Tema 7.

Enzimas

Bioqumica

TEMA 7

ENZIMAS I
1. Introduccin 2. Las enzimas como catalizadores 3. Nomenclatura y clasificacin de enzimas 4. Cofactores enzimticos 5. Modelos de actuacin de las enzimas

1. Introduccin La vida depende de la existencia de unos catalizadores muy potentes y altamente especficos denominados enzimas. De hecho, todos los pasos de todos los procesos metablicos estn catalizados por enzimas y la capacidad cataltica se considera, junto con la capacidad de autorreplicacin, una de las caractersticas fundamentales de la vida. Con la excepcin de un pequeo grupo de molculas de RNA cataltico (los ribozimas), todas las enzimas conocidas son protenas. El nombre de enzima ("en la levadura") no se emple hasta 1877, pero mucho antes ya se sospechaba que ciertos catalizadores biolgicos intervenan en muchos procesos. As en 1850, Louis Pasteur concluy que la fermentacin de azcar en alcohol por levaduras estaba catalizada por lo que llam fermentos, que l consideraba inseparable de las clulas de levadura vivas. En 1897, Bchner, consigui extraer las enzimas que catalizaban la fermentacin alcohlica de las clulas de levadura, terminando as con la teora vitalista. No obstante hubo que esperar hasta 1926, cuando Sumner consigui purificar y cristalizar por primera vez una enzima, la ureasa, para demostrar su naturaleza proteica. En la actualidad se conocen ms de 2000 enzimas diferentes, muchas de las cuales se han aislado en forma pura. Se utilizan potentes tcnicas de purificacin y secuenciacin, tcnicas de difraccin de rayos X, RMN, etc., para conocer sus enveles estructurales, y tcnicas de mutagnesis dirigida para conocer ms sobre su funcionalidad y sus mecanismos de actuacin.

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2. Las enzimas como catalizadores La funcin principal de las enzimas es actuar como catalizadores de las reacciones de los seres vivos; como tales catalizadores tienen ciertas caractersticas que vamos a estudiar a continuacin. Todas las reacciones qumicas tienen lugar porque cierta fraccin de la poblacin de molculas reactantes poseen la suficiente energa como para alcanzar un estado activado, llamado estado de transicin, en el que es muy elevada la probabilidad de que se rompan o se establezcan enlaces para formar los productos. Este estado de transicin reside en la cima de la barrera energtica que separa los reactantes de los productos, como muestra la Figura 1. En ella se observa el diagrama de energa para una reaccin qumica, no catalizada y catalizada, donde la energa libre de activacin es la cantidad de energa necesaria para llevar todas las molculas de un mol de sustancia, a una temperatura determinada, al estado de transicin.

Figura 1. Evolucin energtica de una reaccin qumica. Se observa la diferencia energtica entre los estados de transicin de las reacciones catalizada y no catalizada.

Existen dos mtodos generales mediante los cuales puede acelerarse la velocidad de una reaccin qumica. Uno de ellos es la elevacin de la temperatura (ya que provoca un incremento en la velocidad de las molculas); el otro consiste en utilizar un catalizador. El catalizador se combina con los reactantes de modo transitorio

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activndolos, produciendo un estado de transicin de menor energa que en la reaccin no catalizada. Una vez formados los productos el catalizador queda libre, y puede ser de nuevo utilizado. Las enzimas disminuyen la energa de activacin, de tal forma que aumentan la velocidad de la reaccin catalizada, sin afectar a las funciones termodinmicas ni a las constantes de equilibrio. La Tabla 1 muestra una comparacin de las energas de activacin para la descomposicin del perxido de hidrgeno, en ausencia o presencia de un catalizador. En ella se puede apreciar cmo el catalizador enzimtico baja an ms la barrera energtica que ha de superarse desde el nivel de reactivos para alcanzar el estado de transicin. Esta es una caracterstica comn de las enzimas. Su alto poder cataltico se debe en parte a su alta especificidad por los sustratos, la cul puede ser absoluta para un nico sustrato o relativa, cuando permite la reaccin de compuestos diferentes pero con una estructura similar.

