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3cap 26 Biomoleculas, Aminoacidos, Peptidos y Proteinas (Nxpowerlite)

3cap 26 Biomoleculas, Aminoacidos, Peptidos y Proteinas (Nxpowerlite)

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Biomoléculas

:
aminoácidos, péptidos
y proteínas
Las proteínas son biomoléculas grandes que se encuentran en todo organismo vi-
viente. Existen muchos tipos y tienen funciones biológicas diferentes. La quera-
tina de la piel y las uñas, la fibroína de la seda, las telas de la araña y la mayor
parte de las enzimas que catalizan los millares de reacciones biológicas dentro de
las células son proteínas. Sea cual sea su función, todas las proteínas están cons-
truidas de muchas unidades de aminoácidos enlazados en una cadena larga.
1073
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1074 CAPíTULO 26 • Blomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
Los aminoácidos, como su nombre lo indica, son bifuncionales. Contienen
un grupo amino básico, y un grupo carboxilo ácido:
Alanina, un aminoácido
Su valor como bloques biológicos de construcción proviene del hecho de que se
pueden asociar en grandes cadenas formando enlaces amida entre el-NH
2
de un
aminoácido y el-COOH de otro. Con fines de clasificación, las cadenas con me-
nos de 50 aminoácidos suelen denominarse péptidos, en tanto que el término
proteína se reserva para cadenas más largas.
o
11
Muchos H
2
NCHCOH
1
R
o O O
11/ 11/ 11
~ + N H C H C ~ N H C H C ~ N H C H C +
1 1 1
R R' R"
Péptido (muchos enlaces amida)
26.1 Estructuras de aminoácidos
Como los aminoácidos contienen un grupo ácido y un grupo básico, presentan una
reacción ácido-base y se encuentran principalmente en la forma de un ion dipo-
lar, o zwitterion (del alemán zwitter, "híbrido"):
R O
1 11
CH-C-O-H ~
H R O
1 1 11
CH-C-O-
H
Zwitterion
Los iones dipolo de los aminoácidos son sales internas y por ello tienen mu-
chas de las propiedades físicas asociadas con las sales. Poseen momentos dipola-
res grandes, son solubles en agua e insolubles en hidrocarburos, y son sustancias
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26.1 • Estructuras de aminoácidos 1075
cristalinas con puntos de fusión altos. Además, los aminoácidos son anfóteros:
Pueden reaccionar como ácidos o bases, dependiendo de las circunstancias. En so-
lución acuosa ácida, un ion dipolo de un aminoácido es una base que acepta un
protón para formar un catión; en solución acuosa básica, es un ácido que pierde
un protón y da lugar a un anión.
En solución ácida H H O H H O
1 1 11 1 1 11
C-C-O-
+
E )
C-C-OH + H
2
0
I
1 1 1 I
H R H R
En solución básica H H O H O
+ 1 1 11 _
H-N-C-C-O + -OH
i 1
1 11
, ) H-N-C-C-O- + HoO
1 1 ~
H R H R
Note que el carboxilato, -COO-, no el grupo amino, actúa como sitio básico
y acepta un protón en solución ácida. De modo similar, el catión amonio, - NH
3
+,
no el grupo carboxilo, funciona como el sitio acídico y dona un protón en solución
básica.
En la tabla 26.1 se presentan las estructuras de los 20 aminoácidos que se
encuentran en las proteínas en la forma que predomina dentro de las células a
pH 7.3. Todos son a-aminoácidos, lo que significa que el grupo amino en cada
uno es un sustituyente en el carbono a -el siguiente al grupo carbonilo-. Note
que 19 de los 20 aminoácidos son aminas primarias, RNH
2
, y sólo difieren en la
naturaleza del sustituyente adosado al carbono a, llamado cadena lateral. Sin
embargo, la prolina es una amina secundaria cuyo nitrógeno y los carbonos a son
parte de un anillo pirrolidina de cinco miembros.
a-Aminoácido primario
(R = una cadena lateral)
Prolina, a-aminoácido
secundario
Observe que nos referimos a cada uno de los aminoácidos de la tabla 26.1 con
un código abreviado de tres letras; Ala para alanina, Gly para glicina y así suce-
sivamente. Además, también se suele usar un código de una letra, como se ve en-
tre paréntesis en la tabla.
Con excepción de la glicina, H
2
NCH
2
COOH, los carbonos a de los aminoáci-
dos son centros de quiralidad. Por lo tanto, son posibles dos formas enantióme-
ras, pero en la naturaleza sólo se utiliza un enantiómero para la construcción de
proteínas. En las proyecciones de Fischer, los aminoácidos que se encuentran en
forma natural se representan colocando el grupo -COOH en la parte superior y
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TABLA 26.1 Los 20 aminoácidos comunes de las proteínas.
(Las formas qu.e se presentan predominan él pH "" 7.3.)
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1078 CAPíTULO 26 • Blomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
la cadena lateral abajo, como se dibuja un carbohidrato (Sec. 25.2), luego se colo-
ca el grupo -NH
2
a la izquierda.
Debido a su similitud estereoquÍmica con los azúcares L (Sec. 25.3), nos re-
ferimos a los aminoácidos a que se encuentran en forma natural como aminoáci-
dos L.
COOH COOH COOH CHO
H
2
N+H H
2
N+H
+H +H
CH
3
Ó
CH
2
0H CH
2
0H
(8)-Alanina (8)-Serina Estereo-
(L-Alanina) (L-Serina) químicamente
similar a
L-gliceraldehído
(8)-Fenilalanina
(L-Fenilalanina)
Los 20 aminoácidos comunes se pueden clasificar después como neutros, áci-
dos o básicos, dependiendo de la estructura de sus cadenas laterales; 15 de los 20
tienen cadenas laterales neutras; dos (ácido aspártico y ácido glutámico), una
función ácido carboxílico extra en sus cadenas laterales, y tres (lisina, arginina,
e histidina), grupos amino básicos en sus cadenas laterales. Advierta que cisteÍ-
na y tirosina se han clasificado como aminoácidos neutros, aunque tienen cade-
nas laterales poco ácidas y se pueden desprotonar en una solución fuertemente
ácida.
A un pH de 7.3 que se halla en las células, los grupos carboxílicos de la ca-
dena lateral del ácido aspártico y del ácido glutámico están disociados y se en-
cuentran como iones carboxilato, - CO
2
-. De igual forma, los nitrógenos básicos
de la cadena lateral de la lisina y la arginina están protonados a pH = 7.3 Y se
encuentran como iones amonio, - NH
3
+. Sin embargo, la histidina que contiene
un anillo heterocíclico de imidazol en su cadena lateral no tiene la suficiente basi-
cidad para protonarse a pH 7.3. Note que sólo el nitrógeno con doble enlace
con la histidina, semejante al de la piridina, es básico. El nitrógeno con enlaces
sencillos similares al pirrol no es básico porque su par de electrones solitarios for-
man parte del sexteto aromático de electrones 7T del anillo de imidazol (Sec. 24.4).
Básico; semejante
la piridina
o
: N ~ 11
l f':; CH
2r
HCO-
\ NH
3
+
H
~
Anillo de irnjdazol
Histidina
Problema 26.1 ¿Cuántos de los aminoácidos que se muestran en la tabla 26.1 contienen: a) anillo aromá-
tico, b) azufre, c) alcoholes y d) cadenas laterales hidrocarbonadas?
Problema 26.2 Dieciocho de los 19 L-aminoácidos tienen la configuración 8 en el carbono a. La cisteÍna es
el único aminoácido L con una configuración R. Explique la razón.
Problema 26.3 El aminoácido treonina ácido (28, 3R)-2-amino-3-hidroxibutanoico tiene dos centros de
quiralidad. Trace una proyección de Fischer de la treonina.
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26.2 • Puntos isoeléctricos 1079
Problema 26.4 Dibuje una proyección de Fischer de un diastereómero de la treonina e identifique sus cen-
tros de quiralidad como R o S (problema 26.3) .
"
....
26.2 Puntos isoeléctricos
En solución ácida, un aminoácido se protona y se encuentra principalmente co-
mo un catión. En solución básica, se desprotona y se presenta como anión. Así,
debe haber un pH intermedio al cual el aminoácido esté equilibrado entre las
formas aniónica y catiónica y se encuentre como el ion dipolo neutro. Este pH se
llama punto iso eléctrico pI del aminoácido.
R O
+ 1 11
H
3
NCHCOH
pH bajo
(protonado)
Punto isoeléctrico
(ion dipolo neutro)
pH alto
rdesprotonado)
El punto iso eléctrico de un aminoácido depende de su estructura (la tabla
26.1 da los valores de los 20 aminoácidos). Los 15 aminoácidos con cadenas late-
rales neutras o algo ácidas tienen puntos isoeléctricos cercanos a la neutralidad,
en el intervalo de pH entre 5.0 a 6.5. Los dos aminoácidos con cadenas laterales
más ácidas, presentan puntos iso eléctricos a un pH menor, de modo que se supri-
me la disociación del -COOH extra de la cadena lateral, y los tres aminoácidos
con cadenas laterales básicas tienen puntos isoeléctricos a un pH más elevado, de
suerte que se elimina la protonación del grupo amino extra.
Note que los puntos isoeléctricos de los 13 aminoácidos sin cadena lateral
ácida o básica son el promedio de las dos constantes de disociación, pK
a1
Y pK
a2
.
La alanina, por ejemplo, tiene pK
a1
= 2.34 Y pK
a2
= 9.69, de modo que el pI de la
alanina es (2.34 + 9.69)/2 o 6.01. Para los cuatro aminoácidos con una cadena la-
teral muy ácida o poco ácida, el pI es el promedio de los dos valores más bajos de
pKa; por último, para los tres aminoácidos con una cadena lateral básica, el pI es
el promedio de los dos valores más altos de pKa.
Ácido
pE;, = 3.65 pE;, = 1.88
(
O O
)
11 11
HOCCH
2
CHCOH
1
NH;t
Ácido aspártico
pI = 1.88 + 3.65 = 2.77
2
B.60
Básico
10.53 pK
d
= 2.18
(
O
11
+H:INCH2CH2CH2CH21HCOH
NH:/
Lisina
pI = 8.95 + 10.53 = 9.74
2
)
8.n5
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FIGURA 26.1
Separación de una mezcla
de aminoácidos por
electroforesis. A pH=5.97,
las moléculas de glicina
son neutras y no migran;
las moléculas de lisina
están protonadas y
migran hacia el electrodo
negativo; las moléculas de
ácido aspártico están
desprotonadas y migran
hacia el electrodo positivo.
CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
Aprovechamos la ventaja de las diferencias en los puntos isoeléctricos para
separar una mezcla de aminoácidos o de proteínas en sus constituyentes puros.
Si usamos una técnica conocida como electroforesis, una solución de diferentes
aminoácidos o proteínas se coloca cerca del centro de una tira de papel o de un
gel. El papel -o en su caso el gel- está humedecido con un amortiguador acuo-
so a un pH dado y los electrodos se conectan a los extremos de esa tira. Cuando
se aplica un potencial eléctrico, los aminoácidos con cargas negativas (los que se
han desprotonado a causa de que el pH del amortiguador es más alto que sus
puntos iso eléctricos) migran despacio hacia el electrodo positivo. Al mismo tiem-
po, los aminoácidos con cargas positivas (los que se han protonado porque el pH
del amortiguador es menor que su punto isoeléctrico) migran hacia el electrodo
negativo.
Los diferentes aminoácidos migran a velocidades distintas, dependiendo de
su punto iso eléctrico y del pH del amortiguador acuoso. Así, es posible separar los
diversos aminoácidos. En la figura 26.1 se ilustra esta separación para una mez-
cla de lisina (básica), glicina (neutra) y ácido aspártico (ácido).
/ Tira de papel a pH = 5.97
Si se conocen los valores exactos de pK
a
para los sitios ácidos de un aminoá-
cido (tabla 26.1), se pueden calcular los porcentajes de las formas protonadas,
neutras y desprotonadas en una solución a un pH dado.
Para cualquier ácido tenemos
K - -1 [H30+][A-]
p a - og [HA]
[A-]
= -log[H30+] - log[HA]
[A-]
= pH -log[HA]
Al re arreglar tenemos la ecuación de Henderson-Hasselbalch
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26.2 • Puntos isoeléctricos 1081
De acuerdo con dicha ecuación, el logaritmo de la concentración de la base
conjugada [A -] dividido entre la concentración del ácido [HA] es igual al pH de la
solución menos la pK
a
del ácido. Así pues, si conocemos el pH de la solución y
la pK
a
del ácido, podemos calcular la relación de [A -] a [HA] en la solución. Ade-
más, cuando el pH = pK
a
, las dos formas HA y A-se encuentran en cantidades
iguales.
Para ver cómo utilizar la ecuación de Henderson - Hasselbalch, encontremos
las especies que están presentes en una solución 1.00 M de alanina a pH = 9.00.
Según los datos de la tabla 26.1, la alanina protonada [+H
3
NCH(CH
3
)COOH] tie-
ne un pK
a1
= 2.34, Y la alanina neutra, como ion dipolo [+H
3
NCH(CH
3
)C0
2
-],
tiene una pK
a2
= 9.69.
o O
+ 11 + 11
H
3
NCHCOH + H
2
0
( )
H
3
NCHCO- + H
3
O+ pK
a1
= 2.34
1 1
CH
3
CH
3
O O
+ 11 11
H
3
NCHCO- + H
2
0
( )
H
2
NCHCO- + H
3
O+ pK
a2
= 9.69
1 1
CH
3
CH
3
Como el pH de nuestra solución está mucho más cerca de pK
a2
que de pK
a1
, nece-
sitamos usar pK
a2
para nuestros cálculos. De la ecuación de Henderson-Hassel-
balch, tenemos
[A -]
log-- = pH - pK
a
= 9.00 - 9.69 = -0.69
[HA]
de modo que
[A -]
-- = antilog( -0.69) = 0.20
[HA]
Además, sabemos que
y [A -] = (0.20)[HA]
[A -] + [HA] = 1.00 M
de suerte que tenemos dos ecuaciones simultáneas, las cuales podemos resolver
para dar [HA] = 0.83 Y [A -] = 0.17. En otras palabras, a un pH = 9.00, 83% de
las moléculas de alanina en una solución 1.00 M es neutro (iones dipolo) y 17%
está desprotonado Se pueden efectuar cálculos similares a cualquier otro pH, con
lo que se llega a la curva de titulación que se muestra en la figura 26.2.
Cada rama de la curva de titulación se calcula por separado. La primera, de
pH 1 a 6, corresponde a la disociación de la alanina protonada, HzA +; la segun-
da, de pH 6 a 11, corresponde a la disociación de la alanina como ion dipolo, HA.
Exactamente a la mitad del camino entre las dos ramas está el punto isoeléctri-
co a 6.01. En realidad, es como si hubiéramos comenzado con H
2
A + a pH bajo y
luego lo titulamos con NaOH. Cuando se añaden 0.5 equivalentes de NaOH, la
desprotonación hecha a H
2
A + es de 50%; cuando se agrega un equivalente de
NaOH, la desprotonación de H
2
A + es completa y predomina HA (en el punto isoe-
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1082 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
FIGURA 26.2
Curva de titulación para la alanina; la gráfica se trazó utilizando la ecuación de Henderson-
Hasselbalch. Se trazó por separado cada rama. A pH < 1, la alanina está protonada por
completo; a pH = 2.34, es una mezcla 50:50 de formas protonada y neutra; a pH = 6.01, es
100% neutra; a pH = 9.69, es una mezcla 50:50 de formas neutra y desprotonada, y a un
pH > 11.5, está desprotonada por completo.
8
pH 6
o
+ 11
H3NCHCO-
I
CH3
o O
+ 11 + 11

