INTRODUCCION A LA PROTEINAS Las protenas son biomleculas formadas bsicamente por carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno.

Pueden adems contener azufre y en algunos tipos de protenas, fsforo, hierro, magnesio y cobre entre otros elementos. Las protenas proporcionan estructuras, catalizan reacciones celulares y llevan a cabo multitud de tareas. Su papel central en la clula queda reflejado en el hecho que la informacin gentica se expresa en forma de protenas. Existe para cada protena un segmento de ADN que codifica la informacin que especifica su secuencia de aminocidos. FUNCIONES * Enzimas Protenas variadas y altamente especializadas, con actividad cataltica para las reacciones qumicas de las biomolculas orgnicas en forma especfica. * Transporte Protenas de transporte del plasma sanguneo que fijan y transportan molculas o iones especficos de un rgano a otro. - Hemoglobina: en los eritrocitos fija el O2 a medida que pasa la sangre pasa a travs de los pulmones, lo transporta a los tejidos perifricos y all lo libera para que participe en la oxidacin de los nutrientes para la produccin de energa. - Lipoprotenas: en el plasma transportan lpidos desde el hgado a otros rganos. - Protenas de Membrana: adaptadas para fijar glucosa, aminocidos u otras sustancias y transportarlas a travs de la membrana. * Nutricin y Reserva - Ovoalbmina: protena de la clara de huevo. - Casena: protena de la leche - Ferritina: en bacterias y en tejidos animales y vegetales almacenan hierro. * Estructurales confieren la capacidad de moverse, contraerse, cambiar de forma. - Actina y Miosina: sist. contrctil del msculo esqueltico y otras clulas no musculares. - Tubulina: forma los microtbulos y estos actan con la Dineina de los flagelos y cilios. Filamentos de soporte, que confieren fuerza o proteccin a las estructuras biolgicas. - Colgeno: componente de tendones y cartlagos, posee una resistencia elevada a la tensin - Elastina: ligamentos, que se extienden en 2 dimensiones - Queratina: pelo, uas, plumas * Defensa contra la invasin por otras especies o protegen contra las heridas. - Inmunoglobulinas- Anticuerpos: fabricada por los linfocitos, pueden reconocer y precipitar o neutralizar bacterias, virus o protenas invasoras. - Fibringeno- Trombina (enzimas): coagulacin, impiden perdida de sangre al dao vascular. * Regulacin Hormonas: regulan la actividad celular o fisiolgica. - Insulina: regula metabolismo glucocdico - Protenas G: fijan GDP y facilitan la respuesta a muchas seales hormonales

NOMENCLATURA Se suelen clasificar de acuerdo a los siguientes criterios: * Segn tamao: Pptidos - Oligopptidos: ( 2-10 aminocidos) Ej: Aspartamo (2aa), Oxitocina (9 aa) - Polipptidos: (10-100 aa) Ej: Glucagn Protenas: (1000-3000 aa) * Segn cantidad de cadenas polipeptdicas: Monomricas: constan de una sola cadena, como la mioglobina, citocromo C Oligomricas: constan de varias cadenas. Las distintas cadenas polipeptdicas se llaman subunidades y se unen a travs de enlaces no covalentes, y pueden ser iguales o distintas entre s. Un ejemplo es la hemoglobina, formada por 4 subunidades. * Segn su forma: Fibrosas: Presentan cadenas polipeptdicas largas y una tpica estructura segundaria. Son insolubles en agua y en soluciones acuosas. Algunos ejemplos de estas son la queratina y colgeno. Por lo general, tienen funciones estructurales. Globulares: Se caracterizan por doblar apretadamente sus cadenas en una forma esfrica apretada o compacta. Ejemplo de stas son la mayora de las enzimas, anticuerpos, algunas hormonas, protenas de transporte. * Segn su composicin qumica: Simples u holoprotenas: Su hidrlisis slo produce aminocidos. Ejemplos de estas son la insulina y el colgeno (fibrosas y globulares). Conjugadas o heteroprotenas: Su hidrlisis produce aminocidos y otras sustancias no proteicas Grupo prosttico (slo globulares). OJO= segn las diapositivas las simples corresponden a las apoproteinas y las holoproteinas serian las conjugadas. PROTENAS CONJUGADAS CLASE Lipoprotenas Glucoprotenas Fosfoprotenas Hemoprotenas Flavoprotenas Metaloproteinas GRUPO PROSTTICO Lipidos Glcidos Grupo fosfatos Hemo (Ferroporfirina) Nucleotidos de flavina He-Zn-Ca-Mb-Cu EJEMPLO 1-Lipoproteina de la sangre Ig G Caseina Hemogobina Succinato deshidrogenasa Ferritina- Calmodulina