Tabla 1 Descomposicin enzimtica del agua oxigenada. comparacin de las energas de activacin para la descomposicin del perxido de hidrgeno, en ausencia o presencia de un catalizador

Reaccin

Catalizador

Temperatura (C)

Energa (Kcal/mol)

Descomposicin de H2O2

Ninguno Fe2+ Catalasa

20 22 22

18 10 1,7

La especificidad de las enzimas es muy importante para los seres vivos. Cada clula contiene varios cientos de miles de compuestos diferentes, y existen muchas combinaciones posibles entre las reacciones qumicas que estos compuestos pueden experimentar. Las enzimas cuidan de que tengan lugar, de manera especfica, aquellas reacciones que son esenciales e indispensables para que la clula viva.

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Adems de la especificidad y la alta eficiencia, otras dos caractersticas que diferencian a las enzimas de los catalizadores qumicos, son que las enzimas pueden saturarse por sustrato y tienen capacidad para regular su actividad.

3. Nomenclatura y clasificacin de las enzimas Muchas enzimas han sido designadas aadiendo el sufijo -asa al nombre del sustrato, es decir, la molcula sobre la cul ejerce su actividad cataltica. Por ejemplo la ureasa cataliza la hidrlisis de la urea, y la arginasa cataliza la hidrlisis de la arginina. Otras enzimas han recibido su nombre en funcin del tipo de reaccin que catalizan; as la Gliceraldehdo-3-fosfato-deshidrogenasa cataliza la deshidrogenacin (oxidacin) del Gliceraldehdo-3-fosfato a 3-fosfoglicerato. Incluso algunas se conocen de hace mucho tiempo y mantienen su nombre, sin dar informacin alguna del sustrato o la reaccin que catalizan (tripsina). No obstante, existe una clasificacin sistemtica de las enzimas que las divide en 6 grandes grupos, cada uno de los cuales se divide a su vez en subclases: 1: Oxido-reductasas (reacciones de oxido-reduccin) 2: Transferasas (transfieren grupos funcionales) 3: Hidrolasas (reacciones de hidrlisis), 4: Liasas (reacciones de adicin a los dobles enlaces) 5: Isomerasas (reacciones de isomerizacin) 6: Ligasas (formacin de enlaces con consumo de ATP). A cada enzima se le asigna un nmero con cuatro dgitos. Los tres primeros indican la clase, subclase y sub-subclase, respectivamente, y el ltimo es un nmero de orden. La Tabla 2 muestra la clasificacin internacional de las enzimas en los seis grupos antes citados.

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Tabla 2 Clasificacin internacional de enzimas.

As, por ejemplo, la enzima alcohol deshidrogenasa (EC,1.1.1.1), es una oxidoreductasa (1.), que cataliza la oxidacin de etanol (1.1.) a acetaldehdo, utilizando NAD+ (1.1.1.) como aceptor de electrones y por lo tanto pertenece al grupo 1, se designa como EC 1.1.1.1.

4. Cofactores enzimticos La actividad de algunas enzimas depende solamente de su estructura como protena, mientras que otras necesitan, adems, uno o ms componentes no proteicos, llamados cofactores. El cofactor puede ser un ion metlico o bien una molcula orgnica, llamada coenzima, aunque algunos enzimas necesitan de ambos. El cofactor puede estar fuertemente unido a la protena (suele ser el in metlico, aunque puede igualmente ser un coenzima) y recibe entonces el nombre

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de grupo prosttico, o dbilmente unido, por lo que en realidad acta como un sustrato especfico de la enzima (co-sustrato; suele ser una molcula orgnica, coenzima).

El complejo enzima-cofactor catalticamente activo recibe el nombre de holoenzima. Cuando se separa el cofactor, la protena restante, que por s misma es inactiva catalticamente, se designa con el nombre de apoenzima.

HOLOENZIMA = APOENZIMA + COFACTOR

Centro activo Apoenzima Holoenzima Cofactor

En las enzimas el cofactor puede actuar como centro cataltico primario, grupo puente para reunir el sustrato y la enzima agente estabilizante de la actividad enzimtica (conformacin). La Tabla 3 muestra una relacin de iones metlicos que actan como cofactores de enzimas.
Tabla 3 Iones metlicos como cofactores.