r
+
H3NCHCOH + H3NCHCO-
I I
CH3 CH3
H
3
NC
1
HCOH
0.5 1.0 1.5 2.0
Equivalentes de HO-
CH3
léctrico); cuando se suma 1.5 equivalentes de NaOH, se ha desprotonado el 50%
de HA, y cuando se añaden dos equivalentes de NaOH, la desprotonación de HA
es completa.
@ ..
Problema 26.5 Para las siguientes mezclas de aminoácidos, pronostique la dirección y la velocidad rela-
tiva de migración de cada componente:
(a) Valina, ácido glutámico e histidina a pH = 7.6
(b) Glicina, fenilalanina y serina a pH = 5.7
(c) Glicina, fenilalanina y serina a pH = 5.5
(d) Glicina, fenilalanina y serina a pH = 6.0
Problema 26.6 La treonina tiene pK
a1
= 2.09 Y pK
a2
= 9.10. Utilice la ecuación de Henderson-Hasselbalch
para calcular la proporción entre las formas protonada y neutra a pH = 1.50. Calcule la
proporción de formas neutra y desprotonada a pH = 10.00.
.. ..
26.3 Síntesis de a aminoácidos
Es posible sintetizar a-aminoácidos usando algunas de las reacciones explicadas
en capítulos anteriores. Uno de los métodos más antiguos de síntesis de a-ami-
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26.3 • Síntesis de a-aminoácidos 1083
noácidos se inicia con la bromación de un ácido carboxílico por tratamiento con
Br
2
y PBrs (reacción de Hell-Volhard-Zelinskii, Seco 22.4). La sustitución SN2 del
ácido a-bromo con amoniaco produce un a-aminoácido.
1. Br2. PBr,i
2. H
2
0
Ácido 4-metilpentanoico
Ácido 2-Bromo
-4-metilpentanoico
NH" )
(demasiado)
CH O
1 3 11
CH
3
CHCH
2
CHCOH
1
NH
2
(R,S)-Leucina (45%)
Alternativamente se obtienen mayores rendimientos del producto cuando la
reacción de desplazamiento del bromuro se efectúa con el método de la ftalimida
de Gabriel (Sec. 24.6) en lugar del método del amoniaco.
"""
Problema 26_7 Muestre cómo preparar los siguientes a-aminoácidos a partir de los ácidos carboxílicos
apropiados:
Ca) Fenilalanina (b) Valina
Síntesis de Strecker
Otro método para la preparación de a-aminoácidos es la síntesis de Strecker,
desarrollada en 1850. Este proceso, que se efectúa en dos etapas, consiste en el
tratamiento de un aldehído con KCN y amoniaco acuoso para dar un a-aminoni-
trilo intermediario, el cual es hidrolizado y da un a-aminoácido.
La síntesis de Strecker se inicia con la reacción del aldehído con amoniaco,
la cual da la imina intermediaria (Sec. 19.9), que añade después HCN en un paso
de adición nucleofílica similar al que se efectúa en la formación de cianohidrina
(Sec. 19.7), El a-aminonitrilo que resulta se somete a hidrólisis en la forma
usual (Sec. 21.8).
:'[H;; )
KCN,H
2
0
Fenilacetaldehído Imina a-Aminonitrilo
(R,S)-Fenilalanina (53%)
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1084
" ..
CAPíTULO 26 • Blomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
Problema 26.8 Muestre cómo sintetizar leucina utilizando el método de Strecker.
Síntesis del amidomalonato
El método más general de preparación para los a-aminoácidos es la síntesis del
amidomalonato, una extensión de la síntesis del éster malónico (Sec. 22.8). La
reacción se inicia convirtiendo el acetamidomalonato dietílico en un ion enolato
al tratarlo con una base, seguido por una alquilación SN2 con un halogenuro pri-
mario de alquilo. La hidrólisis de la amida protectora y de los ésteres se efectúa
cuando se calienta el producto alquilado con ácido acuoso, el resultado es una
descarboxilación que produce un a-aminoácido. Por ejemplo, el ácido aspártico se
puede preparar a partir del bromoacetato de etilo.
1. Na+ -OEt
o
11
HOCí'H,CHCOH
1
NH
2
Ácido (R,S)-aspártico (55%)
Acetamidomalonato
dietílico
Problema 26.9 ¿Qué halogenuros de alquilo necesita utilizar para preparar los a-aminoácidos siguientes
usando el método del amidomalonato?
(a) Leucina (b) Histidina (c) Triptofano (d) Metionina
Aminación reductiva de a-cetoácidos: biosíntesis
Un cuarto método para la síntesis de a-aminoácidos es la aminación re ductiva de
un a-cetoácido con amoniaco y un agente reductor (Sec. 24.6):
o
11
CH
3
CCOOH
Ácido pirúvico
(un a-cetoácido)
",H" )
NaBlL,
CH
3
CHCOOH
1
NH
2
(R,S)-Alanina
Este método tiene un interés particular porque es una estrecha analogía en-
tre un método de laboratorio con la vía por la que la naturaleza sintetiza algunos
aminoácidos. Por ejemplo, la ruta principal para la síntesis del ácido glutámico
en la mayor parte de los organismos es la aminación re ductiva del ácido a-ceto-
glutárico_ El agente reductor biológico es una molécula compleja llamada nicoti-
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26.5 • Péptidos y proteínas 1085
namida adenina dinucleótido (NADH), en una reacción catalizada por una enzi-
ma, la L-glutamato dehidrogenasa. En la sección 29.6 veremos un proceso rela-
cionado.
Ácido a-cetoglutárico
NADll
HOOCCH
2
CH
2
CHCOOH
,lehíd1'Ogena"a 1
NHz
Ácido (S)-Glutámico
26.4 Resolución de
aminoácidos R,S
La síntesis de un aminoácido quiral a partir de precursores aquirales por cual-
quiera de los métodos descritos en las secciones anteriores produce una mezcla
racémica -una mezcla a partes iguales de compuestos S y R-. Para sintetizar
en el laboratorio proteínas que se encuentran en la naturaleza usando aminoáci-
dos sintéticos, primero hay que resolver la mezcla racémica en enantiómeros
puros. Algunas veces esta resolución es factible dejando que la mezcla racémica
experimente una reacción que forme dos diastereómeros, los cuales se separan y
se convierten de nuevo en aminoácido (Sec. 9.10).
Como otra opción se encuentran los métodos biológicos, los cuales se usan
con frecuencia. Se dispone de varias enzimas que catalizan de manera selectiva
la hidrólisis de una amida formada a partir de un aminoácido S y no tocan la ami-
da relacionada de un aminoácido R. Por tanto, es posible resolver una mezcla R,S
de un aminoácido formando un derivado N-acetílico, efectuando la hidrólisis ca-
talizada por la enzima y luego separando el aminoácido S de la amida R que no
ha reaccionado.
o
o
11
RCHCOH /OH
C
11
RCHCOH
1
Carboxi-
peptidasa
1
-C-H
1 1
R
MezclaR,S MezclaR,S Aminoácido S Aminoácido R
26.5 Péptidos y proteínas
Las proteínas y los péptidos son polímeros de aminoácidos en los cuales las uni-
dades de aminoácidos, llamadas residuos, están enlazadas mediante uniones
amida, o uniones peptídicas. Un grupo amino de un residuo forma un enlace ami-
do con el carboxilo de un segundo residuo; el grupo amino del segundo establece
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1086 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
un enlace amido con el carboxilo de un tercero, etc. Por ejemplo, la alanilserina
es el dipéptido que resulta del enlace amida entre el carboxilo de la alanina y el
grupo amino de la serina:
Alanina (Ala) Serina (Ser) Alanilserina (Ala-Ser)
Note que pueden resultar dos dipéptidos de la reacción entre la alanina y la
serina, dependiendo de cuál grupo carboxilo reaccione con cuál grupo amino. Si
el grupo amino de la alanina reacciona con el carboxilo de la serina, resulta la se-
rilalanina:
Serina (Ser) Alanina (Ala) Serilalanina (Ser-Ala)
La larga, repetitiva secuencia de átomos -N - eH - eo - que forman una ca-
dena continua se llama espina dorsal de las proteínas. Por convención siem-
pre se escriben los péptidos con el aminoácido N-terminal (aquel que tiene
libre el grupo amino, -NH
2
) a la izquierda y el aminoácido e-terminal (el que
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w
w
.
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26.6 • Enlaces covalentes en los péptidos 1087
tiene libre el grupo -COOH) a la derecha. El nombre del péptido se indica utili-
zando las abreviaturas de la lista de la tabla 26.1 para cada aminoácido. Así, la
alanilserina se abrevia Ala-Ser (o A-S), y la serilalanina, Ser-Ala (o S-A).
Problema 26.10 Hay seis posibles tripéptidos isómeros que contienen valina, tirosina y glicina. Nómbrelos
usando las abreviaturas de tres y una letra.
Problema 26.11 Dibuje la estructura completa de Met-Pro-Val-Gly e indique los enlaces amida.
26.6 Enlaces covalentes en los péptidos
El enlace amida que une los diferentes aminoácidos unidos en los péptidos no es
diferente de ningún otro enlace amida (Sec. 24.4). Los nitrógeno s amídicos son no
básicos a causa de que su par de electrones no compartido está deslocalizado por
una interacción con el grupo carbonilo. Este traslape del orbital p del nitrógeno
con los orbitales P del grupo carbonilo imparte cierto carácter de doble enlace a
la unión C-N y restringe su rotación alrededor. Como indican las figuras de la
alanilserina y la serilalanina de la sección anterior, el enlace amida es planar y
el enlace N-H está orientado a 180
0
del C=O.
Planar
En los péptidos se encuentra una segunda clase de uniones covalentes cuan-
do se forma un enlace di sulfuro RS-SR entre dos residuos de cisteína. Como vi-
mos en la sección 18.11, los enlaces disulfuro se forman fácilmente por medio de
la oxidación suave de los tioles RSH y se rompen con facilidad mediante una re-
ducción moderada.
+
c=o
I
CHCH
2
I
NH
+
Dos cisteÍnas
(tioles)
+
c=o
I
CHCH
2
I
NH
+
Disulfuro
Un enlace disulfuro entre dos cisteínas de dos péptidos diferentes une cade-
nas que de otro modo estarían separadas. Como alternativa, un enlace di sulfuro
entre dos cisteínas dentro de la misma cadena causa una vuelta de la cadena. Ése
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1088 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
es el caso con la vasopresina, una hormona antidiurética que se encuentra en la
glándula pituitaria. Note que el extremo C-terminal de la vasopresina se encuen-
tra como amida primaria, -CONH
2
, y no como ácido libre.
s
1
Cys-Tyr-Phe-Gl u -Asn -Cys-Pro-Arg -GIy-NH
2
Vasopresina
26.7 Determinación de la estructura de
los péptidos: análisis de aminoácidos