ESTRUCTURA BASICA DE LAS PROTENAS AMINOACIDOS Existen 20 aminocidos diferentes y todos ellos tienen una parte comn en su molcula que consisten en un grupo amino (NH3) y un grupo cido (COOH), unidos al mismo tomo de Carbono (C) . Se pueden representar como NH2-CHR-COOH, siendo R un radical o cadena lateral caracterstico de cada aminocido. Existen 2 enantimeros (imagen especulares no superponibles, pero que tienen las mismas propiedades fsicas y qumicas, excepto por la interaccin con el plano de la luz polarizada) posibles, pero solo la forma L, se encuentra presente en las protenas. Aminocidos Aminocidos proteicos Aminocidos no Estndar Se utilizan como mensajeros o precursores o mensajeros metablicos

Neurotransmisores: GABA (derivado de glutamina)- Serotonina (triptfano) Hormonas : Tiroxina (tirosina) - Acido indol actico (triptfano) Intermediarios metablicos: Citrulina- Ornitina Se clasifican segn sus radicales R. Hay varios tipos:

APOLARES - Glicina - Alanina - Valina - Leucina - Metionina - Isoleucina

POLARES - Serina - Treonina - Cisteina - Prolina - Aparagina - Glutamina

AROMATICOS - Tirosina - Triptofano - Fenilalanina

BASICOS - Arginina - Histidina - Lisina

ACIDOS - Ac. Asprtico - Ac. Glutmico

ESTADO DE IONIZACION Los aminocidos pueden tener carga neta positiva, negativa o cero. Portan por lo menos 2 grupos cidos dbiles ionizables COOH y NH3+. * El grupo carboxilo de los aa se comporta como cido: COOH COO- + H+ pKa * El grupo amino, actua como base: NH3+ NH2 + H+ pKb Aceptores de protones: COONH2

A pH del plasma y lquido intracelular (7,4 y 7,1), predominan las formas COO- y NH3+.

pH bajo, la mayor parte de los grupos disociables estarn protonados, y por lo tanto habr un gran nmero de cargas positivas en la protena

Neutro

pH elevado, los grupos disociables no estarn protonados, con lo cual habr mayor nmero de cargas negativas

Las fuerzas relativas de los cidos dbiles son expresadas en trminos de sus constantes de disociacin de cidos pKa pK1 (carboxilo) 2-3 Si el pH 2-3 el grupo carboxilo estar protonado. Si el pH 2-3 el grupo carboxilo estar desprotonado. pK2 (amino) 9-11 Si el pH 9-11 el grupo amino estar protonado. Si el pH 9-11 el grupo amino estar desprotonado

PUNTO ISOELCTRICO (PI) Existe un valor de pH caracterstico para cada aa, en el cual la disociacin de cargas positivas y negativas se iguala y por lo tanto, la carga total del aa es nula. A este valor de pH se le denomina punto isoelectrico (pI) y el aa se encuentra en la forma de Zwitterion.

Corresponde al valor medio de los pKa que se encuentran a ambos lados de la especie isoelctrica. - Para aa neutros corresponde al valor medio de los pK1 y pK2. Existen solo 2 grupos disosiables Ej: pI para la Alanina Si pK1= 2.35 y pK2= 9.69 pI = 2.35 + 9.69 = 6.02 2 Para aa cidos o bsicos, depende de cada caso. Tomandose los valores ms cercanos. Existen ms de 2 grupos disosiables

Ej: pI para el Ac. Asprtico Si pK1= 2.09, pKr = 3.86 y Pk2= 9.82 pI = 2.09 + 3.86 = 2.98 2

