1- Purinas nombre del radical de la base + sufijo -osina 2- Pirimidinas - nombre del radical de la base + sufijo -idina 3- Para la 2-D-desoxirribosa se antepone el prefijo desoxi + nombre del ribonuclesido 4- Los carbonos de la pentosa se numeran como 1, 2, 3, 4 y 5 para distinguirlos de los tomos de la base

Propiedades qumicas 1.- Aumento de la solubilidad con respecto a las bases. 2.- La presencia de la pentosa permite la cuantificacin de los nuclesidos basados en reacciones de deshidratacin del anillo furansico. As, los ribsidos pueden ser cuantificados por la reaccin del orcinol; y los desoxirribsidos por la reaccin de la difenilamina. Estas reacciones son aplicables tambin a los nucletidos y a los ac. nuclicos. 3.- La estructura de nuclesido no modifica para nada las caractersticas de absorcin de luz ultravioleta a 260 nm propias de las bases nitrogenadas.

Otros nuclesidos 1.- Nuclesidos anormales en ac. nucleicos normales. Por ejemplo la pseudouridina (tRNA)

2.- nuclesidos naturales. Por ejemplo la espongouridina y la espongotimidina presentes en las esponjas donde la pentosa es arabinosa. Asi mismo, los antibiticos cordicepina y puromicina.

3.- En teraputica antineoplsica tambien se utilizan multitud de anlogos estructurales de nuclesidos. Por ejemplo el citosin arabinsido.

NUCLETIDOS Generalidades y nomenclatura 1.- La esterificacin de grupos OH presentes en la pentosa de un nuclesido con ortofosfato, pirofosfato o polifosfatos da lugar a las estructuras llamadas nucletidos. Los ribsidos : tienen tres posibilidades; los carbonos 2, 3 y 5 dando lugar a 2, 3, y 5 nucletidos respectivamente. Los desoxirribsidos : tienen dos posibilidades; los carbonos 3 y 5 dando lugar a los 3 y 5 desoxirribonucletidos.

En ocasiones, el mismo grupo fostato aparece esterificando a dos carbonos distintos en la misma pentosa de un nuclesido se forman as los nucletidos cclicos.

El nombre sistemtico de los nucletidos se forma con el nombre del nuclesido seguido del carbono esterificado a fosfato y terminado en monofosfato,-difosfato o trifosfato en su caso. Abreviaturas: (1) el nmero del carbono esterificado por fosfato (2) la letra de la base y (3) el nmero de fosfatos que esterifican. Por ejemplo 5-AMP, 5-ADP y 5-ATP. Para los desoxi se antepone a la abreviatura una d minuscula por ej. 5-dAMP. Existe asi mismo una nomenclatura especial para los 5-ribonuclesidos monofosfato, consistente en aadir el sufijo lico al nombre radical de la base, en el caso de las purinas, o del nuclesido en las pirimidinas. As, ac adenlico 5-AMP, ac guanlico es el 5-GMP, ac citidlico 5-CMP, ac uridlico 5-UMP etc. Propiedades qumicas 1.- Todos poseen un fuerte carter cido a pH fisiolgico presentando carga negativa

2.- Presentan un mximo de absorbancia en torno a los 260 mm debido a la base nitrogenada. 3.- La presencia de fosfato incrementa an ms la solubilidad respecto a los nuclesidos. 4.- Los nucletidos se separan fcilmente por procedimientos cromatogrficos.

Funciones biolgicas 1.- Depsitos de energa libre. Ejemplo ATP 2.- La unin covalente de substratos a nucletidos representa en muchas ocasiones las formas metabolicamente activas de aqullos. Ejemplos: sntesis de glucgeno precursor sintesis de lpidos complejos pecursor activacin de los ac. grasos activacin de los aa en la sint. de protenas Uridin difosfato glucosa citidin difosfato colina CoA aminoacil-adenilato

3.- Los nucletidos operan como coenzimas en multitud de reacciones enzimticas. Por ejemplo: NAD+ y NADP+, FMN y FAD 4.- Los nucletidos cclicos, como el cAMP y el cGMP operan como segundos mensajeros intracelulares de multitud de seales qumicas (hormonas y neurotransmisores.

METABOLISMO DE NUCLETIDOS 1.- Sntesisis de NOVO de nucletidos purnicos. La sntesis ocurre a travs de once reacciones; desde la D-ribosa-5 fosfato hasta el IMP

John Buchanan en 1948

El PRPP: metabolito central en las rutas de novo y de recuperacin

El anillo purnico es ensamblado sobre el PRPP en sucesivos pasos. En muchas reacciones el mecanismo consiste en la activacin por fosforilacin seguido por desplazamiento. Activacin de un tomo de oxigeno (grupo carbonilo) por fosforilacin, seguido del desplazamiento del grupo fosforilo por un grupo amonio o amino actuando como nuclefilo (Nu). Ejemplo:

2.- Glutamina fosforribosilamino transferasa. Enzima con dos dominios; un residuo de cisteina ubicado en el lado amino terminal de uno de ellos produce la formacin de amonio a partir de la glutamina.