dete:rr:n .

....•..
Stanford Moore
..
1913 e . .
'JI ... ..... . ... <. •
..
... fue.· .


19$2:.; .
La determinación de la estructura de un péptido requiere contestar tres puntos:
¿cuáles aminoácidos están presentes? ¿Cuántos hay de cada uno? ¿Cuál es la
secuencia de los aminoácidos en la cadena peptídica? Las respuestas a las dos
primeras preguntas se obtienen con un instrumento que se llama analizador de
aminoácidos.
Un analizador de aminoácidos es un dispositivo automatizado basado en téc-
nicas analíticas desarrolladas en la década de 1950 por William Stein y Stanford
Moore en el Instituto Rockefeller (ahora Universidad Rockefeller). Con objeto de
prepararlo para el análisis, el péptido se rompe en sus aminoácidos constituyen-
tes reduciendo todos los enlaces di sulfuro , enmascarando los grupos -SH de la
cisteína mediante una reacción SN2 con ácido yodoacético e hidrolizando los en-
laces amida al calentarlos con HCl acuoso. La mezcla resultante de aminoácidos
se analiza colocándola en la parte superior de una columna de vidrio (una colum-
na de cromatografía) llena con un material adsorbente especial. Cuando se bom-
bea una serie de amortiguadores acuosos a través de la columna, los aminoácidos
migran hacia abajo de la columna a velocidades que dependen de su estructura y
de sus puntos isoeléctricos, con lo que se separan.
A medida que cada aminoácido sale (se eluye) del extremo de la columna
cromatográfica, reacciona con una solución de ninhidrina y da un intenso color
púrpura. El color se detecta con un espectrómetro y se obtiene una gráfica del
tiempo de elución en relación con la absorbancia señalada por el espectrómetro.
O=f
0 OH
I +
OH
O
Ninhidrina
O
11
. !COH
a-Aminoácido
(Color púrpura)
Debido a que el lapso requerido para eluir un aminoácido dado de la colum-
na cromatográfica es reproducible, se puede determinar la identidad de los
aminoácidos en un péptido con sólo anotar los tiempos de elución. La cantidad de
cada aminoácido en la muestra se determina midiendo la intensidad del color
púrpura que resulta de su reacción con la ninhidrina. En la figura 26.3 se ven los
resultados del análisis de aminoácidos de una mezcla equimolar estándar de 17
a-aminoácidos. De manera característica, el análisis de aminoácidos requiere al-
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w
w
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FIGURA 26.3
Análisis de aminoácidos de
una mezcla equimolar
de 17 aminoácidos
26.8 11 Determinación de la secuencia de pétldos: degradación de Edman 1089
rededor de 150 picomoles (4-5 fLg) de muestra para una proteína que contiene
alrededor de 200 residuos.
¡
Gly Ala Val
eys
Pro
Arg
0.0 10.0 20.0 30.0 40.0 50.0 60.0 70.0 80.0 90.0
Tiempo de elución (minutos) --->
Problema 26.12 Muestre la estructura del produ(:to que espera obtener por reacción SN2 de un residuo de
cisteína con ácido yodo acético.
Problema 26.13 Muestre las estructuras de los productos obtenidos en la reacción de valina con ninhidri·
na.
26.8 Determinación de la secuencia
de péptidos: degradación de Edman
Si ya se conoce la identidad y la cantidad de los aminoácidos, la tarea siguiente
en la determinación de la estructura es conocer la secuencia en el péptido -esto
es, encontrar en qué orden están enlazados los aminoácidos-o La idea general de
la determinación de la secuencia de un péptido es romper de uno en uno los ami-
noácidos de la cadena peptídica (sea desde el extremo de N-terminal o el de C-
terminal). El aminoácido terminal se separa e identifica, y las reacciones de rup-
tura se repiten sobre el péptido con cadena acortada hasta que se establece toda
la secuencia del mismo.
Ahora, la mayor parte de las determinaciones de secuencia se hace usando
la degradación de Edman, un método eficiente de análisis de N-terminales. Se
cuenta con instrumentos automatizados para determinar las secuencias de pro-
teínas por el método de Edman, que permiten hasta 50 ciclos repetitivos de de-
terminación de secuencias antes de que la formación de subproductos indeseables
interfiera con los resultados. Son tan eficientes que se puede obtener información
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1090 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
de secuencia a partir de cantidades tan pequeñas como 1-5 picomoles, menos de
0.1 J.Lg.
En la degradación de Edman se trata un péptido con fenilisotiocianato
(PITC), C
6
H
5
-N=C=S, seguido por hidrólisis ácida suave (Fig. 26.4). En la pri-
mera etapa se fija el PITC al grupo -NH
2
del aminoácido N-terminal; en la
segunda, se rompe el residuo N-terminal de la cadena peptídica, con lo que se
produce un derivado de la anilinotiazolinona (ATZ) más el péptido de cadena
acortada. Una re arreglo catalizado con ácido posterior del derivado ATZ lo con-
vierte en una feniltiohidantoína (PTH, por sus siglas en inglés), la cual se iden-
tifica cromatográficamente comparando su tiempo de elución con los tiempos de
elución conocidos de los derivados PTH de los 20 aminoácidos comunes. Los pép-
tidos de cadena acortada se vuelven a someter en forma automática a otra vuelta
de la degradación de Edman.
La determinación de la secuencia completa de péptidos y proteínas largos es
poco práctica a causa de la formación de subproductos indeseables que limitan el
método a un máximo de 50 ciclos. En lugar de ello una cadena peptídica larga pri-
mero se rompe por hidrólisis parcial en varios fragmentos más pequeños, se de-
termina la secuencia de cada fragmento y éstos se ajustan emparejando los ex-
tremos que se traslapan. Así se ha podido establecer la secuencia de cadenas de
proteínas con más de 400 aminoácidos.
La hidrólisis parcial de un péptido se puede realizar por medios químicos con
ácido acuoso, o enzimáticos. La hidrólisis ácida no es selectiva y lleva a una mez-
cla más o menos aleatoria de fragmentos pequeños. La hidrólisis enzimática es
muy específica. La enzima tripsina, por ejemplo, sólo cataliza la hidrólisis de pép-
tidos en el lado carboxilo de los aminoácidos básicos arginina y lisina; la quimo-
tripsina nada más rompe en el lado del carboxilo de los aminoácidos con sustitu-
yentes aromáticos: la fenilalanina, la tirosina y el triptofano.
Val-Phe-Leu-Met-Tyr-Pro-Gly-Trp-Cys-Glu-Asp-l1e-Lys-Ser-Arg-His
i r i r I
La quimotripsina rompe estos enlaces. La tripsina rompe estos enlaces.
"------
Problema de práctica 26.1 El análisis de los aminoácidos del péptido angiotensina II muestra la existencia
de ocho aminoácidos diferentes en cantidades equimolares; Arg, Asp, His, Ile,
Phe, Pro, Tyr y Val. La hidrólisis parcial de la angiotensina II con ácido clorhídri-
co diluido produjo los fragmentos siguientes:
(1) Asp-Arg-Val-Tyr (2) Ile-His-Pro (3) Pro-Phe (4) Val-Tyr-Ile-His
¿Cuál es la secuencia en la angiotensina II?
Estrategia Ponga en línea los fragmentos para identificar las regiones de traslape y escriba
la secuencia.
Solución
Asp-Arg-V ~ l - ~
Val-Tyr-l1.e-H ~ s
Ile-His-Pro
Pro-Phe
Asp-Arg-Val-Tyr-l1e-His-Pro-Phe
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w
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FIGURA 26.4 V
Mecanismo de la degradación de Edman para el análisis de N-terminales de péptidos.
1091
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1092
26.9
CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
"" " "
Problema 26.14 ¿Qué fragmentos podrían resultar si se rompiera la angiotensina II con tripsina en un ca-
so y con quimotripsina en otro? (Véase el problema de práctica 26.1.)
Problema 26.15 ¿Cuál es el residuo N-terminal en un péptido que da el siguiente derivado PTH por degra-
dación de Edman?
Problema 26.16 Dibuje la estructura del derivado PTH que se puede formar por degradación de Edman de
la angiotensina II (problema de práctica 26.1)
Problema 26.17 Dé la secuencia de aminoácidos de los hexapéptidos que producen los fragmentos siguien-
tes por hidrólisis ácida parcial: (a) Arg, Gly, Ile, Leu, Pro, Val da Pro-Leu-Gly, Arg-Pro,
Gly-Ile-Val; (b) Asp, Leu, Met, Trp, Va1
2
da Val-Leu, Val-Met-Trp, Trp-Asp-Val
Determinación de secuencia
de péptldos: determinación de
residuos e terminales
La degradación de Edman es un método de análisis excelente para el residuo N-
terminal, así como un método de análisis valioso en la determinación complemen-
taria del residuo e-terminal. El mejor método disponible en la actualidad utiliza
la enzima carboxipeptidasa para romper el enlace amídico e-terminal en una ca-
dena peptídica.
O O
11 11
NHCHCOH
1 1
R R'
Carboxi-
peptidasa
o O
11 11
NHCHCOH + H
2
NCHCOH
1 1
R R'
El análisis se efectúa incubando el polipéptido con carboxipeptidasa y espe-
rando la aparición del primer aminoácido libre que salga en solución. (Luego
también ocurre una degradación, dado que se produce otro e-terminal cuando el
primer aminoácido se rompe y separa.)
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w
w
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26.10 • Síntesis de péptidos 1093
••••••••••••••••• fil •••••• •• @ •• I\ii@ •••
Problema 26.18 Se ha encontrado que un hexapéptido con la composición Arg, Gly, Leu, Pr0
3
tiene práina
en las dos posiciones N-terminal y C-terminal. La hidrólisis parcial da los fragmentos si-
guientes:
Gli-Pro-Arg, Arg-Pro, Pro-Leu-Gly
¿Cuál es la estructura del hexapéptido?
Problema 26.19 Proponga dos estructuras para un tripéptido que por hidrólisis da Leu, Ala y Phe, pero no
reacciona con la carboxipeptidasa ni con el fenilisotiocianato.
26.10 Síntesis de péptidos
Si ya se conoce la estructura, se puede emprender la síntesis de un péptido -qui-
zá a fin de obtener cantidades mayores para su evaluación biológica-o Aunque
las amidas simples suelen formarse por la reacción entre aminas y cloruro de áci-
do (Sec. 21. 7), la síntesis de los péptidos es más difícil porque se deben formar
muchos enlaces amida diferentes en un orden específico y no al azar.
La solución al problema de la especificidad es la protección (Sec. 17.9). Por
ejemplo, si quisiéramos acoplar alanina con leucina para sintetizar Ala-Leu, de-
beríamos proteger el grupo -NH
2
de la alanina y el grupo -COOH de la leucina
para hacerlos no reactivos, luego formar el enlace amida deseado y eliminar los
grupos de protección.
o
11
o
,'----, 11
H
2
NCHCOH