FORMACIN DEL ENLACE PEPTDICO Los L--aminocidos se unen mediante enlaces peptdicos, para formar los pptidos. La unin entre dos aminocidos, se establece entre el grupo carboxilo (-COOH) de un aminocido y el grupo amino (-NH2) del aminocido inmediato, con la prdida de una molcula de agua. El enlace peptdico tiene un comportamiento similar al de un enlace doble, es decir, presenta una cierta rigidez que inmoviliza en un plano los tomos que lo forman Corresponde a una reaccin de condensacin. PROPIEDADES Es rgido y planar. Tiene carcter parcial de doble enlace. Equilibrio de estructuras resonantes. Formacin de un grupo amida. No tiene libertad de giro. Es mas corto que otros enlaces C-N. Se presenta normalmente en transformacin Trans. Los grupos C=O y N- H son polares y participan en la formacin de puentes de hidrgeno. ESTRUCTURAS DE LAS PROTEINAS La organizacin de una protena viene definida por cuatro niveles estructurales.
Aminocidos Es la secuencia especfica y ordenada de aa que componen la cadena polipeptdica de una Hlice alfa protena. Hoja plegada Los aa como ya vimos estn unidos por enlaces covalentes: enlace peptdico o amida. Hlice alfa Las protenas homlogas tienen secuencias y funciones semejantes. La comparacin de secuencias permite establecer relaciones evolutivas. Las mutaciones corresponden a variaciones en la secuencia: Los aa invariables sonplegada Hoja importantes para la funcin. Las mutaciones conservadoras son cambios entre aa qumicamente semejantes. Hay mutaciones que se relacionan con enfermedades a nivel molecular Patologa molecular

Es la disposicin de la secuencia de aminocidos en el espacio (Plegamiento). Se logra gracias a la capacidad de giro de sus enlaces que van adquiriendo una disposicin espacial estable

 El carcter de doble unin parcial entre el grupo carbonilo al nitrgeno de la unin peptdica restringe de manera significativa las conformaciones posibles, debido a impedimentos estricos entre los grupos NH, -CO y R. Lo rotacin slo puede darse alrededor de las uniones entre el C y el carbono carbonilo (Co) y al nitrgeno. Por lo tanto depende de los valores de y : Angulo alrededor de la unin C -N fi () Angulo alrededor de la unin C Co psi () El Diagrama de Ramachandran ilustra las conformaciones permitidas que caracterizan a los dos tipos de estructura: paralela hlice lmina antiparalela Las conformaciones ms favorables dependen de la secuencia de aa y se estabilizan por enlaces no covalentes: Puentes de Hidrgeno existe en un nmero muy elevado. Interacciones Hidrfobas o van der Waals aa con cadenas laterales apolares. Interacciones Electroestticas o Puentes salinos grupos carboxilo y amino.

Hlice
La cadena polipeptdica se enrolla en espiral sobre s misma debido a los giros producidos en torno al carbono alfa de cada aminocido. Se mantiene gracias a los enlaces de hidrgeno formados entre el grupo -NH de un enlace peptdico y el grupo -C=O del cuarto aminoacido que le sigue. En las protenas no tienen lugar las hlices con giro hacia la izquierda. Las cadenas laterales se dirigen hacia fuera, lo que permite una mnima repulsin y posibles interacciones entre ellas. Casi todos los grupos peptdicos participan en los enlaces H. Existen algunos residuos que desestabilizan la hlice : Glicina No tiene R, por lo tanto otorga demasiada flexibilidad Prolina restringe el giro de ; no tiene NH para formar puentes de H. Residuos voluminosos Triptfano

Hoja
Conservan su estructura primaria en zigzag y se asocian estableciendo uniones mediante enlaces de hidrgeno entre CO y NH de cadenas adyecentes. Las cadenas laterales se disponen perpendicularmente a la hoja. Es una conformacin simple formada por dos o ms cadenas polipeptdicas : paralelas que corren en el mismo sentido antparalelas que corren en direcciones opuestas

 Disposicin de la estructura secundaria de un polipptido al plegarse sobre s misma originando una conformacin globular, tridimensional En algunos casos existen enlaces covalentes: Se mantiene por enlaces no covalentes: Puentes disulfuro Inicos Hidrofbicos Puentes de Hidrgeno Fuerzas de Van der Waals

Estructura compacta que excluye las molculas de agua de su interior. En el interior se agrupan residuos hidrofbicos y al exterior los grupos polares. La ausencia de agua facilita las interacciones inicas y los enlaces de hidrgeno. Las protenas grandes suelen presentar Dominios estructurales: Son unidades estructuralmente independientes que presentan caractersticas y funciones definidas como la unin con ligandos especficos. Otros ejemplos: Mano EF (configuracin hlice-vuelta-hlice) se une a Ca++ Dedo de Zn en protenas que unen ADN.

