En el entramado de los funcionarios que hicieron a un lado a Omar Gómez Trejo y a la Unidad Especializada para la Investigación y Litigación del Caso Ayotzinapa (UEILCA) están los titulares de las fiscalías especializadas de Asuntos internos, Derechos Humanos y de Control Regional.
El Ministerio Público comisionado para solicitar la cancelación de las 21 órdenes de aprehensión emitidas contra presuntos implicados en el caso Ayotzinapa, principalmente militares, depende de la Fiscalía de Control Regional, encabezada por