- )
(H
2
N)-CHCOH
", -' 1
Leucina
1
CH
3
Alanina
Proteger)
-COOH
CH
3
1. Forma amida
)
2. Desproteger
o O
11 11
H,NCHC- NHCHCOH
" 1 1
CH
3
CH
2
CH(CH
3
)2
Ala-Leu
Se han diseñado muchos grupos protectores de grupos amino y carboxilo, pe-
ro sólo se usan ampliamente algunos pocos. A menudo, los carboxilos se protegen
convirtiéndolos en sus ésteres metílico o bencílico. Ambos grupos son fáciles de
introducir con los métodos estándares de formación de ésteres (Sec. 21.6) y son
fáciles de eliminar mediante una hidrólisis suave con NaOH acuosa. Los ésteres
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1094 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
bencílicos también se pueden romper por hidrogenólisis catalítica del débil enla-
ce C-O bencílico (RCOO-CH
2
C
6
H
5
+ H
2
~ RCOOH +C
6
H
5
CH
3
).
Leucina
C
s
H
s
CH
2
0H
HC!
Leucinato de metilo
Leucina
Leucinato de bencilo
Con frecuencia los grupos amino se protegen como derivados de ter-butoxi-
carbonilamida (BOC). El grupo protector BOC se introduce por medio de la reac-
ción del aminoácido con dicarbonato di-ter-butílico en una sustitución nucleofílica
de acilo (Sec. 21.5) y se elimina por tratamiento breve con un ácido orgánico fuer-
te como el ácido trifluoroacético, CF
3
COOH.
o
11
H
2
NCHCOH
1
CH
3
Alanina Dicarbonato di-ter-butílico
H
3
C O O
1 1I 11
CH
3
COC --NHCHCOH
, I I
H;¡C CH
3
BOC-Ala
El enlace péptido suele formarse cuando se trata con diciclohexilcarbodiimi-
da (DCC) una mezcla del ácido y la amina protegidos. Como se ilustra en la figu-
ra 26.5, DCC actúa convirtiendo el grupo ácido carboxílico en un agente acilante
reactivo, el cual experimenta después una sustitución nucleofílica de acilo con la
amlna.
En resumen, se necesitan cinco etapas o pasos para sintetizar un dipéptido
como Ala-Leu:
Pasos 1-2 El grupo amino de la alanina se
protege como derivado BOC y el
grupo carboxilo de la leucina se
protege como el éster metílico.
Paso 3 Los dos aminoácidos protegidos se
acoplan utilizando DCC.
O
11
Ala + (t-BUOC)20
1
BOC-Ala
Leu + CHaOH
l
H+
catalizador
Leu-OCH
3
IDCC
BOC-Ala-Leu-OCH
a
w
w
w
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26.10 • Síntesis de péptidos
FIGURA 26.4 ~
Mecanismo de la formación de amida por medio de la reacción de un ácido carboxílico y
una amina con DCC (diciclohexilcarbodiimida).
Primero el ácido carboxílico se suma
al reactivo de carbodiimida y origina
un agente acilante reactivo.
El ataque nucleofílico de la amina al
agente acilante da un intermediario
tetraédrico.
El intermediario pierde
diciclohexilurea y produce
la amida que se desea.
© 1984 JOHN MCMURRY
Diciclohexilcarbodiimida (DCC)
1
1
H O H
\ I! /
~ ~ y , N ' - C
R-C-NHR'+ l I
Amida ~
N,N-Diciclohexilurea
Paso 4 El grupo protector BOC se elimina
mediante tratamiento con ácido.
Paso 5 El éster metálico se elimina
mediante hidrólisis básica.
1095
1 CF3COOH
Ala-Leu-OCH;l
1
NaOH
H
2
0
Ala-Leu
w
w
w
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1096 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
Estas etapas se pueden repetir para añadir un aminoácido en cada ocasión
a la cadena en crecimiento o para enlazar dos cadenas peptídicas. Se ha infor-
mado de muchos logros importantes obtenidos en la síntesis de péptidos, inclu-
yendo una síntesis completa de la insulina humana. La insulina está compuesta
por dos cadenas que suman 51 aminoácidos enlazados por dos puentes disulfuro.
Frederick Sanger definió su estructura y recibió el Premio Nobel en Química en
1958 por su trabajo.
lIe
Cadena A (21 unidades) yal S S
{
Gly
<;ilu I I
Gln -Cys-Cys-Thr-Ser-Ile-Cys-Ser-Leu-Tyr-Gln -Leu -Glu -Asn-Tyr-Cys-Asn
I
S S
I I
S S
Glu Gly
{
His-Leu-Cy:-Gly-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu-Tyr-Leu-Val-Cys/'
Cadena B (30 unidades) 4sn Q-Iu
Yal 4rg
Phe Thr-Lys-Pro-Thr-Tyr-Phe-Phe-Gly
Insulina
••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••
Problema 26. 20 Muestre el para la formación de un derivado BOC por reacción de un aminoá-
cido con dicarborulto di-ter-butílico.
Problema 26.21 Escriba las cinco etapas para la síntesis de Leu-Ala a partir de alanina y leucina .
• •• • • •• • •• • •• • •• • • • • •• • • • • • • • •• • • • • • • • ••
26.11 Síntesis automatizada
de péptidos: técnica en fase
sólfda de Merrlfield
Robert Bruce Merrifield
Robert Bruce Merrifield
nació en 1921 en Fort
Worth, Texas, y recibió su
doctorado en la
Universidad de California
en Los Ángeles, en 1949.
Se incorporó a la cátedra
del Instituto Rockefeller.
En 1984 obtuvo el Premio
Nobel en Química por su
desarrollo de métodos
para la síntesis
automatizada de
péptidos.
Sintetizar cadenas peptídicas largas añadiendo en secuencia un aminoácido es
una tarea larga y tediosa. Sin embargo, es posible una gran simplificación si se
utiliza el método de fase-sólida introducido por R. Bruce Merrifield, del Instituto
Rockefeller. En el método de Merrifield, la síntesis de péptidos se efectúa sobre
esferas sólidas de polímero de poliestireno, preparado de modo que por cada 100
anillos de benceno uno lleve un grupo cloro metilo (-CH
2
CI):
Poliestireno clorometilado
w
w
w
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26.11 • Síntesis automatizada de péptidos: técnica en fase sólida 1097
En el método estándar de fase sólida que expusimos en la sección previa, se
utilizó un éster metílico para proteger el grupo carboxilo durante la formación del
enlace amídico. Sin embargo, en el método de fase sólida el grupo éster protector
es una partícula sólida de polímero. Se requieren cuatro pasos o etapas en la sín-
tesis de péptidos en fase sólida.
Paso 1 Un aminoácido BOC protegido se enlaza
covalentemente al polímero de
poliestireno mediante la formación de
una unión éster (reacción SN2).
Paso 2 El aminoácido unido al polímero se lava
para liberarlo del exceso de reactivo
y enseguida se trata con ácido
trifluoroacético para eliminar
el grupo BOC.
Paso 3 Un segundo aminoácido protegido por
BOC se acopla al primero debido a la
reacción con DCC. El exceso de reactivo
se elimina lavándolo del polímero
insoluble.
El ciclo de desprotección, acoplamiento y
lavado se repite tantas veces como se desee
para añadir unidades de aminoácidos a la
cadena en crecimiento.
Paso 4 Después de que se forma el péptido
deseado, el tratamiento con HF anhidro
elimina el grupo BOC final y escinde el
enlace éster con el polímero; esto produce
el péptido libre.
o
11
BOC-NHrHCOH +
R
lBase
o
11