 Unin mediante enlaces dbiles (no covalentes) de varias cadenas polipeptdicas con estructura terciaria, para formar as un complejo proteico. Cada una de estas cadenas polipeptdicas recibe el nombre de protmero. Las subunidades se organizan de manera simtrica. 4 protmeros por ejemplo forman la Hemoglobina (22) Proporcionan mayor estabilidad y regulacin alostrica Se estabilizan a travs de las mismas fuerzas que la estructura terciaria. DENATURACIN DE PROTENAS Consiste en la prdida de la estructura terciaria, por romperse los puentes que forman dicha estructura. Una protena soluble en agua cuando se desnaturaliza se hace insoluble en agua y precipita. Se produce por agentes que interfieren en las fuerzas de estabilizacin: variacin de pH, temperatura, detergentes (hidrofbicos), Mercaptoetanol (enlace disulfuro), agitacin. La estructura primaria se mantiene intacta. En la estructura secundaria las protenas pierden todos los patrones de repeticin regulares como las alfa-hlices y adoptan formas aleatorias. La mayora de las protenas biolgicas pierden su funcin biolgica, por ejemplo, las enzimas pierden su actividad cataltica, porque los sustratos no pueden unirse ms al sitio activo. Es un proceso que puede ser reversible La desnaturalizacin de cidos nucleicos como el ADN por altas temperaturas, produce una separacin de la doble hlice, que ocurre porque los enlaces puente hidrgeno se rompen. Los filamentos del cido nucleico vuelven a unirse una vez que las condiciones "normales" se restauran, pero si las condiciones son restauradas demasiado rpidamente, las cadenas pueden no alinearse correctamente.

SEPARACIN Y PURIFICACIN DE PROTENAS PARA ANALISIS Se utiliza la Centrifugacin que es el mtodo ms comn de separacin. En este mtodo, el tubo de centrfuga se llena con una mezcla uniforme problema. Tras la centrifugacin se obtienen dos fracciones: un pellet que contiene el material sedimentado y un sobrenadante con el material no sedimentado. Luego se aprovechan las propiedades de las protenas en solucin para separar mezclas de stas basndose en su: Tamao (peso) molecular Solubilidad

 Carga elctrica Afinidad biolgica por otras molculas. Las separaciones analticas se realizan fundamentalmente por: Cromatografa: separa los componentes de una mezcla por su afinidad relativa a 2 fases, una mvil y otra estacionaria Electroforesis: separa los componentes en base a sus caractersticas de carga y/o tamao. Los cidos nucleicos ya disponen de una carga elctrica negativa, que los dirigir al polo positivo, mientras que las protenas se cargan con sustancias como el SDS (detergente) que incorpora cargas negativas de una manera dependiente del peso molecular. Para la separacin se usa un gel de poliacrilamida. Al poner la mezcla de molculas y aplicar un campo elctrico, stas se movern y debern ir pasando por la malla, por la que las pequeas se movern mejor, ms rpidamente. As, las ms pequeas avanzarn ms y las ms grandes quedarn cerca del lugar de partida

Tama o Dilisis Las protenas globulares se separan en disolucin utilizando una membrana semipermeable para retener molculas de protena, permitiendo que las molculas pequeas de soluto y de agua las atraviesen. Ultrafiltracin Se utiliza la presin de la fuerza centrfuga para hacer pasar por una membrana semipermeable agua y molculas pequeas, reteniendo a las protenas.

Centrifugacin en gradiente de densidad. Se usa una solucin de sacarosa cuya concentracin vara de 20 al 60%, se puede separar una mezcla de protenas, que al centrifugar, se separaran en bandas, segn su tamao, forma y densidad. Cromatografa de exclusin molecular Filtracin en gel Se utiliza como matriz un gel con esferas que poseen poros en su interior, entonces las molculas pequeas penetran en los poros, en cambio las molculas grandes, incapaces de penetrar por los poros, solo se mueven entre las bolas, donde la velocidad de solvente es superior. Como consecuencia, las molculas de mayor peso, son eluidas antes.