Reacciones 3,4 y 5. Mecanismo cataltico de la formilglicinamidina ribtido (FGAM)

Reacciones de la 6 a la 11

Sntesis de nucletidos de adenina y guanina a partir de inosina monofosfato

Los nuclesidos di- y trifosfatos se sintetizan por fosforilacin de nuclesidos monofosfatos AMP + ATP -------------------- 2 ATP GMP + ATP -------------------- GDP +ADP Nuclesido monofosfato quinasas especficas para cada base; ej. Adenilato quinasa. Los nuclesidos di fosfatos se convierten a los correspondientes trifosfatos por la acin de la nuclesido difosfato quinasa. Por ej. GDP + ATP --------------------GTP + ADP

Regulacin de la biosntesis de nucletidos purnicos

Recuperacin de purinas Adenina +PRPP adenina fosforribosil transferasa (APRT) AMP + PPi

Hipoxantina +PRPP hipoxantina-guanina fosforribosil transferasa (HGPRT) IMP + PPi Guanina +PRPP GMP + PPi

El sindrome de Lesch-Nyhan es consecuencia de una deficiencia de HGPRT

Sntesis de Novo de nucletidos pirimidnicos.

a) Sntesis del carbamoil fosfato

Los intermediarios se mueven entre los diferentes sitios activos mediante channeling; evitando asi la difusin y la hidrlisis.

b) Sntesis de orotato y adquisicin del anillo de ribosa a partir del PRPP , para formar un nucletido y posterior conversin en uridina monofosfato (UMP).

c) Sntesis de UTP y CTP El proceso ocurre mediante las acciones secuenciales de las nuclesido monofosfato quinasa y de la nuclesido difosfato quinasa: UMP + ATP ------- UDP + ADP UDP + ATP-------- UTP + ADP El CTP se forma por aminacin del UTP mediante la CTP sintetasa

d) Regulacin de la biosntesis de nucletidos pirimidnicos

2.- Recuperacin de pirimidinas Existe una va de recuperacin de pirimidinas similar a la de las purinas. La pirimidina fosforribosil transferasa sintetiza UMP a partir de uracilo y PRPP, pero no a partir de citosina y PRPP. Sntesis de desoxirribonucletidos. 1.-Sntesis de desoxirribonucletidos (dNDP): ribonucletido reductasa Los desoxirribonucletidos son sintetizados a parir de sus correspondientes ribonucletidos por reduccin de su posicin 2, y no por su sntesis de novo a partir de precursores que contienen desoxirribosa. Las enzimas que catalizan la formacin de los desoxirribonucletidos a partir de los correspondientes ribonucletidos son las ribonucletido reductasas; que son de tres tipos: I) Que contienen un puente de oxgeno difrrico sin grupo hemo, en sus sitios activos, utilizan ribonuclesidos difosfatos como substratos II) Las que utilizan el cofactor 5-desoxiadenosilcobalamina, un coenzima B12, utilizan ribonuclesidos trifosfatos como substratos III) Las que utilizan S-adenosilmetionina y un centro hierro-azufre, utilizan ribonuclesidos trifosfato como substratos a) Composicin-estructura de la ribonucletido reductasa (rNDP reductasa tipo I) en E.coli y mamiferos. Tetrmero alfa 2 beta 2 dispuestas en dos subunidades: R1 y R2 Subunidad R1 de 87 Kda formada por dos cadenas alfa . Esta subunidad contiene el sitio activo; formado por tres residuos de cistena y uno de glutamato, dos centros de control alostrico y un par adicional de grupos tiol activos redox, que interaccionan con un cofactor reductor externo. Subunidad R2 de 43 Kda formada por dos cadenas beta. Contiene un radical libre en un residuo de tirosina que interviene en la reaccin, y un tomo de oxgeno que forma un puente entre dos iones frricos. Este centro de hierro dinuclear estabiliza el radical libre.

b) La enzima genera su radical sobre un residuo especfico de tiroxina, con la ayuda de un puente de oxgeno difrrico

C) Mecanismo de reduccin de los ribonucletidos

d) Origen de los electrones para la reduccin de los rNDP

e) Regulacin de la actividad cataltica

2.- Los dNTPs se producen por fosforilacin de dNDPs. dNDP + ATP-------------------dNTP + ADP Reaccin catalizada por la nuclesido difosfato quinasa; y como dador de fosfato puede ser cualquier nuclesido trifosfato, aunque lo mas frecuente es que sea el ATP. Biosntesis de Novo y de recuperacin los desoxirribonucletidos de timina.