R
1
1. Lavar
2.CF
3
COOH
o
11

R
j

1. DCC, BOC -NH
1
HCOH
2. Lavar R'
O O
11
BOC-NHCHC- NHCHCOCH
2
Polímero
1 1
R' R
l
El ciclo se repite
muchas veces
O O O
11 11
BOC-NHCHC--f NHCHCt,;- NHCHCOCH
2
Polímero
1 1 1
R" R' R
O O O
1111 11
H
2
NCHC--fNHCHCt,;-NHCHCOH + HOCH
2
Polímero
1 1 1
R" R' R
w
w
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1098 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
Ahora se ha automatizado la técnica de fase sólida y se dispone de sintetiza-
dores de péptidos controlados por computadora para repetir automáticamente las
etapas de acoplamiento y desprotección con diferentes aminoácidos. Cada etapa
tiene altos rendimientos y las pérdidas mecánicas se minimizan porque los pép-
tidos intermedios sólo se eliminan del polímero insoluble en la etapa final. Entre
los diversos éxitos de Merrifield dignos de recalcar está la síntesis de la ribonu-
cleasa pancreática bovina, una proteína que contiene 124 unidades de aminoáci-
dos. La síntesis total sólo requirió seis semanas y se efectuó con un rendimiento
general de 17 por ciento.
26.12 Clasificación
de proteínas
Las proteínas se clasifican en dos tipos importantes, de acuerdo con su composi-
ción. Las proteínas simples, como la albúmina de suero sanguíneo, nada más
producen aminoácidos cuando se hidrolizan; las proteínas conjugadas -mu-
cho más comunes que las primeras- producen otros compuestos además de los
como carbohidratos, grasas o ácidos nucleicos.
Oira forma de clasificar las proteínas es en fibrosas o globulares, según su
forma tridimensional. Las proteínas fibrosas, por ejemplo las de colágena y las
de queratina, consisten en cadenas de polipéptidos, arregladas lado a lado en lar-
gos filamentos. Debido a que estas proteínas son correosas e insolubles en agua,
en la naturaleza sirven para construir materiales estructurales como tendones,
pezuñas, cuernos y músculos. Las proteínas globulares, en cambio suelen es-
tar enrolladas en formas semiesféricas y compactas. Estas proteínas son por lo
general solubles en agua y se mueven dentro de las células. La mayor parte de
los varios millares de enzimas conocidas son proteínas globulares. En la tabla
26.2 se da una lista de algunos ejemplos comunes de ambas clases.
TABLA 26.2 Algunas proteínas fibrosas y globulares comunes
Nombre Ocurrencia y uso
Proteínas fibrosas (insolubles)
Colágenas Pezuñas de animales, tendones, tejidos conectivos
Elastinas Vasos sanguíneos, ligamentos
Fibrinógeno Necesarias para la coagulación de la sangre
Queratinas Piel, lana, plumas, pezuñas, seda, uñas
Miosinas Tejido muscular
Proteínas globulares (solubles)
Hemoglobina Interviene en el transporte de oxígeno
Inmunoglobulinas Interviene en la respuesta inmunológica
Insulina Hormona que regula el metabolismo de la glucosa
Ribonucleasa Enzima que regula la síntesis de RNA
!Uilllrnlii
w
w
w
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26.13 • Estructura de las proteínas 1099
26.13 Estructura de las proteínas
FIGURA 26.6 ..
Las proteínas son tan grandes que la palabra estructura adquiere un significado
más amplio que el que tiene cuando se refiere a la mayor parte de los compues·
tos orgánicos. De hecho. los químicos hablan de cuatro niveles de estructura
cuando describen las proteínas:
• La estructura primaria de una proteína es la secuencia de aminoácidos.
• La estructura secundaria de una proteína describe la orientación de los
segmentos de la espina dorsal del péptido en un patrón regular.
• La estructura terciaria describe el enrolla miento de la proteína en una
forma general tridimensional.
• La estructura cuaternaria describe la reunión de las moléculas de pro·
teínas en grandes estructuras agregadas.
Tomemos tres ejemplos: a·queratina (fibrosa). fibroína (fibrosa). y mioglobi-
na (globular), para ver cómo la estructura superior afecta las propiedades de las
proteínas.
a-Queratina
La a-queratina es la proteína estructural fibrosa que se encuentra en la lana, el
pelo, las uñas y las plumas. Los estudios con rayos X han demostrado que los seg-
mentos de la cadena de a-queratina se enrollan en una estructura secundaria
helicoidal hacia la derecha, semejante al cordón del teléfono (Fig. 26.6). Dicha
Estructura secundaria helicoidal presente en la a-queratina.
w
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1100
FIGURA 26_7 ...
CAPíTULO 26 • Blomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
disposición se llama hélice-a y es estabilizada por enlaces de hidrógeno entre
grupos N-H amido y grupos C=O alejados cuatro residuos. Cada vuelta de la hé-
lice contiene 3.6 aminoácidos y la distancia entre los giros (distancia que se repi-
te) es 540 pm o 5. 40 Á. Casi todas las proteínas globulares contienen segmentos
helicoidales-a en sus cadenas.
Flbroína
La fibroÍna. proteína fibrosa que se encuentra en la seda, tiene una estructura
secundaria denominada hoja plegada-p, en la cual las cadenas de polipéptidos
se alinean en arreglos paralelos que se conservan juntos por medio de enlaces de
hidrógeno entre las cadenas (Fig. 26.7). Aunque no es tan común como la héli-
ce-a, se encuentran r egiones pequeñas de hoja plegada-¡J en las proteínas, donde
algunas secciones de la cadena peptídica se doblan hacia atrás sobre ella mismas.
Estructura de hoja plegada-p que existe en la fibroína de la seda.
Cadena 1
Cadena 2
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Sir John Cowdery
Kendrew
Sir lohn Cowdery
Kendrew nació en 1917
en Oxlord, Inglaterra, y
recibió su doctorado en
física en 1949 trabajando
con sir Lawrence Bragg en
la Universidad de
Cambridge. Trabajó como
profesor en Cambridge
antes de incorporarse al
Medical Research Council.
En 1962 recibió el Premio
Nobel por su trabajo en la
determinación de la
estructura de mioglobina.
Falleció en 1997.
FIGURA 26.8 ~
26.13 • Estructura de las proteínas 1101
Mlogloblna
La mioglobina es una pequeña proteina globular que contiene 153 aminoácidos
en una cadena. La mioglobina, relacionada con la hemoglobina, se encuentra en
los músculos esqueléticos de los mamíferos marinos, donde almacenan el oxíge-
no necesario para sostener a los animales en sus prolongadas inmersiones. La
evidencia con rayos X, obtenida por sir John Kendrew y Max Perutz, ha mostra-
do que la mioglobina consiste en ocho segmentos helicoidales conectados por
enlaces que forman una estructura terciaria casi esférica y compacta (Fig. 26.8).
¿Qué hace que la mioglobina adopte esta forma? Las fuerzas que determinan
la estructura de la mioglobina y de otras proteínas globulares son las mismas
fuerzas simples que actúan sobre todas las moléculas, cualquiera que sea su ta-
maño, para darles la máxima estabilidad. Las interacciones hidrofóbicas de las
cadenas laterales hidrocarbonadas de los aminoácidos neutros tienen una impor-
tancia particular en esto. Los aminoácidos con cadenas laterales no polares,
neutras, tienden a congregarse sobre el interior de una molécula de proteina
alejadas del medio acuoso. En cambio, los aminoácidos ácidos o básicos con cade-
nas laterales con cargas tienden a congregarse en el exterior de la proteína, don-
de se pueden solvatar con el agua.
Estructuras secundaria y terciaria de la mioglobina, una proteína globular.
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1102
Max Ferdlnand Perutz
Max Ferdinand Perutz
nació en 1914 en Viena,
Austria, hijo de fabricantes
textiles. Después de la
invasión alemana de
Austria durante la
Segunda Guerra Mundial,
su familia emigró a
Inglaterra, donde recibió
Su doctorado en la
Universidad de Cambridge
en 1940. Después de un
periodo como profesor en
Cambridge se unió al
Medical Research Council
en 1947. Recibió el
Premio Nobel en Química
por su trabajo sobre la
estructura de la
hemoglobina.
26. 14 Enzimas
CAPITULO 26 • Blomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
En la estabilización de la estructura terciaria de una proteína también tie·
ne importancia la formación de puentes disulfuro entre residuos de cisteína, la
formación de puentes de hidrógeno entre residuos cercanos de aminoácidos y el
desarrollo de atracciones iónicas, llamadas puentes salinos, entre sitios que lle-
van cargas positivas y negativas de las cadenas laterales de varios aminoácidos
dentro de la proteína.
Observe que la mioglobina es una proteína conjugada que contiene un gru-
po orgánico enlazado en forma covalente (grupo prostético) llamado heme.
Numerosas proteínas contienen esos grupos prostéticos, los cuales son esenciales
para su mecanismo de acción.
H, C CH=CH
2
H,C CH,
N- l'e- N
Heme
Una enzima es una sustancia - usualmente una proteína- que actúa como ca·
talizador de una reacción biológica. Como todos los catalizadores, las enzimas no
afectan la constante de equilibrio de una reacción y no pueden ocasionar un cam-
bio químico que sea desfavorable. Las enzimas sólo actúan para abatir la energia
de activación para una reacción, con lo que aceleran dicha reacción.
A diferencLa de muchos de los catalizadores que los químicos usan en ellabo-
ratorio, por lo general las enzimas son específicas en su acción. Con frecuencia,
una enzima sólo catalizará una reacción de un único compuesto, que se llama
sustrato de la enzima. Por ejemplo, la enzima amilasa, que se encuentra en el
conducto digestivo humano, nada más cataliza la hidrólisis del almidón para dar
glucosa; no ataca la celulosa ni otros polisacáridos.
Diferentes enzimas tienen especificidades distintas. Algunas, como la amila-
sa, son específicas para un sustrato único, pero otras actúan sobre un conjunto
de sustratos. Por ejemplo, la papaína, una proteína globular de 212 aminoácidos,
aislada de la papaya, cataliza la hidrólisis de muchas clases de enlaces péptido.