Solubilidad

Precipitacin con sulfato de amonio Las sales neutras afectan la solubilidad de las protenas globulares: A concentraciones, las sales la solubilidad de las protenas ya que se induce la ionizacin de los grupos R disociables de la protena. Solubilidad diferencial por diferentes solventes Adicin de solventes orgnicos con el agua, como lo son el etanol y la acetona disminuye la solubilidad de la mayor parte de las protenas globulares, de tal forma que precipitan. Carga Elctrica Cromatografa de Intercambio Inico Se basa en la atraccin entre iones del soluto y puntos cargados que existen en la fase estacionaria. En unas condiciones determinadas sern retenidas en la columna las protenas que tengan una carga complementaria a la de la matriz del gel (las protenas cargadas negativamente sern retenidas por una matriz cargada positivamente), siendo eluidas las restantes. Electroforesis segn Enfoque Isoelctrico Se separan las protenas en un gel donde se ha establecido un gradiente de pH y al aplicar el campo elctrico, las protenas van a migrar hasta la zona del gel donde el pH sea igual a su punto isoelctrico y en ese punto se detendr

Afinidad Cromatografa de Afinidad Los bolas del gel estan recubiertas de un ligando por el que tiene afinidad algunas de las protenas a aislar. Al pasar la mezclaIntercambioprotena es retenida en la superficie de las compleja, sta Cromatografa Infiltracin en bolas, fluyndose las demas.gel inico por afinidad

MTODOS PARA LAS DETERMINACIONES ESTRUCTURALES DE PROTENAS

Difraccin de Rayos-X (Cristalografia) slidos, estructura tridimensional Espectroscopia circular del dicrosmo Estructura 2ria Espectroscopia determinacin de cantidades muy pequeas Resonancia magntica nuclear(NMR) espectroscopia provee informacin acerca de los tomos RELACIN ESTRUCTURA-FUNCIN Las protenas estn compuestas por cadenas de pptidos que para poder desempear su funcin biolgica deben plegarse de una determinada manera, adoptando una forma tridimensional estable. Cuando una protena pierde su estructura tridimensional, por denaturacin tambin pierde su funcin, provocando una PATOLOGIA. La concentracin de una protena es el resultado de un balance entre la velocidad de sntesis y degradacin de la misma. Transporte de Oxgeno Hemoglobina (4 subunidades) Mioglobina (1 subunidad) Una modificacin en la estructura de la hemoglobina, como alteraciones en la cadena beta de la hemoglobina puede provocar la prdida de funcin de la misma. Por ejemplo: Anemia Mediterrnea o Talasemia : produccin defectuosa de hemoglobina que lleva a una disminucin en la produccin y un aumento de la destruccin de los glbulos rojos.

Anemia Falciforme o Hemoglobina S: mutacin en donde el Acido Glutmico es sustituido por Valina de la cadena B. Cuando la hemoglobina S se desoxigena disminuye su solubilidad y precipita dentro del hemate y da lugar a la formacin de una red gelatinosa, produciendo eritrocitos rgidos y en forma de hoz, con menor capacidad de transporte de O2 Otro ejemplo de alteraciones estructurales es la Protena Prion Su accin patgena consiste en ser una forma modificada de una protena natural existente en el organismo que al entrar en contacto con las protenas originales las induce a adoptar la forma del prin, que suele ser una forma anormal y disfuncional, todo ello en una accin en cadena que acaba por destruir la operatividad de todas las protenas sensibles al prin.

PROTENAS PLASMTICAS Son todas aquellas protenas que estn presentes en el plasma y que ejercen presin osmtica, con lo que son parte importante en la distribucin del agua entre el plasma y los lquidos titulares.

Protena Albmina, Apolipoprotena, transferan Inmunidad Inmunoglobulinas Manutencin P Osmtica Todas, principalmente Albmina Enzimas Renina, Factores de Coagulacin Inhibidores de proteasas Antitripsina 1 Regulacin del pH (tampn) Todas Velocidad de sntesis o degradacin proteica Cambios en el volumen de distribucin

Funcin Transporte

Para su anlisis hay que tener en cuenta: Concentracin de protenas totales

Solo la variacin de las protenas plasmticas mas abundantes (albmina- Ig) tendrn un efecto significativo