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Por su parte, cada uno de los coenzimas catalogados suele contener en su estructura, alguna vitamina (sustancias orgnicas que, en cantidades mnimas, son vitales para el funcionamiento de todas las clulas, y deben figurar en la dieta de algunas especies) o molcula derivada de ella. Los coenzimas actan por lo general como transportadores intermedios de tomos especficos o de electrones. La Tabla 4 muestra algunos de los coenzimas ms habituales en la catlisis enzimtica.
Tabla 4 Algunos coenzimas mayoritarios en catlisis enzimtica.

Entre las distintas cofactores enzimticos, el NAD+/NADH (nicotinamida adenin dinucletido) y el FAD/FADH2 (falvin adenin dinucletido), en sus forma oxidada/reducida, constituyen coenzimas esenciales en el metabolismo, como aceptores, transportadores y donadores electrnicos. La siguiente figura muestra el par redox NAD+/NADH.

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Estructura del NAD(P)H en su forma oxidada y reducida, ambas requieren como precursor la vitamina cido nicotnico (en azul).

El cido nicotnico es una vitamina precursora del NADH y del NADPH, su falta produce una enfermedad conocida con el nombre de pelagra, aunque nuestro organismo puede producir esta vitamina a partir del aminocido triptfano, en dietas pobres en protenas, en la que est limita el aporte del aminocido, se puede producir la deficiencia.

5. Modelos de actuacin de las enzimas Para explicar la actividad cataltica de las enzimas, se ha propuesto un mecanismo general, en dos etapas:

S + E

ES

P + E

En la primera etapa, la enzima (E) se une a la molcula de sustrato (S), para formar el complejo enzima-sustrato (ES). En una segunda etapa, el complejo se fragmenta dando lugar al producto (P) y a la enzima (E), que vuelve a estar disponible para reaccionar con otra molcula de sustrato. Por lo general, la molcula de enzima es mucho mayor que la del sustrato por lo que slo una pequea parte de la enzima est implicada en la formacin del complejo; esta regin que interacciona con el sustrato y en la que tiene lugar la reaccin, se

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denomina sitio activo de la enzima. El sitio activo es un dominio tridimensional de la enzima con una distribucin de los grupos nica para posibilitar la unin a su sustrato especfico. Dichos grupos del enzima no tienen por qu ser necesariamente consecutivos en la secuencia de la protena y reciben el nombre de centros catalticos. El modelo ms conocido sobre el mecanismo de reaccin de las enzimas es el de Fischer, quien propuso que la molcula de sustrato se adapta al centro activo de la enzima del mismo modo que lo hara una llave al encajar en una cerradura, es decir, que tienen una relacin estructural complementaria (Figura 2). No obstante, esta hiptesis tiene ciertas limitaciones, as si el centro activo posee una estructura prediseada para el sustrato, en caso de que sea un proceso reversible, dicho sitio activo tambin debera estar perfectamente diseado para que encaje el producto de la reaccin. De la misma forma, la teora de la llave-cerradura tampoco explica bien algunos fenmenos de inhibicin enzimtica.

Figura 2. Modelos de accin enzimtica. Modelo llave-cerradura de Fischer.

Otra hiptesis ms aceptada actualmente es la del enzima flexible o de ajuste inducido (modelo de Koshland), que sugiere que el sitio activo no necesita ser una cavidad geomtricamente rgida y preexistente, sino que dicho sitio activo debe tener una disposicin espacial, precisa y especfica, de ciertos grupos de la enzima que al interaccionar con el sustrato se adaptan y ajustan a su estructura (Figura 3).

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Figura 3. Modelos de accin enzimtica. Modelo de ajuste inducido de Koshland.

Independientemente del modelo, una vez formado el complejo enzima sustrato, mediante un mecanismo de distorsin, se activan los enlaces que hay que romper y se aproximan los grupos que hay que enlazar, favoreciendo la formacin del producto resultante de la reaccin catalizada y quedando la enzima libre para comenzar de nuevo el proceso cataltico. Una visin grfica de esta distorsin enzimtica puede observarse con claridad en la enzima hexoquinasa, que cataliza la fosforilacin de la glucosa a glucosa-6-fosfato, durante la gluclisis. Como muestra la Figura 4, la unin de la glucosa hace que dos dominios de la enzima se plieguen uno hacia el otro, con lo que se cierra la hendidura del sitio activo al que se une la glucosa.

Figura 4. Modelo de ajuste inducido de Koshland. Hexoquinasa.

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