Su capacidad para hidroli zar los enlaces péptido la vuelven útil como ablandador
de carne y limpiador de lentes de contacto.
o O O
11 11 11
+ NHCHC- NHCHC- NHCHC+
1 1 1
R R' R"
Papaína
H,O
O O O
11 11 11
+ NHCHCOH + H,NCHC - NHCHC +
1 1 1
R R' R"
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26.14 • Enzimas 1103
La mayor parte de las más de 2000 enzimas conocidas son proteínas globu-
lares. Además de la parte proteínica, la mayoría de las enzimas tienen una pe-
queña sección no proteínica que se denomina cofactor. La parte proteínica de
esa enzima se llama apoenzima, y la combinación de la apoenzima más el cofac-
tor, holoenzima. Sólo las holoenzimas tienen actividad biológica; ni el cofactor
ni la apoenzima pueden catalizar reacciones solos.
Un cofactor puede ser un ion inorgánico, por ejemplo Zn
2
+, o una molécula
orgánica pequeña, denominada coenzima. La necesidad de muchas enzimas por
cofactores inorgánicos es la razón principal de que requiramos minerales traza
en nuestra dieta. El hierro, zinc, cobre, manganeso y otros numerosos iones me-
tálicos son minerales indispensables que actúan como cofactores enzimáticos,
aunque se desconoce su papel biológico exacto en muchos casos.
Una diversidad de moléculas orgánicas actúan como coenzimas. Muchas -no
todas- coenzimas son vitaminas, moléculas orgánicas pequeñas -que debemos
obtener mediante la dieta- que se requieren en cantidades traza para el desa-
rrollo apropiado. En la tabla 26.3 se da una lista de 13 vitaminas conocidas ne-
cesarias en la dieta humana y sus funciones como enzimas.
TABLA 26.3 Vitaminas y sus funciones con las enzimas
Vitamina
Vitaminas solubles en agua
Ácido ascórbico (vitamina C)
Tiamina (vitamina B
l
)
Riboflavina (vitamina B
2
)
Piridoxina (vitamina B
6
)
Niacina
Ácido fólico (vitamina M)
Vitamina B
12
Ácido pantoténico
Biotina (vitamina H)
Vitaminas solubles en grasa
Vitamina A
Vitamina D
Vitamina E
Vitamina K
Función de la enzima
Hidrolasas
Reductasas
Reductasas
Transaminasas
Reductasas
Metiltransferasas
Isomerasas
Aciltransferasas
Carboxilasas
Sistema visual
Metabolismo del calcio
Antioxidante
Coagulación de la sangre
JIII!] 111 l i ~ L i n n J
Síntomas de deficiencia
Encías sangrantes, hematomas ("moretones")
Fatiga, depresión
Labios partidos, piel escamosa
Anemia, irritabilidad
Dermatitis, demencia
Anemia megaloblástica
Anemia megaloblástica, neurodegeneración
Pérdida de peso, irritabilidad
Dermatitis, anorexia, depresión
Ceguera nocturna, piel reseca
Raquitismo, osteomalacia
Hemólisis de las células rojas de la sangre
Hemorragia, retardo en la coagulación
de la sangre
rr _.u._
115111
Las enzimas se han agrupado en seis clases, de acuerdo con el tipo de reac-
ción que catalizan (tabla 26.4). Las hidrolasas catalizan las reacciones de hidró-
lisis; las isomerasas, las isomerizaciones; las ligas as, el enlace para unir dos mo-
léculas; las liasas, la ruptura para separar una molécula pequeña, como agua, de
un sustrato; las oxidorreductasas, oxidaciones y reducciones, y las transferasas,
la transferencia de un grupo de un sustrato a otro.
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1104 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
TABLA 26.4 Clasificación de enzimas
Clase principal
Hidrolasas
Isomerasas
Ligasas
Liasas
Oxidorreductasas
Transferasas
Algunas subclases Tipo de reacción que catalizan
Lipasas Hidrólisis de un grupo éster
Nucleasas Hidrólisis de un grupo fosfato
Proteasas Hidrólisis de un grupo amida
Epimerasas Isomerización de un centro de quiralidad
Carboxilasas Adición de CO
2
Sintetasas Formación de un nuevo enlace
Descarboxilasas Pérdida de COz
Dehidrasas Pérdida de H
2
0
Dehidrogenasas Introducción de un doble enlace
por eliminación de H
2
Oxidas as Oxidación
Reductasas Reducción
Cinasas Transferencia de un grupo fosfato
Transaminasas Transferencia de un grupoamino
Aunque algunas enzimas, como la papaína y la tripsina, tienen un nombre
común no informativo, el nombre sistemático tiene dos partes y termina en -asa.
La primera parte identifica el sustrato de la enzima, y la segunda, su clase. Por
ejemplo, la hexosa kinasa es una enzima que cataliza la transferencia de un gru-
po fosfato del trifosfato de adenosÍn (ATP) a la glucosa .
• • • • •• • • • • • • • • • • • •• • •• • •• • •• • •• • •• • •• • ••
Problema 26.22 ¿A qué clases corresponden las enzimas siguientes?
(a) Piruvato descarboxilasa (b) Quimotripsina (e) Alcohol deshidrogenasa
••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••
26.15 ¿Cómo actúan las enzimas?
Citrato slntasa
Las enzimas ejercen su actividad catalítica haciendo que se reúnan las molécu-
las reactantes, manteniéndolas en la orientación necesaria para la reacción y
proporcionándoles los sitios acídico o básico necesarios para catalizar las etapas
específicas. Veamos, por ejemplo, la citrato sintasa, una enzima que cataliza la
reacción de tipo aldol de la acetil CoA al oxaloacetato para dar citrato (Sec.
23.14). Esta reacción es la primera etapa en el llamado ciclo del ácido cítrico, en
que los grupos acetilos producidos por la degradación de las moléculas de alimen-
to son "quemados" metabólicamente para producir CO
2
y H
2
0. Analizaremos los
detalles del ciclo del ácido cítrico en la sección 29.5.
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FIGURA 26.9 •
26.15 • ¿Cómo actúan las enzimas? Citrato slntasa
° ° 11 11
-02CCH2CC02 - + CH
3
CSCoA
Oxaloacetato Acetil CoA
Citrato
sintasa
OH
1
-02CCH2CCH2C02 - + HSCoA
1
CO
2
-
Citrato
1105
La citrato sintasa es una proteína globular con una hendidura profunda ali-
neada por un arreglo de grupos funcionales que se pueden fijar al oxaloacetato.
Después de fijarse a éste, la hendidura original se cierra y se abre otra para fijar-
se a la acetil CoA. Esta segunda hendidura también se alinea mediante grupos
funcionales apropiados, que incluyen una histidina en la posición 274 y un ácido
aspártico en la posición 375. Los dos reactantes quedan sostenidos por la enzima
en una proximidad estrecha y con una orientación adecuada para la reacción. En
la figura 26.9 se muestra la estructura de la citrato sintasa según se determinó
por cristalografía con rayos X.
Modelos generados por computadora de la citrato sintasa. la parte (a) es un modelo de
llenado de espacio que muestra las profundas hendiduras en la enzima. la parte (b) es un
modelo de listón, el cual resalta los segmentos helicoidales a de la cadena proteínica e
indica que la enzima es dimérica; esto es, consta de dos cadenas idénticas, mantenidas
juntas por enlaces de hidrógeno y otras atracciones moleculares.
(a) (b)
La primera etapa en la reacción de tipo aldol es la generación del enol de la
acetil CoA. El carboxilo de Asp 375 de la cadena lateral actúa como una base pa-
ra sacar un protón ácido a; al mismo tiempo, el anillo de imidazol de His 274 de
la cadena lateral dona H+ al oxígeno carbonílico. El enol producido realiza una
adición nucleofílica al grupo carbonilo de la cetona del oxaloacetato. La His 274
actúa como una base para eliminar el hidrógeno -OH del enol, mientras otro re-
siduo de histidina en la posición 320 dona simultáneamente un protón al grupo
carbonilo del oxaloacetato, dando citril CoA. El agua hidroliza el grupo éster tiol
de la citril CoA y libera citrato y coenzima A como productos finales (Fig. 26.10).
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• Visualización de la química
(b) Protección del oxígeno
R O
1 11
H
2
NCHCOH + CH;lOH
R O C
1 11 ~ J H 2 0 H
H
2
NCHCOH + [1 , I
' ~
Hel
---
He]
---
R O
1 11
H
2
NCHCOCII:¡
R O
1 11
H
2
NCHCOCH
2
C
6
H
ó
El grupo protector éster se puede eliminar hidrolizándolo con una base:
R O
1 11
H
2
NCHCOCH
3
(c) Formación del enlace amido
R O R' O R O R' O
1 11 1 11 1 11 1 11
1111
BOC-NHCHCOH + H2NCHCOCH:l
DCC
------+ BOC- NHCHC - NHCHCOCH
3
Visualización de la química
•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••
(Los problemas 26,1 a 26.22 están incluidos en el desarrollo del capítulo.)
26.23 Identifique los aminoácidos siguientes:
(a) (b) (c)
26.24 Dé la secuencia del tetrapéptido siguiente (amarillo = S):
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26.16 • Desnaturalización de proteínas 1101
26.16 Desnaturalización de proteínas
FIGURA 26.11 T
Esquema de la
desnaturalización de una
proteína. Una proteína
globular pierde su forma
tridimensional específica y
se enrolla al azar.
Las atracciones intermoleculares débiles conservan con delicadeza la estructura
terciaria de una proteína globular. Con frecuencia, un ligero cambio en la tempe-
ratura o en el pH altera la estructura terciaria y causa que la proteína se desna-
turalice. La desnaturalización se efectúa en condiciones tan suaves que la
estructura primaria permanece intacta, pero la estructura terciaria se desdobla
de una forma globular específica a una cadena enrollada al azar (Fig. 26.11).
Calor
--
-----------------_ .. _ - - ~ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
QUíMICA EN ACCiÓN
La desnaturalización va acompañada por cambios en las propiedades físicas
y biológicas. La solubilidad disminuye en forma drástica, como sucede cuando la
clara de huevo se cuece y las albúminas se desdoblan y coagulan. La mayor par-
te de las enzimas también pierden su actividad catalítica cuando se desnaturali-
zan, debido a que para su acción se necesita una estructura terciaria definida con
precisión. Aunque por lo general la desnaturalización es un proceso irreversible,
en algunos casos se presenta una renaturalización de la proteína desdoblada a su
estructura terciaria estable. La renaturalización se acompaña por una total recu-
peración de la actividad biológica.