Metabolismo de los nucletidos de desoxiuridina Enzimas A) Timidina quinasa (va de recuperacin ) B) dUTPasa (Importante en la exclusin del uracilo en el DNA ) C) Timidilato sintasa

c) Timidilato sintasa 1) estructura

c) Timidilato sintasa 1) Estructura Es una protena dimrica de 70 KDa, el mecanismo cataltico ha sido muy estudiado mediante anlogos del substrato e inhibidores irreversibles como el 5fluorodesoxiuridilato (FdUMP).

El dTMP se sintetiza a partir de dUMP mediante la timidilato sintasa con N5,N10metilentetrahidrofolato (N5,N10-metiln-THF)como dador de metilos:

El grupo metileno transferido (el carbono con estado de oxidacin del formaldehdo) se reduce a un grupo metilo (estado de oxidacin del metanol) a expensas de la oxidacin del THF a dihidrofolato. El cambio redox tiene lugar mediante la migracin del tomo de H del N(6) del THF, como in hidruro, hacia el grupo metileno exocclico, convirtindolo en un grupo metilo.

2) Mecanismo cataltico de la timididilato sintasa

3.- El N5, N10-metilen-THF se regenera a travs de dos reacciones a) El DHF se reduce a THF mediante NADPH b) La serina hidroximetil transferasa, transfiere el grupo hidroximetil de la serina al THF

Los antifolatos son agentes anticancergenos La inhibicin de la DHFR produce la rpida conversin de todas las reservas de THF a DHFR, a travs de la reaccin de la timidilato sintasa. Inhibidores competitivos del DHF

Rutas de recuperacin de los desoxirribonucletidos a) Sntesis de Novo 1.-Bases + PRPP----fosforribosiltransferasa ----- NMP 2.-NMP + ATP -----quinasas ----------------------- NDP + ADP 3.-NDP + NADPHribonucletido reductasa --- dNDP b) Va de recuperacin Las desoxirribonuclesido quinasas dan directamente los correspondientes dNMP Las ribo- como las desoxirribonuclesido quinasas estn muy extendidas; sin embargo, vara la proporcin entre ellas segn el tipo celular y organismo que se trate. Tipos de desoxirribonuclesido quinasas: 1) 2) 3) 4) Timidina quinasa, citoslica, (TK1) dCitidina quinasa, citoslica, fosforila a dCitidina, dAdenosina y dGuanosina dGuanosina quinasa, mitocondrial Timidina quinasa (isoforma de TK1), mitocondrial, fosforila tambien a dCitidina y dUridina (TK2). Tres de ellas se sintetizan de forma constitutiva; mientras que la TK1 es inducda por la replicacin del DNA y su producto se incorpora al DNAcon mas facilidad que el mismo compuesto sintetizado por la va de Novo.

Degradacin de nucletidos 1) ac. nuclicos de la dieta --- nucleasas pancreticas --------- Nucletidos fosfodiesterasas intestinales --2) Nucletidos --- nucleotidasas especficas de grupo --- Nuclesidos fosfatasas no especficas --------------3) Nuclesido + H2O --- nucleosidasa ------------- base + ribosa 4) Nuclesido + Pi ------- nuclesido fosforilasa --- base + ribosa 1-P Las bases procedentes de la ingesta, en su mayora, como las procedentes del recambio de los ac. nuclicos son degradadas y excretadas. a) Catabolismo de purinas

1.- El ciclo de los nucletidos purnicos La desaminacin del AMP a IMP, al combinarse con la sntesis de AMP a partir de IMP, tiene el efecto de desaminar el aspartato para dar fumarato. Este ciclo es de gran importancia en el musculo para cebar el ciclo de Krebs.

2.- Xantina oxidasa (protena de transporte electrnico) Localizada en higado y mucosa del intestino delgado Homodmero de 130 Kda por cadena que contiene cada una : un FAD, un complejo de Mo que cambia su estado de oxidacin entre VI y IV y dos grupos Fe-S diferentes. El aceptor final de electrones es el O2, que regenera el enzima oxidado, y produce H2O2 que se descompone por las catalasas dando H2O y O2. Hidroxila la hipoxantina en la posicin C2 y a la xantina en posicin C8 dando un producto que tautomeriza a la forma ceto mas estable. La forma enol puede ionizarse de ah el nombre de ac. rico.

3.- Destino del ac. rico En el hombre y otros primates, el producto final de la degradacin de las purinas es el ac. rico, que se excreta por la orina.. Lo mismo es vlido para aves, reptiles terrestres y muchos insectos, pero estos organismos, que no excretan urea, tambien catabolizan el exeso de nitrgeno de los aminocidos a ac. rico a travs de la biosntesis de purinas. La funcin que tiene este sistema es la de conservar el agua.

b) Catabolismo de pirimidinas