Proteínas y nutrición
Todos -desde los niños pequeños hasta quienes cuidan de su peso- necesitan
proteínas. Los niños precisan grandes cantidades de proteínas para tener un
crecimiento apropiado; los adultos, a fin de reemplazar las que pierden cada
día por las reacciones bioquímicas normales del organismo. Las proteínas de la
dieta son necesarias debido a que nuestro organismo sólo es capaz de sinteti-
zar 10 de los 20 aminoácidos comunes a partir de moléculas precursoras sim-
(continúa) ~
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1108 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
pIes; hay que obtener los otros 10 aminoácidos (llamados aminoácidos indis-
pensables) de los alimentos mediante la digestión de las proteínas comestibles.
En la tabla 26.5 se listan los estimados de los aminoácidos indispensables que
requieren un niño pequeño y un adulto.
TABLA 26.5 Requerimientos estimados de aminoácidos indispensables
Requerimiento diario (mglkg de peso corporal)
Aminoácido Menor Adulto
Arginina ? Ninguno
Histidina 33 ?
Isoleucina 83 12
Leucina 35 16
Lisina 99 12
Metionina 49 10
Fenilalanina 141 16
Treonina 68 8
Triptofano 21 3
Valina 92 14
ilMllllm¡¡;¡lijillll
No todos los alimentos proporcionan cantidades suficientes de los 10 ami-
noácidos indispensables para satisfacer nuestras necesidades diarias míni-
mas. La mayor parte de la carne y los productos lácteos son satisfactorios, pero
muchas fuentes vegetales -por ejemplo trigo y maíz- son incompletos; esto
es, muchas proteínas vegetales contienen muy poco de uno o más aminoácidos
indispensables para sostener el crecimiento de los animales de laboratorio. El
trigo es bajo en lisina, por ejemplo, y el maíz es bajo tanto en lisina como en
triptofano.
Si se utiliza un alimento incompleto como única fuente de proteína, se
pueden ocasionar deficiencias nutricionales, especialmente en los niños. Por
tanto, los vegetarianos deben ser cuidadosos y adoptar una dieta variada que
les proporcione proteínas de varias fuentes. Las legumbres y las nueces, por
ejemplo, son útiles para compensar las deficiencias del trigo y los granos. En
la tabla 26.6 se presenta una lista de los aminoácidos limitantes que se en-
cuentran en varios alimentos.
1Il.
TABLA 26.6 Aminoácidos limitantes en algunos alimentos
Alimento
Trigo, granos
Guisantes, frijoles, legumbres
Nueces, semillas
Verduras de hoja verde
! i t tt UE
Aminoácido limitante
Lisina, treonina
Metionina, triptofano
Lisina
Metionina
Tanto el trabajo vigoroso como la proteína en la dieta son necesarios para construir la masa muscular.
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• Resumen y palabras clave 1109
Resumen y palabras clave
PALABRAS CLAVE
a-aminoácido, 1075
a-hélice, 1099
aminoácido, 1074
aminoácido C-terminal,
1086
aminoácido N-terminal,
1086
apoenzima, 1103
cadena lateral, 1075
coenzima, 1103
cofactor, 1103
degradación de Edman,
1089
desnaturalizada, 1107
ecuación de
Henderson-
Hasselbalch, 1080
electroforesis, 1080
enzima, 1102
espina dorsal, 1086
estructura cuaternaria,
1099
estructura secundaria,
1099
estructura terciaria,
1099
estructura primaria,
1099
grupo prostético, 1102
hoja f3-plegada, 1099
holoenzima, 1103
ion dipolo (zwitterion),
1074
péptido, 1074
proteína, 1074
proteína conjugada,
1098
proteína fibrosa, 1098
proteína globular, 1098
punto isoeléctrico (pl),
1079
residuo, 1085
síntesis de Strecker,
1083
vitamina, 1103
Las proteínas son biomoléculas grandes, formadas por residuos de a-aminoáci-
dos enlazados mediante enlaces amido o péptido. Las cadenas con menos de 50
aminoácidos se llaman a menudo péptidos, en tanto que el término proteína se
reserva para las cadenas más grandes. En las proteínas se encuentran co-
múnmente veinte aminoácidos, los cuales son a-aminoácidos; todos, excepto la
glicina, tienen una estereoquímica S similar a la de los azúcares L. En solución
neutra, los aminoácidos se encuentran como iones dipolo o zwitteriones.
Los aminoácidos se pueden sintetizar con diversos métodos, incluyendo la
amonólisis de un a-bromoácido. La reacción de Strecker de un aldehído con
KCN/NH
3
seguida por hidrólisis, alquilación de acetamidomalonato dietílico y
aminación reductiva de un a-cetoácido. La resolución del racemato sintético es
necesaria para obtener un aminoácido con actividad óptica.
La determinación de la estructura de un péptido o de una proteína se lleva
a cabo en varias etapas. La identidad y la cantidad de cada aminoácido existentes
en un péptido se determina por medio de un análisis de aminoácidos. El pépti-
do se hidroliza a sus a-aminoácidos constituyentes, los cuales se separan e identi-
fican. En seguida se investiga la secuencia del péptido. La degradación de
Edman por tratamiento con fenil isotiocianato (PTC) rompe un residuo del
N-terminal del péptido y forma un derivado de la feniltiohidantoína (PTH)
del aminoácido N-terminal. Una serie de determinaciones de secuencia por de-
gradaciones de Edman permite conocer la secuencia de una cadena peptídica has-
ta de 50 residuos de longitud.
La síntesis de péptidos es posible utilizando grupos protectores selectivos.
Un aminoácido N-protegido con un grupo carboxilo libre se acopla a un aminoá-
cido O-protegido con un grupo amino libre en presencia de diciclohexil carbodii-
mida (DCC). Hay una formación de amida, se suprimen los grupos protectores y
se repite la secuencia. Por lo general las aminas se protegen como sus derivados
ter-butoxicarbonilo (BOC) y los ácidos se protegen como ésteres. Esta secuencia
de síntesis se lleva a cabo a menudo siguiendo la técnica en fase sólida de Me-
rrifield, en la cual el péptido se esterifica a un soporte polimérico insoluble.
Las proteínas tienen cuatro niveles de estructura. La estructura primaria
describe la secuencia de aminoácidos en una proteína; la estructura secun-
daria, cómo están orientados los segmentos de la proteína en patrones regulares
-sea hélice-a u hoja plegada-p-; la estructura terciaria, cómo toda la mo-
lécula de proteína se enrolla en una forma general tridimensional, y la estruc-
tura cuaternaria, cómo las moléculas individuales forman agregados de estruc-
turas mayores.
Las proteínas se claaifican en globulares o fibrosas. Las primeras -por
ejemplo, la a-queratina- son correosas, rígidas e insolubles en agua; las segun-
das -como la mioglobina- son solubles en agua y de forma semiesférica. Mu-
chas proteínas globulares son enzimas (sustancias que actúan como catalizado-
res para reacciones biológicas). Las enzimas se agrupan en seis clases, según el
tipo de reacción que catalizan. Su actividad catalítica consiste en reunir las mo-
léculas, conservarlas en la orientación necesaria para la reacción y proporcionar
cualquier sitio ácido o básico para catalizar las etapas específicas.
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1110 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
Resumen de reacciones
1. Síntesis de aminoácidos (Sec. 26.3)
(a) A partir de ácidos a-bromados
Br NH
2
Br2
---+
PBr3
,
RCHCOOH ~
,
RCHCOOH
(b) Síntesis de Strecker
o NH
2
,
NH
, 2
11
RCH
KCN
----+
NH
3
RCHCN
H 0+
~
RCHCOOH
(c) Síntesis del acetamidomalonato dietílico
(d) Aminación reductiva
o
11
RCCOOH
R
,
l.Na+ -OEt) H
2
NCHCOOH
2.RX
3. H
3
0+
NH
2
,
RCHCOOH
2. Determinación de secuencia de péptidos. Degradación de Edman (Sec. 26.8)
N=C=S
'" '" '-'::
RO R'O Ó
HzNCHC-NHCHC+ + I ,r-;;;
3. Síntesis de péptidos (Sec. 26.10)
(a) Protección de nitrógeno
R O O
, 11 "
HzNCHCOH + [(CH3)3COC+z0
O R O
I! '"
------> (CH3)3COC -NHCHCOH
Aminoácido BOC protegido
El grupo de protección BOC se puede suprimir con tratamiento ácido:
O R O
11 '"
(CH3)3COC -NHCHCOH
(continúa) ~
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• Visualización de la química
(b) Protección del oxígeno
R O
1 11
H
2
NCHCOH + CH;lOH
R O C
1 11 ~ J H 2 0 H
H
2
NCHCOH + [1 , I
' ~
Hel
---
He]
---
R O
1 11
H
2
NCHCOCII:¡
R O
1 11
H
2
NCHCOCH
2
C
6
H
ó
El grupo protector éster se puede eliminar hidrolizándolo con una base:
R O
1 11
H
2
NCHCOCH
3
(c) Formación del enlace amido
R O R' O R O R' O
1 11 1 11 1 11 1 11
1111
BOC-NHCHCOH + H2NCHCOCH:l
DCC
------+ BOC- NHCHC - NHCHCOCH
3
Visualización de la química
•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••
(Los problemas 26,1 a 26.22 están incluidos en el desarrollo del capítulo.)
26.23 Identifique los aminoácidos siguientes:
(a) (b) (c)
26.24 Dé la secuencia del tetrapéptido siguiente (amarillo = S):
w
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1112 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
26.25 La isoleucina y la treonina (problema 26. 3) son los únicos dos aminoácidos con dos cen-
tros de quiralidad. Asigne la configuración R o S al átomo de carbono que lleva el grupo
metilo en la isoleucina.
26.26 ¿La estructura siguiente es de D-aminoácido o de L-aminoácido? Identifíquelo.
Problemas adicionales
•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••
;N,.27 Con excepción de la cisteína, en las proteínas sólo se encuentran aminoácidos S; sin em-
bargo, en la naturaleza hay varios aminoácidos R; por ejemplo. la (R)-serina se encuentra
en lllS lombrices, y la (R)-alanina, en larvas de insectos. Dibuje proyecciones de Fischer de
Hmbas. ¿SOf! aminoácidos D o L?
;N,_28 La císteÍna es el único aminoácido que tiene una estereoquímica L y una configuración R.
Diseñe otro aminoácido L que tenga una configuración R.
;N,.29 Dibuje una proyección de Fischer de la (S)-prolina.
;N,.JO Muestre las estructuras de los siguientes aminoácidos en sus formas dipolares:
(a) Trp (b) Ile (c) Cys (d) His
;N,.Jl Explique por qué los aminoácidos existen como iones dipolo o zwitteriones en solución
acuosa, pero principalmente como ácidos carboxílicos no polares en solución en cloroformo.
;N,.J2 ¿A qué pH efectuaría un experimento de electroforesis si desea separar una mezcla de his-
tidina, "erina y ácido glutámico? Explique su respuesta.
;N,.JJ La prolina tIene un pK
a1
= 1.99 y pK
a2
= 10.60. Utilice la ecuación de Henderson-Hassel-
balch para calcular la proporción de formas protonada y neutra a pH = 2.50. Calcule la
proporción de formas neutra y desprotonada a pH = 9.70.
;N,.J4 Con el código de tres letras para el nombre de los aminoácidos, escriba las estructuras de
todos los péptidos posibles que contengan los aminoácidos siguientes:
(a) Val, Ser, Leu (b) Ser, Leu
2
, Pro
;N,.J5 Pronostique el producto de la reacción de la valina con los reactivos siguientes:
(a) CH
3
CH
2
0H, ácido (b) Dicarbonato di-ter-butílico
(c) KOH, H
2
0 (d) CH
3
COCl, piridina; después H
2
0
w
w
w
.
L
i
b
r
o
s
Z
.
c
o
m

• Problemas adicionales 1113
26..36 Muestre cómo podría utilizar la síntesis de Strecker para preparar los aminoácidos si-
guientes:
(a) Glicina (b) Valina
26..:17 Muestre cómo utilizaría el método de acetamidomalonato para preparar los aminoácidos
siguientes:
(a) Leucina (b) Triptofano
26..:18 Muestre cómo puede preparar estos aminoácidos utilizando una aminación reductiva:
(a) Metionina (b) Isoleucina
26..:19 La serina se puede sintetizar por una variación simple del método de amidomalonato em-
pleando formaldehído en lugar de un halo gen uro de alquilo. ¿Cómo se puede hacer esto?
26..40 Escriba la estructura completa de los péptidos siguientes:
(a) Val-Phen-Cys-Ala (b) Glu-Pro-Ile-Leu
.... 1 Muestre las etapas necesarias para la síntesis de Phen-Ala-Val utilizando el procedimien-
to de Merrifield.
26AZ Dibuje la estructura del producto derivado PTH que puede obtener por degradación de Ed-
man de estos péptidos:
(a) Ile-Leu-Pro-Phe (b) Asp-Thr-Ser-Gly-Ala
26.A3 El diagrama siguiente muestra una curva de titulación de un aminoácido.
(a) ¿Cuáles son los valores aproximados de pK
a1
y pK
a2
, Y cuál es el punto isoeléctrico pa-
ra este aminoácido?
(b) ¿Este aminoácido es neutro, ácido o básico?
10
......--
l--/
pH
8
6
4
2
r
O
0.0
'r
L/
0.5 1.0 1.5 2.0
Equivalencias de NaOH
26A4 Las partes de hélice-a de la mioglobina y otras proteínas se detienen siempre que se en-
cuentra un residuo de prolina en la cadena. ¿Por qué en la hélice-a nunca se encuentra
prolina?
26A5 ¿Cuáles enlaces amida se rompen en el polipéptido siguiente con tripsina y cuáles con qui-
motripsina?
Phe-Leu-Met-Lys-Tyr-Asp-Gly-Gly-Arg-Val-Ile-Pro-Tyr
lI6A6 ¿Qué tipos de reacciones catalizan las clases siguientes de enzimas?
(a) Hidrolasas (b) Liasas (c) Transferasas
w
w
w
.
L
i
b
r
o
s
Z
.
c
o
m

1114 CAPíTULO 26 • Blomoléculas: aminoácidos, péptldos y proteínas
26.47 ¿Cuáles de los aminoácidos siguientes es más posible encontrar en el exterior de una pro-
teína globular y cuáles en el interior? Explique su respuesta.
(a) Valina (b) Ácido aspártico (c) Fenilalanina (d) Lisina
26.48 La resina de poliestireno clorometilada que se utiliza para la síntesis de péptidos en fase
sólida de Merrifield se prepara tratando el poliestireno con éter clorometil metílico y un
catalizador ácido de Lewis. Proponga un mecanismo para la reacción.
CH
a
OCH
2
Cl ,
SnCl
4

CH
2
Cl
26.49 La determinación de grupos terminales de Sanger se usa algunas veces como una alterna-
tiva a la degradación de Edman. En el método de Sanger, se deja que un péptido reaccio-
ne con 2,4-dinitrofluorobenceno, el péptido se hidroliza y se identifica el aminoácido N-ter-
minal por separación como su derivado N-2,4-dinitrofenílico. Proponga un mecanismo que
explique la reacción inicial entre el péptido y el dinitrofluorobenceno.
26.50 Las proteínas se pueden romper específicamente en el enlace amido del lado del carboxi-
lo de los residuos de metionina mediante la reacción con bromuro de cianógeno, BrC=N.
o O O O O O
11 11 11
.z- NHCHCNHCH -C-NHCHC +
1 1 1
11 11 11
.z-NHCHCNHCH-C-OH + H2NCHC.z-
1 1 1
R CH
2
R'
1
R CH
2
R'
1
CH
2
-S-CH
3
CH
2
-OH
La reacción se efectúa en varias etapas:
(a) La primera es una reacción de sustitución nucleofílica del azufre de la cadena lateral
de metionina con BrCN para dar un ion cianosulfonio, R
2
SCN+. Muestre la estructu-
ra del producto y proponga un mecanismo para la reacción.
w
w
w
.
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Z
.
c
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• Problemas adicionales 1115
(b) La segunda es una reacción SN2 interna con el oxígeno carbonílico del residuo de me-
tionina que desplaza el grupo saliente del azufre cargado positivamente, lo que forma
un producto anular de cinco miembros. Muestre la estructura del producto y el meca-
nismo de formación.
(c) La tercera etapa es una reacción de hidrólisis para romper la cadena peptídica. El gru-
po carboxilo del primer residuo de metionina es ahora parte de un anillo de lactona (és-
ter cíclico). Muestre la estructura de la lactona y el mecanismo de formación.
(d) La etapa final es una hidrólisis de la lactona para dar el producto que se presenta.
Muestre el mecanismo de la reacción.
26.51 Cuando un a-aminoácido se trata con diciclohexilcarbodiimida (DCC), se produce una 2,5-
dicetopiperazina. Proponga un mecanismo.
R
1
H
2
NCHCOOH
DCC
---+
o
R0
N
/
H
H/
N
0R
O
Una 2,5-dicetopiperazina
26.52 La arginina, el más básico de los 20 aminoácidos comunes, contiene un grupo funcional
guanidino en su cadena lateral. Explique empleando estructuras en resonancia cómo se
estabiliza el grupo guanidina protonado.
NH
11
H
2
N - C-NHCH
2
CH
2
CH
2
CHCOOH
'-------,------ 1
Grupo NH
2
guanidino
Arginina
26.5J El citocromo e es una enzima que se encuentra en las células de todos los organismos ae-
robios, El análisis elemental del citocromo e muestra que contiene 0.43% de hierro. ¿Cuál
es el peso molecular mínimo de esta enzima?
26 . .54 La prueba de una rotación restringida alrededor de los enlaces amido CO- N proviene de
estudios de RMN. A temperatura ambiente, el espectro lH RMN de la N,N-dimetilforma-
mida muestra tres picos: 2,9 8 (singulete, 3 H), 3.08 (singulete, 3 H), 8.0 8 (singulete, 1 H).
Sin embargo, al elevar la temperatura, los dos singuletes a 2.9 8 Y 3.08 se unen despacio.
A 180 oC, el espectro lH RMN sólo muestra dos picos: 2.95 8 (singulete, 6 H) Y 8.0 8 (sin-
gulete, 1 H). Explique este comportamiento dependiente de la temperatura.
CH
3
O
\ 11
N-C-H N,N·Dimetilformamida
/
CH
3
26.55 Proponga una estructura para un octapéptido que muestra la composición Asp, GlY2' Leu,
Phe, Pr0
2
, Val en un análisis de aminoácidos. El análisis de Edman presenta un grupo de
w
w
w
.
L
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b
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Z
.
c
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m

1116 CAPíTULO 26 • Biomoléculas: aminoácidos, péptidos y proteínas
glicina N-terminal y el primer aminoácido que aparece tras una ruptura por carboxipep-
tidasa es la leucina. La hidrólisis ácida da los fragmentos siguientes:
Val-Pro-Leu, Gly, Gly-Asp-Phe-Pro, Phe-Pro-Val
26.56 La reacción de la ninhidrina con un a-aminoácido se efectúa en varias etapas:
(a) La primera es la formación de una imina por reacción del aminoácido con la ninhidri-
na. Muestre su estructura y el mecanismo de formación.
(b) La segunda es una descarboxilación. Muestre la estructura del producto y el mecanis-
mo de la reacción de descarboxilación.
(c) La tercera es la hidrólisis de una imina para dar una amina y un aldehído. Muestre la
estructura de ambos productos y el mecanismo de la reacción de hidrólisis.
(d) La etapa final es la formación del anión púrpura. Muestre el mecanismo de la reac-
ción.
2 ~ O H + H,N!HCOOH
V--('OH
oiN{o
+ RCHO + CO
2
O O O
26.57 Dibuje formas en resonancia para el anión púrpura que se obtiene a partir de la reacción
de ninhidrina con un a-aminoácido (problema 26.56).
26.58 Observe la estructura de la insulina humana (Sec. 26.10) e indique dónde se rompe la ca-
dena por la tripsina y la quimotripsina.
26.59 ¿Cuál es la estructura de un nonapéptido que al romperse da los fragmentos siguientes?
Escisión por tripsina: Val-Val-Pro-Tyr-Leu-Arg, Ser-Ile-Arg
Ruptura por quimotripsina: Leu-Arg, Ser-Ile-Arg-Val-Val-Pro-Tyr
26.60 La oxitocina, hormona nonapéptido secretada por la glándula pituitaria, funciona estimu-
lando la contracción uterina y la lactación durante el parto. Su secuencia se determinó a
partir de la prueba siguiente:
26.61
1. La oxitocina es un compuesto cíclico que contiene un puente disulfuro entre dos resi-
duos de cisteína.
2. Cuando se reduce el puente disulfuro, la oxitocina tiene la constitución Asn, CYS2' Gln,
Gly, Ile, Leu, Pro, Tyr.
3. La hidrólisis parcial de la oxitocina reducida produce siete fragmentos:
Asp-Cys, Ile-Glu, Cys-Tyr, Leu-Gly, Tyr-Ile-Glu, Glu-Asp-Cys, Cys-Pro-Leu
4. La gly es el grupo C-terminal.
5. Tanto Glu como Asp están presentes como amidas en su cadena lateral (Gln y Asn), no
como cadenas laterales de ácidos libres.
¿Cuál es la secuencia de aminoácidos de la oxitocina reducida? ¿Cuál es la estructura de
la oxitocina?
El aspartame, un endulzante no calórico comercializado con el nombre registrado de Nu-
traSweet, es el éster metílico de un dipéptido simple, Asp-Phe-OCH
3

(a) Dibuje la estructura del aspartame.
w
w
w
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r
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Z
.
c
o
m

Perspectiva
• Perspectiva 1117
(b) El punto isoeléctrico del aspartame es 5.9. Trace la estructura principal que existe en
solución acuosa a este pH.
(c) Dibuje la forma principal del aspartame que existe al pH fisiológico pH = 7.3.
26.62 Remítase a la figura 26.4 y proponga un mecanismo para la etapa final en la degradación
de Edman: el rearreglo catalizado por ácido del derivado de ATZ al derivado de PTH.
•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••
26.63 Los aminoácidos son metabolizados por una reacción de transaminación en la cual el
grupo -NH
2
del aminoácido cambia de posición con el grupo ceto de un a-cetoácido. Los
productos son nuevos aminoácidos y un nuevo a-cetoácido. Muestre el producto de transa-
minación de la isoleucina. (Sec. 29.6.)
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w
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